Sumário

Para desenvolver uma visão abrangente do número de cópias aberrações (CNAs) em fase-II /III cancro colorectal (CRC), caracterizamos 302 tumores de ensaio clínico PETACC-3. Microssatélite-estáveis ​​(MSS) amostras (n = 269) teve 66 mínimos regiões comuns CNA, com ganhos frequentes em 20 q (72,5%), 7 (41,8%), 8 q (33,1%) e 13 q (51,0%) e perdas em 18 (58,6%), 4 q (26%) e 21 q (21,6%). tumores MSS têm significativamente mais do que CNAs tumores microsatélites-instável (MSI): dentro da MSI tumores um romance supressão do supressor de tumor WWOX aos 16 q23.1 foi identificado (p 0,01). aberrações prioritários identificados pelo método GISTIC confirmou amplificações de oncogenes, incluindo EGFR, ErbB2 CCND1, MET, e MYC e deleções de supressores de tumor incluindo TP53, APC, e SMAD4 e expressão do gene foi altamente concordante com número de cópias aberração para estes genes. amplicons novos incluídos oncogenes putativos como WNK1 e HNF4A, que também mostrou alta concordância entre o número de cópia e de expressão. A análise de sobrevida associado um segmento paciente específico caracterizado pelo cromossomo 20 q ganhos a uma sobrevida global melhorada, o que pode ser devido a maior expressão de genes tais como EEF1B2 e PTK6. O agrupamento CNA também agrupados tumores caracterizados por um BRAF-mutante como assinatura mau prognóstico derivado de dados de mRNA a partir desta coorte. Nós revelou ainda correlação não-aleatório entre CNAs entre os locos não ligados, incluindo a correlação positiva entre 20 ganho de q e 8 de ganho de q, e 20 ganho de q e cromossomo 18 perda, consistente com co-seleção desses CNAs. Estes resultados reforçam a natureza não-aleatória de CNAs somática em fase-II /III CRC e destacar loci e genes que podem desempenhar um papel importante na promoção do desenvolvimento e dos resultados deste doença

Citation:. Xie T, d ‘Ario L, Cordeiro JR, Martin E, Wang K, Tejpar S, et al. (2012) A caracterização completa de Genome-Wide número de cópias Aberrações no câncer colorretal Revela Novos oncogenes e padrões de alterações. PLoS ONE 7 (7): e42001. doi: 10.1371 /journal.pone.0042001

editor: Alejandro H. Corvalan, Pontificia Universidad Catolica de Chile, Chile

Recebido: 25 de abril de 2012; Aceito: 28 de junho de 2012; Publicado: 31 Julho 2012