Abstract

Fundo

tecnologia de microarrays aplicada ao microRNA (miRNA) profiling é uma ferramenta promissora em muitos campos de pesquisa; No entanto, estudos independentes que caracterizam a mesma patologia, muitas vezes relataram resultados mal sobrepostas. métodos de análise de miRNA só recentemente foram sistematicamente comparados, mas apenas em alguns casos, utilizando amostras clínicas.

Metodologia /Principais Achados

Nós investigamos a reprodutibilidade inter-plataforma de quatro miRNA plataformas de microarrays (Agilent, Exiqon , Illumina, e Miltenyi), comparando nove /tecidos de cólon normais tumorais emparelhados. Os miARNs discordantes mais concordantes e seleccionados foram ainda estudados através de RT-PCR quantitativo. Globalmente, um pobre sobreposição entre os miRNAs diferencialmente expressos identificados por cada plataforma foi encontrado. No entanto, durante oito miRNAs alta concordância na expressão diferencial entre as quatro plataformas e comparabilidade para qRT-PCR foi observada. Além disso, a maioria dos conjuntos de miARN identificados por cada plataforma de forma coerente são enriquecidas em dados das outras plataformas e a grande maioria de cancro associado conjuntos de miARN cólon derivadas da literatura foram validados em nossos dados, independentemente, a partir da plataforma. integração computacional de perfis de miRNA e expressão gênica sugeriu que anti-correlacionado previu genes alvo de miRNAs diferencialmente expressos são comumente enriquecido em vias relacionadas ao câncer e em genes envolvidos na glicólise e nutrientes transporte.

Conclusões

Os desafios técnicos e analíticos para medir miRNAs ainda permanecem e mais pesquisas são necessárias a fim de aumentar a coerência entre as diferentes metodologias baseadas em microarranjos. No entanto, um melhor entendimento inter-plataforma foi encontrado por olhar para miRNA define vez de miRNAs individuais e através de um miRNAs – abordagem de integração expressão do gene

Citation:. Callari M, Dugo M, Musella V, Marchesi E, Chiorino G, o Grand MM, et al. (2012) Comparação de plataformas de microarray para medir MicroRNA Diferencial Expressão em Emparelhados tecidos normais /cancro do cólon. PLoS ONE 7 (9): e45105. doi: 10.1371 /journal.pone.0045105

editor: Yujin Hoshida, Mount Sinai School of Medicine, Estados Unidos da América

Recebido: 31 de março de 2012; Aceito: 14 de agosto de 2012; Publicado: September 13, 2012