pathwaysfound proteína cientistas da Universidade Rice e da Universidade do Texas MDAnderson Cancer Center ter perfilado com sucesso para ser distintivo para pacientes com leucemia com variantes particulares da doença. Sua pesquisa envolveu a criação de uma nova computationalapproach para identificar redes complexas na sinalização da proteína. Theyreported seu trabalho este mês na revista Proteomics. Com o seu novo método, Arroz bioengineer Amina Qutub, MD Andersonclinician e cientista Steven Kornblau e Rice graduação studentHeather Iorque analisou mais de uma década de dados. padrões Theyidentified na expressão de proteínas de 203 incells de pacientes de leucemia mielóide aguda (LMA) estudaram e encontrou cerca de 700 pares de proteínas (de amongthousands de possibilidades) implicados em tais redes.

O objetivo é ajustar a terapia para os pacientes, disse Qutub. Se it’spossible saber a proteína vias de particular leucemia typesof sinalização, ela disse, em seguida, drogas podem ser encontradas – ou concebidos – totarget a doença através do bloqueio dessas vias. “A leucemia não é apenas uma doença”, disse Qutub, que participou Riceas uma graduação e é agora um professor assistente ofbioengineering com base na BioScience Research Collaborative de Rice. “Tem muitas, muitas doenças aglomeradas em uma categoria. Você não pode usar abordagem asledgehammer para tratá-lo, embora isso é o que clinicianshave vindo a fazer. ” “A chave Phillips faz ótimo se você tem uma cruz onyour cabeça do parafuso”, disse Kornblau.

“Não funciona muito bem ifyou’ve tem um slot. As empresas têm drogas que podem funcionar gangbustersin uma pequena fração dos pacientes, mas se você estudar um largeaggregate, ele não se parece com um agente muito ativo. Idealmente , se itworks em 5 por cento dos pacientes e você pode pegá-los na frente oftime, você colocá-los sobre a droga direita e poupar os outros 95 percentfrom recebendo uma droga que não vai ajudá-los. ” Não é incomum para pacientes com leucemia para entrar em remissão, Qutubsaid, mas a maioria sofrer uma recaída no prazo de dois anos. “Estamos tentando tofigure o que há de tão diferente sobre esses pacientes, e se wecan melhorar a sua terapia.

A única maneira que sabemos fazer que é tofigure a assinatura de proteína.” As proteínas são os laboriosos da célula. Criado a partir de blueprintsstored no DNA, eles passam sinais químicos de uma para outra withinstructions em praticamente todas as atividades de uma célula é capaz. Butwhen sua codificação básica está embaralhada, tal como eles podem facilmente causea célula a se autodestruir. Qutub comparou proteína vias para o tráfego da cidade sinalização.

“youmight tomar um trem, dirigir um carro, caminhar ou pegar uma bicicleta, buteventually você iria ficar para a sua localização”, disse ela. “Em pacientes com câncer, as vias de proteínas parecem seguir padrões Em normalcells, existem vias predominantes, e enquanto você pode ter thesame percursos em células cancerosas, eles também podem ter alternateroutes -.. E levá-los, em diferentes graus” proteínas rotas específicas usar para passagem de sinais pode ser a chave todetermining seu tipo, por isso foi pena investigar um treasuretrove de dados que tinham sido recolhidos de pacientes MD Anderson, disse Qutub. O projeto começou com uma reunião chance de Qutub e Kornblau em aconference no Colorado na hipoxia.

“Steve disse: ‘Você está workingwith modelagem matemática de resposta hipóxica. Eu tenho um patientset Eu acho que você poderia estar interessado em.’ É assim que começou, andit nos levou para um caminho muito diferente, usando máquinas-learningalgorithms e técnicas estatísticas que não fizeram parte da pesquisa mycore mas já se tornaram parte integrante de ambos este projecto andother pesquisa no laboratório “, disse Qutub. A Organização Mundial da Saúde havia categorizado pacientes com LMA bycertain fenótipos celulares, Qutub disse, “mas muito pouco tinha sido doneat o nível de proteína. Nossos colaboradores clínicos tiveram estudos startedgenetic e proteômica um tempo atrás e identificado recurrentpatterns de expressão de proteínas, algumas das quais foram associados withrecurrent alterações cromossômicas como ‘inv (16), “a inversão ofchromosome 16, ou’ t (8; 21),”. que é a transposição das 8 e 21chromosomes ” Eles são encontrados em cerca de 15 por cento dos pacientes withAML, disse ela.

“Os doentes com estas duas alterações cromossômicas responder mais favorablyto terapia de AML atual”, Kornblau disse, “e os genes de cada ofthese anormalidades genéticas estão envolvidas no mesmo complexo transcriptionfactor, criando um link mecanicista. Mas, apesar ligação thismechanistic, eles diferem em alguns aspectos clínicos andoutcome. ” Os dados de Kornblau era precisamente o que Qutub e seu grupo necessário. inv Theytargeted (16) e t (8; 21) para saber o que as vias de proteína werecommon a estas duas categorias de citogenética, o que poderia explaintheir maior capacidade de resposta e que mudanças eram exclusivas de eachthat poderia explicar as diferenças clínicas. A partir da massa ofdata – mais de 20000 pares de proteínas possíveis – encontraram that678 pares relacionados com inv (16) e T (8; 21) foram significantlydifferent comparação com células normais. “Existem alguns marcadores genéticos que são definitivamente associados prognóstico witha de leucemia”, disse Qutub.

“E outras coisas podem causeleukemia – mielóide aguda em particular -. Talvez até chemotherapyitself A forma como pacientes com câncer são tratados pode ser causingmutations e, por sua vez desencadeiam resposta leucêmica.” Com o seu método analítico experimentado e testado, Qutub e seus teamcan agora pacientes estatisticamente do grupo que se apresentam com percursos particularprotein por idade, sexo, terapias e outros critérios, andthen dar uma olhada na proteína percursos em células-tronco derivadas de medula óssea de sinalização, o principal suspeito em pacientes que tiveram uma recaída, mesmo após décadas ofremission. “Nós pensamos que algo tem que ser exclusivo sobre células-tronco”, disse ela. O problema-chave com todos os cânceres, incluindo leucemia, é theirplasticity, disse ela.

“O câncer tem várias maneiras de chegar ao thesame destino. Você tenta uma droga, e câncer de ir tocircumvent você e ir uma maneira diferente. O que estamos tentando dizer é: ‘Aqui estão todas as formas possíveis,” por isso, pode começar a direcionar theintersections “. Referências adicionais citações.

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