Abstract

metilação do DNA anormal é conhecida como desempenhando um papel importante na tumorigênese. É útil para distinguir a especificidade dos alvos de diagnóstico e terapêuticas para o câncer com base nas características dos padrões de metilação do DNA em todo cancros. análise de metilação do DNA de alto rendimento fornece a possibilidade de filtrar de forma abrangente a epigenética diversidade entre os vários tipos de câncer. Nós integrado de dados de metilação todo o genoma detectados em 798 amostras de sete tipos de câncer. O agrupamento hierárquico revelou a existência de padrão de metilação específico do cancro. Em seguida, identificou 331 genes diferencialmente metilados em todos estes tipos de câncer, a maioria dos quais (266) eram especificamente diferenciais metilação no câncer única. Uma rede de correlação de metilação do DNA (DMCN) foi construído com base na correlação de metilação entre esses genes. Mostrou-se os hubs no DMCN estavam inclinados a genes específicos do cancro em sete cancros. Uma análise mais aprofundada de sobrevivência usando a parte de genes no DMCN revelou grupo de alto risco e grupo de baixo risco foram distinguidos por sete biomarcadores (

PCDHB15, WBSCR17, IGF1, GYPC, CYGB, ACTG2

, e

PRRT1

) no cancro da mama e oito biomarcadores (

ZBTB32, OR51B4, CCL8, TMEFF2, SALL3, GPSM1, MAGEA8

, e

SALL1

) em câncer de cólon, respectivamente. Por fim, uma rede de interacção proteína-proteína foi introduzido para verificar a função biológica de genes diferencialmente metilados. Foi demonstrado que

MAP3K14, PTN, ACVR1

e

HCK

partilha de metilação do DNA diferente e expressão do gene através cancros eram distribuição grau relativamente elevado na rede de PPI. O estudo sugeriu que os genes não apenas o específicos do cancro identificados fornecida referência para tratamento individual mas também a relação através cânceres poderiam ser explicados por metilação do DNA diferencial

Citation:. Zhang C, Zhao H, Li J, Liu H , Wang M, Wei Y, et al. (2015) a identificação de padrões de metilação específicos transversais a diversos tipos de câncer. PLoS ONE 10 (3): e0120361. doi: 10.1371 /journal.pone.0120361

Editor do Academic: Hiromu Suzuki, Sapporo Medical University, JAPÃO

Recebido: 02 de outubro de 2014; Aceito: 20 de janeiro de 2015; Publicação: 16 de março de 2015

Direitos de autor: © 2015 Zhang et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Disponibilidade de dados: Todos os dados relevantes estão dentro do papel e seus arquivos de suporte de informação

Financiamento:. o apoio foi fornecido pelo National Natural Science Foundation da China [no. 31371334, 61203262, 61403112, 61402139]. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

Conflito de interesses:. Yan Zhang está neste momento um editor acadêmico. Isto não altera a adesão dos autores para todas as políticas de PLoS One sobre os dados e materiais de compartilhamento.

Fundo

A epigenética é referido um mecanismo hereditário que afeta a expressão do gene que é inalterado em DNA sequência de [1]. A metilação do DNA é um dos eventos epigenética mais importantes em mamíferos, e, principalmente, refere-se a adição covalente de um grupo metilo (CH

3) na posição 5 ‘da citosina. Uma região rica em CpG é chamado de uma ilha CpG que sempre se sobrepõe em promotores de genes e associados com a regulação negativa da expressão do gene [2,3]. Foi revelado que a metilação de CpG desempenha um papel importante nos processos biológicos, incluindo impressão, o silenciamento de retrotransposões, X inactivação da cromatina, a duplicação do ADN, transcrição, reparação, mesmo o desenvolvimento de cancros e outras doenças complexas [4]. Pesquisas recentes demonstram que o mecanismo de metilação tem efeitos fortes dentro dos genes do cancro [5,6]. Portanto uma maior compreensão da metilação de CpG em doenças complexas será útil para o diagnóstico da doença, tratamento e prognóstico. Até o momento, há um número crescente de estudos focando principalmente em mecanismo de processos epigenéticos, especialmente CpG metilação [7].

Os cânceres têm sido considerados como doenças complexas [8]. Há muitos fatores envolvidos em cancros como o número de cópias a alteração, a expressão diferencial, a aberração epigenética e assim por diante, entre os quais a metilação do DNA anormal foi descoberto em muitos tipos de cancro, incluindo o cancro da mama, cancro do pulmão e cancro colorectal. A hipermetilação do promotor em regiões inibe a expressão de genes supressores de tumores. Por outro lado, a hipometilação do promotor em regiões activa a expressão do oncogene. hipometilação global também desempenha uma função importante no processo de carcinogênese, aumentando a instabilidade genômica e cromossômica [9,10]. Por exemplo, muitos relatórios têm demonstrado que o câncer de mama é o câncer mais comum em mulheres em todo o mundo e tem mais de seis subtipos significativas descritas pela expressão do gene.

BRCA1 /2 Quais são os a maioria dos genes relacionados com o cancro no cancro da mama, elas envolvem no reparo do DNA, a regulação da activação da transcrição e apoptose. A hipermetilação do

BRCA1 /2

em regiões promotoras resulta na inativação de função e aumenta o risco de câncer de mama [11,12]. Da mesma forma, a hipermetilação do

AOX1

(aldeído oxidase 1) e

GSTP1

(glutationa S-transferase 1) no câncer de próstata também levar ao silêncio da expressão do gene [13,14].

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