Abstract

ATP Binding Cassette B1 (

ABCB1

) é um transportador com uma ampla especificidade de substrato envolvido na eliminação de várias substâncias cancerígenas do intestino. Diversas variantes polimórficas dentro do

gene ABCB1

foram relatados como moduladores da

ABCB1

mediada pelo transporte. Nós investigamos o impacto do risco

ABCB1

variantes genéticas no cancro colorectal (CRC). Uma abordagem híbrida de marcação /funcional foi realizada para selecionar 28 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) que foram genotipados em 1.321 indivíduos Checa, 699 casos de CRC e 622 controles. Além disso, seis SNPs potencialmente funcionais foram genotipados em 3.662 indivíduos alemães, 1.809 casos e 1.853 controles do estudo DACHS. Descobrimos que três SNPs funcionais (rs1202168, rs1045642 e rs868755) foram associados com o risco de CRC na população alemã. Portadores dos alelos rs1202168_T e rs868755_T tiveram um risco aumentado para CRC (P

tendência

= 0,016 e 0,029, respectivamente), enquanto indivíduos portadores do alelo rs1045642_C mostrou uma diminuição do risco de CRC (P

tendência

= 0,022). Buscou-se replicar os resultados mais significativos em um estudo de caso-controle independente de 3.803 indivíduos, 2.169 casos e 1.634 controlos efectuados no Norte da Alemanha. Nenhum dos SNPs testados foram significativamente associados com o risco de CRC no estudo de replicação. Em conclusão, neste estudo de cerca de 8.800 indivíduos que mostram que

ABCB1

polimorfismos do gene jogar na melhor das hipóteses um papel menor na susceptibilidade à CRC

Citation:. Campa D, Sainz J, Pardini B , Vodickova G, Naccarati A, Rudolph A, et al. (2012) uma investigação abrangente sobre polimorfismos comuns no

MDR1 /ABCB1

gene transportador e susceptibilidade ao câncer colorretal. PLoS ONE 7 (3): e32784. doi: 10.1371 /journal.pone.0032784

editor: Momiao Xiong, University of Texas School of Public Health, Estados Unidos da América

Recebido: 18 de junho de 2011; Aceito: 02 de fevereiro de 2012; Publicação: 02 de março de 2012

Direitos de autor: © 2012 Campa et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Este trabalho foi parcialmente suportado pelos seguintes subsídios: CZ GACR GA 310/07/1430 e GA P304 /10/1286 da Agência Grant da República Checa. O estudo DACHS foi suportado por concessões do Conselho de Pesquisa Alemão (Deutsche Forschungsgemeinschaft, conceder números BR 1704 /6-1, BR 1704 /6-3, BR 1704 /6-4 e CH 117 /1-1), eo alemão Ministério Federal de Educação e Pesquisa (números de subvenção 01KH0404 e 01ER0814). SHIP é realizado pela Rede de Pesquisa de Medicina Comunitária da Universidade de Greifswald, que é financiado pelo Ministério Federal Alemão de Educação e Pesquisa e do Estado Federal de Mecklenburg-Vorpommern. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o câncer colorretal (CRC) é um dos cancros mais comuns diagnosticados nos países ocidentais [1], [2] e sua etiologia envolve a interação de fatores genéticos e ambientais [3], [4], [5 ], [6], [7], [8], [9], [10], [11]. Embora os processos biológicos que ligam as características do estilo de vida e carcinogênese colorretal permanecem obscuros, estudos de associação que analisam a influência de fatores dietéticos têm evidenciado que, pelo menos em parte, CRC surge como consequência da exposição a xenobióticos tomadas com alimentos [6], [12] .

ATP vinculativo cassete (ABC) é uma das maiores famílias de transportadores de efluxo ativos que estão localizados principalmente em tecidos que agem como uma barreira ou que tenham uma função excretora. transportadores ABC são altamente expresso na membrana apical do enterócito onde medeiam o efluxo de uma grande variedade de substratos endógenos (incluindo açúcares, aminoácidos, nucleótidos, esteróides, iões inorgânicos) no lúmen do intestino. Além disso, a maioria dos transportadores ABC desempenhar um papel na defesa da célula contra ataques ambientais gerados por xenobióticos [13].

expressão ABCB1

nos aumentos do intestino humanos a partir de proximal para distal, resultando em os mais elevados níveis de expressão no cólon [14], em que está envolvido na excreção de vários carcinógenos a partir do intestino para o lúmen intestinal [15]. Além disso, demonstrou-se que

ABCB1

é responsável para o efluxo de mutagénios de alimentos cozinhados-[16], vários carcinogéneos relacionados com o tabaco [17], [18], [19], bem como um amplo espectro de drogas [20], [21], [22], [23].

a expressão e atividade do

ABCB1

transportador pode ser diferente entre os indivíduos, devido a tanto polimorfismos genéticos ou condições patológicas [24] e, como resultado, isso pode ser refletida em diferenças na biodisponibilidade de diferentes toxinas, substâncias cancerígenas e drogas [5]. Nas últimas décadas, esta hipótese levou a uma proliferação de

in vitro

relatórios que examinam a funcionalidade do

polimorfismos do gene ABCB1 Comprar e a investigação sobre o seu papel potencial em muitas doenças e câncer [4] , [25], [26], [27], [28], [29], [30], [31]. variantes polimórficas funcionais de

ABCB1

foram relatados na população caucasiana. Por exemplo Hoffmeyer e colaboradores relataram que a variante C3435T (rs1045642) resulta numa actividade reduzida e a expressão da proteína no duodeno [23]. Da mesma forma, vários estudos também têm-se centrado sobre a associação entre variantes polimórficas de transportadores de múltiplas drogas ABC e exposição a fármacos anti-cancerígenos [21], [22]. Apesar de numerosos estudos de associação que abordam o efeito de

ABCB1

variantes e CRC [30], [31], [32], [33], [34], os dados disponíveis são limitados, como a maioria destes estudos de associação têm analisou um número reduzido de marcadores genéticos ou foram executados em uma população relativamente pequena.

o objetivo do presente trabalho foi verificar se as variantes genéticas dentro do

influência ABCB1

gene o risco de CRC , com particular atenção para o papel de variantes putativamente funcionais que tenham sido anteriormente demonstrado estar associada com o risco de cancro [24], [30], [32], [33].

Materiais e Métodos

Ética declaração

Todos os participantes assinaram um consentimento informado por escrito. O estudo foi aprovado pelos conselhos de revisão ética das instituições responsáveis ​​pelo recrutamento de sujeitos em cada um dos centros de recrutamento. As comissões de ética foram seguindo o: Comitê do Instituto de Medicina Experimental, em Praga, República Checa Ética. O estudo DACHS foi aprovado pelos comitês de ética da Faculdade de Medicina da Universidade de Heidelberg e das Câmaras Médicas de Baden-Württemberg e Renânia-Palatinado. O Estudo do Norte da Alemanha (Kiel) foi aprovado pelos comitês de ética da Faculdade de Medicina da Christian-Albrechts Universidade de Kiel e Meclemburgo-Pomerânia Ocidental (Estudo da Saúde da Pomerânia).

populações de estudo

neste estudo três populações de origem caucasiana (um de República Checa e dois da Alemanha) foram investigadas, incluindo um total de 8786 indivíduos. Todas as populações foram previamente descrito em detalhe [35]. Resumidamente, o primeiro estudo de caso-controle composto por 1321 sujeitos, 699 casos de CRC e 622 controles da República Checa [36]. Todos os participantes foram recrutados de seis oncológica e cinco departamentos gastrointestinais, toda a República Checa. O estudo foi baseado em casos incidentes com resultados colonoscópicas positivos para malignidade e com diagnóstico histológico de cólon ou carcinoma retal. Os controles foram definidos como indivíduos que tinham sido submetidos a colonoscopia e cujos resultados colonoscopic foram negativos para malignidade ou colorectal adenomas. Eles foram amostrados no mesmo período de tempo como os casos. Todos os participantes assinaram um termo de consentimento informado eo projeto do estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética do Instituto de Medicina Experimental, em Praga, República Checa.

O segundo estudo de caso-controle compreende 3662 participantes, 1809 casos e 1853 controles recrutados a partir do DACHS (Darmkrebs: Chancen der Verhütung durch Screening) estudo, [37]. Casos tiveram incidente invasiva CRC diagnosticados entre janeiro de 2003 e março de 2007. Eles foram recrutados de pacientes que receberam tratamento em paciente em um hospital da região de Rhein-Neckar-Odenwald (Sudoeste da Alemanha), devido a um primeiro diagnóstico da CRC. Os controles foram frequência combinados de acordo com sexo, município de residência e idade e selecionados aleatoriamente a partir de listas de registros populacionais. O estudo DACHS foi aprovado pelos comitês de ética da Faculdade de Medicina da Universidade de Heidelberg e das Câmaras Médicas de Baden-Württemberg e Renânia-Palatinado. Todos os pacientes deram o seu consentimento informado por escrito para participar neste estudo.

A fim de replicar os resultados positivos no conjunto de descoberta, também utilizado um estudo de caso-controle de base populacional independente em uma população do Norte da Alemanha, que compreende 3803 sujeitos, 2169 casos e 1634 controles [38]. casos CRC foram identificados através do registro de câncer regionais de Schleswig-Holstein ou através de registos de departamentos cirúrgicos no norte da Alemanha e recrutado pela biobanco POPGEN. Os controles foram selecionados aleatoriamente a partir de registos de população e também recrutado pela biobanco POPGEN. controles adicionais foram recrutados de SHIP (Estudo da Saúde da Pomerânia), no nordeste da Alemanha e estavam livres de câncer em recrutamento.

Seleção SNP

Todo o conjunto de variantes genéticas comuns em

ABCB1

foi avaliada, tanto após a marcação e abordagens funcionais. O objetivo da marcação SNP foi identificar um conjunto de SNPs que eficientemente capta toda a variabilidade genética comum conhecida, enquanto que a abordagem funcional foi utilizado para determinar o impacto das variantes potencialmente funcionais dentro

ABCB1 gene

sobre o risco de CRC. A marcação foi efectuada usando o algoritmo descrito por Carlson e colaboradores [39]. Todos os SNPs na região de

ABCB1

(incluindo 5 kb a montante do primeiro exão ea jusante do último exão) e com uma frequência menor alelo (MAF) ≥5% em caucasianos (Projeto Internacional HapMap, versão 21-A ; https://www.hapmap.org), foram incluídos. Marcação de SNPs foram seleccionados com o uso do programa Haploview Marcas (https://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/; https://www.broad.mit.edu/mpg/tagger/) [40] , [41], usando a marcação de pares com um r mínimos

2 de 0,8. Isto resultou em uma seleção de 28 SNPs marcação, com média r

2 dos SNPs selecionados com os SNPs que tag de 0,976, o que significa que a nossa selecção capta a um grau muito elevado a variabilidade comum conhecida neste gene. Considerando que a região genômica de

ABCB1

é caracterizada por altos níveis de desequilíbrio de ligação (LD), postulamos que esses SNPs também são susceptíveis de assinalar quaisquer SNPs comuns até então não identificados no gene.

a fim de testar a hipótese de que sugere que os SNPs funcionais em vez de marcação SNPs podem afetar o efluxo mediado por ABCB1 de DNA substâncias prejudiciais, foram selecionados seis SNPs potencialmente funcionais dos 28 previamente selecionadas (rs2229109, rs1202168, rs1045642, rs9282564, rs2214102 e rs868755 ), e nós genotipados-los na Checa e nas populações alemã Dachs. A seleção foi baseada em resultados publicados anteriormente que apontaram tanto a funcionalidade do

ABCB1

variantes [23], [42] ou sua associação com várias doenças [43], [44], [45].

a fim de cobrir exaustivamente toda a variabilidade genética no

ABCB1

lócus temos verificado as variantes descritas no projeto 1000 genoma e descobrimos que 180 SNPs não foram genotipados em no HapMap. Nós não incluem essas variantes já que em caucasianos a freqüência do alelo menor foi ausente ou inferior ao limiar de 0,05. Pesquisar a base de variantes genómicas (https://projects.tcag.ca/variation/), que é um catálogo de variação estrutural no genoma humano, verificou-se que em caucasianos existe apenas uma cópia rara (MAF = 0,03%) variante número (CNV) e, portanto, nós não tentar genótipo-lo. Figura Suplementar S1 mostra em detalhe o número de SNPs e indivíduos genotipados em cada fase. Figura Suplementar S2 mostra o gráfico LD do

ABCB1

gene, todos os SNPs no locus e os SNPs genotipados, enquanto a mesa Suplementar S1 mostra os SNPs marcação selecionados no estudo e os SNPs que tag.

extracção de DNA e genotipagem

Para os sujeitos Czech DNA foi extraído a partir de sangue utilizando digestão com proteinase K padrão seguido por extracção com fenol /clorofórmio e precipitação com etanol. As amostras de ADN alemães foram isolados a partir de células mononucleares do sangue periférico ou bochecho usando Flexigene Kit 250 (Qiagen, Valencia, CA, EUA) e Qiagen Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA, EUA), respectivamente. A fim de ADN a partir de casos e controlos foi randomizado em placas de PCR, a fim de assegurar que um número igual de casos e controlos podem ser analisadas simultaneamente. Toda a genotipagem foi realizada utilizando Taqman (Applied Biosystems, Foster City, CA, EUA) ou (Kaspar KBiosciences, Hoddesdon, Hertfordshire, Reino Unido) de acordo com os protocolos dos fabricantes. genótipos de controlo de qualidade repetida (8% do total) mostrou uma concordância média de 99,9%. Mais detalhes sobre os métodos de genotipagem pode ser encontrada em outro lugar [36], [46], [47]. placas de PCR foram lidas num instrumento ABI PRISM 7900HT (Applied Biosystems). Os genótipos de rs2229109 SNP, rs1202168, rs1045642, rs9282564, rs2214102 se sobrepõem parcialmente com as utilizadas em outro projeto para um subconjunto dos sujeitos Dachs aqui relatados [48]. Os resultados mostraram no presente trabalho não foram previamente relatado.

Análise Estatística

A distribuição do genótipo foi examinado nos casos e nas populações de controlo. Hardy-Weinberg foi testado nos controlos pelo teste do Qui quadrado e no nível α = 1%. Foi utilizada a regressão logística para análise multivariada para avaliar os principais efeitos do polimorfismo genético sobre o risco de CRC usando um modelo de herança log-aditivo. O genótipo mais comum nos controles foi designado como a categoria de referência. Todas as análises foram ajustadas para idade e sexo. Além disso, foi realizada uma regressão logística estratificação para o site do câncer (cólon

contra

reto). Todas as análises estatísticas foram realizadas utilizando SAS 9.2.

Desde polimorfismos selecionadas como marcação de SNPs tinha um baixo nível de desequilíbrio de ligação residual (LD), assumimos que haplótipos foram devidamente tidos em nossa abordagem de marcação SNP, e nós não o fez tentar uma análise de haplótipos na população Checa. No entanto, executou-o para os 6 SNPs seleccionados como os funcionais. blocos de haplótipos foram construídos a partir dos dados de controle de genotipagem utilizando SNP-ferramenta https://www.dkfz.de/de/molgen_epidemiology/tools/SNPtool.html, [49] e o algoritmo implementado em Haploview com base em limites de confiança de Gabriel e colegas [50]. Foram utilizados os seguintes valores de corte: MAF 5%, HWE p≥0.01 e 75% de genótipos não ausentes. estimativas de máxima verossimilhança das frequências de haplótipos foram gerados com um algoritmo baseado expectativa de maximização implementado no procedimento PROC haplótipo do SAS. regressão logística incondicional ajustado para idade (contínua), sexo e centro de estudos foi utilizado para calcular as estimativas de risco. O haplótipo mais freqüente foi definido como o de referência, enquanto haplótipos com uma frequência inferior a 0,05 foram declaradas como haplótipos raros e combinado.

Para avaliar a possibilidade de falsos positivos, que levou em conta a questão dos testes múltiplos. software SNPSpD (https://genepi.qimr.edu.au/general/daleN/SNPSpD), com base na utilização da decomposição espectral (SPD) de matrizes de LD em pares entre os SNPs, foi usada para calcular o número efectivo de independente marcadores (M

FEP) para testes de múltipla [51], [52]. Os valores de p foram avaliados à luz do

valor ef M.

Resultados

Foi realizado um estudo de caso-controle utilizando três conjuntos aninhados de

ABCB1

SNPs em três populações distintas de Checa e origens alemãs. O primeiro conjunto SNP consistiu de 28 SNPs colocação de etiquetas, que nós testamos em 699 casos e 622 controles da República Checa. O segundo conjunto SNP consistiu de um subgrupo dos 28 SNPs marcação, ou seja, seis SNPs putativamente funcionais, que, adicionalmente, digitados em uma população alemã de 1809 casos e 1853 controles. Por fim, replicou os melhores hits, nomeadamente rs1202168 SNP, rs1045642, rs9282564, e rs868755, em até 2169 casos adicionais e 1634 controlos adicionais a partir do Norte da Alemanha. Estes quatro SNPs foram, portanto, digitado em todas as populações, dando a este estudo uma amostra final de até 4677 casos e 4109 controles. As características relevantes das três populações são relatados na tabela 1. As freqüências genotípicas entre os controles estavam em Hardy-Weinberg para todos os SNPs e em todas as populações. O M

valor EFF calculado foi de 16. Nós, portanto, considerado um limiar de significância p-valor de todo o estudo de 0,05 /16 = 0,003.

Resultados na descoberta Set Online

a análise dos 28 SNPs marcação na população checa não revelou nenhuma associação estatisticamente significativa (utilizando o limite de p = 0,003). A distribuição dos genótipos dos 28 SNPs na população Checa e suas odds ratio (OR) para associação com o risco de CRC são apresentados na Tabela Complementar S2.

Associações de três polimorfismos com risco de CRC no nível convencional de p 0,05 foram observadas no estudo DACHS. Portadores dos alelos rs1202168_T e rs868755_T tiveram um risco aumentado de CRC (OR

het = 1,20, 95% CI 1,04-1,40, OR

hom = 1,23, 95% CI 1,01-1,48, P

tendência

= 0,016, e OR

het = 1,17, 95% CI 1,00-1,36, OR

hom = 1,22, 95% CI 1,01-1,48, P

tendência

= 0,029, respectivamente), enquanto indivíduos portadores do alelo rs1045642_C teve uma diminuição do risco de CRC (OR

hom = 0,79, 95% CI 0,66-0,96, P

tendência

= 0,022, suplementar Tabela S3 ).

os resultados do estudo de replicação

Quatro SNPs que mostraram um aumento estatisticamente significativo (rs1202168, rs1045642, rs868755) ou rs9282564) associação limítrofe significativa (na descoberta alemã definir foram digitados em um adicional conjunto de casos de CRC e controles saudáveis ​​da Alemanha. Nenhum dos SNPs mostrou associação estatisticamente significativa com o risco de CRC no conjunto de replicação ou no conjunto de dados combinados. A distribuição dos genótipos dos quatro SNPs digitadas em todos os sujeitos do estudo e as suas RUP para associação com o risco de CRC são apresentados na Tabela 2.

análise de haplótipos

Nenhum dos os haplótipos mostraram uma associação estatisticamente significativa após correção para testes múltiplos. Ao testar os haplótipos na população agrupada, nenhum deles apresentou qualquer associação estatisticamente significativa com risco de CRC no limiar convencional de P = 0,05. A distribuição de

ABCB1

haplótipos para os SNPs funcionais e risco de CRC são mostrados na S4 complementar mesa.

Discussão

Embora em relação aos dados funcionais

ABCB1

SNPs não são totalmente consistentes, alguns deles têm relatado para ser envolvido com uma capacidade aumentada de transporte de efluxo de [23], [42], [53]. Da mesma forma, vários destes polimorfismos funcionais foram encontrados para ser associado com factores de risco, tais como CRC colite ulcerativa ou a obesidade [54], [55], [56]. O presente estudo procurou avaliar sistematicamente o papel de comum

ABCB1

polimorfismos no risco de CRC.

Vários estudos têm investigado o possível papel de variantes genéticas em

ABCB1 Comprar e risco de doença colorrectal, na maioria, a C3435T (rs1045642) e em 2677G T /A (rs2032582). Em geral estes estudos são heterogêneos em termos de tamanho, número de SNPs testados, metodologia utilizada e etnia. C3435T foi encontrado para ser associado com o risco de doença em vários estudos de caso-controle [33], [57], [58], [59], enquanto outros não encontraram qualquer associação estatisticamente significativa [34], [60] A variante polimorfismo 2677G T /a (rs2032582) no exão 21 também foi encontrada associada a CRC risco [26], [45], [59], embora não em todos os estudos [34]. Anderson e seus colegas também testaram a possível associação entre rs3789243 em dois estudos distintos. Eles encontraram uma associação em uma população dinamarquesa, mas não encontrou nada em um estudo baseado em temas noruegueses [3], [57]. Neste estudo, foram genotipados rs3789243 e nós não observamos associação estatisticamente significativa.

Três

variantes ABCB1

(rs1202168, rs1045642 e rs868755) foram encontrados para ser associado com o risco de CRC na DACHS população do estudo. Portadores dos alelos rs1202168_T e rs868755_T mostrou um aumento do risco de CDC, enquanto os indivíduos que carrega o, alelo rs1045642_C (também referido como C3435 em estudos anteriores) mostrou uma diminuição do risco para CRC. Os resultados referentes rs1202168 e rs868755 são novos, embora rs2032582 e rs868755 estão em alta LD (r

2 = 0,85), enquanto os resultados referentes rs1045642 estão em concordância com vários outros estudos que encontraram que o polimorfismo C3435T contribuir para o risco de CRC . De acordo com nossos resultados, Kurzawski e colaboradores descobriram que os portadores do alelo variante do polimorfismo C3435T tiveram um risco aumentado de CRC, enquanto portadores do genótipo CC tinha o menor risco para CRC [33]. Além disso, vários haplótipos que contêm o alelo rs1045642_C têm sido associados com a progressão mais lenta CRC [30]. Kimchi-Sarfaty e colegas de trabalho também sugeriu que esse polimorfismo silencioso afetar o dobramento de proteínas pós-translacional e as suas actividades de transporte [61].

No entanto, dados atuais sobre a influência da

ABCB1

SNPs sobre o risco de CRC são conflitantes e, embora três SNPs na população DACHS mostrou associação estatisticamente significativa com a CRC, nenhum deles mostrou a mesma tendência no estudo de replicação.

Além disso, vale a pena notar que o nosso replicação estudo realizado em uma população norte alemão de Kiel mostrou que o alelo rs1045642_C foi associado com um aumento, embora não estatisticamente significativa, o risco para CRC, ou seja, um efeito oposto ao encontrado no estudo DACHS. Estes resultados obtidos nos Northern alemães estão em concordância com as previamente publicada em uma população dinamarquesa [57]. Consequentemente, pode ser concebível pensar que a interação entre as variantes genéticas e fatores ambientais podem modificar o risco de CRC.

Estudos de associação

Genome-largos (GWAS) da CRC confirmaram a hipótese de que parte do risco hereditário para esta doença é causada por variantes comuns, de baixo risco e identificaram várias variantes comuns associados com CRC risco [62], [63], [64], [65], [66] mas nenhum dos GWAS relatados polimorfismos no

ABCB1

gene como principais fatores de risco de CRC. No entanto, uma vez que apenas associações significativas ao nível de todo o genoma (tipicamente p 10

-7) são relatados em GWAS não é possível excluir que

ABCB1

polimorfismos foram associados com o risco de CRC, mas não foram relatado devido ao limiar estatístico rigoroso usado. Efectivamente, foi documentado que GWAS são propensas a reportem resultados falsos negativos [67].

Para o nosso conhecimento, o presente estudo é um dos maiores estudos para resolver o potencial associação entre a

ABCB1

polimorfismos e risco de CRC. Neste estudo, tivemos um poder estatístico superior a 80% para detectar uma associação para um modelo aditivo de log com OR = 1,45 a α = 0,001 para o conjunto descoberta tagSNPs (MAF = 0,30), OR = 1,23 para o conjunto descoberta funcional (MAF = 0,30) e OR = 1,16 para a análise conjunta (MAF = 0,30). Além disso, a abordagem híbrida de marcação /funcional facilitou uma análise exaustiva de variantes comuns no

região do gene ABCB1

em duas populações de estudo bem definidos e homogéneos com um tamanho suficiente. Além disso, utilizou-se um grande estudo de base populacional realizado no mesmo grupo étnico para replicação. No entanto, este estudo tem algumas limitações potenciais. Em primeiro lugar, o grande número de testes realizados poderia levar à descoberta casual e, de facto, a adição de correcção para múltiplos testes nenhum dos SNPs mostrou associações estatisticamente significativas. Além disso, mesmo se os três populações são de origem caucasiana, uma possível heterogeneidade entre eles poderia ainda estar presentes. Finalmente neste relatório não consideramos variantes raras, quer como SNPs ou CNVs.

Em conclusão deste relatório não pode excluir completamente um papel, ainda que menor, para

variantes do gene ABCB1

e risco de CRC .

Informações de Apoio

Figura S1.

mostra em detalhes o número de SNPs e indivíduos genotipados em cada fase

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s001

(PPT)

Figura S2. plot

LD do

ABCB1 gene

mostrando toda a SNPs no locus ea seleção tagging. No canto superior esquerdo está mostrado o locus de posição e o seu tamanho. Os números nos diamantes são r

2 valores e os SNPs indicados com * são os SNPs marcação selecionados para este estudo

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s002

(TIF)

Tabela S1.

Tagging SNPs selecionada no estudo e os SNPs que tag

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s003

(DOC)

Tabela S2.

Distribuição de

ABCB1

polimorfismos e risco de CRC na população Checa

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s004

(DOC)

Tabela S3.

Distribuição de

polimorfismos ABCB1

e risco de CRC na população DACHS Alemão

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s005

(DOC)

Tabela S4.

Distribuição de

ABCB1

haplótipos para os SNPs funcionais e risco de CRC

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s006

(XLS)