Abstract
A via Hippo restringe a atividade de coactivators transcrição TAZ (
WWTR1
) e YAP. TAZ e YAP são relatados para ser sobre-expresso em vários tipos de câncer, no entanto, seu significado prognóstico no câncer colorretal permanece não estudado. Os níveis de TAZ e YAP, e seus alvos de transcrição a jusante, expressão
AXL
e
CTGF
, foram extraídas de dois cancro do cólon independente conjuntos de dados do paciente disponíveis no banco de dados Omnibus Gene Expression, totalizando 522 pacientes . Descobrimos que as expressões de mRNA de ambos TAZ e YAP foram positivamente correlacionados com os de
AXL
e
CTGF
(
p Art 0,05). elevado nível de expressão de mRNA de TAZ,
AXL
ou
CTGF
significativamente correlacionada com menor sobrevida. É importante ressaltar que os pacientes co-superexpressão todos os 3 genes tinham um tempo de sobrevivência significativamente menor, e expressão combinatória desses 3 genes foi um preditor independente de sobrevivência. Os genes alvo a jusante para TAZ-AXL-CTGF superexpressão foram identificados por MyStats de aplicativos Java. Curiosamente, os genes que estão associados com a progressão do cancro do cólon (
ANTXR1
,
EFEMP2
,
SULF1
,
TAGLN
,
VCAN
,
ZEB1
e
ZEB2
) foram upregulated em doentes co-superexpressão TAZ-AXL-CTGF. Esta assinatura de expressão do gene TAZ-AXL-CTGF (GES) foi então aplicada a conectividade Mapa para identificar pequenas moléculas que podem potencialmente ser utilizados para inverter esta GES. Dos 20 melhores pequenas moléculas identificadas pelo mapa de conectividade, amilorida (um diurético poupador de potássio,) e tretinoína (ácido retinóico all-trans) mostraram a promessa terapêutica na inibição do crescimento de células de câncer de cólon. Usando MyStats, descobrimos que a expressão de baixo nível de ambos os
ANO1
ou
SQLE
foram associados com um melhor prognóstico em pacientes que co-overexpressed TAZ-AXL-CTGF, e que
ANO1
foi um preditor independente de sobrevivência, juntamente com TAZ-AXL-CTGF. Finalmente, confirmou-se que TAZ regula Axl, e desempenha um papel importante na clonogenicidade e crescimento não aderente
in vitro
e tumor formação
in vivo
. Estes dados sugerem que TAZ poderia ser um alvo terapêutico para o tratamento de cancro do cólon
citação:. Yuen H-F, McCrudden CM, Huang Y-H, Tham JM, Zhang X, Q Zeng, et ai. (2013) Expressão TAZ como um indicador de prognóstico no câncer colorretal. PLoS ONE 8 (1): e54211. doi: 10.1371 /journal.pone.0054211
editor: Gabriele Saretzki, da Universidade de Newcastle, Reino Unido
Recebido: 29 de junho de 2012; Aceito: 10 de dezembro de 2012; Publicação: 23 de janeiro de 2013
Direitos de autor: © 2013 Yuen et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados
Financiamento:. Este estudo é financiado pela Agência de Ciência, Tecnologia e Pesquisa (A * STAR), Singapura. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito
CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes
Introdução
A via hipopótamo desempenha um papel importante na proliferação de células, o controlo do tamanho do órgão, e o desenvolvimento e progressão de cancro [1], [2], [3], [4]. YAP e TAZ são ambos os co-activadores transcricionais que são inibidas pela via Hipopótamo [1], [2], [3], [4]. inactivação aberrante da via Hipopótamo e /ou a sobre-expressão de TAZ e YAP resulta na activação da transcrição dos seus alvos a jusante [1], [2], [3], [4].
YAP sobre-expressão celular e induz a proliferação mesenquimais transição epitelial (EMT), e inibe a apoptose e inibição de contacto [5], [6], [7]. activação da transcrição do factor de crescimento epidérmico receptor de ligando anfirregulina podem ser responsáveis para a indução mediada por YAP da proliferação de células, especialmente sob depleção de soro-[7], enquanto YAP também coopera com Myc para promover a proliferação de células [8]. Recentemente, YAP tem mostrado desempenhar um papel crítico na biologia das células estaminais. Ele é induzida durante a reprogramação de células-tronco pluripotentes, enquanto o silenciamento de YAP reduz a pluripotência das células estaminais embrionárias [9]. YAP promove a progressão do câncer de ovário, e altos níveis de expressão nuclear são inversamente associado com a sobrevida do paciente [10]. Em particular, YAP é associado com tumores ovarianos de células claras, um subtipo de tumor maligno de ovário com mau prognóstico [11]. YAP Também foi demonstrado desempenhar um papel oncogénica em carcinoma de células escamosas do esôfago [12]. No cancro do fígado, inibição microARN-mediada de YAP inibe as características do tumor, incluindo a proliferação celular e a invasão [13]. Por outro lado, há relatórios que mostram um oposto, supressora de tumor, o papel de YAP na promoção da apoptose mediada por p73 [14], [15]. Em mama e cancros da cabeça e pescoço, YAP foi mostrado que actua como um supressor tumoral em determinadas circunstâncias, [14], [16].
TAZ é estruturalmente homóloga à YAP, é também inibida pela via Hipopótamo, e também promove mediada por EMT progressão do cancro [17], [18], [19]. TAZ regula a diferenciação de células estaminais mesenquimais por modulação Runx2- e PPARgama-expressão do gene dependente [20], bem como células estaminais auto-renovação por meio de controlar a localização de Smad [21]. TAZ desempenha um papel importante na progressão do cancro da mama [22], [23] e cancro de não pequenas do pulmão de células [24], [25]. Importante, TAZ confere características relacionadas com células-tronco cancerosas em células de cancro da mama, ressaltando ainda mais a sua importância na iniciação e progressão tumoral [26]. TAZ também é sobre-expresso no carcinoma papilar da tiróide [27].
e TAZ YAP foram mostrados para interagir com vários factores de transcrição [2], [3], [4], com a família de factores de transcrição DAET ( TEAD1-4) sendo o mais pertinente na proliferação celular e na progressão do cancro [19], [28], [29]. As estruturas cristalinas de raios-X de complexos YAP-tead foram resolvidos ea interação proposta é apoiada por e coerente com a análise funcional [30], [31], [32], mostrando que os complexos YAP-tead ativa a transcrição do gene.
foi observada expressão YAP no adenocarcinoma do cólon [33], [34], [35]. Ela é abundante em amostras de cancro do cólon humano e superexpressão de YAP promove a proliferação e sobrevivência celular em células de câncer de cólon [36]. Descobertas recentes mostram que knockdown de TAZ resulta em uma diminuição na proliferação de células em crescimento da cultura e tumor
in vivo
[26].
Apesar das evidências sugerindo a implicação potencial do YAP e TAZ no câncer de cólon progressão, o seu significado prognóstico no câncer colorretal é desconhecida. Neste estudo, analisamos a expressão de mRNA de YAP e TAZ, e dois de seus genes alvo a jusante,
AXL
e
CTGF
, em duas coortes de pacientes com câncer de cólon independente compreendendo 522 pacientes. Descobrimos que TAZ, mas não YAP, é um marcador de prognóstico na progressão do cancro do cólon. Além disso, TAZ-
AXL-CTGF
co-sobre-expressão, que define tanto a expressão de TAZ e a sua actividade de transcrição na expressão do gene alvo, é um novo indicador de prognóstico, que é independente do grau do tumor e fase, para dois pontos pacientes com câncer. O papel da TAZ na proliferação de células do cancro do cólon e oncogênese foi validada pelo estudo funcional.
Materiais e Métodos
Extração de dados de expressão de genes clínicas e microarray de conjuntos de dados de pacientes de câncer de cólon
Dois conjuntos de dados de doentes com cancro do cólon, GSE14333 [37] e GSE17538 [38], disponível na expressão gênica Omnibus (GEO) Banco de dados (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds) foram incluídos neste estudo. O site GEO padronizou URLs para os seus conjuntos de dados individuais, por exemplo, as informações de resumo geral sobre a GSE14333 microarray conjunto de dados pode ser acessado no https://www.ncbi.nlm.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE14333. Para cada série de dados GEO, links são fornecidos na parte inferior da página do ficheiro (s) Matriz de série, que contêm os valores de expressão para cada gene (conjunto de sondas) e cada micromatriz. Os URLs para o arquivo (s) Matrix Series também são padronizados. Para GSE14333, o URL foi ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE14333. Os arquivos em formato gzip foram então descompactado para o formato de texto delimitado por tabulação, que contêm informações detalhadas para análise estatística. Os conjuntos de dados GSE14333 e GSE17538 são as duas maiores conjuntos de dados de pacientes de câncer de cólon no banco de dados, e compreendem 522 pacientes, 458 de cujos dados de sobrevivência está disponível na base de dados. A série de dados GSE17538 consiste em quatro subséries: GSE17536, GSE17537, GSE19072 e GSE19073. GSE19072 e GSE19073 foram excluídos do estudo, pois não dispõem de dados clínicos. dados de expressão de genes de microarray foram recuperados a partir das matrizes de dados depositados no banco de dados GEO pelos autores originais. Os níveis de expressão de genes em GSE14333 e GSE17538 são representados por logaritmo de base 2 do valor MAS5 e os valores de RMA, respectivamente, tal como adoptada pelos autores originais. R scripting foi usado para extrair os valores de um pequeno número de genes (sondas) de interesse e os dados clínicos de expressão das matrizes de dados baixados do GEO.
Os dados demográficos e clínicos dos dois grupos de pacientes
Tanto a idade e sexo dos pacientes eram dados demográficos disponíveis nos dois conjuntos de dados analisados no presente estudo. Os doentes tinham uma idade média de 67 anos (intervalo: 26-92 anos) e 65,5 anos (intervalo: 23-94 anos de idade) em GSE14333 e GSE17538, respectivamente. Houve 43% e 46% do sexo feminino, respectivamente, na coorte GSE14333 e GSE17538. A coorte GSE14333 consiste em 290 pacientes, para os quais estavam disponíveis 226 dados de sobrevivência. Quinze, 32, 31 e 21% dos pacientes tinham tumores fase A, B, C e D, respectivamente. Os dados de sobrevivência não estavam disponíveis para todos os pacientes do estágio de dados D. sobrevivência foram disponível para todos os 232 pacientes na coorte GSE17538. Doze, 31, 33 e 24% dos pacientes tinham tumores de estágio AJCC I, II, III e IV, respectivamente, e 8, 78 e 14% dos pacientes tiveram grau A, B e C tumores, respectivamente.
Correlações dos níveis de expressão de genes e dados clínicos
Todas as análises estatísticas foram realizadas utilizando SPSS19.0. As associações entre os níveis de expressão dos genes foram analisados pelo teste de Spearman. Os níveis de expressão foram subdivididos em níveis altos e baixos, utilizando nível de expressão mediana como ponto de corte para análise de sobrevivência de Kaplan-Meier. Os resultados foram comparadas pelo teste de log-rank. A análise de regressão Univeriate Cox foi utilizada para correlacionar os níveis de expressão do gene e sobrevida do paciente e análise de regressão multivariada de Cox foi utilizado para identificar preditores independentes para a sobrevida do paciente usando uma abordagem passo a passo para trás com um limite de entrada de p 0,1 e um limite de remoção de p 0,05 . Os pacientes foram divididos ainda em 4 grupos com base nos níveis de TAZ, Axl e CTGF de expressão; o grupo TAZ-AXL-CTGF de baixa consistiu de pacientes que manifestaram todos estes 3 genes em níveis baixos; o grupo TAZ-AXL-CTGF-intermediário de baixa consistiu de pacientes que expressaram um desses três genes a um nível elevado; o grupo TAZ-AXL-CTGF-intermediário de alta consistiu de pacientes que expressaram dois destes três genes em níveis elevados; o grupo TAZ-AXL-CTGF de alta consistiu de pacientes que expressaram todos os três genes em níveis elevados. O tempo de sobrevivência dos doentes estratificada por esse método de agrupamento foram analisadas por análise de Kaplan-Meier e regressão de Cox como descrito acima.
Identificação de TAZ-AXL-CTGF genes co-expressando
Os pacientes foram estratificados em quatro grupos com base nos níveis de TAZ, Axl e CTGF de expressão como descrito acima. Os padrões de expressão gênica de pacientes em TAZ-AXL-CTGF baixo subgrupo e os do subgrupo alta TAZ-AXL-CTGF (cuja sobrevivência foi significativamente mais pobre) foram comparados. Conjuntos de sondas que foram diferencialmente expressos entre estes dois subgrupos foram identificadas pelo teste t de 2 amostras de Welch. Este teste foi utilizado para evitar o erro de tipo I devido à variâncias desiguais dos valores de conjuntos de sondas entre os subgrupos. Em resumo, um teste t de Welch foi aplicada a cada conjunto de sondas correspondente a um determinado gene na matriz de dados utilizando os nossos próprios MyStats aplicação Java. Os valores de P e a expressão diferencial em mudanças vezes para todas as sondas foram geradas como planilhas delimitados por tabulação do Excel para análise posterior. Os genes foram priorizados pelo ascendente p-valores. Os 100 melhores sondas foram priorizados em ambos os conjuntos de dados do paciente, e os genes comuns a ambos os conjuntos de dados foram analisados de novo.
Identificação de compostos inibidores potenciais de segmentação TAZ-AXL-CTGF superexpressão do cancro do cólon (Conectividade Mapa)
mapeamento conectividade expressão de genes foi realizada utilizando estatisticamente Mapa de ligação substancial (sscMap) para identificar os compostos de pequenas moléculas candidatas que podem inibir a expressão de genes que são co-regulados em TAZ-AXL-CTGF que co-expressam o cancro do cólon agressivo [39], [40], [41]. Dos conjuntos de sondas identificadas para ser co-expressa com TAZ-AXL-CTGF, 33 estavam presentes na plataforma micromatriz Affymetrix HG-U133A, que foi utilizado para gerar o banco de dados de microarray para o mapa de conectividade [39]. O gene assinatura compilado foi então alimentada para a aplicação Java sscMap [41] como uma assinatura de consulta, e a sua associação com os perfis de expressão de gene de 6000 gerados por tratamento de células cancerosas com mais de 1000 moléculas pequenas foram comparados. O procedimento perturbação gene assinatura, o que aumenta a especificidade dos resultados de saída, foi aplicado como previamente descrito [42]. Todos os compostos moleculares pequenos, que foram negativamente associados com o TAZ-AXL-CTGF-GES, foram ordenados e classificados por sua
p
-valor, a estabilidade perturbação e pontuação conexão padronizada. O
p
-valor que foi considerado significativo foi fixado em um limite rigoroso (p = 1/1309), garantindo que os resultados gerados pelo sccMap produzirá apenas maximamente uma falsa pequena molécula positivo esperado ao longo dos 1309 pequenas moléculas testadas no sccMap [42]. Os 20 melhores pequenas moléculas foram então inseridos no motor de busca Pubmed (www.pubmed.com), juntamente com o cancro do cólon para identificar artigos de pesquisa que descrevem seus efeitos das moléculas específicas sobre o tratamento de câncer de cólon.
Identificação de alvos terapêuticos para pacientes com câncer de cólon com superexpressão TAZ-AXL-CTGF
os pacientes que co-sobre-expressos TAZ-AXL-CTGF foram estratificados em dois grupos com base em seus status de sobrevivência. expressões diferenciais de diferentes sondas entre pacientes no subgrupo TAZ-AXL-CTGF-vivos e os do subgrupo TAZ-AXL-CTGF-falecidos foram identificados como descrito acima.
cultura celular e transdução retroviral
HCT116 e SW620 células foram obtidas da American Type Culture Collection e mantidas em F12K /meio DME suplementado com 10% de soro Fetal bovino (FBS), /ml de penicilina /estreptomicina (P /S) (Life Technologies 10 ug, Carlsbad, CA ). A linha celular de empacotamento anfotrópico Phoenix foi obtido a partir do laboratório de Nolan (Stanford University) e mantidas em meio DMEM suplementado com FBS a 10% e 10 ug /ml de P /S. A infecção retroviral foi realizada como previamente descrito [18]. O gancho de cabelo curto (shRNA) contra humano TAZ construir (5′-AGGTACTTCCTCAATCACA-3 ‘) transportado pelo vector pSuperRetro-Puro (shTAZ) foi usada para knockdown TAZ (Oligoengine, Seattle, WA), enquanto que a precipitação shRNA construto (5’- CCTAAGGTTAAGTCGCCCTCG-3 ‘; shScr) foi utilizado para controlo. As linhas celulares estáveis foram estabelecida seleccionando as células traduced em 2 ug /ml de puromicina (Sigma Aldrich, St. Louis, MO).
Western blot análise
imunotransferência foi realizada como previamente descrito [18 ] utilizando SuperSignal West Pico (Thermo Scientific, Rockford, IL). O anticorpo TAZ comercial foi obtida a partir de Imgenex (San Diego, CA).
ensaios em agar mole e clonogénicas Anchorage-independentes
Para o ensaio em agar mole, 5000 células ressuspensas em 0,35% (w /v) de agarose num meio de cultura foram sobrepostos sobre uma solidificou 0,5% (w /v) de agarose num meio de cultura. A camada superior foi deixada a solidificar. Meio com puromicina foi adicionado no dia seguinte e as células foram então incubadas a 37 °
-C, com 5% de CO
2. Meio fresco com puromicina foi completada e as colónias formadas foram coradas com 1 mg /ml de azul de tiazolilo tetrazólio (Sigma Aldrich) durante 4 horas na incubadora a 37 ° C com 5% de CO
2. O excesso de corante foi removido por descoloração várias vezes com água e o número de colónias foi determinado.
Para o ensaio clonogénico, 500 células por poço foram semeadas em triplicado em placas de 6 poços. O meio de cultura foi refrescada cada semana e as células foram fixadas com paraformaldeído a 4% em PBS após 2 semanas de incubação a 37 ° C com 5% de CO
2. As células fixadas foram coradas com violeta de cristal a 0,5% (Sigma Aldrich) em etanol a 20% durante a noite. As células foram enxaguadas com água, foi seca e analisada número de colónias.
Tumorigênese em ratinhos nus
Cem ul de uma suspensão de células de 1,5 x 10
7 /ml foram inoculados subcutaneamente no os flancos traseiros direito e esquerdo de ratinhos nus fêmea de quatro a seis semanas de idade. O desenvolvimento do tumor foi monitorizado sfter 2 semanas. Os ratos foram então sacrificados e os tumores foram retirados para análise.
Resultados
expressões
TAZ e mRNA YAP correlacionar positivamente com a expressão do mRNA de seus genes alvo a jusante, AXL e CTGF
anteriormente, nós e outros têm demonstrado que
AXL
e
CTGF Quais são dois importantes genes alvo a jusante de TAZ e YAP [23], [43], [44]. No presente estudo, nós investigamos se os níveis dos dois co-activadores de transcrição na via Hippo, TAZ e YAP expressão de mRNA, se correlacionam com a expressão de mRNA de
AXL
e
CTGF
. Nos 290 pacientes com câncer de cólon a partir do conjunto de dados GSE14333, expressão TAZ foi significativamente correlacionada com ambos AXL (teste de Spearman,
r
= 0,547,
p Art 0,001; Figura 1A) e CTGF (
r
= 0,543,
p Art 0,001; Figura 1B) expressões. expressão de mRNA YAP também foi correlacionada positivamente com AXL (
r
= 0,154,
p
= 0,009; Figura 1C) e CTGF (
r
= 0,141,
p
= 0,016; Figura 1D) a expressão do mRNA no mesmo conjunto de dados, mas em menor grau. Em 232 pacientes com câncer de cólon de GSE17538, expressão de mRNA TAZ foi significativamente correlacionada positivamente com tanto AXL (
r
= 0,752,
p Art 0,001; Figura 1E) e CTGF (
r
= 0,686,
P
0,001; Figura 1F) expressões de mRNA, enquanto YAP ARNm foi também significativamente positivamente correlacionada com a expressão de ARNm de ambos os genes, mais uma vez, em menor grau (AXL:
r
= 0,343,
p Art 0,001; Figura 1G e CTGF:.
r
= 0,387,
p Art 0,001; Figura 1H)
gráficos de dispersão de (A) a expressão do mRNA TAZ contra
AXL
expressão de mRNA, (B) a expressão do mRNA TAZ contra
CTGF
expressão de mRNA, (C) a expressão do mRNA YAP contra
AXL
expressão do mRNA, e (D) a expressão de ARNm em relação YAP
CTGF
expressão de ARNm nos conjuntos de dados de cancro do cólon GSE14333, e a expressão de (e) contra ARNm TAZ
AXL
expressão do mRNA, ( F) a expressão de ARNm em relação TAZ
CTGF
expressão do mRNA, (G), a expressão de ARNm em relação YAP
AXL
expressão do mRNA, e (h) a expressão de ARNm em relação YAP
CTGF
expressão de ARNm nos conjuntos de dados de câncer de cólon GSE17538.
TAZ, mas não YAP, a expressão do mRNA é um preditor de sobrevida do paciente
nos 226 pacientes cujos dados de sobrevivência estavam disponíveis a partir do cancro do cólon GSE14333 coorte paciente, um alto nível de expressão de mRNA TAZ foi significativamente correlacionada com uma menor sobrevida (nível alto: a sobrevida média = 72,3 meses, 95% Intervalo de confiança (IC) = 63-81 meses; baixo nível: a sobrevida média = 129 meses, 95% CI = 121-136 meses,
p Art 0,001; A Figura 2A). Pela análise Cox-regressão, a expressão do mRNA TAZ foi significativamente correlacionada com a sobrevivência (razão de risco (HR) = 2,251, IC 95% = 1,626-3,116,
p Art 0,001; Figura 2C) no câncer de cólon GSE14333 coorte paciente. Pela análise multivariada (Figura 2C), expressão de mRNA TAZ (HR = 2,062, IC 95% = 1,472-3,116,
p Art 0,001) e tumor estadiamento (
p Art 0,001) são os dois preditores independentes de sobrevivência na mesma coorte. Da mesma forma, um elevado nível de expressão de mRNA TAZ foi significativamente correlacionada com menor sobrevida do paciente na GSE17538 câncer de cólon grupo de pacientes (nível alto: a sobrevida média = 84 meses, 95% CI = 72-96 meses; baixo nível: A sobrevida média = 109 meses , 95% CI = 97-120 meses,
p
= 0,011; Figura 2B). Por Cox-regressão, a expressão do mRNA TAZ é um preditor de sobrevida nesta coorte (HR = 1,743, IC 95% = 1,177-2,582,
p
= 0,006; Figura 2D). análise de regressão Cox Mulivariate também mostrou que a expressão de mRNA TAZ (HR = 1,998, IC 95% = 1,245-3,205,
p
= 0,004; Figura 2D) foi um preditor independente de sobrevivência, juntamente com estágio (
p Art 0,001) e grau (
p
= 0,03) dos cancros nesta câncer de cólon coorte paciente. Por outro lado, a expressão do mRNA YAP não se correlacionou significativamente com a sobrevida do paciente por meio de análise de Kaplan-Meier (GSE14333:
p
= 0,519; Figura 2E e GSE17538:
p
= 0,634; Figura 2F ) ou por análise de regressão de Cox-(GSE14333:
p
= 0,673; Figura 2G e GSE17538:
p
= 0,979; Figura 3H) em qualquer conjunto de dados. Estes resultados sugerem que a expressão do mRNA TAZ é um romance marcador de prognóstico para pacientes com câncer de cólon, mas YAP não é.
análises de Kaplan-Meier para a expressão de mRNA TAZ no (A) GSE14333 e (B) GSE17538 cólon do paciente de câncer conjuntos de dados . análises de regressão uni e multivariada de Cox para a expressão do mRNA TAZ, idade, estágio do tumor e grau do tumor em (C) GSE14333 e (D) GSE17538 cólon conjuntos de dados paciente com câncer. análises de Kaplan-Meier para a expressão do mRNA YAP em (E) e (F GSE14333) GSE17538 cancro do cólon conjuntos de dados de pacientes. análises de regressão uni e multivariada de Cox para a expressão do mRNA TAZ, idade, estágio do tumor e grau do tumor em (G) GSE14333 e câncer de conjuntos de dados de pacientes (H) GSE17538 cólon.
análises de Kaplan-Meier para a
AXL
expressão de mRNA em (a) GSE14333 e (B) GSE17538 cólon conjuntos de dados paciente com câncer. análises de regressão uni e multivariada de Cox para
AXL
expressão de mRNA, idade, estágio do tumor e grau do tumor em (C) GSE14333 e (D) GSE17538 cólon conjuntos de dados paciente com câncer. análises de Kaplan-Meier para a
CTGF
expressão de mRNA em (E) GSE14333 e conjuntos de dados de pacientes (F) GSE17538 cancro do cólon. análises de regressão uni e multivariada de Cox para
CTGF
expressão de mRNA, idade, estágio do tumor e tumor de grau em (G) GSE14333 e conjuntos de dados de pacientes de câncer (H) GSE17538 cólon.
Ambos AXL e CTGF, genes alvo a jusante de TAZ e YAP, são preditores de sobrevida do paciente
Para investigar se o resultado funcional do programa transcricional mediado por TAZ e YAP confere valor prognóstico em pacientes com câncer de cólon, analisamos se o mRNA expressão de Axl e CTGF, dois dos genes-alvo mais bem definido de complexos TAZ /YAP-tead, se correlacionam com a sobrevivência dos pacientes nos dois grupos de pacientes com câncer de cólon.
expressão de mRNA Alto nível de AXL correlacionada com uma cancro do cólon de tempo mais curto do paciente sobrevivência na coorte GSE14333, embora essa correlação não foi significativa (nível alto: a sobrevida média = 80 meses, 95% CI = 71-88 meses; baixo nível: a sobrevivência = 114 meses, 95% CI média = 101 -129 meses,
p
= 0,064; Figura 3A). Na coorte GSE17538, expressão de mRNA alto nível de AXL foi significativamente correlacionada com menor sobrevida (nível alto: a sobrevida média = 84 meses, 95% CI = 72-96 meses; baixo nível: a sobrevida média = 104 meses, IC 95% = 94 -114 meses,
p
= 0,004; Figura 3B). Pela análise Cox-regressão, a expressão do mRNA AXL foi um preditor de sobrevida do paciente, tanto no GSE14333 (HR = 1,839, IC 95% = 1,230-2,748,
p
= 0,003; Figura 3C) eo GSE17538 (HR = 2,158, IC 95% = 1,141-4,081,
p
= 0,018; coortes Figura 3D). Na coorte GSE14333, expressão de mRNA AXL (HR = 1,631, IC 95% = 1,076-2,471,
p
= 0,021; Figura 3C) foi um preditor independente de sobrevida do paciente com tumor estadiamento (
p
0,001), enquanto na coorte GSE17538, expressão de mRNA AXL (HR = 3,700, IC 95% = 1,665-8,220,
p
= 0,001; Figura 3D) foi um preditor independente de sobrevida do paciente em conjunto com estágio (
p Art 0,001). e grau (
p
= 0,055) dos cancros
resultados semelhantes foram obtidos para CTGF. Um alto nível de expressão de mRNA CTGF foi significativamente correlacionada com menor sobrevida dos pacientes em ambos os GSE14333 (nível alto: a sobrevivência = 87 meses, 95% CI = 74-102 meses significa; baixo nível: a sobrevivência = 98 meses, 95% CI = 88 significa -108 meses,
p
= 0,012; Figura 3E) e GSE17538 (nível alto: a sobrevida média = 85 meses, 95% CI = 73-97 meses; baixo nível: a sobrevivência = 105 meses significa, IC 95% = 95-114 meses,
p
= 0,004; coortes Figura 3F). análise de regressão Cox univariada também mostrou que a expressão do mRNA CTGF foi um preditor de sobrevida do paciente em ambas as coortes (GSE14333: HR = 1,667, IC 95% = 1,260-2,232,
p Art 0,001; Figura 3G e GSE17538 : HR = 1,433, IC 95% = 1,126-1,825,
p
= 0,004; Figura 3H). Além disso, a expressão do mRNA CTGF é um preditor independente para a sobrevivência em ambos os grupos (GSE14333: HR = 1,543, IC 95% = 1,155-2,061,
p Art 0,001; Figura 3G e GSE17538: HR = 1.902, 95 % CI = 1,385-2,612,
p Art 0,001; Figura 3H), juntamente com estágio (GSE14333:
p Art 0,001 e GSE17538:
p Art 0,001 ) e grau (GSE17538:.
p
= 0,053) dos cancros
TAZ, AXL e CTGF pode ser usado em combinação para prever a sobrevida do paciente de câncer de cólon
Tal como descrito acima, expressão da TAZ,
AXL
e
CTGF
tudo correlacionado com a sobrevivência paciente de câncer de cólon. Nós investigamos se ainda mais a sua expressão pode ser usado em combinação como um marcador de prognóstico para doentes com cancro do cólon. Na coorte GSE14333, os pacientes cujos tumores tinham expressão baixo nível dos três genes tinham um tempo de sobrevivência de 117 meses (95% CI = 110-123 meses) Quer dizer, enquanto aqueles cujos tumores sobre-expresso apenas um dos três genes também teve uma média sobrevivência de 117 meses (IC 95% = 101-132 meses). Os pacientes cujos tumores tinham uma expressão de alto nível de dois dos três genes tiveram uma sobrevida média de 65 meses (95% IC = 57-74 meses), enquanto aqueles cujos tumores tinham uma expressão de alto nível de todos os três genes tiveram uma sobrevida média tempo de 72 meses (IC 95% = 60-84 meses). O tempo de sobrevivência dos pacientes entre estes quatro subgrupos foram significativamente diferentes (
P
= 0,001; Figura 4A). Na análise de Cox-regressão, utilizando o subgrupo contendo os pacientes cujos tumores tinham uma expressão de baixo de todos os três genes como um grupo de referência, descobrimos que os pacientes cujos tumores sobre-expresso um (HR = 3,953, IC 95% = 1,070-14,607,
p
= 0,039), dois (HR = 6,503, IC 95% = 1,894-22,330,
p
= 0,003) ou todos os três genes (HR = 7,656, IC 95% = 2,287-25,628,
p
= 0,001) tiveram um risco cada vez maior de progressão da doença (Figura 4C).
os pacientes foram divididos em 4 grupos de acordo com o número de genes que eles overexpressed (expresso em acima do nível médio ) entre TAZ,
AXL
e
CTGF
. análises de Kaplan-Meier para a expressão TAZ-AXL-CTGF ARNm em (A) e (B GSE14333) GSE17538 cólon conjuntos de dados de pacientes de cancro. análises de regressão uni e multivariada de Cox para a expressão do mRNA TAZ-AXL-CTGF, idade, estágio do tumor e grau do tumor em conjuntos de dados de pacientes de câncer (C) GSE14333 e (D) GSE17538 cólon.
Resultados semelhantes foram obtidos no doente coorte GSE17538. Os pacientes cujos tumores expressaram os três genes a baixo nível, tiveram uma sobrevida média de 108 meses (IC 95% = 97-119 meses), aqueles cujos tumores tinham uma expressão de alto nível de um dos três genes tinham um tempo médio de sobrevivência de 88 meses (IC 95% = 72-104 meses), aqueles cujos tumores sobre-expressos dois dos três genes tinham um tempo médio de sobrevivência de 99 meses (IC 95% = 78-121 meses), enquanto que aqueles cujos tumores sobre-expresso todos os três genes tinham um tempo médio de sobrevida de 77 meses (IC 95% = 63-91 meses). O aumento da incidência de sobre-expressão destes três genes resultou na sobrevivência significativamente menor nestes pacientes (análise de Kaplan-Meier,
P
= 0,01; Figura 4B). análise de Cox-regressão usando tumores que sobre-expressos nenhum dos três genes como referência revelou que os pacientes cujos tumores sobre-expresso um (HR = 1,675, IC 95% = 0,75-3,741,
p
= 0,203), dois (HR = 1.770, 95% CI = 0,790 = 3,966,
p
= 0,166) e todos os três genes (HR = 2,807, IC 95% = 1,482-5,317,
p
= 0,002) tiveram um aumento do risco de progressão da doença (Figura 4D)
na verdade, os pacientes cujos tumores expressaram TAZ,
AXL
e
CTGF
mRNA em níveis baixos (GSE14333:. sobrevida média = 117 meses, 95% CI = 110-123; GSE17538: sobrevida média = 108 meses, IC95% = 95-121 meses) tiveram uma sobrevida superior em comparação com aqueles cujos tumores sobre-expresso todos os três genes (GSE14333: sobrevivência = 96, 95 significa % CI = 84-108,
p Art 0,001; GSE17538:. sobrevivência = 91 meses, 95% CI = 81-101 meses,
p
= 0,037 significa; Figura S1)
nem a idade nem o sexo dos pacientes foi fator que determinou o número de TAZ, AXL e CTGF que overexpressed em qualquer câncer de cólon coorte paciente. expressão TAZ-AXL-CTGF foi apenas significativamente menor nos tumores encenar uma comparação com tumores de outras fases (
p
= 0,022), mas não foram significativamente diferentes entre outras fases GSE14333. Em GSE17538, expressão TAZ-AXL-CTGF não foi significativamente diferente entre os estágios AJCC ou graus tumorais. Quando os pacientes foram estratificados de acordo com seu estágio, observamos que a expressão TAZ-AXL-CTGF ainda estava significativamente correlacionada com pior sobrevida em pacientes com tumores estágio superior. Em GSE14333, aumento do número de genes sobre-expressos entre TAZ, AXL e CTGF foi significativamente correlacionada com uma menor sobrevida (HR = 1,414, IC 95% = 1,031-1,938,
p
= 0,032) em pacientes com tumores estágio C . Resultados semelhantes foram obtidos em GSE17538, em que, a expressão TAZ-AXL-CTGF estava associado a menor sobrevivência em pacientes com tumores de grau mais elevado e mais elevada fase.