Abstract

Fundo

ampla Genome-expressão do gene análises de tumores são uma ferramenta poderosa para identificar assinaturas de genes associados com biologicamente e clinicamente características relevantes e para vários tipos de tumores em fase de validação clínica, prospectivos ensaios. No entanto, manipulação e processamento de amostras clínicas podem afetar significativamente os dados moleculares obtidos a partir de sua análise. Foram estudados os efeitos do tempo de tratamento do tecido na expressão do gene em tecidos de cólon normais e de tumores humanos submetidos a procedimentos cirúrgicos de rotina.

Métodos

RNA extraído a partir de amostras de 15 doentes em quatro pontos de tempo (para uma total de 180 amostras) após a cirurgia foi analisada para a expressão do gene em microarrays de oligonucleótidos de alta densidade. Um modelo de efeitos mistos foi usado para identificar sondas com expressão diferente significa nos quatro pontos de tempo diferentes. O P-valores do modelo foram ajustados com o método de Bonferroni.

Resultados

Trinta e dois conjuntos de sondas associados com tempo de manipulação de tecidos nas amostras tumorais e trinta e um nos tecidos normais , foram identificados. A maioria dos genes exibiu mudanças moderadas na expressão durante os momentos analisados; no entanto quatro deles foram oncogenes, e dois confirmaram o efeito da manipulação dos tecidos por validação independente.

Conclusões

Nossos resultados sugerem que um ponto momento crítico para o tecido manipulação no cólon parece ser 60 minutos à temperatura ambiente. Embora o número de genes dependentes do tempo foram identificados era baixa, os três genes que já apresentaram alterações neste ponto de tempo em amostras de tumor foram todos os oncogenes, por conseguinte, recomendando padronização dos protocolos tecido de movimentação e de esforço para reduzir o tempo de remoção da amostra para encaixar congelamento contabilização de isquemia quente neste tipo de tumor

Citation:. Musella V, Verderio P, Reid JF, Pizzamiglio S, Gariboldi M, Callari M, et al. (2013) Efeitos do tempo de isquemia quente sobre a expressão gênica Profiling em Colorectal Cancer tecidos e mucosa normal. PLoS ONE 8 (1): e53406. doi: 10.1371 /journal.pone.0053406

editor: Shoba Ranganathan, Universidade Macquarie, Austrália