Abstract

HPV raramente persiste e progride para o câncer cervical. Foram examinados factores genéticos do hospedeiro a hipótese de desempenhar um papel na determinação de qual subconjunto de indivíduos infectados com o vírus do papiloma humano (HPV) têm infecção persistente e continuar a desenvolver cervical pré-câncer /cancro, em comparação com a maioria dos indivíduos infectados que irá limpar a infecção.

Foram avaliados 7140 tag polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) de 305 genes candidatos a hipótese de estar envolvido no reparo do DNA, infecção viral e entrada de célula em 416 neoplasia intra-epitelial cervical 3 (CIN3) /casos de câncer, 356 HPV mulheres persistentes (mediana : 25 meses), e 425 controles aleatórios (RC) do 10,049 mulheres estudo Guanacaste Costa Rica História Natural. Foi utilizada a regressão logística para calcular odds ratio e p-tendência para CIN3 /câncer e persistência do HPV em relação aos genótipos e haplótipos SNP (ajustado por idade). Obtivemos via e-level gene resumo das associações calculando a combinação adaptativa de p-valores. Genes /regiões estatisticamente significativamente associada com CIN3 /câncer incluiu a infecção e a entrada do vírus genes 2 ‘, 5’ gene sintetase oligoadenilato 3 (

OAS3

), sulfatase 1 (

SULF1

) e interferon gama (

IFNG); Os genes de reparação do ADN trifosfato de desoxiuridina (

DUT

), supressor de dosagem de mck 1 homólogo (

DMC1

) e fator de transcrição geral IIH, polipeptídeo 3 (

GTF2H4

); e

EVER1

e

EVER2

genes (p 0,01). A partir de cada região, os únicos SNPs mais significativos associados à CIN3 /câncer foram

OAS3

rs12302655,

SULF1

rs4737999,

IFNG

rs11177074,

DUT

rs3784621 ,

DMC1

rs5757133,

GTF2H4

rs2894054,

EVER1 /EVER2

rs9893818 (p-trends≤0.001). SNPs para

OAS3

,

SULF1

,

DUT

, e

GTF2H4

foram associados com a persistência do HPV enquanto

IFNG Comprar e

EVER1 /EVER2

SNPs foram associados com a progressão para CIN3 /câncer. Notamos que as associações observadas foram menos do que duas vezes. Identificamos reparo do DNA variações e genes entrada de ligação e de células virais associados com CIN3 /câncer. Nossos resultados requerem replicação, mas sugerem que diferentes genes podem ser responsáveis ​​pela modulação de risco nas duas etapas críticas de transição importantes para a carcinogênese cervical:. Progressão persistência e HPV doença

Citation: Wang SS, Gonzalez P, Yu K, Porras C, Li Q, Safaeian M, et al. (2010) comuns variantes genéticas e de risco para HPV Persistência e progressão para o câncer do colo do útero. PLoS ONE 5 (1): e8667. doi: 10.1371 /journal.pone.0008667

editor: Syed A. Aziz, Health Canada, Canadá |

Recebido: 01 de dezembro de 2009; Aceite: 18 de dezembro de 2009; Publicação: 13 de janeiro de 2010

Direitos de autor: © 2010 Wang et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Este trabalho foi apoiado pelo Instituto Nacional do Câncer Programa Intramural e Institutos Nacionais de Saúde (contratos CO-12400, CP-21081, e CP-31061; conceder CA-78527 para RDB); os Institutos Nacionais de Saúde Escritório de Pesquisa em Saúde (ORWH) das mulheres; Costa Rica Fundação para a Formação em Ciências da Saúde; Caja Costarricense de Seguro Social (Costa Rica). Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

a infecção persistente com um de cerca de 15 tipos de vírus do papiloma humano (HPV) é necessário para o desenvolvimento de cancro cervical e do seu precursor imediato, cervical neoplasia intra-epitelial de grau 3 (CIN3). No entanto, a infecção pelo HPV não é uma causa suficiente de cancro /CIN3 e HPV cofactores cervicais foram identificadas, incluindo a utilização de contraceptivos orais e tabagismo [1]. estudos de agregação familiar e avaliação das variações genéticas herdadas sugerem ainda que fatores genéticos também podem contribuir para a patogênese do câncer cervical [2]. Um número de estudos têm avaliado e implicado um papel para os antigénios de leucócitos humanos (

HLA

) [3], [4]. Nós relatado anteriormente a associação entre variantes comuns em genes que influenciam a danos no DNA, nomeadamente,

FANCA

, associada com a persistência do HPV e progressão para CIN3 /câncer. Nós também relataram uma variante no gene imunidade inata

IRF3

associada a persistência do HPV [5]. Aqui, nós expandir nossa avaliação de variações genéticas de acolhimento no reparo do DNA, genes de infecção e de entrada de células virais e risco para a persistência do HPV e cervical pré-câncer /cancro.

Foram avaliados dados sobre polimorfismos de nucleotídeo único 7.140 candidatos (SNP) em 305 candidatos genes /regiões (161 infecção viral e entrada de célula e 144 genes de reparo do DNA). Todos os genes conhecidos de reparo do DNA foram incluídos [6] e genes de infecção e de entrada de células virais foram selecionados com base em evidências biológicas de associação hipotética com câncer cervical, o HPV, ou outras infecções. Todos os genes e suas variantes selecionados foram avaliados para o risco de persistência do HPV e progressão para CIN3 /o cancro no Guanacaste coorte de base populacional em Costa Rica (genes e SNPs são anotados na Tabela S1). Um aspecto único do nosso esforço é a capacidade de avaliar separadamente os factores genéticos associados com os dois estados de transição conhecidos e críticos na história natural do câncer do colo do útero -. (I) a persistência viral e (ii) a progressão de pré-câncer /câncer

Resultados

caminho-Baseadas Associações

Nós achamos a via de reparo de DNA como um todo estatisticamente significativamente associada com CIN3 /câncer (p = 0,0197) e com a persistência do HPV (p = 0,0472 ) mas não progressão (p = 0,7451) (Tabela 1). Estas associações apareceu impulsionado por genes envolvidos na nucleases edição /processamento, modulação dos grupos de nucleótidos e de reparação por excisão de nucleotídeos. A família de genes da anemia de Fanconi também foi significativamente associada com a persistência do HPV (p = 0,0326).

Gene /Região-Baseadas Associações

A Tabela 2 mostra os resultados para 9 genes /regiões associadas com CIN3 /cancro, em comparação com os controlos aleatórios em p 0,01, ordenados pela sua significância estatística. Seis dos genes foram consideradas notáveis ​​com um ≤0.2 FDR, incluindo os genes de reparo do DNA –

GTF2H4

,

DUT

, e

DMC1 – Comprar e à infecção viral e celular genes relacionados entrada –

OAS3, SULF1

, e

IFNG

. A associação de

GTF2H4

e

SULF1

também foram associados com a persistência do HPV (p = 0,005). Três regiões foram estatisticamente significativamente associada com a progressão para CIN3 /câncer em p 0,05:

TMC6 (EVER1), TMC8 (EVER2)

, e

FLJ35220

. Todos os resultados baseadas em genes são apresentados na Tabela S2.

Associações SNP-Based

De acordo com nossas análises gene /baseada em região, encontramos evidência de um risco alterado (aproximadamente 2 fold) para CIN3 /câncer por um ou mais SNPs em oito dos nove genes /regiões com p tendência ≤0.001 (Tabela 3, SNPs em ordem alfabética pelo nome do gene). Dos quatro genes associados com a persistência do HPV, SNPs em

DUT

(rs3784621),

GTF2H4

(rs2894054, rs6926723),

OAS3

(rs12302655), e

SULF1

(rs4737999, rs4284050, rs10108002) tiveram significativa p-tendência 0,05. Dos genes /regiões associadas com a progressão para CIN3 /câncer, SNPs em

IFNG

(rs11177074) e entre

EVER2 /TMC8

e

EVER1 /TMC6

(rs9893818) foram estatisticamente significativa a p 0,05. Odds ratio e intervalos de confiança de 95% para estes SNPs são mostrados na Tabela S3 (todos os dados para todos os SNPs são mostrados na Tabela S4). Notamos que outros SNPs associados com CIN3 /câncer incluídos aqueles no

OAS1

,

OAS2

, e

POLN

genes (Tabela 3). Quanto a

OAS3

, as associações com

OAS1

e

OAS2

foram significativos para a persistência do HPV enquanto

POLN

foi associada com a progressão da doença.

Associações haplótipos

os resultados das análises baseadas em haplótipos (definidos por blocos de desequilíbrio de ligação) foram geralmente consistentes com as descobertas de genes /região e baseados no SNP. Haplótipos estatisticamente significativamente associada com CIN3 /câncer incluídos SNPs implicados na análise baseada em SNP (como mostra a Tabela S5 para

DUT

,

GTF2H4

e

blocos SULF1

Onde haplótipos poderia ser construído). Não há novas regiões de interesse foram identificadas na análise de haplótipos utilizando a abordagem de janela deslizante de 3 SNPs (dados não mostrados).

Discussão

Neste estudo de base populacional, encontramos nove genes /regiões associado com CIN3 /câncer, 6 dos quais permaneceu significativa em um FDR≤0.2 – três genes de reparo do DNA (

GTF2H4

,

DUT

, e

DMC1

) e três viral infecção e celulares relacionadas entrada genes (

OAS3, SULF1

, e

IFNG

). Um aspecto único do nosso estudo é a capacidade de avaliar separadamente associações com as duas etapas de transição importantes da história natural do câncer do colo do útero – persistência viral e evolução para pré-câncer /cancro. Das regiões /genes encontrados para ser importante, a associação foi principalmente com a persistência do HPV para

GTF2H4

e

SULF1

.

IFNG

e os Epidermodisplasia verruciforme (EV) genes -associated (

TMC6-EVER1 e

TMC8-EVER2) foram associados principalmente com a progressão para CIN3 /câncer. Todos os genes principais derivados dos /as análises genéticas região-e baseados em SNP são anotadas e brevemente descrito na Tabela 4.

Resultados para nossas análises baseadas em via de reparo de DNA foram consistentes com nosso indivíduo baseado no SNP resultados. Especificamente, verificou-se que os genes dentro de reparação por excisão de nucleotídeos (que inclui

GTF2H4

) e modulação dos grupos de nucleótidos (que inclui

DUT

) a ser associado com a persistência do HPV. A família de reparo do DNA da edição /processamento de nucleases foi associada com a progressão para CIN3 /câncer e apesar de vários genes foram estatisticamente significativos, nenhum foi notável pelo FDR 0.2. A associação entre a família da Anemia de Fanconi de genes com a persistência do HPV também é consistente com nossas análises anteriores, que relataram

FANCA

variantes associadas a persistência do HPV (5). Não houve relatos de polimorfismos em

GTF2H4

,

DUT

ou

DMC

com a persistência do HPV, câncer do colo do útero, ou qualquer outro câncer até à data. No entanto,

GTF2H4

está localizado no cromossomo 6p21.3 dentro do

região HLA

e é, portanto, digno de nota como um número de estudos investigaram

HLA

Classe II e I genes com câncer cervical e que alelos consistentemente identificados (por exemplo,

HLA Restaurant –

DRB

* 1301) associado ao câncer do colo do útero [4]. Se a associação observada entre

GTF2H4

variantes e persistência do HPV é devido à sua função biológica e da sua capacidade como um gene de reparo do DNA ou potencial desequilíbrio de ligação com

HLA

requer uma avaliação mais aprofundada.

As variantes em dois genes, sugerindo que desempenham um papel na HPV viral e vinculativa,

OAS3

e

SULF1

, também foram associados com a persistência do HPV em nossa população.

OAS3

desempenha um papel na resistência à infecção virai através da degradação de ARN e insuficiência de replicação viral virais e celulares. Especificamente, a família da OEA de genes (

OAS1, OAS2, OAS3

) é induzida por interferon. Quando OEA enzimaticamente activa está ligada a ARN viral, RNase L é activada, o que resulta na degradação do RNA viral [7]. Notavelmente,

OAS1

e

OAS2

SNPs também foram associados com a persistência do HPV em nossa população (Tabela 3).

SULF1

(sulfatase 1) está envolvido na sinalização celular e é um co-receptor para os factores de crescimento de ligação à heparina e citocinas. Sulfs potencialmente desempenhar um papel no mecanismo de feed-back celular onde eles editar a sulfatação de vários proteoglicanos de sulfato de heparina [8]. Isto é de particular interesse como proteoglicanos de sulfato de heparina são pensados ​​ser o factor de fixação primário para o HPV e o tratamento com heparina e sulfato de heparina inibiram a infecção de alguns tipos de HPV [9].

Três genes foram associados principalmente com a progressão para CIN3 /cancro, incluindo

IFNG

, uma citocina que desempenha um papel na imunidade inata contra infecções virais ou bacterianas. Além disso, induz a família de genes OEA o que leva à degradação do ARN viral. Nós também relatam uma associação entre genes no

EVER1 /TMC6

e

EVER2 /TMC8

e um SNP que se situa entre os dois genes com progressão para CIN3 /câncer. Mutações em qualquer um

EVER1

ou

EVER2

genes estão bem documentados na carcinoma da pele rara, epidermodisplasia verruciforme (EV), a qual é caracterizada por uma infecção com HPV5 [10]. Que polimorfismos comuns dentro

EVER1

e

EVER2

também estão associados à progressão para CIN3 /câncer pode potencialmente sugerem um papel maior, embora modesto, para a

EVER1

e

EVER2

genes na susceptibilidade HPV e subsequente risco para a doença.

Tal como descrito anteriormente [5], limitações do estudo podem incluir viés de sobrevivência potencial como os casos suplementares identificados no Guanacaste foram retrospectivamente apurado e DNA não foi obtida para casos falecidos. Outra limitação é a nossa incapacidade para avaliar o cancro do colo do útero invasivo em separado. Estudos futuros com maior número de casos será necessário para abordar se os genes específicos estão envolvidos na transição da in situ para doença invasiva. Embora nós alvo

a priori

genes e usou um FDR de 0,2 para determinar quais genes foram notáveis, não podemos excluir a possibilidade de falsos positivos (ou falsos negativos). Importante, porque a nossa população compreende os costarriquenhos e os genes foram identificados com base nas populações caucasianas e Yoruban onde estão disponíveis dados de HapMap, é plausível que a cobertura gene em nossa população da Costa Rica está incompleta. pontos fortes do estudo incluem o desenho de estudo de base populacional. Este projeto se aproxima de um projeto do caso-coorte já que a proporção de mulheres na coorte com CIN3 ou câncer é pequeno. Outra força estudo é a nossa capacidade de avaliar genes relevantes para a persistência do HPV e genes relevantes para a progressão da doença. Além disso, nosso estudo teve um acompanhamento rigoroso, o teste de HPV e revisão de patologia para definições de caso. A nossa abordagem tag-SNP também permitiu uma cobertura mais ampla de cada

a priori

investigação gene /região, em comparação com candidatos antes abordagens de genotipagem baseados em SNP. Nossa avaliação da via de reparação do ADN foi quase completa com base na literatura mais recente e permitiu análises baseadas via. No entanto, os nossos genes entrada de ligação e de células virais não eram passíveis de análises semelhantes. Nós reconhecemos que a nossa

a priori

abordagem amostrado um pequeno subconjunto de genes no genoma e, portanto, provavelmente perdeu outras associações importantes. Aumento do poder e replicação de nossos resultados são os esforços necessários e maiores em estudos de associação do genoma deve lançar luz adicional sobre genes e regiões de importância para o câncer cervical. Nosso estudo, no entanto, continua a ser o único projetado para delinear entre as associações com a persistência do HPV e progressão para CIN3 /câncer.

Em resumo, os nossos resultados requerem replicação, mas construir sobre o nosso relatório anterior de variantes genéticas potenciais hospedeiras relevantes para persistência do HPV e os elementos relevantes para a progressão para CIN3 /câncer. Se replicado, estudos adicionais para identificar o SNP (s) causal e determinar sua relevância biológica deve ser prosseguida. Os esforços futuros devem incluir ainda dissecção de persistência a longo prazo que provavelmente conduz a progressão em comparação com persistência a curto prazo que é menos susceptível de avançar para CIN3 /cancro. O papel do gene hospedeiro e metilação do HPV e o seu papel em genes causais deve também ser considerado. Esses dados são importantes para futuras pesquisas para avaliar a interação entre a genética virais e do hospedeiro na determinação do risco de persistência do HPV e de progressão para CIN3 /câncer.

Métodos

Estudo da População

O presente estudo foi aninhada dentro de um estudo de coorte de base populacional de mulheres em Guanacaste, Costa Rica. Os detalhes dos métodos de estudo de coorte [11], [12] e da sub-população selecionada para análises genéticas [5] foram relatados em outros lugares. Resumidamente, o estudo da história natural Guanacaste HPV é uma coorte de base populacional de 10,049 mulheres recrutadas durante um período de 18 meses em 1993-94 e seguidos por sete anos. . Para os participantes de coorte, células cervicais estavam disponíveis para testes de DNA do HPV, como descrito anteriormente [11], [12], e amostras do revestimento buffy estavam disponíveis para testes de polimorfismo do gene acolhimento

As mulheres selecionadas para o estudo genético incluiu: ( i) todas as mulheres da coorte histologicamente confirmado com CIN3 prevalente ou incidente ou câncer (n = 184); (Ii) todas as mulheres da coorte com evidências de persistência do HPV, definida como as mulheres positivas para o mesmo tipo de HPV em duas visitas consecutivas (n = 432) (mediana do tempo de persistência: 25 meses); e (iii) uma selecção aleatória de controlo a partir do grupo (n = 492) [5]. Conforme descrito anteriormente [5], que também incluiu 331 suplementares CIN3 e câncer casos de Guanacaste que não eram participantes do estudo da história natural, mas foram diagnosticados de forma independente com CIN3 ou câncer durante o mesmo período em que o nosso estudo da história natural foi conduzida. Notamos que esses casos suplementares eram ligeiramente mais velhos por causa da maior proporção de cancros em comparação com nossos casos de coorte em que houve uma maior proporção de CIN3. freqüências alélicas foram comparáveis ​​entre os nossos casos de coorte e suplementares, justificando a combinação dos dois grupos para análises genéticas (5).

Declaração de Ética

O estudo foi aprovado tanto pelo NCI EUA e Costa Rica institucionais Review Boards e todos os sujeitos assinaram o consentimento informado.

métodos laboratoriais

extração de DNA.

O DNA foi extraído a partir de crostas inflamatórias com kits de purificação PureGene /protocolo Autopure (Sistemas Gentra ) em SeraCare (Frederick, MD). Para os casos suplementares a extração do DNA foi feito na Universidade da Costa Rica, usando o mesmo kit /protocolo.

teste de HPV.

HPV teste de DNA com base em PCR

com L1 MY09 /MY11 consenso iniciador métodos [11], [13], [14] foi realizado em células cervicais armazenados em meios de transporte padrão (Qiagen, Germantown, MD) a partir de apenas o estudo da história natural. Como as células cervicais não foram obtidas a partir dos casos suplementares, os resultados de HPV não estão disponíveis para essas mulheres. Para fins de análise restrita ao HPV, os casos de pré-câncer suplementar /cancerosas são consideradas HPV-positivos devido ao estado actual dos conhecimentos que o HPV oncogênico é um fator de risco estabelecido e necessário para a cervical pré-câncer /cancro.

anfitrião genotipagem.

a genotipagem de SNPs tag de 305 genes candidatos /regiões (Genes e SNPs anotados na Tabela S1) a hipótese de estar envolvido em cervical progession cancro ou HPV persistência foi realizado no NCI Núcleo Genotipagem Facility (Advanced Technology Center, Gaithersburg , MD; https://snp500cancer.nci.nih.gov) [15] usando um ensaio iSelect Infinium design personalizado (Illumina, www.illumina.com). A Infinium incluiu um total de 27,904 tag SNPs, do qual nossos genes candidatos /regiões representados 7.765 SNPs. Tag SNPs para genes candidatos 305 foram escolhidos a partir do conjunto designable de SNPs comuns (freqüência do alelo menor (MAF) 5%) genotipados na Caucasiano (CEU) e Yoruban (YRI) amostra populacional do Projeto HapMap (Data Release 20 /Fase II, NCBI construir 36,1 montagem, dbSNPb126) usando o software Tagzilla (https://tagzilla.nci.nih.gov/), que implementa um algoritmo de codificação com base no método de criação de faixas aos pares de Carlson

et ai

. [16]. Porque não há nenhuma população da Costa Rica no Projeto HapMap para que pudéssemos selecionar SNPs, incluímos a marcação para o YRI além da população CEU para melhorar a nossa probabilidade de alcançar a cobertura gene em nossa população. Para cada gene alvo original, SNPs dentro da região que abrange kb 5 20 ‘do início da transcrição (exão 1) e 10 kb de 3’ do final do último exão foram agrupados utilizando um limiar criação de faixas de r

2 0,8 para definir um gene /região. Quando houve múltiplas transcrições disponíveis para genes, apenas o transcrito primário foi avaliada.

controle de qualidade (QC).

tag SNPs que falharam fabricação (ordenado, mas não converter), falha na validação ( sem amplificação ou agrupamento) e os ensaios que tinham menos de 80% ou 80% de conclusão concordância com as 90 amostras hapmap CEU usados ​​para a validação foram excluídos (n = 104). SNPs com baixa taxa de conclusão ( 90% de amostras) foram ainda excluída (N = 138). SNPs com discordância QC entre os nossos 100 duplicatas QC e entre amostras HapMap 98% foram excluídos (n = 383). Também foram excluídos amostras com uma taxa de conclusão de baixo ( 90%) (N = 7). Hardy-Weinberg foi avaliada entre os controles. SNPs mostrando evidência de desvio a partir de proporções Hardy-Weinberg (n = 49, p 0,0001) são indicados na Tabela S1. Embora nossos dados QC não sugeriu qualquer erro genotipagem óbvia e nós apresentar os seus resultados, notamos cautela na interpretação desses resultados selecionados. Dos 7.765 de SNPs priori, 7.140 SNPs foram incluídos na nossa análise presente.

população analítica final.

Foram avaliados um total de 416 mulheres diagnosticadas com CIN3 ou câncer, 356 mulheres com HPV persistente infecção, e 425 controles aleatórios para quem validado resultados de genotipagem foram obtidos.

Análise estatística

análises baseadas-região à via e gene /.

Obtivemos à via e gene /resumo baseado-região de associações usando a combinação de adaptação dos valores de p [17], [18], que combina provas de associação em nível de gene através da classificação truncado método do produto adaptável. Para ter em conta as comparações múltiplas, foi aplicado o método da taxa de descoberta de falsas (FDR) de Benjamini e Hochberg [19]. análises baseadas em via foram conduzidos com genes de reparo de DNA; eles não foram conduzidos com genes de infecção e de entrada de células virais como só selecionar genes foram alvo de avaliação e juntos não representam totalmente a via.

associações baseadas em SNP.

razões de chances calculadas ( OR) e intervalos de confiança de 95% (IC 95%) para cada genótipo em cada evolução da doença, usando o genótipo homozigoto de tipo selvagem (WT) como o grupo de referência. Em primeiro lugar, em comparação casos CIN3 /câncer para controlos aleatórios. Nós ainda avaliou se as associações estatisticamente significantes para CIN3 /câncer foram consistentes para a persistência do HPV e /ou progressão da doença com os seguintes respectivas comparações: persistentes (i) de HPV em comparação com controlos aleatórios e (ii) casos CIN3 /cancerosas em comparação com persistentes do HPV.

Realizamos tanto análises bruta e ajustada para a idade ( 30, 30-49, 50+ anos). Para cada resultado, foi calculado o

P

tendência com base na variável ordinal de três níveis (0, 1 e 2) de homozigoto WT, heterozigoto e homozigoto variante em um modelo de regressão logística. Para avaliar as associações com a persistência do HPV, que também realizou análises onde a persistência e controles de HPV eram restritos a qualquer infecção oncogênico-HPV (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68 ). Todos os modelos de regressão logística foram incondicional e conduzida usando SAS versão 9.1 (SAS Institute, Cary, NC).

análises de haplótipos.

Realizamos análises de haplótipos utilizando dois métodos. Primeiro, avaliamos o risco de câncer, progressão e persistência do HPV associado com haplótipos definidos por SNPs dentro de uma janela deslizante de três loci através de um gene (Stats Haplo, versão 1.2.1, haplo.score.slide, http: //mayoresearch.mayo .edu /mayo /investigação /schaid_lab /software.cfm) em todos os genes. Uma estatística escore global foi usada para resumir a evidência de associação da doença com os haplótipos para cada janela. Em segundo lugar, temos visualizado estruturas de haplótipos de genes em que p 0,01 para análise do gene /base-região usando Haploview, [20] com base em medidas de desequilíbrio de ligação em pares entre SNPs versão 3.11. Para blocos de desequilíbrio de ligação, obtivemos RUP e IC de 95% para os haplótipos subjacentes sob a hipótese de um modelo aditivo (haplo.glm, frequência mínima haplótipo 1%). Todas as análises de haplótipos foram ajustados para idade.

Reconhecimentos

Agradecemos Drs. Chris Buck e Dia Patricia por suas contribuições científicas em sugerindo genes candidatos para avaliação no que diz respeito à sua relevância na ligação HPV. Somos gratos a Sabrina Chen do Serviços de Gestão da Informação, Inc. (IMS) para a gestão de dados e suporte de programação. Somos gratos a Amy Hutchinson e Belynda Hicks para a sua gestão desse esforço genotipagem no Centro de NCI Núcleo Genotipagem e por suas contribuições científicas para nossos esforços de pesquisa. Os resultados foram apresentados em parte na posição 25

th Conferência Internacional Papilomavírus, Malmo, Suécia, Maio de 2009.

Informações de Apoio

Tabela S1.

doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s001

(0,83 MB XLS)

Tabela S2.

doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s002

(0,61 MB DOC)

Tabela S3.

doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s003

(0,11 MB DOC)

Tabela S4.

doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s004

(5.99 MB XLS)

Tabela S5.

doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s005

(0.09 MB DOC)