Abstract
O câncer colorretal é uma das neoplasias mais frequentes e uma importante causa de mortalidade em do mundo desenvolvido. síndromes mendeliana representam cerca de 5% da carga total de CRC, sendo a síndrome de Lynch e polipose adenomatosa familiar das formas mais comuns. tumores síndrome de Lynch desenvolvem-se principalmente como consequência de defeito de reparo incompatível DNA associado com mutações germinativas em
MLH1
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MSH2
,
MSH6
e
PMS2
. Uma proporção significativa de variantes identificadas pela triagem desses genes correspondem a missense ou não codificadoras mudanças sem conseqüência patogênica clara, e eles são designados como “variantes de significado incerto”, sendo a variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) no
MLH1
gene um exemplo claro. A implicação desta variante como uma variante de risco de baixa penetrância para CRC foi avaliada no presente estudo através da realização de um estudo de caso-controle dentro de um grande coorte do BM1206 consórcio-Acção COST COGENT incluindo 18.723 indivíduos (8.055 casos de câncer colorretal e 10.668 controles ) e uma correlação genótipo-fenótipo caso apenas com diversas características clínicas e patológicas restritas à coorte Epicolon. Nossos resultados mostraram qualquer envolvimento desta variante como uma variante de baixa penetrância para o cancro colorectal susceptibilidade genética e nenhuma associação com quaisquer características clínicas e patológicas, incluindo história familiar para essa neoplasia ou síndrome de Lynch
Citation:. Abuli A, Bujanda G, J Muñoz, Buch S, Schafmayer C, Maiorana Valeria M, et al. (2014) O
MLH1
c.1852_1853delinsGC (p.K618A) Variant no câncer colorretal: Genetic estudo de associação em 18.723 indivíduos. PLoS ONE 9 (4): e95022. doi: 10.1371 /journal.pone.0095022
editor: Nathan A. Ellis, da Universidade de Illinois em Chicago, Estados Unidos da América
Recebido: 16 de dezembro de 2013; Aceito: 21 de março de 2014; Publicação: 17 de abril de 2014
Direitos de autor: © 2014 Abuli et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados
Financiamento:. Este trabalho foi apoiado por BM1206 Acção COST. Os grupos 1, 4, 5, 6, 7, 8, 10 e 13 são membros ativos deste consórcio. Edimburgo: Este trabalho foi apoiado por um programa UK Grant Pesquisa do Câncer (C348 /A12076) e um Grant Centre a partir do núcleo Caridade. Epicolon: SCB é apoiado por um contrato com o Fondo de Investigación Sanitaria (CP 03-0070). JM e CEJ são suportados por contratos do CIBERehd. CIBERehd e CIBERER são financiados pelo Instituto de Salud Carlos III. Este trabalho foi financiado por doações do Fondo de Investigación Sanitaria /FEDER (11/00219, 11/00681), Instituto de Salud Carlos III (Acción Transversal de câncer), Xunta de Galicia (07PXIB9101209PR), Ministerio de Ciencia e Innovación (SAF2010 -19.273), Asociación Española contra el Câncer (Fundação Científica GCB13131592CAST y Junta de Barcelona), Fundació Olga Torres (SCB e CRP) e FP7 chibchas Consortium (SCB e Acar). Kiel: Este trabalho foi financiado pelo Ministério alemão da Educação e Investigação, através do cancro da Rede German National Genome Research Network (NGFNplus) Colon (CCN). Leiden: Este trabalho foi financiado pelo Cancer Society holandesa com concessão KWF-UL-2005-3247. Estocolmo: A amostra e os dados de recursos sueco foram financiados pelo Cancer Society sueco, o Conselho de Investigação Científica sueco e da Fundação do Câncer de Estocolmo. As agências de financiamento não teve nenhum papel no desenho do estudo, recolha e análise de dados, decisão de publicar ou preparação do manuscrito
CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes
introdução
o câncer colorretal (CRC) é uma das neoplasias mais frequentes e uma importante causa de mortalidade no mundo desenvolvido. Este cancro é causado por factores genéticos e ambientais, embora 35% da variação de CRC susceptibilidade herdada envolve diferenças genéticas. síndromes mendeliana representam cerca de 5% da carga total de CRC, sendo a síndrome de Lynch e polipose adenomatosa familiar das formas mais comuns. tumores síndrome de Lynch desenvolvem-se principalmente como consequência de defeito de reparo incompatível DNA (MMR) associado a mutações germinativas no
MLH1
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MSH6
e
PMS2
genes [1]. Uma vez que os critérios clínicos para este síndrome são respeitadas, diagnóstico de doenças genéticas destes genes é realizada quando um defeito MMR é detectada no tumor do paciente. Quando uma variante patogénica é detectada, a gestão desta doença pode ser significativamente melhorada através da identificação de portadores que irão beneficiar do rastreio específico, preventiva e medidas terapêuticas. Além disso, a identificação não-portadores em membros da família adicionais permitem liberar esses indivíduos de vigilância intensiva. Notável, uma proporção significativa das variantes identificadas na triagem genética MMR correspondem a missense ou não codificadoras mudanças sem conseqüência patogênica clara, e eles são designados como “variantes de significado incerto” (VU). Portanto, diferenciando variantes genéticas patogênicos e neutros ainda é um grande desafio em genética clínica [2].
A variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) no
gene MLH1
corresponde a uma clara exemplo de USV na síndrome de Lynch. Ao consultar a base de dados Leiden Abrir Variação (Lovd v.2.0), existem 120 entradas para esta variante [3]. estudos anteriores disponíveis chegaram a conclusões contraditórias sobre sua patogenicidade relatórios prejudiciais
in silico
previsões [4], a ausência de splicing ou mRNA alteração [5], a presença em pacientes com um tumor MMR com defeito [6], co-ocorrência com mutações MMR claramente patogênicos [7], a segregação aparente com a doença [8], e uma maioria de não-alterada
in vitro
estudos funcionais [9], [10]. Todos os dados anteriores permitiram classificá-lo em Lovd como classe 1 variante (não-patogênico baixa significância /clínica) [11]. Portanto, ele deve ser considerado como uma variante neutra em termos da sua implicação com a síndrome de Lynch.
Recentemente, estudos de associação do genoma (GWAS) identificados com sucesso até agora 30, de baixa penetrância variantes de susceptibilidade comuns em 25 de risco loci para CRC [12] – [19]. Algumas variantes genéticas em genes hereditários CRC rotulados como USV poderia constituir alelos de risco de baixa penetrância para CRC. Com efeito, esta hipótese foi previamente testada para algumas variantes destes genes [20]. De acordo com esse raciocínio, o principal objetivo do presente estudo foi avaliar a implicação da c.1852_1853delinsGC (p.K618A) variante no
gene MLH1
como uma variante de risco de baixa penetrância para CRC através da realização um estudo de caso-controle dentro de um grande coorte do COGENT Acção consórcio-COST BM1206, um esforço internacional para facilitar o estudo de predisposição genética herdada para CRC [21], [22].
Materiais e Métodos
população do estudo
O estudo de associação genética atual totalizado 8.055 casos CRC e 10.668 controles de 7 coortes diferentes (Edimburgo, Epicolon, Groningen, Kiel, Leiden, Milano, Estocolmo) e detalhes de recrutamento estão resumidas abaixo. O estudo foi aprovado pelo comitê de ética institucional de cada hospital participante e consentimento informado por escrito foi obtido de todos os pacientes.
Edimburgo coorte (1.553 casos CRC e 932 controles).
A base populacional série de pacientes de toda a Escócia, que foram diagnosticadas com câncer colorretal quando eles tinham menos de 55 anos de idade, foram recrutados para o estudo, entre Fevereiro de 1999 e junho de 2004. Durante o mesmo período, os controles não afetados foram apurados a partir de um registo de base populacional (índice de saúde da comunidade) e foram convidados a participar.
Epicolon (2.001 casos CRC e 1.647 controles).
casos e controles foram recrutados através do Consórcio EPICOLON que é baseado em um estudo prospectivo, multicêntrico e levantamento populacional epidemiologia da incidência e as características do CRC na população espanhola [23]. Resumidamente, os casos foram selecionados como pacientes com
de novo
histologicamente confirmado diagnóstico de adenocarcinoma colorretal. Os critérios de exclusão foram CRC formas hereditárias, tais como a síndrome de Lynch e polipose adenomatosa familiar (FAP) e uma história pessoal de doença inflamatória do intestino. Os controles foram a partir do banco de DNA Nacional espanhol e foram confirmados para não ter câncer ou história de neoplasia e sem história familiar de CRC. Todos os casos e controles eram de etnia caucasiana.
Groningen (559 casos CRC e 501 controles).
casos de CRC não selecionados e controles de pacientes do hospital da Holanda incluídos no escopo do projeto.
Kiel (1.768 casos CRC e 2.030 controles).
casos e controles de projetos biobanco de base populacional incluindo POPGEN (População genética Cohort) de Schleswig-Holstein, norte da Alemanha, e SHIP (Pesquisa de Saúde em Pommerania) de leste e nordeste da Alemanha.
Leiden (505 casos CRC e 836 controles).
casos e controles foram recrutados como descrito anteriormente [24]. Resumidamente, a maioria dos casos foram recrutados através do departamento de genética clínica. Todos os casos foram diagnosticados com CRC e teve início precoce e /ou história familiar positiva para CRC. Conhecidas síndromes de polipose dominantes, foram excluídos síndrome HNPCC /Lynch ou portadores bi-alélicas mutação MutYH. Uma única probando de cada família foi incluído neste estudo. Os controles foram doadores de sangue saudáveis da região do sudoeste dos Países Baixos. Todos os casos e controles eram de etnia caucasiana.
Milano (619 casos CRC e 2.526 controles).
Resumidamente, os casos foram indivíduos consecutivos afetada com CRC, que passou por uma cirurgia na Fondazione IRCCS Istituto Nazionale Tumori, em Milão (INT). Os controles foram doadores de sangue recrutados através do Serviço Imunohematologia e Medicina Transfusional da INT a Associazione Volontari Italiani Sangue Comunale em Milão. Todos os casos e controles eram de etnia caucasiana.
Estocolmo (1.729 casos CRC e 1.487 controles).
casos não selecionados apurados através de 12 hospitais que servem a regiões de saúde Uppsala-Örebro Estocolmo-Gotland e na Suécia e de dadores de sangue controles.
a genotipagem
DNA foi obtido a partir do sangue periférico por procedimentos de extração padrão. discriminação alélica ao genótipo variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) no
gene MLH1
foi realizada utilizando um ensaio de costume com o sistema de discriminação TaqMan alélicas (Life Technologies, Foster City, EUA). Como controlo de qualidade, o ADN a partir de um transportador conhecido desta variante foi utilizado como controlo positivo, assim como duplicados e controlos negativos para a amplificação. Os dados podem estar disponíveis mediante solicitação. Um exemplo de discriminação alélica para esta variante é mostrada na Figura 1.
Os pontos vermelhos correspondem aos não-portadores (AA /AA genótipo) e os pontos verdes para portadores heterozigotos (AA /GC).
a análise estatística
Para testar a associação entre a variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) no
MLH1
gene eo risco de CRC, odds ratio (OR) e IC 95% foram calculados para cada genótipo usando v1.07 Plink [25], separadamente em cada coorte e globalmente. Nenhum desvio da freqüência do genótipo nos controles das esperadas sob Hardy-Weinberg (HWE) foi detectada por χ
2 test (1 df) (valor P = 0,6294) [26].
a fim de explorar se as características pessoais e /ou familiares foram associados com a presença da variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) no
gene MLH1
, foi realizada análise univariada restrita aos casos de CRC da coorte Epicolon devido à disponibilidade de dados nesta coorte. As variáveis clínicas selecionadas para serem avaliadas foram: sexo, idade (dicotomizada em 50 yo), localização do CRC, neoplasia anterior, anterior /síncrona adenoma, CRC história familiy (qualquer relação com CRC), história síndrome de Lynch família (qualquer parente afetado), instabilidade de microssatélites (MSI) e estágio do tumor TNM. As variáveis categóricas foram comparadas pelo χ
2 test (1 df), aplicando-se a correção do Yates quando necessário. Todos os
P
-Valores foram em frente e verso, e um valor menor que 0,05 foi considerado estatisticamente significativo. Os cálculos foram realizados utilizando o software SPSS versão 18.0 (SPSS Inc, Chicago, Illinois).
Resultados e Discussão
A genotipagem para a variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) no
gene MLH1
foi bem sucedido em 8.055 casos CRC e 10.668 controles de 7 coortes independentes. Percentual de portadores variou entre 0,4-2,6% nos casos de CRC e 0,5-3,1% para os controlos nos diferentes grupos, sendo 1,4% e 1,5% em toda a coorte de casos e controles CRC, respectivamente. resultados de associação genotípicas são apresentados na Tabela 1 para cada coorte e globalmente. Nenhuma associação desta variante com risco CRC foi detectado nem em uma coorte específica nem globalmente.
A fim de explorar ainda mais a implicação putativo deste
MLH1
variante com risco de CRC, nós realizou uma correlação genótipo-fenótipo case-se restringe apenas à coorte Epicolon (2.001 casos CRC) com diversas características clínicas e patológicas. Os resultados são mostrados na Tabela 2. Mais uma vez, nenhuma das variáveis analisadas mostraram uma associação clara com a presença do c.1852_1853delinsGC (p.K618A) variante. Resultados para história da família CRC e história familiar síndrome de Lynch foram estatisticamente significativos, mas a presença de qualquer uma dessas variáveis foi ligado com o genótipo tipo selvagem (AA /AA). O restante das variáveis mostrou uma distribuição semelhante entre portadores e não-portadores.
Obviamente, as variantes genéticas que causam uma mutação missense têm uma interpretação patogénica menos clara do que aqueles que causam a interrupção prematura da proteína. A variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) no gene
MLH1
é um exemplo proeminente de um USV que tem sido controverso por muitos anos no contexto do diagnóstico genético síndrome de Lynch. No entanto, estudos recentes têm permitido funcionais para caracterizar mais profundamente o seu efeito real da proteína MLH1 e pode concluir-se que o seu efeito é neutro ou com efeito muito subtil [5], [8] -. [11]
no que diz respeito a sua implicação putativa em risco CRC como uma rara variante de baixa penetrância, estudos anteriores eram escassos e inclui um pequeno número de casos e controles [27] CRC, [28]. Consequentemente, foi justificado para realizar um estudo de associação de caso-controle em um grande grupo, a fim de chegar a conclusões mais sólidas. Nossos resultados mostraram qualquer envolvimento desta variante do risco de CRC como uma variante de baixa penetrância no
gene MLH1
.
No que diz respeito a sua implicação putativo na CRC familial, esta variante também foi visto como sendo mais -represented em famílias com síndrome de Lynch suspeita em um estudo anterior [29]. Nossos resultados não será de acordo com esta observação anterior, uma vez a variante K618A não estava ligada na coorte Epicolon à presença de história familiar CRC e história síndrome de Lynch família. Portanto, nosso estudo está a contribuir para a literatura existente, mostrando que esta variante não está ligada a CRC familial.
Finalmente, podemos concluir a partir de nossos resultados e evidências anteriores de que o c.1852_1853delinsGC (p.K618A) variante
MLH1 gene
deve ser considerada a partir de agora como um polimorfismo, sem efeito funcional na proteína MLH1, qualquer papel na predisposição genética para a síndrome de Lynch, bem como nenhum efeito aparente como uma variante de baixa penetrância para CRC susceptibilidade genética.
Informações de Apoio
Apêndice S1.
Membros do Consórcio EPICOLON (Grupo de Oncologia Gastrointestinal do Gastroenterological Espanhol Association).
doi:10.1371/journal.pone.0095022.s001
(DOCX)
Acknowledgments
Epicolon: Estamos sinceramente grato a todos os pacientes que participaram deste estudo que foram recrutados em 25 (EPICOLON 1) e 14 (EPICOLON 2) hospitais espanhóis como parte do projeto EPICOLON. Nós também estamos em débito com os nós USC e UPF de espanhol Nacional de Genotipagem Centro (CEGEN-ISCIII), a Unidade de Genômica do Institut d’Investigacions Biomèdiques agosto Pi i Sunyer (IDIBAPS) e os Biobanks de Hospital Clínic -. IDIBAPS e Hospital Donostia para ajuda técnica o trabalho foi realizado (em parte) no Esther Centro Koplowitz, Barcelona
Leiden:. Shanti Jagmohan-Changur e Melanie Schrumpf são reconhecidos para suporte técnico
Milano:.. Agradecemos a todos os indivíduos que concordaram em participar do estudo Agradecemos também ao pessoal da Tissue Bank of Fondazione IRCCS Istituto dei Tumori para coleta de amostras e todos os patologistas por sua contribuição e colaboração
Estocolmo:. Nós reconhecemos a contribuição para o recrutamento e coleta de dados do sueco de Baixo Risco colorectal Cancer Study Group.