Abstract

Uma vez que a actividade de regulação da transcrição do receptor de estrogénio (ER) é modulada por seus co-fatores bioquímicos, a variação genética dentro dos genes ER cofactor pode alterar a resposta celular à exposição de estrogênio e, consequentemente, modificar o risco de câncer endometrial. Foram genotipados 685 SNPs de marcação dentro de genes cofactor 60 ER em 564 casos de cancro do endométrio e 1.510 controles da Suécia, e testou suas associações com o risco de câncer endometrial. Foram investigadas as associações de SNPs individuais, utilizando um teste de tendência, bem como vários SNPs dentro de um gene ou complexo de genes usando análise de associação multi-variante. Nenhuma associação significativa foi observada para qualquer SNPs ou genes individuais, mas uma associação marginal da variação genética acumulada do

NCOA2

complexo como um todo (

NCOA2

,

CARM1

,

CREBBP

,

PRMT1

e

EP300

), com o risco de câncer endometrial foi observada (P

ajustado = 0,033). No entanto, a associação não conseguiu ser replicado em um conjunto de dados europeia independente de 1265 casos e 5190 controles (P = 0,71). Os resultados indicam que as variantes genéticas comuns dentro genes cofactor ER não são susceptíveis de desempenhar um papel significativo no risco de câncer endometrial na população europeia

Citation:. Li Y, Baixo HQ, Foo JN, Darabi H, Einarsdόttir K, Humphreys K, et al. (2012) variantes genéticas em genes ER cofator e Endometrial Cancer Risk. PLoS ONE 7 (8): e42445. doi: 10.1371 /journal.pone.0042445

editor: Chunyan He, da Universidade de Indiana, Estados Unidos da América

Recebido: 12 Março, 2012; Aceito: 06 de julho de 2012; Publicação: 02 de agosto de 2012

Direitos de autor: © Li et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Esta descoberta conjunto de dados foi apoiado pelo financiamento do American Cancer Society, National Institutes of Health, Departamento de Defesa, Swedish Cancer Society, Conselho de Pesquisa sueco e da Agência de Ciência, Tecnologia e Pesquisa de Cingapura (a * STAR). Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito. O conjunto de dados de validação foi financiado da seguinte forma: ANECS recrutamento foi apoiada por doações do projeto do Health and Medical National Research Council of Australia (ID # 339435), The Cancer Council Queensland (ID # 4196615) e Câncer Conselho Tasmania (ID # 403031 e ID # 457636). recrutamento de busca foi financiado por uma subvenção do programa do Cancer Research UK [C490 /A10124]. genotipagem caso foi apoiado pelo National Health and Medical Research Council (ID # 552402). Dados de controle foi gerado pela confiança Caso Control Consortium Wellcome (WTCCC) 2, e uma lista completa dos investigadores que contribuíram para a geração dos dados está disponível no site da WTCCC. Os autores reconhecem uso de DNA a partir da coleção Birth Cohort britânica 1958, financiado pelo G0000934 concessão Conselho de Investigação Médica e da Wellcome Trust conceder 068.545 /Z /02. O financiamento para este projeto foi fornecido pelo Wellcome Trust sob concessão 085475. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

Conflito de interesses:. Os autores têm declarou que não existem interesses conflitantes.

Introdução

o câncer endometrial é o câncer ginecológico mais comum nos países ocidentais e sua incidência está a aumentar [1]. estudos biológicos, clínicos e epidemiológicos têm demonstrado que o estrogênio estimula a proliferação celular e induz o desenvolvimento de carcinoma de cancro do endométrio [2], [3]. O estrogénio desempenha o seu papel no desenvolvimento do cancro do endométrio através do receptor de estrogénio, promovendo a sua dimerização e a translocação para o núcleo, onde se modula a expressão de genes de resposta de estrogénio [4].

regulação da transcrição eficiente por parte do receptor de estrogénio requer o participação de uma classe de proteínas conhecidas como receptores nucleares coregulators, que consistem de coactivadores e co-repressores [5], [6]. Estes coregulators desempenham um papel importante numa variedade de doenças humanas, incluindo cancro e algumas desordens metabólicas [7]. coativadores receptores nucleares são na transcrição de genes mediada por receptor de esteróides-limitante da velocidade [8] – [10] e tem a capacidade de reverter o squelching da actividade transcricional de um receptor de esteróides, por outro [9]. Para além de funcionar como uma ponte entre os receptores e a maquinaria transcricional geral, coativadores receptores nucleares agir como complexos cofactor influenciando a regulação da transcrição do receptor através de uma variedade de mecanismos, incluindo a fosforilação, acetilação, metilação, o splicing de ARN e cromatina remodelação [10], [11 ].

Uma família de coactivators, a família P160 é bem conhecida por se ligar directamente aos receptores de estrogênio hormônio-ativado e recrutar coactivators secundárias [12], [13], onde o

CREBBP

e

CARM1

formar um domínio de interação que se sobrepõe fisicamente com os domínios de ativação mobiliários relacionados dos membros da família p160 [14]. Além disso, é relatado que um complexo ternário formado por, a função

NCOA2

CARM1

e

EP300

ou

CREBBP

poderia aumentar receptor de estrogénio (ER) de um modo de aumento de [15]

.

enquanto que a variação genética comum dentro dos genes relacionados com hormonas [16], [17] e a via do metabolismo de estrogénio [18] foram mostrados para ser associada com o risco de cancro do endométrio, a variação genética dos genes ER cofactor, a nosso conhecimento, não tem cuidado sido examinado por seu envolvimento no desenvolvimento de cancro do endométrio.

no papel atual, que teve como objetivo realizar um estudo de associação abrangente do polimorfismos dentro dos genes ER cofactor com o risco de câncer endometrial. Foi realizado o estudo descoberta, em uma amostra de cancro do endométrio populacional de mulheres suecas na pós-menopausa e realizada uma análise de validação em um conjunto de dados europeia independente.

Resultados

Análise Descoberta

A total de 564 casos e 1510 controlos foram incluídos na análise descoberta (Tabela 1). Todos os casos e controles eram mulheres suecas na pós-menopausa. Foram genotipados com sucesso 685 tag SNPs dentro dos 60 genes ER cofactor, que pode capturar 2410 SNPs comuns (MAF 5%) com cobertura de 91% em média (r

2 0,8) de acordo com a base de dados HapMap. Destes, 51 genes possuía cobertura de mais de 80%. Detalhes da avaliação cobertura SNP está resumida na Tabela S1. Além disso, nós re-avaliou a cobertura do mesmo conjunto de tag SNPs em variantes MAF 5% na base de dados do projeto 1000 genomas, o que é um catálogo de variação genoma humano atualizado e mais abrangente. A cobertura média diminuiu para 64% e 19 genes possuía cobertura de mais de 80%. No entanto, com r

2 . 0.8, 5084 SNPs foram capturados entre 7141 SNPs nos genes 60

Dos 685 tag SNPs analisados, valores nominais P inferiores a 0,05 foram encontrados para 42 SNPs (6,13%). A trama de Q-Q de os valores de p observado a partir dos testes de associação é mostrado na Figura 1, nas quais o factor de controlo da inflação genómico é 1.058, com nenhuma evidência clara de desvio do nulo. A associação mais significativa foi observada em rs130052 SNP (MAF = 0,13) dentro do

CREBBP

gene (odds ratio (OR) = 1,41 (95% CI 1,16-1,72), ajustado à idade P = 0,002). As RUP com ou sem idade de ajuste foram semelhantes. P-valores de SNPs individuais poderiam, no entanto, sobreviver à correção de Bonferroni para múltiplos testes.

Nós ainda avaliada a associação das variantes genéticas dentro de cada gene ER cofator indivíduo através da realização de análise de associação variante múltipla por meio do teste Mistura Maximum Likelihood (LMA), para fornecer um valor de P com base em genes (Tabela S3). Encontramos as associações de quatro genes,

CREBBP

(P = 0,017),

NEDD4

(P = 0,030),

NCOA2

(P = 0,037) e

NR0B1

(P = 0,031) com os valores nominais de P 0,05 (Quadro 2). No entanto, após a correção para testes múltiplos, nenhuma das associações permaneceram significativamente associados com o risco de câncer endometrial.

Tendo em conta genes cofactor ER jogando seus papéis através de complexos de proteínas, que investigou as associações dos cinco ER complexos cofactor utilizando AML, ou seja, a família P160 relacionada acetilação das histonas complexos de metilação (contendo

CARM1

,

PRMT1

,

CREBBP

,

EP300

,

NCOA1

,

NCOA2

e

NCOA3

); o complexo de processamento de RNA (

PPARGC1A

,

PPARGC1B

e

SRA); o complexo de recrutamento Pol II (

MED13

e

PBP); os co-repressores dependente do ligando (

NRIP1

e

LCoR

) e a histona desacetilases complexo (

HDAC7

e

NCoR1

). Entre os cinco complexos, o complexo de acetilação de histonas e metilação relacionados da família P160 mostrou associação (P

global = 0,023), mas a associação não pode sobreviver a correcção para o ensaio de cinco grupos complexos independentes (P

global = 0,115) ( tabela 3)

Como os três P160 indivíduo acetilação das histonas complexos de metilação (

NCOA1

,

NCOA2

e

NCOA3

) desempenham um papel distinto na regulação da transcrição, investigamos ainda mais as associações destas sub-complexos, utilizando o teste AML . Enquanto o

NCOA1

e

NCOA3

sub-complexos não mostraram associação, o

NCOA2

sub-complexo demonstrou uma associação significativa (P

geral = 0,011) ( tabela 4), que permaneceu significativa após correção para testar três sub-complexos (P

geral = 0,033).

Análise Validação Usando um in silico Replication Set

Embora o variantes genéticas acumuladas no complexo da família P160 não foram significativas após várias adaptações, o mais sub

–

análise complexa pode indicar a fonte de sinal localizado no

NCOA2

sub-complexo. Portanto, temos uma tentativa de validar o resultado em um conjunto de dados independente europeu de 1265 casos de cancro do endométrio e 5190 controles para os quais existem dados GWAS genotipagem [19]. Foram extraídos os SNPs de painel matriz do Ilumina Infinium 610k localizado dentro de 5 kb flanqueiam os cinco genes da sub-complexo. No total, foram identificados 65 SNPs e 53 SNPs passou de controlo de qualidade (Tabela S4). A cobertura de SNPs comum foi de 96% no

NCOA2

, 86% no

CREBBP

, 80% no

CARM1

, 50% no

EP300 Comprar e 20% no

PRMT1

(Tabela S5). O teste LMA foi aplicado em cada um dos cinco genes e do sub-conjunto complexo (Tabela 5), ​​mas nenhum deles mostrou associação significativa (P = 0,71 para o sub-complexo).

A SNPs genotipados suficientes e alta cobertura nos permitiu realizar a análise de imputação nos dois genes,

NCOA2

e

CREBBP

tanto no sueco e as amostras europeias. Um total de 19 SNPs no

CREBBP

e 270 SNPs no

NCOA2

foram partilhados entre os dois conjuntos de dados. Foi realizada meta-análise dos resultados para estes SNPs em todo os dois conjuntos de dados. No entanto, não SNP foi encontrado para ser significativamente associada com o risco de cancro do endométrio (Tabela 6 e Tabela S6).

Discussão

Para o nosso conhecimento, esta é a primeira análise abrangente da associação entre os polimorfismos dos genes cofactor ER eo risco de câncer endometrial. Nós não encontrou associação significativa entre SNPs individuais ou genes individuais associados com o risco de câncer endometrial. Embora a variação genética do

NCOA2

complexo como um todo é marginalmente associado ao risco de cancro do endométrio na população sueca, não conseguimos validar essa descoberta em um estudo independente sobre assuntos de ascendência europeia.

Perissi e Rosenfeld [13] descreveram um vasto número de coregulator-complexos que estão envolvidos na regulação da transcrição ER mediada com várias funções e atividades enzimáticas. Um estudo conduzido por Lee e seus colegas demonstraram que

NCOA2

,

CARM1

e

EP300

ou

CREBBP

formar um complexo ternário que poderia aumentar receptor de estrogênio ( função ER) de uma forma sinergética [15]. Embora a análise descoberta em nosso estudo demonstrou com significância marginal que os efeitos cumulativos das diversas variantes do

NCOA2

complexo pode ter uma contribuição para o risco de cancro do endométrio, a associação não conseguiu ser replicado em uma amostra independente.

tem sido relatado [20], [21] que ER coactivators são mais comumente expressa em câncer endometrial ER-positivo ou bem diferenciado, cancro endometrial relacionada ao hormônio em vez de ER-negativo câncer de endométrio. Portanto, é provável que os cofatores ER regular o estrogênio se ligar aos receptores de estrogênio no câncer de endométrio ER-positivo. Infelizmente, não fomos capazes de realizar a análise sub-grupo devido a limitação de tamanho de amostra e deficiência de informações de status ER. Como

NCOA2

complexo é formado por 5 genes (

NCOA2

,

CARM1

,

CREBBP

,

PRMT1 Comprar e

EP300) Comprar e à cobertura de SNPs comum é baixa (50% em

EP300

e 20% no

PRMT1

) nas amostras de validação, não fomos capazes de imputar os SNPs analisados no estudo descoberta. Idade e outros fatores de risco potencialmente poderiam afetar os resultados, mas, infelizmente, não foi possível executar o ajuste devido à falta de informação no estudo de validação.

estratificação da população é uma questão importante para estudo de associação genética. Para os dados de validação deste estudo, todos os controles eram do Reino Unido e tinha sido cuidadosamente examinados para excluir quaisquer indivíduos de ascendência não-europeu [22]. Todos os casos eram da Austrália e também foram de ascendência europeia. Por conseguinte, os controlos e de casos são da mesma origem étnica. Além disso, este conjunto de dados foi utilizado numa publicado anteriormente GWAS análise [19] em que a análise mostrou que APC estratificação da população é negligenciável. Consistentemente, o λ

GC valor dos resultados do genoma é muito pequena (1,04). Tomados em conjunto, estes resultados sugerem que os casos e os controles do conjunto de dados de validação utilizado no presente estudo foram bem adaptado geneticamente, e os resultados de associação genética do estudo atual não deve sofrer o impacto negativo da estratificação da população.

O presente estudo forneceu uma análise abrangente de variantes genéticas comuns dentro dos genes ER cofactor. Em primeiro lugar, o grande número de tag SNPs coberta uma média de 91% de variação comum (MAF 5%) nos 60 genes candidatos com base em dados HapMap (CEU) (Tabela NCBI36 S1). A cobertura média diminuiu para 64% com base nos dados 1000Genomes CEU (NCBI37), mas o número de SNPs capturados aumentou de 2585 a 5084. A análise foi realizada imputação nas amostras de detecção e validação para avaliar SNPs sem tipo adicionais e para assegurar que a mesma conjunto de polimorfismos foram analisados ​​nas amostras de descoberta e de replicação. Com um tamanho de amostra total de 1829 casos e 6700 controles, nosso estudo teve um poder de 85% ao nível de significância de 0,05 para detectar um alelo causal com MAF mais de 0,1 e OR mais de 1,2 para o cancro endometrial. No entanto, não encontramos qualquer evidência de associação, apesar do fato de que a associação foi avaliada usando SNP individuais, genes ou testes baseados complexos cofator ER. Por isso, o nosso estudo mostrou que os polimorfismos comuns dentro destes genes não são susceptíveis de desempenhar um papel significativo no risco de cancro do endométrio em geral população europeia. No entanto, não foi possível excluir a possibilidade de que alguns SNPs poderia estar associada com a sobrevivência de câncer endometrial. serão necessários mais estudos para examinar se as variantes comuns com efeito mais fraco ou variantes raras dentro destes genes podem desempenhar um papel em influenciar o risco de câncer endometrial e sobrevivência.

Materiais e Métodos

Declaração de Ética

Este estudo foi aprovado pelo Institutional Review Boards na Suécia e da Universidade Nacional de Cingapura, o Nacional de Saúde e Pesquisa médica do Conselho da Austrália e do Wellcome Trust Caso Controle Consortium Reino Unido. Os pacientes neste manuscrito ter dado consentimento informado por escrito para a publicação de seus detalhes do caso.

Estudo da População e Extração de DNA

população sueca.

A tabela 1 resume as origens e número de casos e controlos utilizados neste estudo. Os indivíduos eram de duas populações independentes da Suécia e do conjunto de amostras fase 1 de um câncer endometrial recentemente publicado GWAS [19]. Detalhes do processo de selecção população sueca para este estudo foram publicados anteriormente [23], [24]. Em resumo, 564 dos casos de câncer de endométrio em mulheres 50-74 anos de idade foram identificados através dos registros de câncer de âmbito nacional na Suécia entre 1994 e 1995. Durante esse período, de 1510 controles de idade de frequência combinados foram selecionados aleatoriamente a partir do Registro Sueco do total da população. Todos os casos e os controlos sem qualquer doença maligna anterior foram recrutados para o estudo. Só as mulheres com útero intacto foram considerados como controles elegíveis. Todos os indivíduos elegíveis fornecidas informações fator de risco, incluindo idade, história reprodutiva e índice de massa corporal (Tabela S2), que foram obtidos através de questionários.

In silico

conjunto de dados de validação.

nossos dados de validação foram retiradas da primeira fase de um GWAS de cancro do endométrio, detalhado em outro lugar [19]. Em resumo, os casos fase 1 foram subtipo endometrioid primária pacientes endométrio câncer relatórios ascendência européia da Austrália (o Cancer Study Australian National endometrial (ANECS)) e Reino Unido (Estudos de Epidemiologia e fatores de risco em Cancer Heredity (SEARCH) Stage 1 controles eram genotipados como parte do processo Control Consortium Wellcome Trust (WTCCC) da Inglaterra, e incluiu 2.694 controles da coorte de 1958 Nascimento (1958BC) (um estudo de base populacional no Reino Unido de indivíduos nascidos em 1 semana em 1958) e 2.496 controles identificadas através do Serviço Nacional de Reino Unido sangue (NBS) [22]. as informações sobre fatores de risco epidemiológico dos sujeitos de caso de ANECS e de pesquisa foram coletados por meio respectivos questionários dos dois estudos. no entanto, esta informação não estava disponível para o presente estudo.

Para as amostras de descoberta e validação, bio-espécime foi coletado usando procedimentos de consentimento informado por escrito aprovados pelos respectivos conselhos de revisão institucionais.

Gene Candidato, Tagging SNP Seleção e Genotipagem

os detalhes de genes cofactor ER e tag selecção de SNP foram anteriormente descritos [25]. Em resumo, as seleções do gene foram com base nos critérios que o gene deve código para uma proteína ER cofator. Nós escolhemos tag SNPs dentro dos 60 genes candidatos com base nos dados HapMap CEU (Rel nº 22 /fase II Abr-07, no NCBI montagem B36, B126 dbSNP). Usando uma abordagem de marcação SNP de pares com r

2 0,8 em Haploview [26] (Versão 4), foram selecionados 806 marcação SNPs com MAF mais de 0,05 dentro introns, exons e região 5 Kb flanqueamento de cada gene. No geral 790 tagSNPs em 60 genes foram concebidos com sucesso e genotipados em todas as amostras de DNA disponíveis a partir de casos e controles com a Illumina GoldenGate Ensaio seguintes instruções dos fabricantes. Entre eles, 105 SNPs foram excluídos com base na 81 SNPs que tem uma taxa de chamada de menos do que 0,96, 6 SNPs falhar um teste de Hardy-Weinberg (P (0,05 /685)) e 18 SNPs que têm uma MAF 0,01. Finalmente, 685 tagSNPs foram incluídos na análise estatística. A genotipagem foi duplicado em 2% das amostras e houve concordância de . 99% entre as amostras duplicadas, sugerindo alta precisão de genotipagem

Para a análise de validação, o SNPs no gene

NCOA2

,

CREBBP

,

PRMT1

,

EP300

e

CARM1

foram retirados de painel de 610 K com base na posição física de 5 kb flanco do gene específico regiões. Os detalhes de genotipagem foram descritos anteriormente [19]. Resumidamente, os casos foram genotipados com Illumina Infinium 610 matriz K e os controles foram genotipados usando uma matriz M 1.2 Illumina Infinium (Tabela 1). Os seguintes critérios foram utilizados para a filtragem de SNPs: chamar taxa de ≥95%, se MAF ≥5% (ou ligue taxa de ≥99%, se MAF 5%), HWE P 10

-12 (casos) (ou HWE P 10

-7 Se nenhuma discrepância com os grupos de controle) e P 10

-6 (controles). A concordância duplicado foi mais de 99,9%. Casos e controlos foram restringidos aos seguintes critérios: o sexo de todas as amostras foi confirmada como sendo do sexo feminino; a identidade por descendência análise com base na identidade por estado foi conduzido para detectar relações crípticas de primeiro grau; a análise de componentes princípio (PCA) foi utilizado para remover ascendência não-europeu e todas as amostras com uma baixa ou alta heterozigosidade ( 0,65 ou 0,68) ou ligue taxa de 97% foram excluídos. Um total de 1265 casos e 5190 controles foram usados ​​para análise.

Análise Estatística

Para avaliar a associação de risco entre SNPs e risco de câncer endometrial, odds ratio per-alelo (RUP) e 95% intervalos de confiança foram estimados usando uma regressão logística em ambos os dados de genotipagem suecos e validação GWAS. O teste de tendência de Cochran-Armitage foi usado para calcular os valores de p. Como os controles eram menores de casos no estudo sueco, a idade no momento do diagnóstico /inscrição (como uma variável contínua) foi incluído para ajuste. Utilizou-se uma correcção de Bonferroni para ajustar para testes múltiplos (685 testes de associação), embora isto é conservadora, como nem todos os testes são independentes. Como a informação sobre a idade estava ausente a partir de dados fornecidos GWAS, foi realizada uma análise ajustada-un para o conjunto de validação.

evidência geral da associação entre as variantes genéticas do complexo ER cofator eo risco de câncer endometrial foi avaliada utilizando o método de Mistura Maximum Likelihood (AML), o qual é descrito em detalhe em Tyrer et al [27] e no nosso estudo anterior [18]. Resumidamente, o software para o teste AML avalia o significado experiência-wise, examinando a distribuição empírica de estatísticas de teste de um único marcador com base em um teste de “relação de pseudo-verossimilhança”, comparando a proporção de valores das probabilidades optimizadas de acordo com as hipóteses nula e alternativa para os dados observados, com os valores correspondentes obtidos a partir de conjuntos de dados com o status de caso-controle permutada aleatoriamente. O método baseia-se na montagem de um modelo de mistura para a distribuição das estatísticas de teste, e tem duas componentes, uma representando SNPs que são independentes do estado de caso-controle, os outros SNPs representam associados com status de caso-controle. De modo a determinar se existe um efeito cumulativo de vários variantes, as estatísticas do teste de Cochran-Armitage para os SNPs associado são assumidos para todos têm o mesmo valor do parâmetro não central (qui-quadrado). O tamanho do efeito comum dos SNPs associados dentro do complexo também é estimado através do parâmetro de não-centralidade. Foi realizado o teste global baseada-AML de associação para os complexos cofactor 5 ER, 3 sub-complexos e 60 genes ER cofactor análise específica em análise de sueco, bem como para NCOA2 sub-complexo na análise dos dados de validação. Este teste avalia a significância experiência-wise, examinando a distribuição empírica de estatísticas de teste único marcador, a fim de determinar se existe um efeito cumulativo de vários variantes.

Para a análise imputação de

NCOA2

(CHR8: 71.181-71.484 kBP) e

CREBBP

(Chr16: 3720-3875 kBP), nós imputada as duas regiões nos dois conjuntos de dados: 2074 amostras suecas e 6455 amostras de validação, usando seu SNPs genotipados cujas genótipos todos passaram os limites de CQ (chamada taxa de 90%, MAF 1%, HWE p 10

-6 nos controles). A imputação foi realizada utilizando os dados a partir de 1000 Genomas [28] como o painel de referência 0 e os dados do HapMap III [29] como o painel de referência 1 (dados CEU), em uma análise de imputação única, tal como recomendado pelos autores do Impute2. genótipos imputadas com probabilidade inferior a 90% foram excluídos; e com SNPs Informação imputar inferior a 80%, MAF inferior a 1%, HWE P 0,0001 em controlos e taxa de falta maior do que 10% de genótipos foram retiradas a partir de uma análise mais aprofundada. teste de associação foi realizado em Plink [29], utilizando teste de tendência de Cochran-Armitage analisar a associação genótipo-fenótipo em ambos os estudos. Na meta-análise, o teste de Cochran-Mantel-Haenszel para testar foi aplicado associação genótipo-fenótipo nas amostras combinadas tratando as duas amostras individuais como estudos independentes. O teste de Breslow-Day e o teste Q foram realizados para avaliar a importância da heterogeneidade entre os estudos individuais.

SNP associação análises foram realizadas com STATA versão 8.0 (estação StataCorp, College, TX, EUA). cálculo do desequilíbrio de ligação (LD) foi realizada em Haploview versão 4.1 [26]. A análise LMA foi realizada utilizando um software obtidos a partir dos autores do método de [27]. O software Quanto versão 1.2.3 foi usado para a estimativa de energia [30]. O [31] imputar software versão 2, [32] foi utilizada para a imputação de dados de genótipos de SNPs sem tipo.

Informações de Apoio

Tabela S1. avaliação

Cobertura da variante comum em genes cofactor 60 ER

doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s001

(DOC)

Tabela S2.

características da amostra de descoberta definido na população sueca Selecionado

doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s002

(DOC)

Tabela S3.

teste AML à base de Gene no risco de câncer endometrial na população sueca

doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s003

(DOC)

Tabela S4. .

P-valores de 53 SNPs extraídos de GWAS após o ajuste PCA

doi: 10.1371 /journal.pone.0042445.s004

(DOC)

Tabela S5. comparação

Cobertura de genes 5 NCOA2 sub-complexas entre estudo sueco e análise GWAS

doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s005

(DOC)

Tabela S6.

SNPs compartilhados imputados e genotipados em ambas as análises sueco e GWAS em genes NCOA2 e CREBBP

DOI:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s006

(DOC)

Reconhecimentos

gostaríamos de agradecer Heng Khai Koon e Ong Eng Hu Jason para genotipagem, Frans Verhoeff para processar os dados de genotipagem.

Estamos também gratos a todas as mulheres que tomaram a tempo e esforço para participar este estudo.

ANECS e pESQUISA agradecimento Penny Webb ea equipe de pesquisa ANECS, o Registro Cancer Leste e Centro de Informação e a equipe de pesquisa a pesquisa, as numerosas instituições e os seus funcionários que apoiaram recrutamento, e reconhecer a contribuição do nosso colaboradores clínicos e científicos e seus funcionários. Veja https://www.anecs.org.au/for listagem completa do Grupo ANECS e outros colaboradores para ANECS

de sua procura | colaboradores incluem

:.

Caroline Baynes , Don Conroy, Bridget Curzon, Patricia Harrington, Sue Irvine, Clare Jordan, Craig Luccarini, Rebecca Mayes, Hannah Munday, Barbara Perkins, Radka Platte, Anabel Simpson, Anne Stafford e Judy Ocidente.