Sumário
Um candidato biomarcador de câncer universal para o diagnóstico é suposto distinguir, dentro de uma ampla gama de tumores, entre os pacientes saudáveis e doentes. Estudos publicados recentemente têm explorado a utilidade universal de alguns biomarcadores em tumores humanos. Neste estudo, nós apresentamos uma abordagem integrativa para procurar potenciais biomarcadores de câncer comum. Usando o web-ferramenta TFactS com um catálogo de normas de genes experimentalmente estabelecidos, poderíamos prever fatores de transcrição (TFS) regulamentados em 305 linhas celulares de cancro humano diferentes que abrangem um grande painel de tipos de tumor. Também identificamos regiões cromossômicas tendo variação significativa do número de cópias (CNV) nestas linhas celulares. No âmbito do catálogo TFactS, 88 TFs cujo estado de atividade foram explicadas por suas expressões de genes e CNVs foram identificados. A sua rede conectada mínima (MCN) de interacções proteína-proteína forma um módulo significativa dentro do TF humano curada proteoma. A análise funcional das proteínas incluídas nesta MCN revelou enriquecimento em vias de cancro, bem como a inflamação. Os dez proteínas mais centrais de MCN são TFs que trans-regulam 157 genes conhecidos que codificam secretado e proteínas transmembrana. Em coleções publicamente disponíveis de dados de expressão de genes de 8,525 tecidos de pacientes, 86 genes foram regulados diferencialmente no cancro em comparação com doenças inflamatórias e controles. De TCGA conjuntos de dados de expressão de genes do câncer, 50 genes foram significativamente associados à sobrevida do paciente em pelo menos um tipo de tumor. Análise de Enriquecimento de mostra que estes genes nas vias mecanisticamente interagir de cancro comuns. Entre estes candidatos biomarcadores do cancro, TFRC, TEM e VEGFA são comumente amplificado genes em tumores e suas proteínas codificadas coradas positiva em mais de 80% das neoplasias malignas de bases de dados públicas. Eles estão ligados a angiogênese e hipóxia, que são comuns no câncer. Eles poderiam ser interessante para futuras investigações em estratégias de diagnóstico de câncer
Citation:. Essaghir A, Demoulin J-B (2012) A Conectado Rede Mínima de fatores de transcrição regulamentados em tumores humanos e sua aplicação para o Quest for Universal Cancer Biomarkers. PLoS ONE 7 (6): e39666. doi: 10.1371 /journal.pone.0039666
editor: Paolo Provero, Universidade de Turim, Itália