Abstract
Fundo
O gene TERT é o componente transcriptase reversa da telomerase e é essencial para a manutenção do comprimento dos telômeros DNA, estabilidade cromossômica e da imortalidade celular. CLPTM1L gene codifica uma proteína associada à resistência à cisplatina, e que é bem conservada e expressa em vários tecidos normais ou malignas, incluindo o pulmão.
Métodos
Para testar esta hipótese, foram genotipados para dois significativa SNPs TERT-rs2736098 e CLPTM1L-rs4016981 em um estudo de caso-controle com 501 casos de câncer e 576 controles sem câncer na população não-fumantes chinês. Informações sobre fatores demográficos e de risco foi obtida para cada caso e controle por um entrevistador treinado. polimorfismos do gene foram determinados pela metodologia TaqMan.
Resultados
Nós descobrimos que o modelo genético variante homozigótica do gene TERT foi associada a um aumento significativo do risco de câncer de pulmão com OR ajustado de 1,72 (95% CI = 1,19-2,51,
P
= 0,004 para heterogeneidade). O efeito conjunto de TERT e CLPTM1L aumento do risco de câncer de pulmão com OR ajustado é de 1,31 (IC 95% = 1,00-1,74,
P
= 0,052 para heterogeneidade).
Conclusão
variantes genéticas em TERT e CLPTM1L pode afectar a susceptibilidade de câncer de pulmão, especialmente adenocarcinoma em mulheres não-fumantes chineses
Citation: Li C, Yin Z, Wu W, Li X, Y Ren, Zhou B (2013. ) variações genéticas em genes TERT-CLPTM1L eo risco de câncer de pulmão em mulheres chinesas não fumantes. PLoS ONE 8 (5): e64988. doi: 10.1371 /journal.pone.0064988
editor: Graham R. Wallace, da Universidade de Birmingham, Reino Unido
Recebido: 24 Outubro, 2012; Aceito: 19 de abril de 2013; Publicado em: 30 de maio de 2013
Direitos de autor: © 2013 Li et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados
Financiamento:. Este estudo foi apoiado por no.81272293 bolsa da National Science Foundation Natural da China, conceder no.81102194 da National Natural Science Foundation da China, conceder no.LS2010168 de Liaoning Departamento Provincial da Educação e conceder no.00726 da China Medical Board.
Conflito de interesses:. os autores declararam que não existem interesses conflitantes
Fundo
Em todo o mundo, o cancro é uma das causas mais líder de mortes relacionadas ao câncer. A maioria dos tipos de câncer são atribuídos ao efeito de interação gene-ambiente. Um grande número de pesquisas têm incidido sobre o polimorfismo do gene e a susceptibilidade ao cancro. Além de vários tipos de tumor herdada, casos mais esporádicos ainda está indefinido. Os últimos estudos prestar atenção a telomerase transcriptase reversa (TERT), fissura de lábio e palato transmembrana 1-like variação (CLPTM1L) gene que lócus no cromossomo 5p15.33. Muitos estudos de associação do genoma (GWAS) de câncer foram relatados e desde que a região genômica TERT-CLPTM1L associado o risco de câncer de pulmão. Na maioria dos estudos, o principal de casos e controles eram fumantes de cigarro que tornou difícil avaliar se esses genes foram associados com o cancro do pulmão ou o uso do tabaco [1]. Além disso, uma proporção substancial de câncer de pulmão em mulheres asiáticas ocorre entre os não-fumantes, que curiosamente tem uma relativamente elevada raiva de câncer [2]. Além disso, estudos anteriores mostraram a evidência de que as associações de polimorfismos de genótipos com o risco de câncer de pulmão poderia ser confundida por sexo ou fumar [3]. Portanto, realizamos um estudo de associação do genoma em fêmeas não-fumadores na população chinesa Han.
O gene TERT é o componente transcriptase reversa da telomerase e é essencial para a manutenção do comprimento dos telômeros DNA, estabilidade cromossômica e imortalidade celular [4], [5]. A atividade da telomerase foi encontrado em 85% -90% dos cancros humanos. Além disso, o comprimento dos telómeros, na maioria dos tumores seriam mantidas por causa da anormalmente expressa do telómero nas células malignas, tais como a maioria das células tumorais. No entanto, este fenómeno não revelaram no tecido ou células de saúde [6]. CLPTM1L gene codifica uma proteína associada à resistência a cisplatina formiga é bem conservada e expressa em vários tecidos normais ou malignas, tais como a pele do pulmão, da mama, do ovário cervical [7].
Estudos anteriores relataram que o gene TERT e CLPTM1L gene associado ao risco de muitos tipos de cancros. Recentemente, dois estudos de associação do genoma identificaram a mesma região suscetível a câncer de pulmão. Entre esses sites, rs2736098 que locus gene TERT foi identificado o suscetíveis. Simultaneamente, rs401681 estão em uma região de alta desequilíbrio de ligação (LD) que inclui as regiões de promotor de TERT e toda a região codificadora do gene CLPTM1L também relataram um lote. Para testar esta hipótese, genotipados para dois SNPs significativas TERT-rs2736098 e CLPTM1L-rs4016981 em um estudo de caso-controle com 501 casos de câncer e 576 controles sem câncer na população chinesa não-fumantes.
Materiais e Métodos
estudo Assunto
Nós obteve a aprovação ética para o nosso estudo. O nome do comitê de ética é o Comitê de Ética da Universidade Medical China. Nós também fazer upload de uma renúncia formal escrita da aprovação ética para o seu sistema
.
Este foi um estudo de caso-controle de base hospitalar no nordeste da China. Todos os indivíduos eram independentes chineses Han étnicas. Não houve restrição de idade e histologia para o recrutamento e os critérios de exclusão dos casos incluídos metástase de câncer, o câncer anterior e radioterapia prévia ou quimioterapia. Um total de 501 casos de cânceres de pulmão foram obtidos 2002-2010 no Hospital primeira afiliada da China Medical University e histopatologicamente câncer de Liaoning confirmou câncer de pulmão primário. Os 576 controles sem câncer foram selecionados a partir do mesmo hospital ou história presente de doença maligna durante o mesmo período de tempo que os casos foram recrutados e foram frequência correspondente ao caso indivíduos por idade (± 5 anos). Controlos sofreu principalmente a partir de bronquite, doença pulmonar e enfisema. Todos os indivíduos incluídos no estudo só foram admitidos depois de fornecer consentimento informado por escrito para participar.
análise do genótipo
O DNA genômico foi extraído de um pellet de leucócitos utilizando digestão com proteinase K seguido de extracção com fenol-clorofórmio e precipitação com etanol como descrito previamente [8]. SNPs em ambos terc-rs2736098 e CLPTM1L-rs401681 foram genotipados por investigadores cegos para caso-controle de status, a fim de evitar qualquer viés genotipagem, utilizando metodologia TaqMan e ler com o software de detecção de seqüência em um Applied Bio-sistemas 7500 RÁPIDO Real-Time PCR sistema de acordo com as instruções do fabricante (Applied Biosystems, Foster City, CA). iniciadores e sondas TaqMan PCR foram fornecidos por Applied Biosystems. Cada placa incluía um controlo negativo (sem ADN), duplicado controlos positivos comerciais (TaqMan Controlo O ADN genómico; Applied Biosystems). A amplificação foi realizada sob as seguintes condições: 95 ° C durante 10 min, seguido por 47 ciclos de 92 ° C durante 30s e 60 ° C durante 1 min. Para validar os resultados de genotipagem, 10% das amostras selecionadas aleatoriamente foram duplicados e todos duplicados foram pareados.
Análise Estatística
Two-sided
x
foi usado 2 test examinar as diferenças nas distribuições de características demográficas, variáveis selecionadas e genótipos entre os casos e controles. As associações de genótipos de TERT e CLPTM1L com o risco de câncer de pulmão foram estimados pelo cálculo do odds ratio (OR) e seu intervalo de confiança de 95% (CIs) de ambos os modelos de regressão logística uni e multivariada na análise de caso-controle. O equilíbrio de Hardy-Weinberg para cada SNP foi testado com
x
2 teste de Pearson. Todas as análises foram realizadas com ajuste para idade e renda e todos os indivíduos eram mulheres não-fumantes. Todos os testes foram frente e verso, e P 0,05 foi considerado significativo. Todas as análises foram realizadas utilizando o Statistical Produtos e Soluções Serviços software. (V.16.0; SPSS Instituto Cary, Chicago, IL):
Resultados
Os dados demográficos para 501 casos de câncer de pulmão e 576 de câncer Livre de controles são apresentados na Tabela 1, com idades médias de casos e controlos (média ± SD), sendo quase idêntica (56,7 ± 11,6 e 56,2 ± 13,0 anos, respectivamente). Não houve diferença significativa na idade entre os casos e controles (
P
= 0,471). Capas incluídas 334 adenocarcinomas, carcinomas de células escamosas 90 e 77 outros tumores com uma variedade de patologias diferentes (incluindo grandes células, carcinomas de células pequenas e de células mista ou carcinomas indiferenciados). Todos os indivíduos eram do sexo feminino não-fumantes.
As freqüências genotípicas observadas entre os indivíduos do grupo controle foram de acordo com o esperado sob o equilíbrio de Hardy-Weinberg (p
2 + 2pq + q
2 = 1,
P
= 0,065 para rs2736098 e 0,463 para rs401681). Como mostrado na Tabela 2, o alelo T em rs2736098 gene TERT foi associado com um aumento significativo do risco de cancro do pulmão (
P = 0,009 para
heterogeneidade), com OR ajustadas de 1,27 (IC de 95% = 1,06-1,52 ). Enquanto isso, pudemos observar uma maior associação entre o polimorfismo rs2736098 eo risco de câncer de pulmão em um modelo genético (TT vs CC: OR = 1,72, 95% CI = 1,19-2,51,
P
= 0,004 para heterogeneidade ). Além disso, quando nós combinamos os genótipos variantes (TT + TC) assumindo um modelo genético dominante, os genótipos variantes combinadas aumentaram não significativamente a susceptibilidade de câncer de pulmão. No entanto, nenhuma associação significativa foi mostrada entre cada modelo genético entre rs401681 em CLPTM1L eo risco de câncer de pulmão. Então nós combinamos os dois SNPs para avaliar o seu efeito conjunto no risco de câncer de pulmão. Categorizamos todos os genótipos de cada SNP para os três ou dois grupos diferentes (tricotomizados e dicotomizados) de acordo com o número de genótipos variantes. Como mostrado na Tabela 2, para os grupos dicotomizadas, indivíduos com genótipos 2 variantes tinham um risco significativamente acrescido de cancro do pulmão, em comparação com indivíduos com 0 ou 1 genótipos variantes. O OR ajustado é de 1,31 (IC 95% = 1,00-1,74,
P
= 0,052 para heterogeneidade).
A Tabela 3 resume a relação entre o terc-rs2736098 e CLPTM1L-rs401681 genótipos em casos de câncer de pulmão e controles, estratificados por tipo histológico. O alelo rs2736098 T no gene TERT foi associada a um aumento significativo do risco de câncer de pulmão no subgrupo adenocarcinoma (P 0,001 para heterogeneidade), com OR ajustadas de 1,43 (IC 95% = 1,17-1,75). Nós também obteve um aumento associação estatisticamente significativa entre o polimorfismo rs2736098 eo risco adencarcinoma em dois modelos genéticos (TT vs CC: OR = 2,17, 95% CI = 1,44-3,25,
P Art 0,001 para heterogeneidade; CT + CC vs CC: OR IC = 1,40, 95% = 1,05-1,86,
P
= 0,026 para heterogeneidade). Além disso, conforme descrito na Tabela 3, C alelo em CLPTM1L-rs401681 aumentou o risco de subgrupo adenocarcinoma de pulmão e do (IC 95% = 1,00-1,52,
P
= 0,046 para heterogeneidade) 1,23 OR ajustado é.
Discussão
Para o nosso conhecimento, este é o primeiro estudo que investigou se as duas variantes genéticas GWAS-identificados (terc-rs2736098 e CLPTM1L-rs401681) nas 5p5.33 lócus são associado com o risco de câncer de pulmão em não fumadores Han-chinês fêmeas. Os resultados sugerem que o gene alelo variante rs2736098 foi significativamente associada com o aumento do risco de câncer de pulmão, especialmente em adenocarcinoma de pulmão. Por outro lado, nosso estudo obteve os dados sobre o aumento do risco de adenocarcinoma de pulmão e do C alelo rs401681 no gene CLPTM1L, enquanto os outros modelos genéticos não teve associação estatisticamente significativa com câncer de pulmão em mulheres não fumantes.
A gene TERT foi mapeado no cromossoma 5p15.33 e consistiu de 16 exões e intrões abrangendo 15 35kb de ADN genómico [9], rs2736098 está localizada no segundo exão do gene da telomerase TERT. proteína TERT é uma subunidade catalítica e um regulador chave da actividade da telomerase. Portanto, terc foi considerado para ser um candidato mais plausível em 5p15.33 para o risco de cancro do pulmão [4]. A sobre-expressão da actividade da telomerase TERT e tem sido observada em muitos tumores, tais como cancro do pulmão, cancro da pele, glioma. No entanto, o significado funcional dos rs2736098 SNP não era evidente e o mecanismo molecular pelo qual o polimorfismo afecta o risco de cancro do pulmão não está ainda elucidada. Nossa pesquisa forneceu a forte evidência da população chinesa que o 5p15.33 pode ser a região causal predispor a suscetibilidade ao câncer de pulmão, eo efeito das rs2736098 SNP foi a mesma para a população coreana na Ásia [10]. Até agora, nenhum dos estudos em causa a relação entre rs2736098 em TERT e câncer de pulmão na população caucasiana, embora nós achamos que a freqüência do alelo mutação na população caucasiana foi de 37% através de HapMap, bem como os dados na população asiática foi de 41% (http : //snp.cshl.org/cgi-perl/gbrowse/hapmap24_B36/). O gene CLPTM1L também localizado no cromossoma 5p15.33 e pode desempenhar um papel na resposta apoptótica. Além disso, é também CLPTM1L um gene de susceptibilidade a cancro atraente, uma vez que codifica um transcrito cuja sobreexpressão tem sido associada à resistência à cisplatina [7]. A sobre-expressão de ARNm CLPTM1L tem sido observada em muitos tipos de cancro, incluindo o cancro do pulmão. Base de dados sobre os nossos resultados, alelo variante rs401681 de TERT não contribuem para o risco de câncer de pulmão em mulheres não-fumante. No entanto, quando estratificados por patologia, o alelo C em CLPTM1L-rs401681 aumentou o risco de subgrupo adenocarcinoma de pulmão e do OR ajustado é de 1,23 (IC 95% = 1,00-1,52,
P
= 0,046 para heterogeneidade). Portanto, o nosso estudo sugere que genótipos variantes CLPTM1L-rs401681 podem desempenhar papéis diferentes em diferentes subgrupos de patologia de câncer de pulmão. Olhando para trás em estudos anteriores, os resultados que têm sido relatados foram insatisfatórios e até mesmo conflitantes. Por exemplo, um estudo inicial relatou que os genótipos CLPTM1L T não foram associados com risco de câncer de pulmão na população branca [11]. Além disso, duas pesquisas relataram que o polimorfismo do gene CLPTM1L não foi associada a risco de cancro do pulmão em uma população asiática [15], [16]. Ambos eram conjuntos de dados baseados em hospitais. No entanto, os estudos de associação oito mostrou que o alelo rs401681 C aumentado marginalmente cancros pulmonares totais risco tanto num Europeu e uma população Asiática [3], [12], [17] – [22]. Não muito tempo atrás, uma meta-análise pesquisado por Yin et al. descobriram que os indivíduos com os genótipos alelo C apresentaram maior risco de câncer de pulmão [23]. Embora esse estudo, notavelmente o aumento do risco foi encontrado em fumar cancros relacionados, tais como o cancro do pulmão. Pode ser explicado que a proteína CLPTM1L podem estar envolvidos na resposta de apoptose de stress genotóxico. A possível explicação para essas discrepâncias pode ser que as freqüências alélicas em diferentes etnias eram bem diferentes. Dados em HapMap demonstrar que a frequência do alelo T na população caucasiana foi de 43%, mas os dados na população Asiática foi de 29% (https://snp.cshl.org/cgi-perl/gbrowse/hapmap24_B36/). A distinta também podia por causa da grande diferença em cada tamanhos de amostra. A maioria dos mais recentes estudos GWAS continha mais que dez mil casos, bem como controles. Por outro lado, quando se utiliza TaqMan ou metodologia de PCR-RFLP, as outras pesquisas continha quase mil casos ou apenas algumas centenas de casos de câncer. Além disso, as discrepâncias poderiam devido a diferentes fonte de grupo de controle ou método de genotipagem. O funcional exata de CLPTM1L permanece obscuro. O estudo anterior especulado ele pode estar em forte LD com outros SNPs funcionais ou causais potenciais [7]. Ainda mais, uma relação positiva entre o alelo rs401681 C e menor comprimento dos telômeros parente sugeriu que o gene CLPTM1L era um candidato em afetar a suscetibilidade ao câncer de pulmão [24]. Foi mesmo para o terc-rs2736098. Além disso, a base sobre o potencial efeito interagem entre TERT e CLPTM1L, que categorizados todos os genótipos de cada SNP em dois grupos diferentes de acordo com o número de genótipos variantes. O modelo dicotomizam indicou que os indivíduos com 2 genótipos variantes apresentaram um risco significativamente aumentado de câncer de pulmão, em comparação com indivíduos com genótipos 0 ou 1 variantes.
TERT-CLPTM1L região genômica têm sido extensivamente estuda em muitos locais de câncer em diferentes populações, mas os resultados são conflitantes. Gago-Dominguez et al. [13] descobriu que o gene alelo variante tanto em terc-rs2736098 e CLPTM1L-rs401681 foram significativamente associados com o risco aumentado de cancro da bexiga entre a população chinesa. No entanto, houve falta de associação entre polimorfismos de nucleotídeo único comuns no locus e câncer de mama TERT-CLPTM1L em brancos não-hispânicos. Também Chen et al. [14] relataram que o modelo genético variante homozigótica de terc-rs2736098 aumento do risco de glioma. É digno de nota que tert-CLPTM1L região genómica entre a população Asiática tem sido associada a um risco aumentado de vários tipos de cancro. Por outro lado, a falta de estudos pesquisou outras etnias. Mais evidências devem ser fornecidas no futuro sobre a associação entre terc-CLPTM1L região genômica e risco de câncer em diferentes raças. Novos estudos que levam em consideração a análise de subgrupo e estresses ambientais nesta região são necessárias.
Conclusão
Em conclusão, nosso estudo revelou que polimorfismo TERT-rs2736098 pode aumentar o risco de câncer de pulmão, especialmente no adenocarcinoma de pulmão em mulheres não-fumantes na população chinesa. Além disso, C alelo no gene CLPTM1L-rs401680 podem alterar o risco de adenocarcinoma de pulmão. Porque polimorfismos genéticos muitas vezes variam entre os grupos étnicos, esta investigação pode ser alargado no bem concebido estudos futuros em diversas mulheres étnicas não-fumantes.