Abstract
Fundo
Um estudo de associação do genoma recente identificou uma nova genética rs7758229 variantes em
SLC22A3 Compra de suscetibilidade ao câncer colorretal em uma população japonesa, mas não se sabe se esta variante recém-identificado está associada com cancro colo-rectal em outras populações, incluindo a população chinesa.
Foram examinadas as associações entre rs7758229 e risco de câncer colorretal entre os 1.147 casos e 1.203 controles pareados por idade e sexo. modelo de regressão logística foi utilizada para avaliar as associações.
Resultados
Nenhuma associação significativa foi encontrada entre rs7758229 e risco de câncer colorretal (OR = 0,95, 95% CI = 0,84-1,09,
P
= 0,463). Resultados similares foram observados na estratificação da localização do tumor (OR = 0,94, 95% CI = 0,80-1,11,
P
= 0,481 para o câncer de cólon, e OR = 0,96, 95% CI = 0,82-1,13,
P
= 0,621 para o câncer de reto).
conclusões
Nossos resultados não suportam uma associação entre rs7758229 em 6q26-q27 eo risco de câncer colorretal em uma população chinesa.
Citation: Zhu L, Du M, Gu D, Ma L, Chu H, Tong N, et al. (2013) rs7758229 variante genética em 6q26-q27 não está associado com Colorectal Cancer Risk na população chinesa. PLoS ONE 8 (3): e59256. doi: 10.1371 /journal.pone.0059256
editor: Hengyi Rao, da Universidade da Pensilvânia, Estados Unidos da América
Recebido: 21 Setembro, 2012; Aceito: 12 de fevereiro de 2013; Publicação: 12 de março de 2013
Direitos de autor: © 2013 Zhu et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados
Financiamento:. Este estudo foi parcialmente financiado pela National Natural Science Foundation da China (81201570, 81102089 e 81230068), National Natural Science Foundation da província de Jiangsu (BK2010080 e BK2011773), o Programa chave de Pesquisa básica de Jiangsu Departamento Provincial da Educação (11KJB330002), o Qing Projeto Lan de Jiangsu Departamento Provincial da Educação, eo projecto financiado pela Prioridade Academic Programa de Desenvolvimento das Instituições de Ensino Superior Jiangsu (Saúde Pública e Medicina preventiva). Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito
Competir interesses:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes
introdução
o câncer colorretal é a principal causa de morte relacionada ao câncer na maioria dos países, que é causada por uma combinação de fatores de risco genéticos e ambientais [1], [2], [3]. Os estudos de gêmeos têm mostrado que as contas de susceptibilidade genética para ~ 35% da etiologia da doença, a maioria dos quais ainda não está claro [4]. Recente disponibilidade generalizada de abordagens genómicas de alto rendimento têm proporcionado a oportunidade de verificar os genomas de um grande número de indivíduos em estudos de associação do genoma (GWAS) rapidamente [5]. Vários GWAS foram concluídos com o objectivo de identificar variantes genéticas que influenciam o risco de câncer [6] colorectal. Anteriormente, três validação [7], [8], [9] estudos em chinês não conseguiu replicar a maioria dos loci GWAS-identificado, afirma que a heterogeneidade genética existente entre caucasianos e asiáticos.
Recentemente, Cui et al. realizou um GWAS em uma população japonesa (4.809 casos de câncer colo-retal e 2.973 controles) e identificou uma nova rs7758229 lugar em
SLC22A3 Compra de câncer de cólon distal [10]. Além disso, eles descobriram efeitos cumulativos de rs7758229, outros fatores genéticos e ambientais podem aumentar o risco de câncer colorretal. No entanto, pouco ou nada se sabe sobre se o efeito deste lugar existe em outras populações asiáticas. Aqui, realizamos um estudo de caso-controle independente para avaliar a associação entre rs7758229 identificado por Cui et al. eo risco de câncer colorretal em uma população chinesa.
Materiais e Métodos
População do estudo
Os pacientes de cancro colorectal foram recrutados a partir de setembro de 2010, o Primeiro Hospital Filiado e Nanjing Primeira Hospital da Universidade de Medicina de Nanjing, que foram descritos em detalhe previamente [11]. Todos os casos foram confirmados histologicamente adenocarcinoma colorretal. A fase patológica de cancro colo-rectal foi classificada em Dukes A, B, C, e D. grau do tumor foi dividida em baixa, intermédia e alta. Os indivíduos do grupo controle foram selecionados aleatoriamente de um pool de mais de 25.000 indivíduos sem câncer com base em exames físicos e aos casos em idade e sexo-correspondida frequência. Os critérios de exclusão incluíram sem histórico de câncer. Depois de ter o consentimento informado assinado, cada participante doou 5 ml de sangue para extração de DNA genômico. Este estudo foi aprovado pelos conselhos de revisão institucionais da Universidade Médica de Nanjing.
A genotipagem
O DNA genômico foi isolado a partir de linfócitos do sangue periférico. Neste estudo, foi rs7758229 genotipados utilizando o ensaio TaqMan (Applied Biosystems). As sequências de primer e sonda para cada SNP estão disponíveis mediante pedido. O ADN genómico de 50 ng e 0,5 × mistura (Takara Bio, JPN) foi utilizado para cada reacção e a amplificação foi realizada sob as seguintes condições: 50 ° C durante 2 min, 95 ° C durante 10 min, seguido por 45 ciclos de 95 ° C durante 15 segundos, e 60 ° C durante 1 min. Foram avaliados a qualidade dos dados genótipo digitando 10% amostras idênticas cegos; a taxa de concordância foi de 100,0%.
Análise estatística
Hardy-Weinberg das distribuições genotípicas dos controles foi testado por um teste qui-quadrado do goodness-of-fit. Análises de regressão logística uni e multivariada incondicionais foram realizados para obter bruto e odds ratio ajustada (RUP) para o risco de câncer colorretal e seus intervalos de confiança de 95% (IC). A
P
valor 0,05 foi considerado estatisticamente significativo e todos os testes estatísticos foram dois lados. As análises estatísticas foram realizadas utilizando software SAS, versão 9.1 (SAS Institute, Cary, NC).
Resultados
Um total de 1.147 casos de câncer colo-retal e 1.203 indivíduos de controle foram incluídos neste estudo (Tabela 1). A média de idade foi de 60,1 anos para os casos e 59,9 anos para controles. Casos eram mais propensos a ter membros da família com câncer do que os controles (21,2% versus 10,6%,
P Art 0,001). As freqüências genotípicas rs7758229 observada entre os indivíduos do grupo controle estavam de acordo com o equilíbrio de Hardy-Weinberg (
P
= 0,778). Como mostrado na Tabela 2, as frequências dos genótipos GG, GT e TT foram 58,3%, 35,6%, e 6,1%, respectivamente, entre os casos e 56,4%, 37,6%, e 6,0%, respectivamente, entre os controlos. Além disso, rs7758229 frequência T alelo foi 0,248 entre os casos e 0.238 entre os controles, ea diferença não foi estatisticamente significativa (OR = 0,95, 95% CI = 0,84-1,09,
P
= 0,463). Foi realizada uma análise de estratificação de acordo com a localização do tumor (cólon e reto) para examinar a associação entre rs7758229 e risco de câncer colorretal. Da mesma forma, alelo rs7758229 T não foi associado com o risco de câncer de cólon ou câncer de reto, em comparação com o alelo G (OR = 0,94, 95% CI = 0,80-1,11,
P
= 0,481 para o câncer de cólon, e OR = 0,96, 95% CI = 0,82-1,13,
P
= 0,621 para o câncer de reto).
Discussão
no presente estudo, não houve associação estatisticamente significativa entre rs7758229 no
SLC22A3
eo risco de câncer colorretal, e nenhuma associação com o risco de localização do tumor.
Nossa incapacidade de replicar os resultados de Cui et al. [10] pode ser devido a várias razões. Em primeiro lugar, uma potência fraca e inadequada pode explicar os nossos resultados inconsistentes. No entanto, este estudo teve poder razoável ( 75%) para detectar uma OR de 1,28 por cópia do alelo T, que tinha sido publicado anteriormente pela Cui et al. [10]. Em segundo lugar, nós recrutamos casos de câncer colorretal de hospitais e controles selecionados de populações, o que pode não bem representam toda a população e pode resultar em potencial viés de seleção. Em terceiro lugar, é biologicamente concebível que a mesma variante de susceptibilidade para o cancro colo-rectal podem estar implicados em diferentes populações. Portanto, os resultados discrepantes podem ser relacionadas com modificadores genéticos e /ou ambientais que variam de frequência entre as populações chineses e as populações japonesas. Finalmente, Cui et al, informou que rs7758229 teve uma associação mais significativa com o risco de câncer de cólon distal (
P
= 7,92 × 10
-9) do que o cancro colo-rectal (
P
= 1,31 × 10
-5) [10], o que sugere que seus carcinomas têm diferentes mecanismos patológicos da carcinogênese envolvendo diferentes defeitos genéticos e epigenéticos [12].
em conclusão, nosso estudo confirmou que rs7758229 em 6q26 -q27 não pode contribuir para o risco de câncer colorretal em uma população chinesa. Portanto, ainda outros locais e em grande escala GWAS de câncer colorretal na população chinesa está esperando.