Os proponentes da Mesoterapia enfatizar que os riscos de tratamento são minimizados porque doses mais baixas de compostos são injectadas em uma área relativamente pequena. No entanto, existem certos riscos conhecidos e desconhecidos, potencialmente associados com Mesoterapia.
A maioria dos Riscos Mesoterapia conhecidos estão em e ao redor do local da injeção. Pele pode ficar pigmentada ou cicatrizada, e essas mudanças podem não desaparecer com o tempo. Outras alterações, tais como dor, inchaço e hematomas, geralmente desaparecem após o tratamento. Em algumas pessoas, uma reacção local grave de substâncias injectado pode resultar em ulceração e cicatrizes subsequente. Também pode haver uma reacção alérgica sistémica e potencialmente com risco de vida de drogas injectadas. Infecções causadas por práticas de injeção pobres são muitas vezes relatados entre os pacientes de praticantes Mesoterapia sem licença. Estas infecções podem requerer tratamento com antibióticos caros.
Há alguma preocupação na comunidade médica que vários compostos comumente usados em Mesoterapia tem benefícios não comprovados e riscos desconhecidos. Existem muitos sites da Internet que vendem tais compostos. No entanto, a maioria deles estão localizados no exterior e são, portanto, fora da jurisdição de os EUA Food and Drug Administration (FDA). A pureza de compostos vendidos por esses sites não pode ser verificada. Até à data, a FDA aprovou não qualquer composto para uso em Mesoterapia, mesmo que um tal composto está aprovado para outros usos. Além disso, a Sociedade Americana de Cirurgiões plásticos não endossa Mesoterapia, porque não é um método cientificamente comprovado.
Muitos tratamentos Mesoterapia exigem manutenção contínua, e os custos envolvidos em tal terapia de manutenção pode ser subestimado inicialmente. Isso pode ser um risco financeiro porque Mesoterapia não é coberto pelos planos de saúde. Também pode haver riscos emocionais, especialmente com tratamentos que requerem adesão a um plano de dieta e exercício. Se esse plano não for seguida, o corpo pode reverter para a sua aparência pré-Mesoterapia, causando stress.