Abstract

Estudos epidemiológicos mostram que cerca de 20-30% dos fumantes crônicos desenvolvem a doença pulmonar obstrutiva crónica (DPOC), enquanto 10-15% desenvolver câncer de pulmão. DPOC preexiste câncer de pulmão em 50-90% dos casos e tem uma herdabilidade de 40-77%, muito maior do que para o câncer pulmonar com herdabilidade de 15-25%. Estes dados sugerem que os fumadores sensíveis para a DPOC pode também ser susceptível a cancro de pulmão. Este estudo examina a associação de vários sobreposição loci cromossómico, recentemente implicada por estudos GWA na DPOC, função pulmonar e câncer de pulmão, em (n = 1400) submete sub-fenotipada para a presença de DPOC e combinados para fumar exposição. Usando essa abordagem, mostramos; o 15q25 lócus confere susceptibilidade ao câncer de pulmão e DPOC, o 4q31 e 4q22 loci ambos conferem um risco reduzido para o câncer DPOC e pulmão, o 6p21 lócus confere susceptibilidade ao câncer de pulmão em fumantes com DPOC pré-existente, o 5p15 e 1q23 loci tanto conferir susceptibilidade ao câncer de pulmão nos pacientes sem DPOC pré-existente. Mostramos também o locus 5q33, anteriormente associado com reduzida FEV

1, parece conferir suscetibilidade tanto DPOC e câncer de pulmão. O 6p21 lócus anteriormente ligado à redução FEV

1 está associado com apenas DPOC. Serão necessários estudos maiores para distinguir se estes efeitos relacionados com a DPOC pode reflectir, em parte, as associações específicas para diferentes histologia do câncer de pulmão. Nós demonstramos que quando os “genótipos de risco” derivadas da análise univariada são incorporados a um algoritmo com variáveis ​​clínicas, independentemente associados com câncer de pulmão na análise multivariada, a discriminação modesto é possível na análise de curva de operador receptor (AUC = 0,70). Sugerimos que a susceptibilidade genética para câncer de pulmão inclui genes que conferem suscetibilidade a DPOC e que sub-fenotipagem com a espirometria é fundamental para a identificação de genes subjacentes ao desenvolvimento de câncer de pulmão

Citation:. Jovem RP, Hopkins RJ, Whittington CF, Hay BA, Epton MJ, Gamble GD (2011) Pessoa e os efeitos cumulativos de GWAS Susceptibilidade Loci no câncer de pulmão: Associações após Sub-fenotipagem para a DPOC. PLoS ONE 6 (2): e16476. doi: 10.1371 /journal.pone.0016476

editor: Amanda Toland, Ohio State University Medical Center, Estados Unidos da América

Recebido: 31 Julho, 2010; Aceito: 30 de dezembro de 2010; Publicação: 03 de fevereiro de 2011

Direitos de autor: © 2011 Young et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Este projecto foi financiado em conjunto por uma subvenção de HRC e Synergenz BioScience Ltd. os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

Conflito de interesses:. Dr. Robert Young é um assessor científico Synergenz BioScience Ltd que ajudou com o financiamento deste projecto. Isto não altera a adesão dos autores para todos os PLoS ONE políticas em dados e materiais de compartilhamento.

Introdução

O câncer de pulmão e doença pulmonar obstrutiva crónica (DPOC) são ambas doenças pulmonares que resultam de os efeitos combinados da exposição ao fumo e suscetibilidade genética [1], [2]. Estudos epidemiológicos mostram que, embora a exposição à fumaça do tabaco é responsável por quase 90% dos casos, apenas 10-15% dos fumantes desenvolvem câncer de pulmão, enquanto 20% a 30% desenvolvem a DPOC [3] – [5]. Fatores genéticos podem explicar estas observações como herdabilidade de câncer de pulmão e reduziu FEV

1 (volume expiratório forçado no primeiro segundo que define DPOC) é estimada em 15-25% e 40-77%, respectivamente [6], [7] . A presença de DPOC, uma doença caracterizada pela limitação ao fluxo aéreo secundário à remodelação pulmonar (enfisema e fibrose pequena vias aéreas), confere um risco 4-6 vezes maior de câncer de pulmão em comparação aos fumantes (a) com função pulmonar normal [8] ou (b ) recrutadas aleatoriamente da comunidade [9]. Estudos também mostram que a distribuição de FEV

1 é bi-modal em fumantes pesados ​​e uni-modal no fumantes leves, apoiando uma base genética à DPOC eo remodelamento pulmonar (FEV

1) resposta à exposição crônica fumar [ ,,,0],10] – [12]. [15] – importante, entre 50-90% das pessoas com cancro do pulmão têm DPOC pré-existente, em comparação com 15% nos controles fumadores comunitárias selecionadas aleatoriamente [8], [13]. Isto significa que o cancro do pulmão não é apenas uma “doença complexa” do ponto de vista genético, mas que é também um fenótipo misto que inclui a DPOC como um sub-fenótipo. A questão que então se coloca é “São os efeitos genéticos subjacentes DPOC também importante na susceptibilidade ao câncer de pulmão?”

recente associação do genoma (GWA) estudos em câncer de pulmão, DPOC e função pulmonar (FEV

1) relataram associações significativas em vários loci cromossômicos [16] – [23]. Curiosamente, vários destes loci e genes candidatos (implicados) são comuns a ambos DPOC e o cancro do pulmão, o que sugere a possibilidade de que partilhada vias moleculares podem estar subjacentes a susceptibilidade a estas doenças (Tabela 1). Os dados epidemiológicos e genéticos acima sugerem que o câncer de pulmão e DPOC não são doenças distintas relacionadas apenas através da exposição de fumar, mas que muitos dos fumantes que estão suscetíveis a DPOC também pode ser suscetível a câncer de pulmão [8], [12], [24 ] – [28]. Tal sugestão foi feita pelo Dr. Tom Petty 5 anos atrás [24] e recentemente revisto por Punturieri et al. [29]. Dada a aparente sobreposição em loci de susceptibilidade, parece plausível que alguns dos factores genéticos envolvidos na DPOC também podem ser relevantes no cancro do pulmão [24] – [29]. Isto é análogo ao das vias inter-relacionados subjacentes a obesidade e a diabetes tipo 2, em que o FTO (massa gorda e associada a obesidade) gene tem sido implicada em ambas as doenças [30]. Neste contexto, o IMC é a biomarcador fisiológica utilizada para definir sub-fenótipo da obesidade assim como VEF

1 define DPOC. A questão que então se coloca é “Dada a possível sobreposição na susceptibilidade genética entre DPOC e câncer de pulmão, há um desenho do estudo alternativa às abordagens atuais que possam melhor identificar genes de susceptibilidade no cancro do pulmão?”

A observações anteriores sugerem que um modelo genético alternativo para estudos de caso-controlo de corrente poderiam ser utilizados para a descoberta do gene da doença de cancro do pulmão [31]. Este modelo seria diferente do que é utilizado nos recentes estudos de caso-controle da GWA [17] – [19], onde os efeitos genéticos são explorados em casos de câncer de pulmão e tabagismo controles com desconhecido, mas provavelmente diferente, a prevalência de DPOC [26], [ ,,,0],27], [32], [33]. Com relação a este último, a possibilidade de que a co-existente DPOC em casos de câncer de pulmão pode introduzir um efeito interativo ou a confusão em estudos de associação do câncer de pulmão foi levantada [26], [34]. Para entender melhor a complexa relação entre DPOC e câncer de pulmão, fumantes em ambos os casos e controles, idealmente, ser combinados para fumar exposição e sub-fenotipada para a DPOC usando espirometria. teste de função pulmonar é necessário definir este fenótipo como a DPOC é insidioso no início e, devido a uma subutilização generalizada de espirometria, sub-diagnosticada em 50-80% dos casos [9], [33]. Sub-fenotipagem para a DPOC, então, definir três coortes fumadores, aqueles com função pulmonar normal (controles “resistentes”), aqueles com DPOC e aqueles com câncer de pulmão sub-fenotipada para a DPOC co-existente. Utilizando uma tal abordagem, os autores demonstraram que o locus cromossoma 15q25, originalmente associado com o cancro do pulmão em estudos GWA [17] – [19], também está associada com DPOC [26]. Esta observação foi posteriormente replicada em ambos GWA [20] e estudos de genes candidatos [35]. Utilizando esta mesma abordagem, os autores também demonstraram que o locus do cromossoma 4q31, associado com um risco reduzido de DPOC [21] -. [23], também está associada independentemente com um risco reduzido de cancro do pulmão [28]

O, a função pulmonar câncer de pulmão e DPOC estudos GWA foram identificados até à data, pelo menos, nove regiões cromossômicas e onze genes candidatos (Tabela 1) que parecem estar associados com DPOC, função pulmonar e /ou cancro do pulmão (1q23 [16], 4q22 [23], 4q24 [22], [23], 4q31 [17], [20] – [23], 5p15 [17], [18], 5q33 [22], [23], 6p21 [17] – [19], [22], [23] e 15q25 [17] – [21]). Surge a pergunta: “Como é que estes loci afetar a suscetibilidade ao câncer de pulmão depois de sub-fenotipagem para a DPOC e podem ser combinados para definir um fumante de alto risco?” Com essa pergunta em mente, foi utilizada a abordagem sub-fenotipagem descrito acima para examinar o indivíduo e efeito cumulativo de loci identificados recentemente GWA implicado tanto na (função pulmonar) DPOC [20] – [23] e o cancro do pulmão [1], [17] – [19] estudos. Usando um algoritmo de um modelo publicado anteriormente, que inclui idade, história familiar de câncer de pulmão eo diagnóstico prévio de DPOC [27], [32], combinamos genótipos ambos sensíveis e cautelares a partir desta análise para derivar e validar um escore de risco para susceptibilidade ao câncer de pulmão.

Materiais e Métodos

Os sujeitos do estudo

Os sujeitos deste estudo foram previamente descritos [26]. Em resumo, os indivíduos eram de ascendência branca baseada na descendência de seus avós (todos os quatro avós de ascendência caucasiana). casos de câncer e DPOC pulmonares foram recrutados de uma clínica de hospital terciário entre 2000 e 2007, em Auckland enquanto os controles fumantes saudáveis ​​foram recrutados da mesma comunidade após o voluntariado para o rastreio de espirometria. Os critérios de inclusão foram ascendência Caucasiano (veja acima), com 40 anos ou mais e tabagismo passado (ver abaixo), enquanto aqueles incapazes de desempenhar adequadamente espirometria foram excluídos (taxa de falha de aproximadamente 5% em cada grupo). Todos os participantes assinaram termo de consentimento, e foram submetidos a coleta de sangue para extração de DNA, espirometria pré-broncodilatador e um questionário-investigador. A espirometria foi realizada com espirômetro portátil (Easy-One ™; ndd Medizintechnik AG, Zurich, Suíça). A função pulmonar conformado com as normas da American Thoracic Society (ATS) para reprodutibilidade (https://www.thoracic.org/statements/), com o valor mais alto dos três melhores golpes aceitáveis ​​utilizados para classificação do estado DPOC. DPOC foi definida de acordo com a Global Initiative for Chronic Diseases pulmonar obstrutiva (GOLD) estágio 2 ou mais critérios (FEV1 /FVC 70% e VEF1% do previsto ≤80%), utilizando pré-broncodilatador medidas espirométricas [www.goldcopd.com]. A ATS questionário respiratório modificado (https://www.thoracic.org/statements/foi usado, que coletaram dados demográficos, incluindo idade, sexo, história médica, história familiar de doença pulmonar, história de exposição ao ativo e passivo do tabaco, sintomas respiratórios e ocupacional exposições aero-poluentes

coorte o cancro do pulmão

indivíduos com câncer de pulmão foram recrutados de uma clínica de hospital terciário [26], com idade .. 40 anos eo diagnóstico confirmado através histológicos ou citológicos espécimes . em 95% dos casos não-fumantes com câncer de pulmão foram excluídos do estudo e apenas casos de câncer de pulmão primário com o seguinte diagnóstico patológico foram incluídos: adenocarcinoma, carcinoma de células escamosas, câncer de pequenas células e câncer de não-pequenas células (célula geralmente grandes ou subtipos broncoalveolar). medição da função pulmonar (pré-broncodilatador) foi realizada no prazo de 3 meses após o diagnóstico de câncer de pulmão, antes da cirurgia e na ausência de derrame pleural ou colapso do pulmão em radiografias simples [8]. Para os casos de câncer de pulmão que já haviam sido submetidos a cirurgia, função pulmonar pré-operatória realizada pelo laboratório do hospital função pulmonar foi proveniente de registros médicos.

DPOC coorte.

Indivíduos com DPOC foram identificados por meio hospitalar clínicas especializadas como previamente descrito [26]. Os indivíduos recrutados para o estudo tinham idades entre 40-80 anos, com uma história mínimo de tabagismo de 20 maços anos e DPOC confirmada por um especialista respiratório com base em critérios de espirometria pré-broncodilatador (GOLD Estágio 2 ou mais).

coorte controle

os controles foram recrutados com base nos seguintes critérios:. aged 40-80 anos e com uma história mínimo de tabagismo de 20 maços anos. indivíduos controle foram voluntários que foram recrutados a partir da mesma área de influência do paciente (zona residencial) como aqueles que servem as clínicas hospitalares de câncer de pulmão e DPOC, quer através de (a) um anúncio postal comunidade ou (b) enquanto participava /clubes de recrutas militares aposentados de base comunitária . Controles com DPOC, com base na espirometria pré-broncodilatador (GOLD 1 ou mais), que constituíam 35% dos voluntários fumadores, foram excluídos da análise posterior.

O estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética multi Centre ( nova Zelândia).

desenho do estudo

o presente estudo de caso-controle transversal fumantes em comparação com o mesmo etnia com variáveis ​​demográficas comparáveis ​​(especificamente idade, sexo e tabagismo). Os controles no estudo atual foram cuidadosamente escolhidos para melhor representar a maioria dos fumantes que têm mantido a função pulmonar normal ou quase normal, apesar de décadas de fumar ( “fumante resistente”), como mostrado por vários estudos [4], [5], [ ,,,0],10] – [12]. Assim, o grupo de fumantes resistente melhor reflete os fumantes menos propensos a desenvolver câncer de pulmão ou DPOC, minimizando assim fenótipo erros de classificação e melhorar o poder de detectar diferenças entre os fumantes afetados e não afetados [36]. Nós a hipótese de que as associações SNP pode identificar os efeitos de proteção ou susceptibilidade a um ou uma combinação de DPOC única (G1), DPOC e câncer de pulmão (G2), só o câncer de pulmão (G3) ou não da doença (G0) (veja a Figura 1).

a genotipagem

DNA genômico foi extraído de amostras de sangue total usando métodos à base de sal padrão e DNA genómico purificado foi aliquotado (10 ng · ul

-1 concentração) em 96- bem ou placas de 384 poços. As amostras foram genotipados usando o sistema de Sequenom ™ (Sequenom ™ Autoflex espectrômetro de massas e Samsung 24 pinos nanodispenser) pela Facilidade Australian Genome Research (www.agrf.com.au) ou por nosso laboratório universitário utilizando testes de genotipagem Taqman® SNP (Applied Biosystems , EUA), utilizando sondas ranhura para encadernação menores. As sequências Sequenom ™ foram desenhadas por AGRF com amplificação e separação métodos (IPLEX ™, www.sequenom.com) como descrito anteriormente [26], [27], [32]. Os ensaios de genotipagem de SNP Taqman® foram corridas em placas de 384 poços de acordo com as instruções do fabricante. dos ciclos de PCR foi realizado em ambas GeneAmp® PCR System 9700 e 7900HT rápido sistema de PCR em tempo real (Applied Biosystems, EUA) dispositivos. primers SNP foram projetados pela Applied Biosystems. parcelas de amplificação em tempo real das placas selecionadas foram utilizados para verificar a discriminação alélica de ponto final para estabelecer a confiabilidade da genotipagem baseada Taqman.

O presente estudo investigou as freqüências genotípicas de 11 SNPs. O SNP rs16969968, situado no interior do receptor de acetilcolina nicotínico (nAChR) gene em 15q25, o SNP rs1052486, situado dentro do transcrito associado a HLA-B do gene (BAT3) em 6p21, e o SNP rs402710, situado no interior da cisplatina-resistência regulada do gene 9 (CRR9) gene em 5p15, foram genotipados usando o sistema de Sequenom ™, enquanto os restantes oito SNPs, o SNP rs7671167, situadas dentro da Família com 13A sequência de similaridade (FAM13A) gene em 4q22, o SNP rs1489759, situado perto do ouriço-interagindo proteína (HHIP) gene em 4q31, o SNP rs2202507, situado perto da gene da glicoforina a (GYPA) em 4q31, o SNP rs2808630, situado perto do gene da proteína C-reactiva (CRP) em 1q21, o SNP rs10516526, situado no interior da glutationa S-transferase de domínio C-terminal (GSTCD) gene em 4q42, o SNP rs1422795, situado no interior da UM desintegrina e o gene Metaloproteinase 19 (ADAM19) em 5q33, o SNP rs2070600, situado dentro do receptor para a glicação avançada produtos finais (AGER) gene em 6p21, eo rs11155242 SNP, situado dentro do receptor de proteína G 126 gene (Gpr126) em 6q24, foram genotipados por ensaios de genotipagem Taqman® SNP. amostras que falharam foram repetidos até que as taxas de chamadas de ≥95% para cada SNP em cada coorte foram alcançados. freqüências genotípicas para cada SNP foram comparados entre os 3 grupos primários (controle de fumantes, DPOC e câncer de pulmão coortes) e com sub-fenotipagem a coorte de câncer de pulmão de acordo com a presença ou ausência de DPOC com base em critérios OURO 2.

Algoritmo e susceptibilidade pontuação

o efeito cumulativo dessas genótipos SNP identificados como suscetíveis (odds ratio, OR 1) ou de proteção (OR 1), com base em distorções significativas na frequência (P 0,05) entre o casos ou sub-fenótipos e os fumantes de controle, foi examinada usando um algoritmo publicado anteriormente [27], [32]. Apenas o cancro do pulmão e coortes fumador de controle foram utilizados para esta análise. Neste algoritmo, para cada sujeito, um valor numérico de -1 foi atribuído a cada um dos genótipos protectores presentes entre os SNPs de protecção e um para cada um dos genótipos sensíveis presentes. Quando um indivíduo não quer ter o genótipo proteção ou susceptibilidade para esse SNP, a pontuação é 0 (isto é, não contribuiu para a pontuação genética). Esta abordagem é consistente com um estudo recentemente publicado no cancro da próstata [37]. Como descrito anteriormente [27], [32], ponderando a presença de genótipos suscetíveis ou de protecção específicas de acordo com as suas odds ratio individuais (RUP, a partir de regressão uni) não melhorou significativamente o desempenho discriminatório da pontuação SNP cumulativo (dados não publicados).

A abordagem algorítmica usada aqui envolvidos derivar uma “pontuação de sensibilidade” global para cada sujeito (a partir das coortes de controlo e cancro do pulmão) pela combinação de dados genéticos (SNP pontuações cumulativas) e variáveis ​​clínicas, identificada em uma análise multivariada como descrito anteriormente [27], [32]. As variáveis ​​clínicas (e pontuação) foram a idade 60 anos de idade (4), história familiar de câncer de pulmão (+3) e diagnóstico prévio de DPOC (4) [32]. Ao utilizar logística multivariada e análise de regressão, o painel de 9-SNP foi examinado em combinação com as variáveis ​​clínicas pré-estabelecido acima. Como a exposição de fumar (pack-anos) foi um critério de recrutamento para este estudo, e comparáveis ​​entre casos e controles, não foi incluído no sistema de pontuação descrito aqui. A pontuação suscetibilidade ao câncer de pulmão (para os grupos de controlo e de cancro do pulmão) foi plotada com (

a

) a frequência de câncer de pulmão e (

b

) o risco absoluto flutuante (FAR, equivalente a OR) em toda a coorte fumante /ex-fumante combinado [38], [39]. A abordagem FAR foi adotada uma vez que utiliza um “flutuou” variância em todas as categorias de risco policotômicas em vez de escolher no nível de referência e permite intervalos de confiança a ser apresentado para todas as categorias de risco.

Análise

Paciente características nos casos e controles foram comparados por ANOVA para variáveis ​​contínuas e teste do qui-quadrado para variáveis ​​discretas (Mantel-Haenszel, odds ratio (OR)). Genotípicas e alélicas frequências foram verificados para cada SNP por Hardy-Weinberg (HWE). mistura população nas coortes foi realizada utilizando análise da estrutura em dados de genotipagem de 40 SNPs independentes [40]. Distorções nas freqüências genotípicas e alélicas foram identificados por comparação câncer de pulmão (sub-fenotipada pela DPOC) e /ou casos de DPOC com controles de fumar “resistentes” usando dois-por-dois tabelas de contingência. Tanto o aditivo (alélica) e modelos genéticos genótipo com base foram testados embora este último é o preferido [41]. Correcção para comparações múltiplas não foi feito como os SNPs foram seleccionado “a priori” a partir dos estudos GWA. SNPs individuais não foram incluídos no modelo de risco combinado com base no significado estatístico mostrado aqui, mas foram incluídos porque foram identificadas por estudos GWA para ser altamente significativamente associados com o cancro do pulmão. A este respeito, o presente estudo foi alimentado suficientemente para permitir um pequeno grau de discriminação entre casos e controlos para ser demonstrado para o modelo global resultante, em vez de SNPs individuais. Com pelo menos 450 casos e 450 controles deste estudo alcança 80% a probabilidade de detectar uma área sob a curva ROC de 0,55 usando um teste z de duas faces no nível de significância de 5%, ou seja, pode-se concluir que a curva ROC para o SNP modelo oferece melhor do que a associação chance quando a área sob a curva de receptor características de funcionamento é de pelo menos 0,55 (Hintze, J (2006) PASS 2002 WWW.NCSS.COM)

os dados Genótipo (painel de 9 SNP) e as variáveis ​​clínicas foram combinadas em uma regressão logística para avaliar os seus efeitos relativos em discriminar baixo e alto risco (por estimativa pontual e curva ROC (ROC)) por quintil de pontuação. A distribuição da pontuação suscetibilidade ao câncer de pulmão frequência foi comparado entre os casos e controles. Sua utilidade clínica foi avaliada utilizando análise ROC, que avalia o quão bem o modelo prevê riscos em toda a pontuação (ou seja, o desempenho clínico da pontuação em relação à sensibilidade e especificidade).

Resultados

Demográfico variáveis ​​

Características dos casos de câncer de pulmão, casos de DPOC e fumantes saudáveis ​​de controle estão resumidos na Tabela 2. as variáveis ​​demográficas e subtipos histológicos dos casos de câncer de pulmão são comparáveis ​​aos dados publicados anteriormente [42]. O estadiamento ao diagnóstico também foi comparável para esta série publicada (dados não mostrados), sugerindo a coorte de cancro do pulmão é representativo. Os casos de DPOC têm maior exposição pack-ano do que os casos de câncer de pulmão e fumantes saudáveis ​​de controle (P 0,05). Isto reflecte valores aberrantes com histórias elevadas fumadores na coorte de DPOC que, após transformação log de maços-anos mostraram todos os grupos eram comparáveis ​​(dados não mostrados). Todos os grupos são comparáveis ​​em relação à idade começou a fumar, anos fumavam, anos desde que deixou e cigarros /dia (Tabela 2). No geral, acreditamos que os três grupos são bem adaptado para a exposição de fumar. Observamos uma menor freqüência de fumantes atuais nas coortes de câncer de pulmão e DPOC, em comparação com fumantes saudáveis ​​(35% vs 40% vs 48%, respectivamente), o que pode refletir um efeito de seu diagnóstico relacionadas com o tabagismo. tabagismo atual não teve efeito sobre a função pulmonar no grupo de casos de câncer de pulmão. Os casos de câncer de pulmão, casos de DPOC e controles de fumar também foram comparáveis ​​em relação a outras exposições aero-poluentes (Tabela 2). Aqueles com câncer de pulmão apresentaram uma prevalência mais elevada para uma história familiar positiva para câncer de pulmão em comparação com os casos de DPOC e fumantes saudáveis ​​(19% vs 11% vs 9%). Como esperado, a função pulmonar foi pior no cancro do pulmão e coortes DPOC em comparação com os controles fumador saudáveis. Teste de função pulmonar nos casos de câncer de pulmão (como descrito acima) permitiu a estratificação dos resultados para testar um efeito interativo ou a confusão da DPOC.

Genotipagem

Os resultados de genotipagem para o 12 os SNPs são mostrados na Tabela 3. as frequências alélicas e genótipo foram comparáveis ​​aos referidos na literatura e para o Projecto Internacional hapmap (www.hapmap.org). Os genótipos observados para os dois SNPs 4q31 Chr (HHIP e GYPA) neste estudo foram 65% concordantes, de acordo com o grau relatado de LD entre estes SNPs. A concordância para o outro SNPs em “close” de proximidade (BAT3 e AGER em 6p21) mostrou muito pobre concordância como esperado. Como todos os SNPs foram em Hardy-Weinberg e amplificação parcelas foram usados ​​para garantir chamadas genótipo corretos, é improvável erro genotipagem significativo. Não encontramos nenhuma evidência para a estratificação da população entre as coortes com 40 SNPs desvinculada de genes independentes (média χ

2 = 3,3, P = 0,58) [40]. Com base em distorções na freqüência do genótipo entre os 3 grupos, genótipos de risco foram designados como proteção geral, conferindo ou susceptibilidade a DPOC e /ou cancro do pulmão de acordo com a Figura 1.

associações de genótipos de acordo com a sub-fenotipagem para DPOC (Tabela 3)

Os resultados abaixo descrevem associações SNP individuais entre os fumantes resistentes e aqueles com DPOC ou cancro do pulmão (total e subdividida por DPOC co-existente). Nós não encontrou efeitos de sexo, altura ou tabagismo (atual vs ex) em qualquer uma dessas associações. A relação entre variantes SNP e função pulmonar só foi encontrado para rs 16969968 nos casos de câncer de pulmão, como publicado anteriormente (26), mas não para as outras variantes SNP (dados não publicados). Os números foram considerados demasiado pequena para olhar para o cancro do pulmão sub-agrupados por histologia. Os resultados dos genótipos abaixo estão resumidos na Tabela 3.

Rs16969968, 15q25 (CHRNA 3/5).

Como relatado anteriormente [26], em relação aos controles do genótipo AA foi mais frequentemente encontrado em casos de câncer de pulmão (N = 454, 16% vs 9%, OR = 1,76, P = 0,005) casos de DPOC (N = 458, 14% vs 9%, OR = 1,47, P = 0,06) e para todos os casos de DPOC (GOLD 2+) com ou sem cancro do pulmão (N = 706, 16% vs 9%, oU = 1,76, P = 0,002). Mais importante, quando os casos de câncer de pulmão foram sub-fenotipada para aqueles com e sem DPOC (critérios GOLD 2+, n = 429), a frequência do genótipo AA foi bem diferente: 19% (vs 9% nos controles, OR = 2,26, P = 0,002) e 11% (vs 9% em controlos, OU = 1,15, P = 0,64), respectivamente (Tabela 3). Com base nos dados, até à data, o genótipo AA do SNP CHRNA 3/5 mais provável confere susceptibilidade a ambos o cancro do pulmão e DPOC (G2 na Figura 1 e Tabela 4).

Rs7671167, 4q22 ( FAM13A).

de acordo com estudos anteriores, o genótipo CC foi encontrado mais freqüentemente em indivíduos de controlo em comparação com aqueles com DPOC (N = 458, 30% vs. 23%, OR = 0,71, P = 0,024) ( 63), o câncer de pulmão (N = 454, OR = 0,64, P = 0,003) (Tabela 3) câncer de pulmão com os casos de DPOC excluídos (N = 207, OR = 0,58, P = 0,006) e câncer de pulmão com DPOC (N = 215 , OU = 0,66, P = 0,03). Não foi encontrada associação com função pulmonar entre os casos de câncer de pulmão. O genótipo CC do FAM13A SNP parece conferir proteção contra ambos DPOC e câncer de pulmão (G0 na Figura 1 e Tabela 4).

Rs1052486, 6p21 (BAT3).

O genótipo GG foi 23% no grupo de controlo em comparação com 26% no grupo do cancro do pulmão (N = 454, OU = 1,19, P = 0,25) e 21% no grupo de DPOC (N = 458, OU = 0,88, P = 0,44) (Tabela 4). Comparados aos controles, o genótipo GG foi significativamente maior em pacientes com câncer de pulmão e DPOC (N = 215) (23% vs 31%, OR = 1,50, P = 0,03), mas não diferente do câncer de pulmão único subgrupo (N = 207 ) (23% vs 21%, OU = 0,89, P = 0,57). O genótipo GG foi significativamente maior no câncer de pulmão com o grupo DPOC do que o câncer de pulmão único grupo (31% vs 21%, OR = 1,68, P = 0,02). O genótipo GG do BAT3 SNP parece conferir susceptibilidade para câncer de pulmão em pacientes com DPOC (G2 na Tabela 4).

Rs402710, 5p15 (CRR9 /TERT).

Nós não encontrou nenhuma diferença na frequência genótipo GG nos controlos e nos casos de DPOC (44% vs 44%, oU = 0,97, p = 0,83) ou casos de cancro de pulmão (44% vs 47%, oU = 1,10, P = 0,45) (Tabela 4). Comparado com os controlos, o genótipo GG foi significativamente maior no apenas os casos de cancro do pulmão (N = 207, 44% vs 53%, OU = 1,40, P = 0,05), mas não nos casos de cancro do pulmão com DPOC (44% vs 42%, OU = 0,90, P = 0,54) (Tabela 4). O genótipo GG é significativamente maior no câncer de pulmão apenas os pacientes em comparação com o cancro do pulmão com o grupo DPOC (53% vs 42%, OR = 1,54, P = 0,03). O genótipo GG do CRR9 (TERT) SNP parece conferir susceptibilidade para câncer de pulmão somente (G3 na Figura 1 e Tabela 4).

Rs1489759 e rs2202507, 4q31 (HHIP e GYPA respectivamente).

o genótipo GG dos HHIP (RS 1489759) SNP foi encontrada para ser mais prevalente no grupo de controlo em comparação com DPOC (17% vs 11%, OU = 0,59, P = 0,006) e cancro do pulmão (17% vs 13% , OU = 0,70, grupos P = 0,05) (Tabela 4). Da mesma forma, o correspondente (menor) CC genótipo do GYPA (rs 2202507) SNP foi mais prevalente no grupo de resistentes fumantes em comparação com aqueles com DPOC (27% vs 19%, OR = 0,65, P = 0,06) e câncer de pulmão (27 % vs 21%, OU = 0,70, P = 0,02) grupos (Tabela 4). Quando os casos de câncer de pulmão foram estratificados por dados de espirometria disponíveis (n = 419 e n = 416 para HHIP e genotipagem GYPA, respectivamente), entre aqueles com e sem DPOC (critérios GOLD 2+), a distribuição do menor homozigoto alelo para ambos O SNPs não muda significativamente. Os tamanhos do efeito do alelo menor homozigoto nestes sub-análises permanecem os mesmos, embora os valores de p são degradadas devido aos tamanhos de amostra mais pequenos. Ao agrupar todos os pacientes com DPOC (combinando DPOC e o cancro do pulmão com grupos DPOC, N = 670), o efeito protector foi quase idêntico ao do uso do coorte de DPOC sozinho (OR = 0,60, P = 0,003 e OR 0,66, P = 0,004 para o HHIP e GYPA, respectivamente). Os homozigotos alelos menores para HHIP e GYPA SNPs (GG e CC, respectivamente) parece conferir proteção contra o câncer de pulmão e DPOC (G0 na Figura 1 e Tabela 4).

Rs1422795, 5q33, (ADAM19).

em comparação com os controles, a freqüência do genótipo CC foi aumentado marginalmente casos de câncer de pulmão (9% vs 13%, OR = 1,44, P = 0,08) e os casos de DPOC (9% vs 13%, OR 1,47, P = 0,07) grupos (Tabela 3). Quando os casos de câncer de pulmão foram divididos de acordo com DPOC o tamanho do efeito permaneceu o mesmo, embora os valores de p foram degradados devido ao menor número (o câncer pulmonar com DPOC 13%, OR = 1,51, P = 0,10 e câncer de pulmão sem DPOC 13%, OR = 1,40, P = 0,20). Quando a frequência CC genótipo dos controlos é comparado com aqueles com DPOC e o cancro do pulmão com DPOC (9% vs 13%, OU = 1,45, P = 0,05) a coorte maior identifica um aumento significativo do genótipo CC em pacientes com DPOC fenótipo. O genótipo CC é susceptível de ser associado com a susceptibilidade modesto para tanto DPOC e câncer de pulmão (G2 na Figura 1 e Tabela 4).

Rs2070600, 6q21 (AGER).

Em comparação com os controles, a freqüência do genótipo TT /TC foi significativamente diminuída em pacientes com DPOC (10% vs 15%, OR = 0,60, P = 0,01), mas não no cancro do pulmão (13% vs 15% nos controles, OR = 0,87, P = 0,87). Sub-agrupar os casos de câncer de pulmão de acordo com DPOC fenótipo não identificou quaisquer outras associações. Os genótipos TT /TC da AGER SNP apareceu para conferir um efeito protetor para a DPOC (G1 na Figura 1 e Tabela 4).

Rs2808630, 1q23 (CRP).

ompared aos controles, o genótipo CC era ligeiramente menos frequente no cancro de pulmão (11% em 8%, OU = 0,68, P = 0,09) e os grupos de DPOC (11% vs 8%, OU = 0,69, P = 0,10), mas significativamente inferior no cancro do pulmão