Abstract
Nos cancros humanos, a metilação do elemento nuclear de longo intercaladas -1 retrotransposons (L1 LINE-1 ou) é reduzida. Isto ocorre dentro do contexto de hipometilação de todo o genoma, e embora seja comum, o seu papel é mal compreendida. L1 são amplamente distribuídas tanto dentro como fora dos genes e, intragênicos intergénica, respectivamente. Curiosamente, a inserção de sequências de comprimento total L1-activos em intrões do gene hospedeiras interrompe a expressão do gene. Aqui, nós avaliamos se intragenic hipometilação L1 influencia a sua expressão do gene de acolhimento no câncer. Primeiro, os dados extraídos a partir L1base (https://l1base.molgen.mpg.de), um banco de dados contendo inserções L1 putativamente ativos, e comparados caracteres L1 intragênicos e intergênicas. Verificou-se que sequências L1 intragênicos foram conservados ao longo do tempo evolutivo no que diz respeito à actividade de transcrição e locais dinucleótido CpG para a metilação do DNA de mamíferos. Em seguida, compararam regulada níveis de mRNA de células a partir de duas experiências diferentes disponíveis a partir Gene Expression Omnibus (GEO), um repositório de banco de dados de alta taxa de transferência de dados de expressão gênica, (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) por qui-quadrado. O odds ratio de genes regulados por baixo entre epitélio e câncer de pulmão brônquica normal desmetilado foi alta (p 1E
-27; OR = 3,14; IC95% = 2,54-3,88), sugerindo genoma do câncer ampla hipometilação gene down-regulação expressão. análise abrangente entre os locais L1 e expressão genética mostrou que a expressão de genes que contêm L1 apresentaram uma probabilidade significativamente maior de ser reprimida em câncer e hypomethylated células normais. Em contraste, muitos mRNAs derivados de genes que contêm L1 são elevados em Argonaute 2 (ago2 ou EIF2C2) -depleted células. aumento Hypomethylated L1 níveis de ARNm de L1. Finalmente, descobrimos que as metas ago2 intrônica L1 pré-mRNA complexos e reprime genes do cancro. Estes resultados representam um dos mecanismos de ampla hipometilação expressão do gene alteração do genoma do câncer. Hypomethylated intragenic L1 é um siRNA nuclear mediada
cis
elemento -regulatory que pode reprimir genes. Esta regulação epigenética de retrotransposons prováveis influências muitos aspectos da biologia genômica
Citation:. Aporntewan C, Phokaew C, Piriyapongsa J, Ngamphiw C, Ittiwut C, Tongsima S, et al. (2011) hipometilação do intragenética LINE-1 reprimindo a transcrição em células cancerosas através ago2. PLoS ONE 6 (3): e17934. doi: 10.1371 /journal.pone.0017934
editor: Esteban Ballestar, Instituto Bellvitge Biomedical Research (IDIBELL), Espanha