Abstract

estudos de microarranjos Antes de fumantes com alto risco de câncer de pulmão têm demonstrado que a heterogeneidade no epitelial das vias aéreas gene de células de resposta expressão brônquica ao tabagismo pode servir como um biomarcador de diagnóstico precoce do câncer de pulmão. Como um primeiro passo na aplicação análise genômica funcional para estudos populacionais, que examinaram a relação entre a variação da expressão gênica e variação genética em um caminho molecular central (resposta antioxidante mediada por NRF2) associada à exposição tabagismo e câncer de pulmão. Nós avaliamos a expressão gênica global em células histologicamente das vias aéreas normais epiteliais obtidas na broncoscopia dos fumantes que desenvolveram câncer de pulmão (SC, n = 20), os fumantes sem câncer de pulmão (SNC, n = 24), e nunca fumantes (NS, n = 8) . análise de enriquecimento funcional mostrou que o, elemento de resposta antioxidante mediada por NRF2 (ARE) genes -regulated, foram significativamente menores em SC, quando comparados com os níveis de expressão em SNC. Mais importante, verificou-se que a expressão de MAFG (um parceiro de ligação de NRF2) foi correlacionada com a expressão de genes são, sugerindo níveis MAFG podem limitar a indução do gene alvo. Bioinformatically nós identificados polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em putativa são genes e para testar o impacto da variação genética, nós genotipados esses SNPs reguladoras putativas e outros tag SNPs nos genes da via NRF2 selecionados. Sequenciamento MAFG lugar, foram identificados 30 novos SNPs e dois foram associados com qualquer expressão do gene ou o status de câncer de pulmão entre os fumantes. Este trabalho demonstra uma abordagem de análise que integra bioinformática via e análise de local de ligação factor de transcrição com o genótipo, a expressão de genes e o estado da doença para identificar SNPs que podem ser associados com as diferenças na expressão dos genes individuais e /ou o estado do cancro em fumadores. Estes polimorfismos podem em última análise, contribuir para o risco de câncer de pulmão através do seu efeito sobre a resposta a expressão de genes das vias aéreas a exposição ao tabaco de fumo

Citation:. Wang X, Chorley BN, Pittman GS, Kleeberger SR, Irmãos J II, Liu G , et ai. (2010) Variação genética e Gene Expression resposta antioxidante na brônquica Airway Epitélio de fumantes em risco para o câncer pulmonar. PLoS ONE 5 (8): e11934. doi: 10.1371 /journal.pone.0011934

editor: Oliver Eickelberg, Helmholtz Zentrum München /Ludwig-Maximilians-Universidade de Munique, Alemanha