Sumário

espécimes tumorais são frequentemente preservados como (FFPE) blocos de tecido embebidos em parafina fixadas em formalina, a fonte clínica mais comum para a sequenciação de ADN. Aqui, nós avaliamos o efeito dos parâmetros pré-sequenciação para orientar a seleção da amostra adequada para a sequenciação do gene alvo. Os dados de 113 espécimes de tumor de pulmão FFPE foram recolhidos, e sequenciamento do gene alvo foi realizada. As bibliotecas foram construídas utilizando sondas personalizadas e foram emparelhados-end sequenciado em uma plataforma de sequenciamento de próxima geração. Um ensaio de controlo de qualidade baseado em PCR (QC) foi utilizada para determinar a qualidade do ADN, e uma proporção foi gerado em comparação com o controlo do ADN. Observamos que FFPE tempo de armazenamento, relação PCR /QC, e entrada de DNA na preparação da biblioteca foram significativamente correlacionados com a maioria dos parâmetros de eficiência sequenciamento incluindo profundidade de cobertura, taxa de alinhamento, tamanho da inserção, e ler qualidade. A pontuação combinada usando os três parâmetros foi gerado e demonstrou ser altamente precisos para prever métricas de sequenciamento. Também apresentaram variabilidade contagem ampla lido dentro do genoma, com pior cobertura em regiões de baixo teor de GC como no

KRAS

. qualidade da amostra e conteúdo GC apresentaram efeitos independentes na profundidade seqüenciamento e os piores resultados foram observados em regiões de baixo teor de GC em amostras com baixa qualidade. Nossos dados confirmam que as amostras FFPE são uma fonte confiável para sequenciamento de genes alvo em câncer, controles de qualidade da amostra adequada fornecidas são exercidas. qualidade do tecido devem ser rotineiramente avaliados quanto a fatores pré-analíticos e profundidade sequenciamento pode ser limitado em regiões genômicas de baixo teor de GC se as amostras de sub-óptimos são utilizados

Citation:. Araujo LH, Timmers C, Shilo K, W Zhao , Zhang J, L Yu, et ai. (2015) impacto das variáveis ​​pré-analíticas sobre Cancer alvejado Eficiência Gene Sequencing. PLoS ONE 10 (11): e0143092. doi: 10.1371 /journal.pone.0143092

editor: Sumitra Deb, Virginia Commonwealth University, United States