Sumário
Os microRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs que regulam a expressão de mRNAs alvo por ligação no mRNA 3’UTR e promover a degradação do mRNA na maioria dos casos específicos. Muitas vezes, é interessante saber as metas específicas de um miRNA, a fim de estudá-los em um contexto de doença em particular. Nesse sentido, alguns bancos de dados foram concebidos para prever potenciais interações miRNA-RNAm com base em sequências de hibridização. No entanto, uma das principais limitações é que esses bancos de dados têm muitos falsos positivos e não levam em conta as interacções de doenças específicas. Nós desenvolvemos um pacote de R (miRComb) capaz de combinar dados de expressão de ARNm de miARN e com os dados de hibridização, de modo a encontrar alvos potenciais miARN-ARNm que são mais fiáveis para ocorrer num contexto fisiológico ou doença específica. Este artigo resume o gasoduto e as principais saídas deste pacote usando como exemplo os dados TCGA de cinco cancros gastrointestinais (câncer de cólon, câncer retal, câncer de fígado, câncer de estômago e câncer de esôfago). Os resultados obtidos podem ser usados para desenvolver um enorme número de hipóteses testáveis por outros autores. Globalmente, mostra-se que o pacote miRComb é uma ferramenta útil para lidar com dados de expressão de miARN e de ARNm, que ajuda a filtrar a alta quantidade de interacções miARN-mRNA obtidos a partir das bases de dados de predição de destino pré-existente de miARN e apresenta os resultados de uma forma padronizada (relatório pdf). Além disso, uma análise integrativo das interacções miRComb miARN-de ARNm a partir dos cinco cancros digestivos é apresentada. Portanto, miRComb é uma ferramenta muito útil para começar a entender a regulação do gene miRNA em um contexto específico. O pacote pode ser baixado em https://mircomb.sourceforge.net
Citation:. Vila-Casadesús M, Gironella M, Lozano JJ (2016) MiRComb: um pacote de R Analisar a miRNA-mRNA interações. Exemplos em cinco cancros digestivos. PLoS ONE 11 (3): e0151127. doi: 10.1371 /journal.pone.0151127
editor: Moray Campbell, Roswell Park Cancer Institute, United States