Abstract

O

metiltransferase-DNA 6-metilguanina (MGMT) é uma das principais proteínas de reparo do DNA que neutraliza a danos no DNA induzidos por agentes alkalyting substituindo o

6-metilguanina (lesão mutagênico) de volta para guanina, eventualmente, suprimir os erros de incompatibilidade e ligações cruzadas fita dupla. exônico alterações na forma de polimorfismo de nucleótidos podem resultar na estrutura de proteína alterada que por sua vez pode conduzir à perda da função. No presente estudo, enfocamos a população temia pela alta exposição a agentes alquilantes, devido aos seus hábitos típicos e especializados alimentares. Para este fim, os pacientes com cancro gástrico reunidas para fora a partir da população foram seleccionadas para o rastreio de mutações de um erro região propensa específico do gene MGMT. Nós descobrimos que quase 40% das amostras neoplásicas estudadas abrigava mutação missense no códon

151 resultando em Serina à variação isoleucina. Esta variação resultou na realização da desordem estrutural, subsequentemente que se seguiu a uma grande variação estequiométrica no domínio de reconhecimento, de ligação do substrato e circuito de selectividade do local activo da proteína MGMT, tal como observadas ao microscópio virtual de simulação de dinâmica molecular (MDS). A visão atômica em proteína MGMT pela abordagem computacional mostrou uma mudança significativa no padrão de ligação de hidrogênio molecular intra, levando a anomalias estruturais observadas. Continuar a analisar as implicações de mutação em plugues reguladoras dos MGMT que contém a proteína em uma posição DNA vinculativo, uma análise baseada MDS foi realizado em diante, todos os aminoácidos fisicamente interagindo conhecidos essencialmente agrupados em grupos baseados em sua posição e função. Os resultados gerados por agrupamento físico-funcional da proteína indicaram que a mutação identificada na vizinhança do local activo da proteína MGMT provoca a desestabilização local e global de uma proteína por qualquer eliminando as pontes de sal de estabilização em conjunto C3, C4 e C5, ou por desestabilizar localmente a “estabilização Hing proteína” mapeado no conjunto C3-C4, que precede o local activo

citação:. Chikan nA, S Bukhari, Shabir N, Amin a, Shafi S, Qadri RA, et ai. (2015) Atomic Insight para o O

6-metilguanina-ADN metiltransferase Arquitetura proteína alterada no câncer gástrico. PLoS ONE 10 (5): e0127741. doi: 10.1371 /journal.pone.0127741

Editor do Academic: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, França |

Recebido: 16 de dezembro de 2014; Aceito: 19 de abril de 2015; Publicado em: 26 de maio de 2015

Direitos de autor: © 2015 Chikan et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Disponibilidade de dados: Todos os dados relevantes estão dentro do papel e seus arquivos de suporte de informação

financiamento:. a pesquisa foi financiada pela Universidade VIT bolsa de investigação associado e da agência de financiamento não teve nenhum papel no desenho do estudo, recolha e análise de dados, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

competir interesses:. os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

Embora em declínio, a doença de câncer gástrico, de acordo com GOLOBOCON 2012 é. ainda a terceira causa principal de mortes por cancro em todo o mundo [1, 2]. Na patogénese desta doença, várias alterações genéticas e moleculares ter lugar conduzindo à transformação maligna da mucosa gástrica [3]. Esta transformação é um processo em várias fases que envolve anormalidades em importantes funções celulares, tais como a reparação do ADN, a aderência, a transdução de sinal, diferenciação celular e outros [4,5]. Alquilantes como agentes cancerígenos N-nitrosodimetilamina, Metil nitrosoureia (NMU), N-metil-N’-nitro-N-nitroguanidina, etc. levar à formação de O

6-metilguanina, um aducto de ADN cuja presença dá origem a indução de mutações ( G: C-R: transição T) e resulta no desenvolvimento de cancro [6-10].

MGMT

é a enzima responsável pela reparação adutos O

6-metilguanina [11-13]. MGMT é uma enzima suicida que remove um grupo metilo da S

6-posição em guanina e transfere-a para a sua própria resíduo cistina no codão 145 na proteína, inactivando-se assim durante a reparação guanina [14]. Sob a exposição da NMU, ratos MGMT-defeituosos têm sido vistos a desenvolver câncer [15], enquanto que ratos transgénicos portadores de cópias extras do gene MGMT estrangeira eram menos propensas à doença [16] .O, polimorfismo genético desta enzima tem provou ser um fator de risco potencial para o câncer [17-22]. Este estudo centra-se, assim, na criação de perfil mutacional de erro região propensa da Exon 5 de MGMT que codifica para o sítio ativo da proteína, viz local activo rodeado por domínios responsáveis ​​pela agarrada DNA [13]. A população representativa de pacientes com câncer gástrico que foi selecionado para este estudo apresenta uma coorte original essencialmente sendo altamente expostos a agentes alquilantes alimentares [6, 23-28].

O uso de

Insilico

técnicas para compreender o efeito do polimorfismo na estrutura da proteína e da dinâmica tem sido na prática e uma infinidade de trabalho tem sido feito a este respeito [29-32]. Os assistidos por computador métodos de previsão usando previsão com base evolutiva e estrutura dá uma visão sobre a capacidade prejudicial do polimorfismo [33]. A dinâmica molecular pode ser usada para observar as mudanças conformacionais o polimorfismo pode infligir na proteína. Estas alterações conformacionais na estrutura tridimensional da proteína pode afectar as afinidades fisiológicas e várias interacções via bioquímica. Para examinar o efeito de mutação na evolutiva, bem como nível atómico, previsões Insilico utilizando diferentes servidores, bem como MDS do tipo selvagem (wt) e mutante proteína MGMT (mu) foi levada a cabo. Para trajetórias proteína MDS e análise de interação atômica, gromacs foram utilizadas ferramentas embutidas. análise de componentes principais (PCA) foi conduzido para estimar a flexibilidade de ambas as estruturas. paisagens de energia livre (FEL), do nativo e Mu MGMT foram também estudados para compreender o efeito da mutação.

Resultados e Discussão

O segmento de Exon 5 de gene MGMT, foi amplificado com sucesso de todas as amostras . Amplicons após sequenciamento revelou uma mutação no códon transversion 151AGC, as sequências dos quais foram submetidos a números de acesso GeneBank rolamento KM000795 e KM000796. O em ferramentas in silico para estudar o efeito prejudicial possível da mutação foram selecionados cuidadosamente, de modo cada fator é analisado e verificado por outra ferramenta que utiliza algoritmo diferente. Os detalhes dos servidores que são usados ​​no nosso estudo estão descritos na Tabela S1, onde há algoritmo, de trabalho e os critérios para a previsão é dada. servidor selecionado prevê a mutação para ser prejudicial. As trajetórias de simulação MDS para 30ns correr para a proteína em peso e mutante foram analisados ​​usando extensivamente gromacs ferramentas embutidas. Fig S1 mostra um nsSNP no codão 151, que leva a uma mutação sem sentido de Ser para Ile, de outro modo, na sua forma de tipo selvagem ajuda em interacções proteína-ADN [34-36]. Como mostrado na Figura 1, wtMGMT. (PDBID: 1T39) SER 151, além de fazer a interação eletrostática normal com timina também formou duas pontes de hidrogênio com ele através de azoto amida

Figura 2 mostra os instantâneos de ambos wt e estruturas Mu em intervalos de tempo diferentes, estipulando a sinopse do efeito da mutação na dinâmica estrutural do MGMT. De instantâneos, a estrutura Mu outro do que revelar expandido conformação, também formada conformação helicoidal no aminoácido número 87 a 90, que dá uma ideia de que a mutação não favorece a compacidade estrutural da proteína, que inturn leva à sua conformação comprometida e com aberração ter uma mudança estrutural considerável de que é crucial em causar a função da proteína extinta [37]. Depois da análise visual, ferramenta g_rms foi usada para calcular a RMSD para átomos de proteína, utilizando a estrutura de partida como uma referência. A estrutura mutante mostrou elevação abrupta na RMSD em cerca de 17 ns. Ao observar a anomalia ao nível da estrutura, verificou-se que o conteúdo helicoidal e laço da estrutura mutante variou (Fig 3A). O RMSD a partir da média ao longo do tempo é referido como RMSF, g_rmsf foi usada para calcular o desvio padrão atómica e na observação, a estrutura Mu apresentaram maior flexibilidade. O RMSF de ambas as estruturas mostraram uma ligeira alteração no resíduo 151, mas está variando consideravelmente em uma região de ansa de proteína de 27-53 (Fig 3B), que pode ser a resultante de uma longa faixa de variação interação terciária intermoleculares. Na ferramenta r_rmsf a opção-oq foi utilizada para converter o valor RMSF em valores Fator B e implícita los sobre a estrutura média (azul que representa o mais estável e vermelho mais flutuante). O fator B projecção comparativa (S2A Fig) sobre peso e Mu MGMT indica principalmente flutuações variações dentro da estrutura média, o que nos dá uma visão sobre a mudança no padrão flutuante entre as duas estruturas. O padrão de coloração é padrão que varia entre o azul para vermelho. Uma mudança significativa na variação observada na estrutura Mu além de que o layout média estrutura secundária (S2B Fig) difere consideravelmente que mais uma vez implica que o Mu pode ser desvantajosa para reparo do DNA.

Os instantâneos foram recuperados a cada intervalo de 5 ns ao longo da simulação de 30 ns.

(inserções a e B) mostra as estruturas em relação ao ponto de RMSD salto. resíduo RMSF (b) MGMT ao longo do MDS e a seta apontando para a região mostrando variação máxima. (C) O RMSD vs. unidades atômicas. Gráfico que mostra a curva de Mu altamente instável em vermelho.

Para analisar a forma da proteína em cada tempo determinado, g_ ferramenta gira foi utilizado, o qual calcula o raio de rotação de um grupo de átomos, ao longo do eixo dos xx -, Y e eixo Z, como uma função do tempo. Nossos resultados demonstram a grande desvio em raios de giro na estrutura Mu, passou depois de 17 ns executar (S3 Fig). Enquanto, como é conhecido que a estrutura MGMT não varia ao grande medida, quando comparado com estrutura de ADN ligado-MGMT, indicativo da estrutura ligada estável através da estreita associação dos resíduos de reconhecimento (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 e Gly132), e Ser93, Thr95, Gln115, Asn123 e Ser151, interagindo com a estrutura de fosfato de ADN [36], no entanto uma vez que o radi de giração foi registado para ser aumentada devido à mutação e portanto sugerindo a estrutura da proteína virado expandido presumivelmente desajeitada desloca o dedo Arginina (intrahelical posicionado Arg128) da sua posição, que é responsável por promover a inversão de nucleotídeo no sítio ativo MGMT, portanto, poderia prejudicar a diligência necessária para a remoção o

6-metilguanina aduto de DNA

Além disso, como sabemos que cada aminoácido tem a sua própria hidrofobia de valor, do tipo selvagem original é resíduo e do resíduo mutante recentemente introduzido diferem neste imóvel. Para avaliar isto, utilizou-se g_sas ferramenta que calcula SASA hidrofóbico, hidrofilico e o total de proteína ao longo do tempo. A estrutura mutante tem uma maior SASA que se correlaciona com a nossa conclusão anterior do aumento Rg na estrutura mutante (S4 Fig). Para verificar o efeito do Mu na estrutura MGMT atracado com DNA PDB ID: 1T39 [38], usamos Descoberta estúdio para colorir e calcular a hidrofobicidade de acordo com a escala de Kyte-Dolittle (S5 Fig). A hidrofobicidade em peso e cinco resíduo execução hidrofobicidade média foram -0,8 e 0,94, respectivamente, enquanto os valores correspondentes para Mu resíduo foram consideravelmente mais elevados em 4,5 e 2, mostrando assim que o resíduo Mu é mais hidrofóbico do que o resíduo em peso. O desvio indexada nos valores de hidrof obicidade da proteína mutante em relação à proteína em peso poderia afectar profundamente a stiochiochemistry de formação de ligação de hidrogénio entre a enzima e o DNA, como é evidente a partir da figura S5. Subsequentemente, o encaixe da enzima ADN-desfavorável pode conduzir a não responsividade da enzima no que diz respeito à sua funcionalidade cooperativa.

Para promover a compreensão da mutação na dinâmica das proteínas, dividiu-se os aminoácidos importantes envolvidos na interacção física com DNA e Mg

+ ion em clusters (Figura 4), dependendo de sua posição e contribuições em encaixe DNA, lançando base e reparação do ADN [36]. Cluster1 continha cinco aminoácidos envolvendo em viz DNA de encaixe. SER93, PHE94, THR95, ASN123 e LYS125. Cluster 2 continha um único aminoácido ARG 135 também envolvido no encaixe DNA. Cluster 3 continha três aminoácidos TYR114, GLN115 e SER151 onde TYR 114 está envolvido na inversão de base necessária para o reparo do DNA e os outros dois têm papéis na ancoragem DNA. Cluster 4, além de conter cluster de 3 aminoácidos, continha CYS145 que é um sítio ativo da MGMT, responsável pela reparação do ADN. Cluster 5 consistem três aminoácidos (CYS24, HIS29 e HIS85) todos os que interagem com Mg

+ ion. ferramenta g_rama foi usada para gerar diferentes diedros phi /PSI de agrupamentos seleccionados e foi usada para calcular os ângulos como uma função do tempo. Seu gráfico de contorno foi gerado usando mínimos energia para compreender a sua respectiva mobilidade (S6 Fig). Todos os grupos selecionados foram afetados pela mutação de SER151 para ILE151. Para entender o efeito, em especial sobre o cluster 3 e 4, o PSI /distribuições phi relativos aos mínimos de energia rotulados foram plotados (Fig 5). A diferença na região do pico de mínimos de energia pode ser observado nos clusters WT e Mu correspondentes, dando impressão distinta de uma possível imparidade no reparo do DNA.

Para uma compreensão mais profunda da variação estrutural observado até agora, nós olhamos para intra formação da ligação de hidrogénio dos grupos selecionados usando g_hband ferramenta, cujos resultados foram mostrados na figura 6. Todos os clusters selecionados para esta análise mostram a diminuição do número médio de ligações de hidrogênio por quadro na estrutura mutante esperar Cluster 1. o aumento do número de ligações de hidrogênio média por quadro em Cluster 1 é magra em comparação com as variações que observamos. A diminuição total na formação da média ligação de hidrogênio por quadro está em co-relação com o aumento da RMSF e Rg na estrutura mutante. O resultado gerado por esta análise é conclusiva que implica a anomalia observada até agora com a mudança no padrão de ligação de hidrogênio intra.

Para entender o efeito desta mutação em movimentos correlacionados globais em simulações atômicas, PCA, um matemático técnica que é eficiente em caracterizar as características gerais dobráveis ​​e não-dobráveis ​​de proteína, foi usado. A técnica identifica movimentos dominantes na proteína através da extracção de modos principais envolvidos no movimento envolvido na molécula. Os componentes principais do movimento de proteína foram calculados como os vectores próprios (EV) da massa da matriz covariância ponderado de átomos de proteínas. O cálculo destes valores foi realizada utilizando dinâmica essenciais método (ED) de acordo com protocolo padrão [39] disponível no pacote de software GROMACS. Dois dos primeiros oito EV que representam a mais que 85% de movimento do sistema global foram seleccionados para análise, a projecção ao longo do tempo e a flutuação RMSF dos quais está representado na Figura 7. Tanto o EV foram combinados em uma única trajectória; a combinação produziu um conjunto comum de vectores próprios de Componentes Principais (PC) para peso e Mu MGMT, fazendo uma comparação directa possível entre os diferentes sistemas. As trajetórias foram obtidos utilizando g-covar e g-anaeig de utilitários gromacs. Na figura 8 (A), as projecções, PC 1 x PC 2, de ambas as estruturas são projectadas (preto vermelho em peso MU /), o aglomerado obtido a partir da estrutura em peso é estável, enquanto que a projecção do primeiro mutante de duas PC abrange um grande área. Para analisar ainda mais as projecções de PC, as suas superfícies de energia livre foram representados graficamente (Figura 8B), o que revelou que a estabilidade de peso através da execução é uniforme ao longo do tempo em comparação com Mu com base nas bacias minima de energia formados por ambos. As estruturas com energia mínima foram recuperados do scape da terra energia livre em diferentes pontos do tempo. As estruturas do lado direito de cada projecção na Figura 8 (C) de PC são desde o início de simulação para a esquerda a partir da extremidade próxima da simulação. Esta análise foi crucial para elucidar a paisagem de energia livre comprometida da estrutura de Mu, uma observação que além de corroborar com os nossos resultados anteriores, foi conclusivamente implicou uma mudança conformacional drástica na estrutura de Mu.

Black e cor verde representa em peso e Mu respectivamente (b) RMSF de todos os átomos dos dois vetores.

(b) FEL de ambos os movimentos gerados separadamente. (C) separar duas representações tridimensionais de PCA de ambos MGMT em peso e Mu com a inserção de três estruturas mais estáveis ​​no ponto de tempo diferente.

Conclusão

Incongruities de reparo de DNA e etiologia do cancro são sinónimos de uma forma que é a ocorrência da mutação que tem sido largamente aceite como a base de cancro. Uma mutação em uma proteína de reparo do DNA que poderiam prejudicar o seu funcionamento (S7 Fig) pode criar um ambiente pretumorigenic e pode ajudar na progressão do cancro em qualquer fase. MGMT sendo um dos importantes proteínas de reparo do DNA tem um papel essencial na manutenção da estabilidade genômica, removendo S

adutos 6Methyleguanine. Assim, um polimorfismo genético significativo nesta proteína terá um efeito sobre o desenvolvimento do cancro e a sua progressão. Como nenhum dos estudos até a data tem relatado análise mutacional de MGMT usando MDS, ele levou-nos principalmente para estudar a possibilidade de MGMT ser mutado em uma população classificada onde o consumo de alimentos que contêm níveis mais elevados de compostos N-nitrosos é comum e gástrica câncer é predominante.

o uso de dinâmica molecular para estudar o efeito da nova mutação no códon

151 nos deu uma visão sobre a arquitetura de ambos as estruturas em nível atômico ao longo de um prazo de período de 30 ns . O efeito da mutação não é apenas limitada à sua proximidade, mas também impingida estrutura geral, incluindo elementos secundários em diferentes locais da proteína. As transições estruturais observadas em elementos secundários, promove o colapso da arquitectura estrutural da proteína MU MGMT. O FEL obtidos pela análise quasiharmonic (PCA) também concluiu que a mutação afeta consideravelmente a estabilidade do MGMT ao longo do tempo, um fator que pode dificultar a forma estequiométrica normal do reparo do DNA por MGMT.

A mutação explorado no exão 5 parece estar associado com a mutação condutor, que parece afectar a interacção ADN /proteína, um factor importante que pode afectar de ancoragem ADN, inversão de base e, finalmente, reparar mecanismo, que se prejudicada, também pode resultar em grande aumento genoma em o

6 adutos guanina metil levando a aumento da instabilidade genômica.

Materiais e Métodos

declaração ética

os protocolos /experimentos envolvendo o uso de amostras humanas foram devidamente examinados e aprovados pela Universidade Comissão de Ética humana (UHEC), Universidade VIT, Vellore (UHEC-VIT /2011).

pacientes e coleta de tecido

Um total de 30 pacientes diagnosticados com carcinoma gástrico admitido Sheri-Kashmir Institute de Ciências Médicas (espumas), Srinagar foram considerados para o estudo. Pacientes submetidos a cirurgia como tratamento primário em diferentes estágios da doença foram recrutados para o estudo, com o seu consentimento. As características dos pacientes estudados estão listadas na Tabela S2.

amostras tumorais 5mm

3 foram excisadas a partir de amostras cirurgicamente ressecados dentro da massa tumoral, excluindo a margem. amostras não neoplásicas adjacentes de dimensão semelhante foram retiradas da margem de ressecção, cerca de 10 milímetros a partir da borda tumoral macroscópica e posteriormente confirmado como benigna pela histopatologia de rotina em DESNATA. Um total de 30 amostras de tumor e de tecido normal de 30 foram recolhidas e armazenadas a -80

° C até à análise.

extracção de ADN e Reacção em cadeia da polimerase

O DNA foi extraído a partir de 2 milímetros

3 amostras de tecido utilizando o kit de extração de DNA (Hi Pura mamíferos Genomic DNA Isolation kit-HiMedia). A concentração e a qualidade de ADN foi medida por análise de spectrophotometeric rotina. A amplificação do Exão 5 regiões do exão MGMT, foi levada a cabo em minicycler gradiente (Eppendorf) numa mistura reaccional de 25 ul contendo 1 ul (400 ng /ul) de DNA genómico, DNA polimerase {1x tampão de PCR (200 mM Tris-HCl, 200 mM de KCl, 50 mM, (NH4) 2 SO4) fornecido com 25 mM de MgCl2, Fermentas}, água livre de nuclease e 1 ul de frente (5′-GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3 ‘) e reverso (5′-AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3’) cada iniciadores. A temperatura de recozimento foi optimizada a 65,5 ° C. Para facilitar a análise de Reacção em Cadeia da Polimerase produto (PCR) para a mutação, sequenciação por PCR do produto foi realizada.

SNP Previsão de dano.

A previsão de dano do polymorphisim foi levada a cabo usando SIFT [40] , Polyphen-2 [41], PhD-SNP [42], MutPred [43], SNAP [44], os SNPs Ir [45] e Popmusic [46].

dinâmica molecular simulação

Estudos MDS foram realizadas por Gromacs 4.5.3 pacote [47]. Para MGMT em peso, a estrutura APO 1QNT [48] foi usado como uma estrutura de partida para o MDS. Accelrys Descoberta Estúdio [49] foi usado para fazer a mutação de ponto único na estrutura de tipo selvagem. Ambos, em peso e Mu MGMT foram aplicados com GROMOS96 43a1 campo de força e, em seguida, colocado em um modelo de um banho de água pré-equilibrado e contra-iões foram adicionados para alcançar uma caixa neutra usando a ferramenta “Genion” que vem juntamente com o pacote de gromacs. moléculas de solvente foram contidos para a posição original com um constrangimento força de 100 kcal /mol para 5000 passos antes de ser submetido a minimização de energia para 5000 iteração. Para a regulação da temperatura no interior da caixa, foi usado Berendsen método de acoplamento da temperatura [50]. interacções electrostáticas, foram calculados usando o método de partículas de malha Ewald [51]. o estado de resíduos, a pressão e outros parâmetros ionizante foram definidos na gama padrão. lista de pares não-aderente foi atualizada após cada 10 passos e conformações foram armazenados a cada 2 segundos pico (PS). Posição simulação de contenção de 500 ps foi implementado para permitir que moléculas de solvente de entrar na região da cavidade da estrutura. Finalmente, o sistema foi submetido a SMD durante 30 segundos nano (NS). Desvio quadrático médio (RMSD), Root Mean Square Flutuação (RMSF), área superficial acessível ao solvente (SASA), Raio de giro (Rg) e PCA foram realizados usando ferramentas gromacs embutido. g_hbond foi usada para calcular o número de ligações de hidrogénio distintos formados por resíduos específicos para outros aminoácidos dentro da proteína durante simulações (NH ligação). g_sham foi amplamente utilizado para obter paisagem energia livre. Os gráficos foram traçados usando Graça GUI Toolkit 5.1.22 versão enquanto paisagens como energia livre foram plotados usando gnuplot 4.6.0 versão. Todos os efeitos visuais foram realizados utilizando PyMOL, Ligplus, VMD [52] e os gráficos foram traçados usando benevolência Programa [53] e GNUPlot. Trajetórias foram analisados ​​utilizando a ferramenta embutido na distribuição GROMACS.

Informações de Apoio

S1 Fig. a) Um cromatograma representativo de MGMT exão 5 mostrando o único par de bases, L . T na posição 151, tal como indicado por uma seta no cromatograma neoplásica

b) Alinhamento da sequência de exão 5 que foi amplificado a partir neoplásicas e não-neoplásicas tecidos (ao lado normal) com o de tipo selvagem (Referência de seqüência adquiridos de NCBI) foi traduzido eo SNP mapeada foi mostrado para mudar de Serina em isoleucina

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S2 Fig. (A) estruturas terciárias Média colorido de acordo com valores Bfactor (b) Média representação estrutura secundária de ambas as estruturas

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S3 Fig. (A) raios de giro de MGMT em peso e Mu apresentados separadamente.

(b) Rg de todos os átomos de peso e Mu MGMT em função do tempo a 300K.

Peso é represted por Black e Mu por Green.

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S4 Fig. Área solvente Accessible Superfície do peso (preto) e Mu MGMT (verde) ao longo do tempo a 300K

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S5 Fig. Variação de cor (superfície de proteínas de acordo com a escala de Kyte-Doolittle) na região de mutação e a representação gráfica da variação na escala de Kyte-Doolittle no único aminoácido e cinco hidrofobia média de corrida de ambos em peso e Mu MGMT

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S6 Fig. Tempo dependente enredo Ramachandran Contorno de todos os clusters selecionados ao longo do tempo, cada linha mostrando a transição de 1.

doi: 10.1371 /journal.pone.0127741.s006

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S7 Fig. Representação pictórica de GC: AT Transição MGMT prejudicada

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S1 Table. Previsão polimorfismo usando servidores diferentes

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S2 Table. Características dos sujeitos do estudo

doi: 10.1371. /Journal.pone.0127741.s009

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Reconhecimentos

Os autores gostariam de agradecer Dr. Daniele Granata por sua entradas amáveis ​​sobre paisagens de energia livre.