Abstract

Fundo

variantes genéticas de baixa penetrância têm sido cada vez mais reconhecida a influenciar o risco de desenvolvimento de tumor. variantes de risco para o câncer colorretal (CRC) foram mapeados para posições cromossomo 8q23.3, 8q24, 9p24.1, 10p14, 11q23, 14q22.2, 15q13, 16q22.1, 18q21, 19q13.1 e 20p12.3. Em particular, o polimorfismo de um único nucleótido 8q24 (SNP), rs6983267, tem sido reprodutivelmente associada com o risco de desenvolvimento de CRC. Como os SNPs risco de CRC também pode influenciar a evolução da doença, assim, neste estudo, avaliamos se eles influenciam a sobrevida do paciente.

Metodologia /principais conclusões

amostras de DNA de 583 pacientes com CCR inscritos no prospectivo , Carolina do Norte Cancer Care Outcomes Research and Surveillance Study Consortium (NC CanCORS) foram genotipados para 11 CRC SNPs de susceptibilidade a 6 CRC loci de risco. As relações entre genótipos e sobrevida dos pacientes foram examinados usando análise de regressão de Cox. Na análise multivariada, pacientes homozigotos para o alelo de risco CRC de rs7013278 ou rs7014346 (ambos a 8 Q24) foram apenas nominalmente significativo para a sobrevida global mais pobre em comparação com pacientes homozigotos para o alelo protetor (taxa de risco = 2,20 e 1,96, respectivamente;

P

0,05). Nenhuma dessas associações, no entanto, manteve-se estatisticamente significativa após correção para testes múltiplos. Os outros nove SNPs susceptibilidade testadas não foram significativamente associados com a sobrevivência.

Conclusões /Significado

Nós não encontrou evidência de associação de variantes de risco de CRC com a sobrevida do paciente.

Citation : Hoskins JM, Ong PS, Keku TO, Galanko JA, Martin CF, Coleman CA, et al. (2012) Associação dos onze comum, de baixa penetrância câncer colorretal suscetibilidade variantes genéticas em seis Risco Loci com o resultado clínico. PLoS ONE 7 (7): e41954. doi: 10.1371 /journal.pone.0041954

editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Estados Unidos da América

Recebido: 31 de janeiro de 2012; Aceito: 29 de junho de 2012; Publicação: 27 de julho de 2012

Direitos de autor: © Hoskins et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Este trabalho foi apoiada pelo Gabinete Nacional Institutes of Health (NIH) Farmacogenética Research Network (U01 GM63340). Os CanCORS NC e GI SPORE foram apoiados pelo NIH U01 CA 093.326 e P50 CA 106991, respectivamente. O estudo também recebeu o apoio do Centro de Biologia Gastrointestinal e Doenças (P30 DK034987). PO foi apoiado pelo Departamento de Farmácia da Universidade Nacional de Cingapura. Nenhum financiamento externo adicional foi recebida para este estudo. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o câncer colorretal (CCR) é a segunda causa mais comum de morte por câncer nos Estados Unidos. Apesar da melhoria das modalidades de tratamento, a taxa de sobrevida em 5 anos para pacientes de CRC varia de 10-90% [1]. Essa enorme variação no resultado clínico é devido, em parte, ao fato de que CRC é uma doença heterogênea compreendendo subconjuntos discretos que evoluem através de várias etiologias diferentes. Ambos germinal e alterações genéticas somáticas podem estar envolvidos na transformação maligna das células do cólon normais. Extensas investigações identificaram mutações somáticas no

TP53

ou

KRAS

que estão envolvidos na progressão de adenoma para CRC [2] – [5]. Por mutações da linha germinativa, alterações de alta penetrância em adenomatose polipose coli, reparação de emparelhamentos incorrectos, mães contra homólogo decapentaplégico 4, osso proteína morfogenética do tipo receptor IA e treonina quinase serina 11 genes foram relatados para ser associada com um aumento da susceptibilidade CRC em 5% da população [6], enquanto os efeitos de combinações de variantes de baixa penetrância permanece difícil.

a conclusão do Projeto genoma Humano eo desenvolvimento de melhores técnicas de genotipagem de alto rendimento permitem interrogatório grande escala do genoma, resultando em uma melhor compreensão da doença poligénica comum. Este progresso tem levado à doença comum, hipótese variante comum, o que sugere que um número de variantes alélicas encontrados em mais do que 1-5% da população geneticamente influencia a susceptibilidade a doenças hereditárias comuns [7]. Em linha com este modelo, a análise do gene candidato e multi-estágio genoma estudos de associação ampla (GWAS) identificaram vários polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em toda a vários cromossomos que estão associados com um risco aumentado de desenvolvimento CRC [8] – [18]. Em um estudo caso-controle envolvendo 1807 pacientes e 5511 controles, Haiman e seus colegas observaram que rs6983267 no cromossomo 8q24, uma região do genoma que contém alguns genes, foi significativamente associada a uma predisposição maior de CRC em indivíduos de etnias diferentes [10]. Vários relatórios posteriores confirmaram rs6983267 como um marcador de risco de baixa penetrância para CRC [9], [12], [13], [16], [17]. Dada esta observação consistente e a amplificação frequente desta região em CRC [10], uma análise mais aprofundada de SNPs dentro desta área gene pobre revelou uma segunda variante firmemente ligada, rs10505477, bem como três outros SNPs em 8q24, rs10808556, rs7014346 e rs7013278 , como variantes de baixa penetrância que também influenciam a formação de carcinoma [10], [13], [14], [15], [17].

Além do SNPs em 8q24, Tomlinson et al identificou rs16892766 em 8q23 .3 como uma variante de risco adicional [15]. Da mesma forma, Zanke e seus colegas descobriram uma associação entre rs719725 em 9p24 e CRC [17]. investigação posterior deste site por Poynter et al mostraram que os indivíduos com o A /A genótipo apresentaram um risco moderado de CRC em comparação com indivíduos C /C em famílias baseadas na clínica de base populacional, mas não [13]. No loci 10p14 e 11q23, rs10795668 e rs3802842 foram mostrados, respectivamente, estar relacionada com a ocorrência da doença [14], [15]. Além disso, vários outros loci de risco foram posteriormente identificados e mapeados para 14q22.2 (rs4444235, BMP4) [18], 15q13 (rs4779584, rs10318, CRAC1) [11], 16q22.1 (rs9929218, CDH1) [18], 18q21 (rs4939827, rs12953717, rs4464148, SMAD7) [8], 19q13.1 (rs10411210, RPHN2) [18] e 20p112.3 (rs961253) [18].

Apesar do aumento do número de loci serem identificados para influenciar o risco de desenvolvimento de CRC, até à data, poucos estudos têm investigado os efeitos dessas variantes sobre a evolução da doença [19] – [22]. As conclusões destes estudos, porém, permaneceu inconsistentes sobre a relação entre essas variantes de risco e sobrevivência CRC. Portanto, no presente estudo, examinamos o significado prognóstico de 11 CRC SNPs susceptibilidade às 6 CRC loci de risco (rs6983267, rs10505477, rs7013278, rs7014346, rs719725, rs10795668, rs3802842, rs4779584, rs10318, rs4464148 e rs4939827, Tabela S1), usando 583 pacientes com CRC da Carolina do Norte prospectivo (NC) Cancer Care Outcomes Research and Surveillance Study Consortium (CanCORS).

Métodos

Estudo População e Follow-Up Informações

o desenho do estudo de CanCORS tem sido descrito anteriormente [23]. NC CanCORS montada uma coorte prospectiva de base populacional em 33 áreas do condado de NC, EUA. Neste estudo, amostras de DNA de 583 pacientes elegíveis com diagnóstico de CRC entre abril de 2003 e janeiro de 2005 foram retrospectivamente genotipados. dados demográficos do paciente foram obtidos a partir de um estudo de base paciente. informação clínica detalhada no local primário do tumor, o Comité Misto Americana do Câncer (AJCC) palco e tipo de tratamento oferecido foram obtidos de revisão de prontuários médicos e relatórios patológicos do diagnóstico CRC do Registro de Câncer Central Carolina do Norte por abstractors treinados dentro de 6 meses seguintes diagnóstico. Os pacientes foram acompanhados por uma média de 3,5 anos. Os dados da sobrevivência e mortalidade foi determinada a partir de uma pesquisa com os participantes ou próxima de parentes de telefone de três anos e ainda confirmada através de averiguação de registros de morte através do índice da morte da segurança social (SSDI), utilizando números de segurança social dos pacientes. informações mortalidade ou estado de sobrevivência estava disponível para todos os pacientes com genótipo neste estudo através do SSDI. informações sobrevida livre de doença não estava disponível. Este estudo foi aprovado pelo Institutional Review Board da Universidade de NC (número IRB: 04-08-60). consentimento informado por escrito foi obtido de cada participante.

Extração de DNA e genotipagem SNP

coat

Buffy foi preparado a partir de uma amostra de sangue coletado de cada participante do estudo. O DNA foi extraído a partir de buffy coat Puregene utilizando o kit (Qiagen, Valencia, CA, EUA). Além disso, amostras de DNA que compreendem de 94 europeus-americanos, 93 chineses Han (Han pessoas de Los Angeles) e 94 mexicanos-americanos (comunidade mexicano-americano de Los Angeles) de Coriell (Instituto Coriell for Medical Research, Camden, NJ, EUA ), bem como 86 afro-americanos, como descrito anteriormente [24], foram também usadas para confirmar a fiabilidade e a reprodutibilidade da genotipagem realizada. Todas as amostras de DNA foram genotipados para 11 CRC SNPs susceptibilidade aos 6 loci de risco CRC utilizando ensaios de discriminação TaqMan alélicas (Applied Biosystems, Foster City, CA, EUA) (Tabela S1). Num volume total de 20 uL, reacções consistiram em 2 mL de 10 ng /mL de ADN, 0,5 pL de ensaios de genotipagem de SNP TaqMan® 20X (Applied Biosystems), 10 ul de 2X PCR TaqMan ® Universal Master Mix, n AmpErase UNG (Applied Biosystems) e 7,5 mL de água. A PCR foi realizada com um passo inicial de desnaturação a 95 ° C durante 10 min, seguido por 50 ciclos de desnaturação a 92 ° C durante 15 s e com recozimento de extensão a 60 ° C durante 1 min. Todas as reacções de PCR foram realizadas num Bio-Rad Tétrade 2 Thermal Cycler (Bio-Rad, Hercules, CA, EUA). As intensidades de fluorescência das amostras foi medida antes e depois de PCR, utilizando um Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System (Applied Biosystems). Os dados obtidos foram analisados ​​e os genótipos atribuído usando 7300 System Software SDS, versão 1.4 (Applied Biosystems). alocação de genótipo foi realizada cego aos dados clínicos dos pacientes. A genotipagem foi bem sucedido em 96% das amostras. Para as amostras de quatro populações adicionais, todos os genótipos foram de acordo com o relatado na HapMap (www.hapmap.org). Não foi observada discordância em genótipo ou alelo frequências entre as amostras europeu, americano ou Africano-Americano de pacientes com os respectivos europeus-americanos ou afro-americanos nas populações adicionais genotipados.

Análise Estatística

Todos os polimorfismos foram examinados para o desvio de Hardy-Weinberg (HWE) usando χ

2 de teste. As variáveis ​​clínicas e biológicas foram examinados para associações com SNPs individuais pelo teste exato de Fisher. sobrevida univariada e multivariada foram realizadas usando análise de regressão de Cox para avaliar associações entre as variantes genéticas e sobrevida global. modelos multivariados foram ajustados para idade, etnia, gênero, estágio da doença, local do tumor e tratamento administrado. Para cada SNP, o alelo de risco foi definida como o alelo anteriormente estabelecida na literatura para conferir um risco de CRC, enquanto o outro alelo foi considerado o alelo de protecção. Homozigotia para o alelo de protecção serviu como um genótipo de referência para a análise de regressão e foi atribuído um risco relativo (RR) de 1,0. A

P Art 0,05 foi considerado significativo. correcção múltipla foi realizada usando o método conservador de Bonferroni. Todos os dados foram analisados ​​utilizando software de análise estatística SAS versão 9 (SAS Institute Inc, Cary, NC, EUA).

Resultados

características do paciente

A tabela 1 resume as características basais dos pacientes neste estudo. A idade média dos pacientes foi de 65,0 anos e 47,9% eram do sexo feminino. Entre os 583 pacientes, 81,0% eram europeus-americanos e 19,0% eram afro-americanos. No momento do diagnóstico, as proporções dos participantes do estudo classificadas para AJCC fases 1, 2, 3 e 4 foram de 27,6%, 27,4%, 28,3% e 11,7%, respectivamente. Nesta coorte, a proporção de doentes com cancro do cólon ou câncer retal foi comparável. A maioria dos pacientes (98,3%) receberam tratamento cirúrgico, enquanto a quimioterapia foi administrada a 50,9% da população do estudo.

baixa penetrância CRC Susceptibilidade Genótipos

A distribuição dos genótipos neste grupo de pacientes é apresentada na Tabela S2. Para este grupo de pacientes, foi detectada nenhum desvio de HWE entre European- ou pacientes afro-americanos por qualquer dos SNPs. As freqüências alélicas para todos os SNPs foram semelhantes às frequências de European- (CEU) e as populações afro-americanos (ASW) relatou em HapMap (www.hapmap.org). distribuições de genótipos variaram entre European- e os pacientes afro-americanos para todos os SNPs (

P

0,05). excepto rs7014346 e rs3802842 (Tabela S2)

Relações Entre Low-Penetrância CRC Susceptibilidade SNPs e correlação clínica características do CRC pacientes

Não foram observadas diferenças significativas entre os SNPs com sexo, local do tumor, a intervenção cirúrgica ou a administração de quimioterapia (Tabela S2). Para a idade do diagnóstico CRC, aparentes diferenças na distribuição dos genótipos só foram encontrados para rs10795668 (

P =

0,005; Tabela S2). Observou-se que a prevalência da A /A para este genótipo SNP diminui em pacientes com idade superior a 50 anos. Além disso, o estágio da doença foi significativamente relacionado com rs4464148 e rs4939827 genótipos (

P

0,05; Tabela S2). alelos C e T, o alelo de risco para o rs4464148 e rs4939827, respectivamente, foram mostradas anteriormente para ser associada com um aumento do risco para CRC [8], [21]. Surpreendentemente, no presente estudo, mais pacientes homozigotos para o alelo de risco para ambos os SNPs apresentaram anteriormente câncer fase (estágios 1-2) no momento do diagnóstico, sugerindo que estes alelos são de proteção (Tabela S2).

relações entre baixa penetrância CRC Susceptibilidade SNPs e sobrevida global

Para testar se as variantes da linha germinativa subjacentes diferenças na sobrevida global em pacientes com CCR, foram realizadas análises tanto sobrevivência uni e multivariada. Na análise univariada, uma diferença significativa na sobrevida foi observada apenas em pacientes com o genótipo A /C em comparação com o A /A genótipo para rs3802842 (

P Art 0,05; Tabela 2). Esta diferença não foi significativa em um modelo multivariado (

P Art 0,05; Tabela 2). Na análise multivariada, pacientes portadores de dois alelos de risco (T /T) para o rs7013278 tinha reduzido sobrevivência, em comparação com os pacientes homozigotos para o alelo de protecção (C /C) (HR = 2,20; IC95% = 1,24-3,91;

P

= 0,01; Quadro 2). Da mesma forma, pacientes homozigotos para o alelo de risco CRC de rs7014346, A /A, mostrou sobrevida global inferior aos pacientes G /L (HR = 1,96; IC95% = 1,08-3,52;

P

= 0,03; Tabela 2 ). O nível moderado de significado para esses dois SNPs não foi mantido após correcção para testes múltiplos. Não houve associação significativa adicional entre o resto do SNPs estudados e sobrevivência (Tabela 2).

Discussão

O presente estudo foi realizado para examinar o significado prognóstico de 11 comum, baixa penetrância variantes genéticas em 6 CRC loci que tenham sido previamente relatados por predispor indivíduos a CRC [8] – [17]. Embora não tenhamos encontrado significância marginal entre dois SNPs, rs7013278 e rs7014346 (HR = 2,20,

P

= 0,01 e HR = 1,96,

P

= 0,03, respectivamente), com a sobrevivência CRC inferior por meio de regressão multivariada análise, nenhuma destas variantes mostrou escala associação estudo com a sobrevivência após a correção para testes múltiplos. Por isso, destacou que estas variantes conhecidas risco de CRC, não desempenham um papel na influência da mortalidade CRC, que está de acordo com os resultados de três estudos anteriores [19] – [21]

Até agora, vários prévio. estudos investigaram a associação entre variantes de susceptibilidade CRC com a progressão da doença e sobrevida. Gruber e seus colegas foram os primeiros a relatar nenhuma correlação entre rs10505477 com a sobrevivência CRC em uma população predominantemente judaica [19]. Neste estudo, foi encontrada uma HR de 1,09 (IC = 0,89-1,32) entre portadores de alelo de risco versus não portadores [19] Posteriormente, Cicek e colegas avaliaram a influência de 5 outros marcadores de risco CRC penetrância baixa (rs6983267, rs13254738, rs16901979, rs1447295, DG8S737) sobre a sobrevivência de 460 casos de estágios II e III pacientes, caucasianos, CRC, que foram os participantes de um estudo de terapia adjuvante de fase III [20]. Enquanto eles observaram uma tendência de taxa de sobrevivência diminuiu com a presença das variantes de risco raros (HR para rs6983267 = 1,00, IC = 0,79-1,27; RH para rs13254738 = 1,14, IC = 0,91-1,43; RH para rs16901979 = 1,34, IC = 0,86-2,09; RH para rs1447295 = 1,11, IC = 0,79-1,55; RH para DG8S737 = 1,57, IC = 0,85-2,90), utilizando um modelo aditivo log, nenhuma das associações foram estatisticamente significativas [20]. Em um estudo posterior por Tenesa et al, não foi encontrada associação entre 10 variantes de risco e por todas as causas ou mortalidade CRC-specific após ajuste para AJCC fase, idade e sexo em 2838 AJCC fases I-IV CRC pacientes de Scottish Ancestry [21] . Da mesma forma, observou-se faltava um similar de correlação entre rs10505477 (HR usando análise multivariada = 1,38, IC = 0,74-2,55) com a sobrevivência que está de acordo com a declaração, por Gruber et al (HR = 1,09, IC = 0,89-1,32) [ ,,,0],19]. Para rs6983267, houve novamente nenhuma associação com a sobrevivência CRC em nosso estudo (HR usando análise multivariada = 1,35, IC = 0,73-2,51). O HR para este SNP é em sentido semelhante e, novamente, de acordo com relatórios anteriores por Cicek et al (HR = 1,00, IC = 0,79-1,27) e Tenesa et al (HR = 1,03, IC = 0,94-1,13) [20], [21]. Além disso, por outro 4 SNPs (rs10795668, rs3802842, rs4779584 e rs4939827), as HRs obtidos por Tenesa e colegas foram de 0,98 (IC = 0,90-1,08), 0,93 (CI = 0,85-1,02), 0,95 (CI = 0,85-1,06) e 1,05 (CI = 0,96-1,15), respectivamente [21]. Este resultado é congruente com no nosso estudo com horas para rs10795668, rs3802842, rs4779584 e rs4939827 ser de 0,82 (IC = 0,37-1,83), 1,03 (CI = 0,52-2,03), 1,01 (CI = 0,46-2,22) e 0,81 (CI = 0,45-1,48), respectivamente, com o intervalo de valores CI para esses SNPs sobreposição entre os dois estudos. Estes dados reforçam, assim, a falta de provas para o envolvimento dessas variantes com resultado CRC. Em um estudo recente realizado por Xing et al, a influência de 8 SNPs GWAS associados com CRC recorrência e sobrevivência foi investigado em 465 pacientes Han Chinese CRC [22]. Dois SNPs, rs4779584 (HR = 0,33, Cl = 0,15-0,72 para os portadores homozigóticos do alelo de tipo selvagem (T), que é também o alelo de risco em GWAS, versus aqueles que são portadores heterozigotas ou homozigotas do alelo variante (C) , o alelo de protecção em GWAS anterior) e rs10795668 (HR = 0,55, Cl = 0,30-1,00 para os portadores homozigóticos do alelo de tipo selvagem (G), que é o alelo de protecção em GWAS anterior, em comparação com aqueles que são portadores de homozigótica ou heterozigótica o alelo variante (a), o alelo de risco em GWAS anterior), foram significativamente associados com um risco reduzido de morte e recorrência tumoral, respectivamente, utilizando um modelo genético dominante [22]. Para rs4779584, o resultado deste estudo (HR = 1,01, Cl = 0,46-2,22) e que de Tenesa et ai (HR = 0,95, Cl = 0,85-1,06) [21] mostrou qualquer influência significativa do alelo de risco de este SNP com a sobrevivência CRC. Isso afasta-se das conclusões de Xing et al [22]. Uma explicação plausível para este desvio é muito maior frequência do alelo de risco entre os chineses han em comparação com a população do presente estudo eo de Tenesa e colaboradores [21], que eram predominantemente de ascendência europeia. Enquanto as freqüências alélicas de rs4779584 nos pacientes Han Chinese CRC não estavam diretamente relatados no jornal por Xing et al [22], um cálculo das freqüências alélicas desta população com base no genótipo dos pacientes apresentados mostraram que as freqüências alélicas calculadas ( C = 0,19 e T = 0,81) foram congruentes com que a partir de populações chinesas no HapMap (CHB: C = 0,18 e T = 0,82; CHD: C = 0,16 e T = 0,84) e a população Han chinesa que temos previamente genotipados (C = 0,17 e T = 0,83) como parte dos quatro populações adicionais utilizados para o controlo de genotipagem. Com base nos dados de hapmap e os nossos dados dos quatro populações adicionais genotipados (dados não mostrados), a frequência alélica para o alelo de risco (T) de rs4779584 foi mais elevada nos chineses de Han, seguido por Africano-americana e, por último Europeia-americana . Para rs10795668, HR para a sobrevida global em nosso estudo e que por Tenesa et al [21] foram 0,82 (IC = 0,37-1,83) e 0,98 (IC = 0,90-1,08), respectivamente. Esta divergência de resultados do estudo ao de Xing et al provavelmente está atribuída a diferenças metodológicas entre os estudos e não devido a diferenças nas freqüências alélicas como o estudo por Xing et al [22] avaliaram recorrência CRC Embora nosso estudo e que por Tenesa et al [ ,,,0],21] avaliaram a sobrevida global ea mortalidade geral, respectivamente.

Esta inconsistência nos resultados entre os estudos relatados não é surpreendente como os mecanismos pelos quais essas variantes alteram o risco de CRC não é totalmente compreendida e ainda não está claro como eles podem a progressão do tumor influência e sobrevida do paciente. Actualmente, os potenciais efeitos funcionais destas SNPs foram mais amplamente investigados para as variantes no locus do gene 8 Q24. Desde esse locus não é conhecido por codificar para qualquer gene, foi concebido deste modo que as variantes encontradas aqui pode tanto estar compreendida entre promotores ou elementos intensificadores que podem afectar a transcrição de genes fora neste locus [10]. No entanto, em um estudo usando o navegador UCSC e VISTA Enhancer banco de dados, rs7013278 e rs7014346, que mostrou significância marginal em nosso estudo anterior à correção de Bonferroni, não foram encontrados em segmentos contendo potenciadores putativos ou em regiões previstas do potencial de regulamentação [25]. Por outro lado, rs6983267 foi encontrado a estar dentro de um elemento potenciador putativo que se liga TCF4, um factor de transcrição que interage com SS-catenina para activar a transcrição de genes alvo Wnt, que são activadas na maioria dos CRCs [26], [27] . Além disso, tem sido relatado que rs6983267 tem uma interacção física de longo alcance, com uma região promotora de MYC em linhas celulares de cancro colorrectal [26], [28]. Apesar disso, não houve associação entre o alelo de risco de níveis de expressão MYC rs6983267 e foi encontrado em tecidos normais e cancerosos do cólon [17], [26], [27]. Portanto, a consequência funcional do rs6983267 permanece incerto.

Para rs10795668 em 10 p14, rs3802842, às 11 q23 e rs 4.779.584 em 15 Q13, uma busca sistemática por Niittymaki e seus colegas não conseguiram demonstrar qualquer associação desses SNPs com previsto ou elementos reguladores potenciador [29]. Outras investigações usando amostras de tumor mais uma vez mostrou uma falta de desequilíbrio alélico entre o alelo de risco desses SNPs com CRC, o que levou os autores a concluir que estas variantes de risco foram improvável somaticamente selecionado para a progressão neoplásica [29]. Enquanto os efeitos funcionais destas SNPs susceptibilidade permanecem ainda ser validada, os resultados destes estudos funcionais para suporte data nossa descoberta de que a maioria das variantes de CRC de baixa penetrância estão envolvidos na iniciação ao invés de progressão da CRC.

a força deste estudo é que os pacientes foram aleatoriamente a partir de 33 áreas do condado em NC Central e oriental. Essas regiões incluem áreas urbanas e rurais e, como tal, os temas são diversos no que diz respeito à raça e situação socioeconômica. Eles são, portanto, mais representativo de uma verdadeira amostra da população CRC em comparação com outros estudos que incluem apenas pacientes de algumas instituições e, portanto, têm populações altamente selecionado.

No entanto, existem algumas limitações em nosso estudo. Em primeiro lugar, os tamanhos de amostra limitada de certas fases impediu uma análise de subgrupo mais detalhada. Em tal, é possível que as associações restritas a pacientes de certas fases pode ter sido perdida. Em segundo lugar, o período médio de acompanhamento de 3,5 anos pode ser muito curto, especialmente para pacientes com estágios I e II da doença. Isto pode ter por sua vez, resultou numa menor taxa de eventos quando os dados a partir de todas as quatro fases de pacientes foram analisados ​​em conjunto e, por conseguinte, levado para a associação observada marginal. Em terceiro lugar, informações sobre a doença de dados sobrevida livre que pode ser uma medida melhor prognóstico em relação a sobrevida global não está disponível em nosso estudo. Em quarto lugar, enquanto nós fizemos um esforço rigoroso para levar em consideração importantes variáveis ​​clínicas, tais como idade, sexo, etnia, estágio da doença, local do tumor e do tipo de tratamento que podem influenciar a sobrevivência CRC em nossa análise dos dados, no entanto, não ter informações sobre o estado de reparo incompatível dos pacientes. Isto pode ter levado a combinação de diferentes tipos de CRC no mesmo grupo para análise, pressionando, desse modo as estimativas de risco obtidos. Por último, o tamanho da amostra deste estudo é moderado. Isso pode torná-lo underpowered para detectar a associação das variantes genéticas com os resultados de sobrevivência para dois SNPs (rs719725 e rs10318) devido a baixas frequências de alelos em nossa população ou para SNPs com pequenos efeitos sobre a sobrevivência. Assim, para rs719725 e rs10318, os resultados para estes SNPs devem ser interpretados com cautela. No entanto, os resultados deste estudo irá aumentar os resultados de estudos anteriores, permitindo uma futura meta-análise que pode melhorar ainda mais a nossa compreensão dos efeitos dessas variantes raras na progressão CRC.

Em conclusão, não observamos associação entre 11 CRC susceptibilidade variantes às 6 CRC loci risco com a evolução da doença em nossa população de estudo, sugerindo pouca influência desses SNPs na progressão CRC.

Informações de Apoio

Tabela S1.

cromossômica loci de baixa penetrância SNPs CRC susceptibilidade testados, o seu alelo de risco susceptibilidade e TaqMan® SNP identificadores ensaio de genotipagem.

doi: 10.1371 /journal.pone.0041954.s001

(DOCX)

Tabela S2.

Distribuição das características clinicopatológicas dos pacientes de acordo com genótipos para SNP individual.

doi: 10.1371 /journal.pone.0041954.s002

(DOCX)

Reconhecimentos

Os autores gostariam de agradecer ao Sr. Kevin Longo por sua assistência técnica em relação a este manuscrito.