Estudos comparativos mostraram que várias proteínas que se verificou já ser empacotado em partículas do tipo HIV-1 através de interacções específicas com as proteínas virais ou ácidos nucleicos são também detectados em HIV-2 e na imuno deficiência de partículas de vírus de símio. Para algumas proteínas, a sua conservação foi estendido para retrovírus mais distantes, tais como o HTLV-1. A importância de tais semelhanças, é questionável. Pode ser argumentado para a conservação de um mecanismo comum da replicação ao longo da evolução viral, ou pode ser considerado como uma prova para a associação não específica de proteínas distantemente relacionadas com os vírus. Bay 11-7082 Bay 11-782
Em vários casos, inclusive para algumas quinases, a evidência para a conservação dos motivos de interação das proteínas virais juntamente com estudos funcionais de vírus incapazes de empacotar esses fatores celulares provou que estes componentes reter uma função evolutivamente conservada. Além da dificuldade associada com a discriminar entre os factores do hospedeiro que são selectivamente ou passivamente embalados em vírus, a identificação de proteínas celulares incorporados em partículas virais é tecnicamente complicated.The aspecto mais crítica é a necessidade estrita para discriminar entre componentes incorporados-vírus e celular fatores contaminantes último grupo preparations.The viral inclui proteínas ancoradas para o exterior de viriões livres de células. Este grupo compreende também as proteínas celulares contidos microvesículas e exosomes com tamanhos e densidades comparável ao vírus, que co-sedimentos com preparações virais e representam uma fonte de contaminação, mesmo após a separação por gradiente de densidade de partículas virais.
Assim, a preparação da amostra deve ser realizada com cuidado. Dois protocolos de referência foram desenvolvidas para a produção de preparações de HIV-1 altamente purificado. Uma abordagem envolve a digestão das amostras virais utilizando a subtilisina de serina-protease não específica. digestão subtilisina de VIH-1 Preparação seliminates mais de 95% das proteínas associadas microvesículas e remove contaminantes entrados para o exterior do vírus. A eficácia deste protocolis determinada pela redução do tamanho da glicoproteína transmembranar gp41 do envelope. Este método é particularmente adaptado para o estudo de proteínas no interior dos viriões. Alternativamente, CD45 imuno afinidade depleção do HIV-1 pode ser utilizado para isolar vírus a partir de exossomas celulares.
Esta técnica, que foi desenvolvida com base na observação de que moléculas da membrana CD45 são descartados do HIV-1 a partir de vírus produzidos hematopoiéticas células, foi previamente combinada com análise de masss pectrometry para produzir uma impressionante lista de factores celulares empacotados em partículas de HIV-1 produzido a partir de macrófagos primários. depleção de CD45 é mais útil para estudos que requerem o exterior dos viriões estar intacto. Em qualquer caso, a imagem latente microscopia electrónica proporciona um método fiável para discriminar entre os vírus e os exossomas montados a partir de um ponto de vista morfológico e para validar a presença de proteínas do hospedeiro em viriões, como relatado anteriormente. Outra característica técnica a considerar quando se estudar o HIV-1-associated factores celulares é o tipo de célula e do isolado viral ou estirpe usada para preparar a matriz biológica samples.The de proteínas celulares embalados podem diferir bastante de acordo com a célula hospedeira utilizada para propagar o vírus .
Este aspecto tem sido bem documentado para moléculas da membrana incorporados no envelope de viriões produzidos a partir de várias linhas de células T. A aquisição de CD55 e CD59 factores de complemento de decaimento, LFA-1 e MHC de classe I e moléculas II é perfis de incorporação hospedeiras-dependent.Distinct também têm sido relatadas quando os vírus produzidos a partir de linhas celulares permanentes ou células mononucleares de sangue periférico primárias foram analisados. Em relação proteínas citosólicas, este ponto não tenha sido exaustivamente estudada. No entanto, a análise de LC-MS /MS de vírus crescidos em macrófagos não conseguiu detectar a presença de alguns dos componentes que foram identificados a partir de vírus crescidos em linfócitos T. VX-661 1152311-62-0
Notavelmente, ERK-2, akinase detectado a partir do HIV-1HZ321 isolar cultivadas em linfócitos T e Hut78 do vírus HIV-1ELI preparados a partir de células MT4, não foi detectada a partir de VIH 1NLAD8 cultivado em macrófagos primários. A significância funcional para esta diferença é desconhecida, e a sua correlação com a biologia da replicação do HIV-1 em tipos de células distintos continua a ser analisado.