Abstract

Alterações em componentes do tecido do estroma pode inibir ou promover tumorigênese epitelial. Decorim (

DCN

) e lumican (

LUM

) mostram reduzida expressão do estroma em câncer epitelial de ovário seroso (SEOC). Nossa hipótese é que variantes comuns nestes genes associar com o risco. Associações com SEOC entre os caucasianos foram estimados com odds ratio (OR) entre os 397 casos e 920 controles em dois estudos baseados nos Estados Unidos (conjunto descoberta), 436 casos e 1.098 controles na Austrália (conjunto de replicação 1) e um consórcio de 15 estudos compreendendo 1668 casos e 4.249 controles (conjunto de replicação 2). A descoberta definir e replicação jogo 1 (833 casos e 2.013 controles) mostrou estatisticamente homogênea (P

heterogeneity≥0.48) diminuiu os riscos de SEOC em quatro variantes:

DCN

rs3138165, rs13312816 e rs516115, e

LUM

rs17018765 (OR = 0,6-0,9; P

tendência = 0,001-0,03). Os resultados de replicação definido 2 foram estatisticamente homogênea (P

heterogeneity≥0.13) e associado a um aumento dos riscos em

DCN

rs3138165 e rs13312816, e

LUM

rs17018765: todas as RUP = 1,2; P

trend≤0.02. As RUP nos quatro variantes foram estatisticamente heterogêneo em todos os 18 estudos (P

heterogeneity≤0.03), que impossibilitaram a combinar. Em análises post-hoc, foram observadas interações entre cada variante e período de recrutamento (P

interaction≤0.003), a idade no momento do diagnóstico (P

interação = 0,04) e ano de diagnóstico (P

interação = 0,05 ) nos cinco estudos com informações disponíveis (1.044 casos, 2.469 controles). Conclui-se que as variantes em

DCN

e

LUM

não estão diretamente associados com SEOC, e é necessário que a confirmação de uma possível modificação do efeito das variantes por fatores não-genéticos.

Citação: Amankwah EK, Wang Q, Schildkraut JM, Tsai YY, Ramus SJ, Fridley BL, et al. (2011) Polimorfismos em genes estromais e suscetibilidade a serosa epitelial Cancro do ovário: Um Relatório da Cancer Association Consortium ovário. PLoS ONE 6 (5): e19642. doi: 10.1371 /journal.pone.0019642

Autor: John D. Minna, Univesity of Texas Southwestern Medical Center em Dallas, Estados Unidos da América

Recebido: 08 de dezembro de 2010; Aceite: 12 de abril de 2011; Publicado em: 27 de maio de 2011 |

Direitos de autor: © 2011 Amankwah et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Austrália: nacional de Saúde e Pesquisa médica do Conselho (199600), Câncer Conselho Tasmânia, Fundação de Câncer da Austrália Ocidental; Bélgica: Plano Nacional de Câncer – Acção 29; Canadá: Fundação Heritage Alberta para a investigação médica, Worksafe BC, Canadian Institutes of Health Research, Michael Foundation Smith para Pesquisa em Saúde; Dinamarca: Sereia 1, The Danish Cancer Society; Finlândia: Fundo de Helsinki University Central Hospital Research, Academia da Finlândia, o Cancer Society finlandesa; Alemanha: Sétimo Programa-Quadro da Comunidade Europeia (HEALTH-F2-2009-223175), Ministério Federal da Educação e Pesquisa, Programa de Clínica Investigação Biomédica (01 GB 9401), da Universidade de Ulm (P.685); Países Baixos: Universidade Radboud Nijmegen Medical Centre, o serviço de saúde do município e comunidade de Nijmegen; U.K. Cancer .: Research UK, Associação de Câncer Research International, St Andrews, Lon V. Smith Foundation concessão LVS-39420, Eve Appeal, OAK Foundation; Instituto Nacional de Pesquisa em Saúde Centro de Investigação Biomédica; EUA: Fundo Ovarian Cancer Research, National Institutes of Health (R01-CA-61107, R01-CA-122443, R01-CA-76016, CA-58860, CA-92044, P50 CA83636), Departamento de Defesa (W81XWH-06- 1-0220, W81XWH-09-OCRP-CONDEV), Cancer Society Divisão América California (S10P-06-258-01-CCE), Fundação Mayo, L S Fundação Milken Família. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

os cancros do ovário são o câncer ginecológico mais letal, com 21.650 novos casos e 15,520 mortes em os EUA em 2008 [1]. A maioria ( 95%) ovário epitelial cancros são de origem, que afecta células na superfície do ovário [2], que são separadas do tecido do estroma do ovário subjacente por uma lâmina basal. O estroma é a estrutura de suporte de tecido biológico que consiste em uma matriz extracelular (ECM) e factores de crescimento solúveis que medeiam as interacções epiteliais e do estroma-regulam a comunicação intercelular [3]. A activação de oncogenes e de inibição de genes supressores de tumor no epitélio foram anteriormente considerados como sendo as únicas alterações necessárias para o desenvolvimento de cancros epiteliais [4]; No entanto, alterações em componentes do estroma que perturbar as funções celulares normais podem resultar em alterações morfológicas que se manifestam como tumores através de perturbação do epitélio [3]. Por exemplo, as alterações induzidas por radiação no microambiente do estroma foram mostrados para contribuir para a progressão neoplásica de células epiteliais mamárias iniciadas

In vivo

[5], e pode incluir processos que activam factor de crescimento transformante-beta (TGF- β) e iniciar a remodelação ECM [6], [7]

a ECM é composto de proteínas diferentes:. decorim e lumican são membros da pequena família de proteoglicanos ricos em leucina que se ligam ao colágeno no estroma e são envolvida na montagem e na estrutura da matriz, e no controlo de proliferação celular [8]. A expressão de ambos decorina e lumican é alterado em vários cancros [9], [10], incluindo o cancro do epitélio do ovário seroso [11] – [14]. É concebível, factores de interacções que alteram-epiteliais do estroma ou a conversa cruzada entre os factores de crescimento como o TGF-β também pode influenciar a expressão e /ou actividade de decorina ou lumican, ou vice-versa. Tais fatores podem incluir herdou susceptibilidade genética. Isto pode ser particularmente pertinente para decorina, que se liga a TGF-β e serve como um controlo de regulação para a libertação de TGF-β activação e [15].

Tendo em vista o importante papel do estroma em cancros epiteliais e o papel de decorina e lumican na tumorigênese, testamos a hipótese de que herdou variação no

DCN

e

LUM

podem influenciar o risco de câncer epitelial de ovário seroso em 18 populações de estudo independentes: um conjunto de descoberta que incluiu estudos de Clínica Mayo (maio) e do cancro do ovário da Carolina do Norte (NCO) estudo, a replicação do conjunto 1 da Austrália (AUS), e replicação set 2 composto por 12 estudos combinados da Cancer Association Consortium ovário (OCAC).

resultados

a distribuição de co-variáveis ​​selecionadas entre casos e controles na descoberta definir e replicação set 1 estão listadas na Tabela 1. as covariáveis ​​foram distribuídos de forma semelhante entre o conjunto de descoberta e replicação ajustaram 1, incluindo a proporção de carcinomas serosos em todo o estágio do tumor. Os MAFs para os 10 tagSNPs no conjunto descoberta variou 0,08-0,29 entre os controles e foram semelhantes na replicação do conjunto 1 para os SNPs em comum (Tabela S1).

No conjunto descoberta, diminuiu os riscos foram associados com câncer epitelial de ovário seroso sob modelos ambos co-dominantes e ordinais no

DCN

rs3138165,

DCN

rs13312816,

DCN

rs516115 e

LUM

rs17018765 (todos os quatro SNPs: P

tendência = 0,06) (Tabela 2). Associações em todos os SNPs interrogados no conjunto descoberta estão na Tabela S2. Não houve associações significativas foram encontradas em análises de haplótipos (Tabela S3).

Na replicação ajustaram 1, diminuiu associações de risco foram encontrados sob modelos ambos co-dominantes e ordinais em

DCN

rs3138165 (P

tendência = 0,009),

DCN

rs13312816 (P

tendência = 0,01) e

LUM

rs17018765 (P

tendência = 0,008), mas não no

DCN

rs516115 (P

tendência = 0.20) ou

DCN

rs741212 (P

tendência = 0,61) (Tabela 2). genótipos imputadas tendem a assumir associações de risco semelhantes aos de SNPs digitadas, susceptíveis de alta LD entre estes variantes (Figura S1). A correlação de quadrados entre genótipos imputados e verdadeiras foi de 0,73 para o

DCN

rs3138165, 0,73 para o

DCN

rs13312816, e 0,68 para o

LUM

rs17018765.

A conjunto de descoberta e replicação set 1 foram combinados, na ausência de OR heterogeneidade (P

heterogeneity≥0.48) para aumentar o poder estatístico. As associações diminuição do risco manteve-se evidente em

DCN

rs3138165 (OR = 0,7; P

tendência = 0,002),

DCN

rs13312816 (OR = 0,7; P

tendência = 0,002) ,

DCN

rs516115 (OR = 0,9; P

tendência = 0,03) e

LUM

rs17018765 (OR = 0,6; P

tendência = 0,001) em ambos co-dominante e modelos ordinais (Tabela 2).

Associações nestes quatro SNPs foram testados ainda na replicação OCAC ajustaram 2, e

DCN

rs3138165 e rs13312816, e

LUM

rs17018765 mostrou aumento dos riscos estatisticamente significativas (Figura 1, Tabela S4). Dentro da replicação OCAC ajustaram 2, as RUP foram estatisticamente homogênea (P

heterogeneity≥0.13), mas não quando combinado com o conjunto de descoberta e replicação jogo 1 (P

heterogeneidade = 0,001-0,03). RUP heterogêneos não eram devido a erros na codificação alelo.

Associações representam RUP (IC 95%) para o estudo individual (quadrados) e (diamantes) estimativas estudar ajustados em pool. Os modelos são ordinal modelo de risco genético. HAN-HJO e HAN-HMO foram combinadas para a apresentação.

As informações sobre a idade no momento do diagnóstico (ou a idade no momento da entrevista para os controles) e em anos de recrutamento estudo foi disponíveis para todos os estudos e foi usado para testar para interações SNP em análises post-hoc em um esforço para explicar o OR heterogeneidade entre os estudos (Tabela 3). Por exemplo, a interação entre

DCN

rs3138165 e faixa etária foi sugestivo (P

interação com idade = 0,04) e por pequenas associações alélicas foram mais elevadas entre as mulheres idade 40 anos (OR = 2,1; P = 0,01; 104 casos) e menor entre as mulheres ≥70 anos (OR = 0,8; p = 0,24; 510 casos). Os resultados foram semelhantes para os três outros SNPs (P

interacção com a idade = 0,07-0,08; dados não mostrados). Associações a

DCN

rs3138165, estratificados por período de recrutamento, são mostrados na Figura 2A, e nas Figuras S2A, S3A e S4A para os três outros SNPs. O resumo per-minor alelo OR foi de 1,3 (P = 0,01; 1.007 casos) para estudos com um ano médio de recrutamento antes de 2000, e de 0,9 (P = 0,07; 1.494 casos) depois de 2000 (todos os SNPs: P

interação com = período 0,002-0,01). Por causa dos efeitos modificadores de período de recrutamento e potencialmente de idade, foi realizada uma análise de sensibilidade através da exclusão desses estudos de caso-only que não foram pareados por idade e ano de recrutamento para controles de outros estudos. Tal como mostrado na Figura 2B para

DCN

rs3138165, e as Figuras S2B, S3B e S4Bfor a três outros SNPs, a per-menor RUP Resumo alelo eram relativamente inalterado durante os estudos com uma mediana de anos de recrutamento antes de 2000 (OR = 1,3; P = 0,03; 612 casos), e depois de 2000 (OR = 0,8; P = 0,01; 1.340 casos) (todos os SNPs: P

interacção com período = 0,002-,003). No entanto, houve uma mudança 20% no coeficiente para o termo de interacção. Da mesma forma, as mudanças no coeficiente para o termo de interação foram de 19% para

DCN

rs13312816, 38% para o

DCN

rs516115 e 16% para

LUM

rs17018765, consistente com a definição de um importante efeito de mudança-in-estimativa [16]. Isto é particularmente verdadeiro para

DCN

rs516115, que mostrou associação estatisticamente significativa na replicação OCAC definir 2.

Associações representam RUP (IC 95%) para o estudo individual (quadrados) e estudando ajustados em pool (diamantes) estimativas. Os modelos são ordinais modelos de risco genéticos. HAN-HJO e HAN-HMO foram combinadas para a apresentação. P

het refere-se ao valor P para heterogeneidade em odds ratio entre os estudos.

Cinco estudos também tinham informações detalhadas sobre a co-variáveis ​​(Tabela 3). Interações são apresentadas entre

DCN

rs3138165 e ano de diagnóstico (P

interação por anos contínuos = 0,07 e P

interação para variável binária = 0,05), o uso OC (P

interação = 0,31) , paridade (P

interação = 0,16), IMC (P

interação = 0,12), estado de menopausa (P

interação = 0,41), idade da menarca (P

interação = 0,62) e história familiar (P

interação = 0,24). Per-pequenas associações de alelos por ano diagnóstico imitou os de período de recrutamento (diagnósticos anteriores a 2000: OR = 1,5; P = 0,14; 148 casos e diagnósticos após ano de 2000: OR = 0,8; P = 0,02; 896 casos). Embora as interações não foram estatisticamente significativas, por menor associações de alelos em

DCN

rs3138165 foram associados com menor risco entre as mulheres que nunca tomaram hormônios OC (OR = 0,7; p = 0,03; 604 casos), entre as mulheres com ≥3 nascimentos a termo (OR = 0,7; p = 0,01; 573 casos), e entre as mulheres magras (OR = 0,6; p = 0,03; 272 casos). Associações foram semelhantes para os três outros SNPs (dados não mostrados). ano de diagnóstico (1993-1999 vs 2000-2006) foi associada ao uso de OC (P 0,0001), paridade (P 0,0001), IMC (P 0,0001), estado de menopausa (P 0,0001), idade da menarca (P 0,0001) e história familiar (P 0,0001), mas não com o grupo de idade (P = 0,32) ou

DCN

rs3138165 (P = 0,54), em modelos não ajustados. Em um modelo de montagem todas as co-variáveis, incluindo

DCN

rs3138165 e local, único local (P 0,0001) e idade da menarca (P = 0,02) foram significativamente associados com o ano de diagnóstico (dados não mostrados)

Discussão

Nós não poderia confirmar as associações de SNPs em dois genes estromais,

DCN

e

LUM

, com o risco de câncer epitelial de ovário seroso, o mais comum tipo histológico de câncer de ovário, usando uma abordagem de replicação multi-estágio dentro do OCAC. Encontramos diminuiu os riscos em quatro SNPs no conjunto de descoberta e replicação ajustaram 1, e aumentou os riscos em uma amostra maior de casos na replicação OCAC set 2. A heterogeneidade em associações entre os estudos foi estatisticamente significativa e foi explicado, em parte, pela período de caso de recrutamento, com os quatro SNPs transmitir-se a um risco aumentado de 30% para o diagnóstico antes do ano 2000 e até um 20% menor risco após o ano 2000. Mais fraco interações foram vistos com a idade no momento do diagnóstico e com o ano diagnóstico em pós analisa -hoc. Também foram observados efeitos modificando não estatisticamente significativos do uso de OC, paridade e IMC.

taxas de incidência ajustadas por idade de câncer epitelial de ovário foram tendendo mais baixo na maior parte da América do Norte e na Europa desde a década de 1990 [17], [18], e desde o nosso pool de genes não está mudando ao longo de um período tão curto, nós especulamos que os nossos resultados refletem mudanças no ambiente. Como esperado, não houve associação estatisticamente significativa do ano diagnóstico com

DCN

rs3138165, embora houvesse associações significativas com vários dos co-variáveis ​​e uma delas, a idade da menarca, manteve-se estatisticamente significativa com o ano diagnóstico na multivariada modelo -adjusted. Nossos resultados podem sugerir que mudanças temporais em fatores de risco são modificadores de susceptibilidade hereditária em

DCN

e

LUM

. No entanto, não podemos excluir o papel dos fatores não medidos que são relativos ao ano de diagnóstico ou para estudar local, ou que os nossos resultados se devem ao acaso. Vários dos 15 estudos em conjunto de replicação 2 são novos para OCAC e variáveis ​​epidemiológicas para temas ainda não foram submetidos ao centro de Dados Centro Coordenador. Estávamos, portanto, sub-alimentado para avaliar interações gene-ambiente e só podemos especular que a idade, o aumento da obesidade [19], novas tendências em preparação hormonal OC e usar [20], [21], ou o aumento da idade de gravidez /diminuir paridade [22] podem ser candidatos óbvios para futuros testes de mudanças temporais que podem modificar associações de risco desses SNPs. Cada um desses fatores relacionados ao hormonalmente está associada com cancro do ovário [23] – [26]. Os estudos que examinam a resposta do epitélio ovariano normal a fatores hormonais relatou que os primatas Macaca receberam progestina só tinha frequências mais altas de células epiteliais ovarianos apoptóticos em comparação aos animais controle ou aqueles que receberam estrogênio sozinho [27]. Além disso, o efeito protector de paridade pode ser de exposição a hormonas da gravidez, tais como progesterona, que tenham sido especulado para limpar o epitélio do ovário de células pré-cancerosas [28]. No estudo macaque, o aumento em células apoptóticas altamente correlacionada com uma mudança na expressão da isoforma de TGF-β1 ao TGF-β2 e -β3 isoformas no epitélio da superfície do ovário [29]. isoformas de TGF-p parece ser regulado por uma variedade de hormonas esteróides de um modo específico do tecido (revisto em [29]). Em contraste, os carcinomas ovarianos são frequentemente resistentes a inibição do crescimento de TGF-β-mediada [30], [31] e expressar níveis mais elevados de TGF-β1 e TGF-β3, e níveis mais baixos de TGF- β2, do que as amostras de ovário humanos normais [ ,,,0],30], cujo significado é incerto.

decorina e lumican ter várias funções biológicas, incluindo o controlo da proliferação de células [32]. Curiosamente, decorina pertence à família de glicoproteínas secretoras conhecidas como proteínas TGF-ligação-p latentes (LTBPs) que sequestra a pró-hormona ou forma latente de TGF-β e impede-a de interagir com os seus receptores de sinalização, TβRI e TβRII [15 ], [33]. LTBPs podem facilitar a secreção, o armazenamento ou a activação de TGF-ps latentes e servir como um reservatório para a entrega concentrada de TGF-p a receptores [15]. TGF-p [33] e decorina [34] têm sido implicados como supressores tumorais potentes; No entanto, a matriz diversificada de processos celulares regulados por TGF-p parece depender do microambiente: por exemplo, promovendo a apoptose e inibir o crescimento epitelial em células normais e promovendo a proliferação e a angiogénese em vários modelos de cancro [15], [35]. A ligação entre a progesterona, o TGF-ps e decorina é particularmente intrigante dentro do contexto das nossas associações SNP-ambiente. No entanto, esta investigação não foi projetado para analisar as interações SNP-ambientais e para o poder de detectar a modificação efeito significativo com o tamanho da amostra disponível era baixa.

Também comparamos os nossos resultados aos resultados inéditos de dois recente genoma ampla associação ( GWA) estudos de câncer de ovário, mas não houve um claro apoio a associações no SNPs. Por exemplo, os quatro SNPs não foram associados estatisticamente com a serosa epitelial do ovário (RUP = 0.93-0.96; P = 0,28-0,76) na fase 1 de um estudo GWA compreendendo 870 casos de brancos, provenientes do Reino Unido [36]. Entre 3.248 cancros do ovário epiteliais serosa em um estudo GWA dos caucasianos dos Estados Unidos, dos quais aproximadamente 12% foram compostas dos 397 casos em nosso conjunto de dados descoberta, observamos associações modestas no

DCN

SNPs (OR = 0,82-0,87; P = 0,02-0,06) e no

LUM

SNP (OR = 1,20; IC95% = 0,97-1,48; P = 0,09) (resultados não publicados). As discrepâncias nos resultados provavelmente refletem desafios semelhantes em interpretação como os resultados OCAC e sublinham a importância de compreender a distribuição de a nível individual exposições ambientais em estudos genéticos [37].

Os pontos fortes deste estudo incluem o multi- estratégia de replicação palco, representando no total 2.501 casos câncer epitelial de ovário seroso. Para reduzir o impacto da estratificação da população, nossas análises foram restritas aos caucasianos conhecidos ou presumidos. Embora um estudo (SRO) consistiu principalmente caucasianos, os nossos resultados não foram alteradas quando este estudo foi excluído em análises de sensibilidade. As características das amostras do conjunto de descoberta e replicação definir uma foram semelhante distribuído, como foi o período de recrutamento, reduzindo, assim, o impacto da modificação do efeito sobre as associações de SNP da doença nestes três estudos. Ao restringir as amostras de câncer de ovário seroso epiteliais, reduzimos heterogeneidade etiológico que possa existir entre os diferentes tipos histológicos de câncer de ovário [38]. Finalmente, usamos técnicas estatísticas para imputar SNPs sem tipo como uma abordagem eficiente para incluir esses SNPs em uma análise combinada de amostras a partir da descoberta definir e replicação definir 1.

A principal limitação desta investigação é a ausência de epidemiológica informação para a maioria dos estudos OCAC incluídas neste relatório. Assim, os nossos resultados no análises post-hoc, enquanto intrigante, exigem uma interpretação temperado. Embora MAFs de SNPs foram geralmente semelhantes entre os estudos OCAC, ocasionalmente, foi observada uma diferença de 1,5 a 2 vezes maior, o que pode sugerir influências estrutura da população em associações. Além disso, genotipados tagSNPs, que provavelmente apenas proxies para o putativo SNP (s) causal.

Em resumo, a nossa investigação replicação multi-estágio sugere que SNPs em

DCN

e

LUM

não estão associados com câncer epitelial de ovário seroso. A verificação da eventual modificação de efeito por idade e outros efeitos temporais não confirmados está em andamento em uma investigação OCAC de 10.000 casos e 10.000 controles.

declaração Materiais e Métodos

Ética

Os participantes no todos os estudos forneceram consentimento informado por escrito e de revisão institucional de cada local aprovou o protocolo do estudo (Texto S1), incluindo Comitês de Ética do Instituto Queensland de Pesquisa médica e Peter MacCallum Cancer Centre (AUS); Comitê de Ética local (Commissie Medische Ethiek UZ Leuven, Bélgica) (BEL); e Comitê de Ética da Universidade de Heidelberg (GER).

Descoberta Set Online

A descoberta conjunto consistiu em uma combinação de dois estudos individuais de câncer epitelial de ovário de maio e NCO nos Estados Unidos. Os detalhes dos protocolos de estudo foram publicados anteriormente [39]. Resumidamente, os participantes incluídos brancos e afro-americanos recrutados entre Junho de 1999 e Março de 2006 (ver Tabela S5 para descrições detalhadas de estudo). Em ambos os estudos, os casos foram recentemente diagnosticados, histologicamente confirmado, seja limítrofe ou invasiva, e inscrito no prazo de um ano de diagnóstico. Controles tinham pelo menos um ovário intacto, sem histórico de câncer de ovário e foram frequência correspondente aos casos em idade (faixas etárias de 5 anos), raça e estado de residência.

Replication definir 1 |

o Cancer Study Australian ovário casos diagnosticados entre janeiro de 2002 e junho de 2006 a partir de centros de tratamento cirúrgico e registros de câncer em toda a Austrália recrutou [40]; recrutamento através da Nova Gales do Sul e vitoriano Registros de Câncer foi realizado sob a Cancer Study Australian [41] (em conjunto, eles formam o estudo AUS). Os controles foram de base populacional e foram selecionados aleatoriamente a partir da lista eleitoral australiana e frequência correspondente aos casos relativos à idade e estado de residência (Tabela S5).

Ovarian Cancer Association Consortium (OCAC) replicação set 2

Quinze estudos da Bélgica (BEL), Canadá (OVA), Dinamarca (MAL, PVD), Finlândia (HOC), Alemanha (GER, HAN-HJO, HAN-HMO), Países Baixos (NTH), o Reino Unido (SEA , SOC, SRO, UKO) e Estados Unidos (LAX, UCI), que compreende 4.536 primários casos câncer epitelial de ovário e 4.622 controles para os quais estavam disponíveis dados de genótipos, foram usados ​​como um segundo conjunto de replicação (Tabela S5). A maioria eram estudos caso-controle, apesar de alguns desses estudos (PVD, SOC, SRO e LAX) consistiu em casos apenas e foram pareados por região dentro do país para controles exclusivos de outros estudos OCAC. Assim, casos SOC foram pareados a UKO controla, casos SRO para UKO e controles MAR, casos LAX para controles da UCI e casos PVD para controla MAL, resultando em 12 estudos combinados para análise.

As informações sobre fatores de risco estabelecidos ( história reprodutiva, história familiar de câncer, história médica e hábitos de vida), incluindo ano diagnóstico foi recolhido na descoberta definir e replicação conjunto 1 e estava disponível para dois 2 estudos conjunto de replicação (GER, UCI).

SNP seleção, genotipagem e controle de qualidade (QC)

Descoberta set.

marca única polimorfismos de nucleotídeo (SNP) foram escolhidos a partir de amostras caucasianos não relacionados dentro de libertação de HapMap Consortium 22 [42], como descrito anteriormente [43 ], e também para a sua probabilidade de sucesso previsto de genotipagem utilizando o Illumina golden gate Ensaio ™. Foram identificados seis tagSNPs de entre 22

DCN

SNPs e sete tagSNPs de entre 16

LUM

SNPs com menor freqüência do alelo (MAF) ≥0.05 e desequilíbrio de ligação em pares (LD) de r

2≥0.8. Um tagSNP em cada gene foi previsto para ensaiar mal (design de pontuação = 0), era um solteirão em seu bin e não pode ser substituído. Isso deixou cinco tagSNPs em

DCN

(rs3138165, rs516115, rs10492230, rs741212 e rs3138268) e seis tagSNPs em

LUM

(rs17714469, rs1920790, rs2268578, rs10859110, rs10745553 e rs17018765), incluindo cinco SNPs funcionais putativos, para genotipagem. O SNPs foram localizados dentro e 5 kb a montante ea jusante, cada região do gene.