Abstract

Fundo

Vários estudos relataram assinaturas de expressão de genes que predizem o risco de recorrência em pacientes III cancro colorectal (CRC) fase II e com o mínimo de sobreposição de membros gene e relevância biológica indefinido. O objetivo deste estudo foi investigar temas biológicos subjacentes a estas assinaturas, para inferir genes de importância potencial mecanicista para o fenótipo recorrência CRC e para testar se os modelos prognósticos precisos podem ser desenvolvidos usando genes mecanicamente importantes.

métodos e resultados

Nós investigamos oito publicados CRC assinaturas de expressão gênica e não encontrou nenhuma convergência funcional na análise de enriquecimento de gene Ontology. Usando uma abordagem baseada em passeio aleatório, integramos estas assinaturas e dados de mutação somática publicamente disponíveis em uma rede de interação proteína-proteína e inferir 487 genes que eram bases moleculares candidatos plausíveis para o fenótipo recorrência CRC. Chamamos a lista de 487 genes a assinatura NEM porque integrado informações da rede, expressão e mutação. A assinatura mostrou enriquecimento significativo em quatro processos biológicos estreitamente relacionadas com a fisiopatologia do câncer e forneceu uma boa cobertura de oncogenes conhecidos, supressores de tumor, e vias de sinalização relacionadas com o CRC. Um modelo prognóstico Suporte Survival Vector Machine baseada em assinatura NEM foi treinado usando um conjunto de dados de expressão gênica por microarrays e testado em um conjunto de dados independente. As pontuações baseadas em modelos mostrou uma concordância de 75,7%, com os dados de sobrevivência real e separou os pacientes em dois grupos com a sobrevida livre de recidiva significativamente diferentes (

p

= 0,002). Resultados semelhantes foram obtidos com treinamento e teste conjuntos de dados invertidos (

p

= 0,007). Além disso, a quimioterapia adjuvante foi significativamente associada à sobrevida prolongada dos pacientes de alto risco (

p

= 0,006), mas não benéfico para os pacientes de baixo risco (

p

= 0,491).

Conclusões

A assinatura nEM não só reflete CRC biologia, mas também informa o prognóstico do paciente e resposta ao tratamento. Assim, o método de integração de dados baseada em rede fornece uma convergência entre relevância biológica e utilidade clínica no desenvolvimento gene assinatura

Citação:. Shi M, Beauchamp RD, Zhang B (2012) A Informa gene assinatura de expressão com base em rede prognóstico e Tratamento para colorretais pacientes com câncer. PLoS ONE 7 (7): e41292. doi: 10.1371 /journal.pone.0041292

editor: Valerie W. Hu, The George Washington University, Estados Unidos da América

Recebidas: 3 de março de 2012; Aceite: 19 de junho de 2012; Publicado: 23 Julho 2012