Abstract
O painel NCI-60 de 60 de câncer linhas celulares humanas de nove diferentes tecidos de origem tem sido amplamente caracterizada em estudos biológicos, moleculares e farmacológicas. As análises dos dados de tais estudos têm fornecido informações valiosas para a compreensão de processos celulares e desenvolvimento de estratégias para o diagnóstico e tratamento do câncer. Aqui, Affymetrix® GeneChip miARN ™ versão 1 microarrays de oligonucleótidos foram utilizados para quantificar microARNs 847 para gerar um conjunto de dados de 495 (58,4%) microARNs que foram identificados como expressa em, pelo menos, uma linha celular do painel NCI-60 de expressão. Precisão das medições de microRNA foi parcialmente confirmada por transcrição reversa e ensaios de reação em cadeia da polimerase. Semelhante à observada entre os quatro NCI-60 conjuntos de dados de microRNA existentes, a concordância do novo conjunto de dados de expressão com os outros quatro foi modesto, com média coeficientes de correlação de Pearson de 0,37-0,54. Apesar disso, os resultados comparáveis com diferentes conjuntos de dados foram anotados em agrupamento das linhas celulares por sua expressão microARN, a expressão diferencial de microARNs por tecido de origem das linhas, e correlação de microARNs específicas com o tempo de duplicação de células ou seus sensibilidade à radiação. estado de mutação das células-linhas para o
TP53, PTEN
e
BRAF
mas não
CDKN2A
ou
KRAS
genes relacionados com o cancro foi encontrado para estar associado com alterações na expressão de microRNAs específicos. O conjunto de dados microRNA gerado aqui deve ser valioso para aqueles que trabalham no campo da microRNAs, bem como em estudos integromic do painel de NCI-60
Citation:. Patnaik SK, Dahlgaard J, Mazin W, Kannisto E, Jensen T, S Knudsen, et ai. (2012) Expressão de microRNAs em câncer NCI-60 linhagens de células. PLoS ONE 7 (11): e49918. doi: 10.1371 /journal.pone.0049918
editor: Sumitra Deb, Virginia Commonwealth University, Estados Unidos da América
Recebido: 06 de agosto de 2012; Aceito: 15 de outubro de 2012; Publicado: November 28, 2012