Abstract
Fundo
O NCI-60 é um painel de 60 diferentes linhas celulares de cancro humanos usados pelo National Cancer Institute EUA para rastrear compostos para atividade anticancerígena. Recentemente, os genes agrupados com base na correlação dos perfis de expressão em todo o NCI-60. Muitos dos aglomerados resultantes foram caracterizados por funções biológicas associadas a cancro. O conjunto de dados glioblastoma curadoria (GBM) a expressão do gene da iniciativa Cancer Genome Atlas (TCGA) recentemente se tornou disponível. Assim, estamos agora em condições para determinar qual dos processos são robustamente compartilhada por ambos as linhas de células imortalizadas e cânceres clínicos.
Resultados
Nossa observação central é que alguns conjuntos de genes altamente correlacionadas em os dados de expressão NCI-60 também estão altamente correlacionados nos dados de expressão de GBM. Além disso, uma estratégia de “dupla pesca” identificados muitos conjuntos de genes que mostram correlação de Pearson ≥0.60 tanto no NCI-60 e os dados GBM define em relação a um dado gene “isco”. O número de tais conjuntos de genes excede em muito o número esperado por acaso.
Conclusão
Muitas das correlações gene de gene encontrado no NCI-60 não reflectem apenas as condições de linhas celulares in cultura; em vez disso, eles refletem processos e redes de genes que também funcionam
in vivo
. Um número de correlações de rede gene co-ocorrem nos conjuntos de dados 60 e NCI-GBM, mas há outros que ocorrem apenas em NCI-60 ou apenas em GBM. Em suma, esta análise fornece uma perspectiva adicional, tanto a utilidade e as limitações do NCI-60 em aprofundar nossa compreensão dos cancros
in vivo
Citation:. Zeeberg BR, Kohn KW, Kahn A, Larionov V, Weinstein JN, Reinhold W, et al. (2012) Concordância da expressão gênica e padrões de correlação funcional entre os NCI-60 linhas de células e as amostras Cancer Genome Atlas glioblastoma. PLoS ONE 7 (7): e40062. doi: 10.1371 /journal.pone.0040062
editor: Javier S. Castresana, da Universidade de Navarra, Espanha