Abstract

O prognóstico do câncer colorretal (CRC) fase II e III pacientes continua a ser um desafio devido às dificuldades de encontrar biomarcadores robustos adequados para testar amostras clínicas. A maioria das assinaturas genéticas publicadas de CRC foram gerados nos tecidos colorretais congelados frescos. Porque coleção de tecido congelado não é prático para a prática de patologia cirúrgica de rotina, um teste clínico que melhora as capacidades de prognósticos além estadiamento patológico padrão de cancro do cólon terão de ser projetado para tecidos embebidos em parafina fixadas em formalina (FFPE). O NanoString nCounter

® plataforma é uma ferramenta de análise de expressão gênica desenvolvido para uso com amostras de FFPE derivados. Nós projetamos um nCounter personalizado

® codeset com base em elementos de várias assinaturas genéticas publicadas frescas à base de microarray tecido congelado prognósticos para o câncer de cólon, e usamos esta plataforma para comparar sistematicamente dados de expressão de genes de FFPE com dados da matriz de microarray combinados de tecidos congelados . Nossos resultados mostram correlação moderada da expressão do gene entre duas plataformas e descoberta de um pequeno subconjunto de genes como biomarcadores candidatos para o prognóstico do cancro do cólon que são detectáveis ​​e quantificáveis ​​em secções de tecido FFPE

Citation:. Chen X, Deane NG, Lewis KB, Li J., Zhu J, Washington MK, et ai. (2016) Comparação de Nanostring nCounter

® Dados sobre amostras de câncer de cólon e FFPE Affymetrix Microarray Dados sobre tecidos congelados correspondidas. PLoS ONE 11 (5): e0153784. doi: 10.1371 /journal.pone.0153784

editor: Xiaofeng Wang, Cleveland Clinic Lerner Research Institute, United States