Abstract

Fundo

medição RNA mensageiro (mRNA) níveis usando a transcrição reversa reação em cadeia da polimerase quantitativa (RT-qPCR) é uma prática comum em muitos laboratórios. Um conjunto específico de ARNm de genes de referência como controlo interno é considerado como a estratégia preferida para normalizar os dados de RT-qPCR. A seleção adequada de genes de referência é uma questão crítica, especialmente em células cancerosas que são submetidos a diferentes

in vitro

manipulações. Estas manipulações podem resultar em alterações dramáticas nos níveis de expressão do gene, mesmo de genes de referência assumidos. Neste estudo, foram avaliados os níveis de expressão de 11 genes de referência comumente usados ​​como controles internos para a normalização das 19 experimentos que incluem neuroblastoma, T-ALL, melanoma, câncer de mama, câncer não pequenas células do pulmão (NSCL), leucemia mielóide aguda (LMA ), o câncer de próstata, o cancro colorectal, e linhas celulares de cancro do colo do útero sujeito a várias perturbações.

resultados

o algoritmo geNorm no pacote de software QBASE + foi utilizado para classificar os genes de referência candidato de acordo com sua estabilidade expressão. Observou-se que a estabilidade da maior parte dos genes de referência candidato varia muito, em experimentos de perturbação. repetições Alu expressas mostrar expressão relativamente estável independentemente da condição experimental. Essas repetições Alu são classificados entre os melhores ensaios de referência em todos os experimentos de perturbação e exibir valores de estabilidade de expressão média aceitáveis ​​(M 0,5).

Conclusões

Propomos a utilização de Alu repete como referência ensaio ao realizar experimentos de perturbação de células de câncer

Citation:. Rihani A, Van Maerken T, Pattyn F, Van pares G, Beckers A, De Brouwer S, et al. (2013) Effective Alu Repetir Based RT-qPCR Normalização em Câncer experimentos com células de perturbação. PLoS ONE 8 (8): e71776. doi: 10.1371 /journal.pone.0071776

editor: Jörg D. Hoheisel, Deutsches Krebsforschungszentrum, Alemanha