Abstract
Fundo
hipermetilação de ilhas CpG no gene supressor de tumor desempenha um papel importante na carcinogênese. Muitos estudos têm demonstrado que a hipermetilação da região promotora do gene da
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poderia ser encontrada com elevada prevalência em tecido de tumor autólogas e controles, tais como correspondente tecido não-tumoral pulmonar, expectoração e no plasma dos pacientes com NSCLC. Mas com os pequenos motivos número incluído no Studie individuais, o poder estatístico está limitado. Assim, realizamos esta meta-análise para mais burros a relação de prevalência de metilação entre o tecido canceroso e controles atuologous (correspondente tecido pulmonar não-tumoral, escarro e plasma).
Métodos
A publicou artigos sobre
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hypermethyltion promotor do gene foram identificados utilizando uma estratégia de busca sistemática nas bases de dados PubMed, Embase e CNKI. A proporção agrupada de chances (OR) de
RARp
metilação do promotor no tecido do cancro do pulmão em comparação com controlos autólogas foram calculados.
Resultados
Finalmente, onze artigos, incluindo 1347 amostras de tecido tumoral e 1137 controles autólogas foram incluídos nesta meta-análise. O odds ratio de
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metilação do promotor em tecido canceroso foi (IC 95%: 2,46-5,27) 3,60 em comparação com controles autólogas com modelo de efeito aleatório. correlação forte e significativa entre o tecido tumoral e controles autólogas de
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prevalência hipermetilação promotor do gene entre os estudos (coeficiente de correlação 0,53) foi encontrado.
Conclusão
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promotor metilação podem desempenhar um papel importante na carcinogênese do NSCLC. Com correlação prevalência metilação significativa entre tecido tumoral e autólogo deste gene, detecção de metilação pode ser um método potencial para a busca de biomarcadores para NSCLC
Citation:. Hua F, Fang N, Li X, Zhu S, Zhang W, gu J (2014) uma meta-análise da relação entre
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Gene metilação do promotor e não-pequenas células do cancro do pulmão. PLoS ONE 9 (5): e96163. doi: 10.1371 /journal.pone.0096163
editor: Qing-Yi Wei, Cancer Institute, Duke, Estados Unidos da América
Recebido: 27 de novembro de 2013; Aceito: 04 de abril de 2014; Publicado em: 05 de maio de 2014
Direitos de autor: © 2014 Hua et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados
Financiamento:. Este projecto foi apoiado pelos subsídios da National Science Foundation Natural da China (para XBL) (No. 81.302.002). Ciência e tecnologia fundação do Tianjin Secretaria Municipal de Saúde (para JDG) (2010KZ040). Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito
CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes
Introdução
o cancro do pulmão, sendo responsável por 100 milhões de mortes e de 120 milhões de incidência por todo o mundo no ano, é a principal causa de morte relacionada com cancro [1]. Geralmente, o cancro do pulmão é dividido em cancro do pulmão de não pequenas (NSCLC) e cancro do pulmão de pequenas células de acordo com a patologia. O prognóstico do NSCLC, sendo responsável por 80-85% do câncer de pulmão, é pobre por falta de métodos de diagnóstico precoce eficazes [2]. Recentemente, CpG island metilação de genes supressores de tumor promotores foram encontrados como sendo importantes para a carcinogénese em vários tipos de carcinomas incluindo NSCLC [3]. A metilação do ADN é um processo bioquímico que envolve a adição de um grupo metilo para thecytosine ou nucleótidos de ADN de adenina. metilação de ADN pode afectar a transcrição dos genes supressores de tumor em duas maneiras. Em primeiro lugar, o ADN metilado pode impedir fisicamente a ligação de proteínas de transcrição para o gene itsel [4]. Em segundo lugar, pode ser com mais importante, o ADN metilado pode ser ligado por proteínas conhecidas como proteínas de domínio metil-CpG de ligação (MBDS) [5]. proteínas MBD, em seguida, recrutar proteínas adicionais para o local, como desacetilases de histonas e outras proteínas de cromatina remodelação que podem modificar as histonas, formando assim compacto cromatina, inativo, denominado heterocromatina [6].
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gene é um gene que codifica a beta típico supressor do tumor do receptor de ácido retinóico, um membro da subfamília de receptores de hormona da tiróide-esteróide, que pertence à superfamília de receptores nucleares. A proteína codificada por este gene pode ligar-se ácido retinóico, a forma biologicamente activa da vitamina A, que medeia sinalizações celulares na morfogénese embrionária, crescimento e diferenciação celular [7]. Estudos recentes demonstraram que a hipermetilação da região promotora do gene da
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poderia ser encontrada com elevada prevalência em tecido de tumor autólogas e controles, tais como os tecidos do pulmão não de tumor correspondente (CNTLT), expectoração e no plasma dos pacientes com NSCLC. Mas com os pequenos motivos Número incluídos nos estudos individuais, o poder estatístico está limitado. Assim, uma meta-análise sobre a relação de
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metilação do promotor entre o tecido de câncer de pulmão e os controles autólogos foi feito, a fim de melhor identificar a correlação de estado de metilação entre tecido canceroso e amostras autólogas.
Métodos
Estudos
O processo de selecção dos artigos em causa foi demonstrada na figura 1. os documentos de cerca de
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gene promotor CpG hipermetilação ilha em NSCLC, publicado antes de fevereiro 2013 , foram identificados através de pesquisa bases de dados PubMed, Embase e CNKI. O “carcinoma de pulmão não pequenas células /NSCLC” “methylaiton /hypermethlation” e “
RARp /RAR-beta
” foram usados como a malha e palavra texto livre quando procurar os bancos de dados. Os critérios de inclusão: pacientes não-pequenas de câncer de pulmão de células com histologia ou citologia conformação; A metilação foi detectada por PCR metilação-specifec (MSP) ou quantitativa MSP (MSP-Q); A taxa de metilação no tecido canceroso e controles autólogas seria elaborado nos estudos originais incluídos nesta meta-análise. Todos os artigos potencialmente relevantes foram avaliadas em papel de texto completo e todas as referências de artigos incluídos foram digitalizadas para análise adicional de acordo com o manual da Cochrane revisão sistemática [8].
Dados extração
as informações sobre as características gerais e prevalência de metilação dos estudos incluídos originais foram recuperadas. Para características gerais: O primeiro autor, ano de publicação, revistas, raça dos indivíduos incluídos, dizer ou idade média dos pacientes incluídos, métodos de detecção de metilação foram todos registrados. Para prevalência de metilação no tecido canceroso e controles autólogos: o
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taxa de metilação do promotor ou o número de metilado (M) e as amostras não metiladas (U) em tecido canceroso e controles autólogas foram todos recuperados dos estudos incluídos. A prevalência de metilação (MP) foi calculada de acordo com a fórmula PM = M /(H + L) x 100%. Todos os detalhes de informação foram extraídos por dois revisores (FH e NZF) e, em seguida, verificado pelo terceiro revisor (JDG).
A análise estatística
O odds ratio (OR) para cada estudo individual foi calculada pela fórmula OR = (a /b) /(c /d). (A = número de amostras metilados em tecido tumoral b = número de amostras não metiladas em tecido de tumor; c = número de metilado em tecido de controlo e d = número de não metilado em tecido de controlo.) O OR e dos seus intervalos de confiança de 95% (IC) de
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hipermetilação do promotor em tecido de cancro, em comparação aos controles autólogas (CNTLT, escarro e plasma) para os estudos incluídos foi reunido por STATA /sE 11,0 (StataCorp LP, https://www.stata.com) estatística Programas. A heterogeneidade estatística entre os artigos incluídos nesta meta-análise foi avaliada por I
2 [9] .Sem heterogeneidade significativa (I
2 50%), o método de efeito fixo foi utilizado para reunir os dados. Inversamente, com heterogeneidade significativa entre os estudos, o método de efeito aleatório (método Dersimonian-Laird) foi levado para reunir a OR. A correlação prevalência metilação entre tecido canceroso e controle clínico autólogo (CNTLT, escarro e plasma) foi avaliada pelo teste de correlação de Spearman. E o viés de publicação foi avaliada pelo gráfico de funil de Begg e teste de Egger [10]
Resultados
Características gerais dos estudos incluídos
Finalmente, onze artigos [11] -. [ ,,,0],21], incluindo 1347 amostras de tecido tumoral e 1137 controles autólogas, foram incluídos nesta meta-análise. (Figura 1). Dos 11 artigos incluídos nesta meta-análise, 6 foram realizados no continente chinês, 2 estavam em Taiwan, 2 nos EUA e uma na Itália. A prevalência de metilação média de
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promotor do gene foi 47,56% e 17,50% no tecido canceroso e controles autólogos, respectivamente (tabela S1). As características gerais dos artigos incluídos foram apresentados na Tabela 1.
resultados agrupados desta meta-análise
heterogeneidade significativa foi encontrada entre os estudos incluídos (I
2 = 72,8 %). Assim, o modelo de efeito aleatório foi levado na conjugação da OR. Nesta meta-análise, o odds ratio de
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metilação do promotor em tecido de câncer foi de 3,60 (IC 95%: 2,46-5,27, p = 0,000) em comparação com controlos autólogas com modelo de efeito aleatório (Figura 2) . A análise de sensibilidade também foi feito omitindo um estudo único sob o modelo de efeito aleatório. Mas não houve mudanças significativas de OR e que 95% CI foi encontrado na análise de sensibilidade que demonstrou que o odds ratio não foi sensível a um único estudo.
Subgrupo análise
Com heterogeneidade significativa entre os estudos incluídos (I
2 = 72,8%), a análise de subgrupo desta meta-análise foi realizada de acordo com a raça (Leste-ásia, Europeu) e os tipos de controle (correspondente tecidos do pulmão não-tumorais, escarro e plasma). Na análise de subgrupo, as probabilidades significativas do
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metilação do promotor no tecido tumoral foi apenas trocados quando comparado com expectoração (OR = 1,33, 95% CI: 0,98-1,80,
P
= 0,120) e em indivíduos com etnia caucasiana (OR IC = 2,38, 95%: 0,71-7,92,
P
= 0,159, Tabela 2). No entanto, a conclusão do controle de escarro e subgrupo etnia caucasiana devem ser interpretados com cautela, pois apenas dois e um artigos com assuntos pequenos foram incluídos nestas análises subgrupos.
A metilação prevalência correlação
a prevalência de metilação foi muito maior no tecido tumoral (meidan prevalência metilação 47,56%) em relação aos controles autólogos (meidan prevalência metilação 17,50%) do
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gene (Figura 3). E também encontramos significativa
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correlação prevalência promotor do gene hipermetilação entre o tecido tumoral e controles autólogas entre os estudos incluídos (coeficiente de correlação 0,53) (Figura 4). Isso significa que quanto mais porcentagem de metilação no tecido tumoral e mais porcentagem de metilação nos controles autólogas.
O viés de publicação
No viés de publicação estatística significativa foi detectada pelo lote funil de Begger e os testes de Egger (t = 0,70, p = 0,500) (Figura 5).
Discussão
o câncer de pulmão é a principal causa de cancro relacionados com a mortalidade em todo o mundo, com 100 milhões de mortes e 120 milhões de diagnósticos no ano de 2009 [22]. Sem método de diagnóstico precoce eficaz, o prognóstico do NSCLC é relativo pobre com uma taxa de sobrevida em 5 anos inferior a 15% [2]. CpG metilação ilha de promotores de genes supressores de tumor foram encontrados para ser importante para a carcinogénese e eventos iniciais em muitos tipos de carcinomas incluindo NSCLC.
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gene é um gene que codifica o receptor beta do ácido retinóico anti-tumor típico, um membro da subfamília de receptores de hormona da tiróide-esteróide da superfamília de receptores nucleares. A proteína codificada por este gene pode ligar-se ácido retinóico, a forma biologicamente activa da vitamina A, que medeia sinalizações celulares na morfogénese embrionária, crescimento e diferenciação celular. Este gene foi sempre sido silêncio por sua hipermetilação do ADN do promotor na sua região promotora que pode impedir fisicamente a ligação de proteínas de transcrição para o próprio gene.
A relação entre tecido canceroso e controlos de autólogos, tais como CNTLT, plasma e expectoração para este gene não estava claro com pequenos assuntos nos estudos individuais. Então, realizamos esta meta-análise, que pode força o poder estatístico para quantificar a associação hipermetilação-doença, reunindo dados de artigos publicados em aberto. Nesta meta-análise, que finalmente incluiu onze artigos com 1347 amostras de tecido tumoral e 1137 controles autólogas para reunir o odds ratio de prevelance metilação. O odds ratio de
RARp
metilação do promotor em tecido canceroso foi (IC 95%: 2,46-5,27) 3,60 em comparação com controles autólogas com modelo de efeito aleatório. A análise de subgrupo desta meta-análise foi realizada de acordo com a raça tipos (Leste Asiático, Europeu) e controle. Na análise de subgrupo, as probabilidades significativas do
RARp
metilação do promotor no tecido tumoral foi apenas trocados quando comparado com escarro (p = 0,120) e em indivíduos com etnia caucasiana (p = 0,159). No entanto, a conclusão do controle de escarro e subgrupo etnia caucasiana devem ser interpretados com cautela, pois apenas dois e um artigos com assuntos pequenos foram incluídos nas análises destes subgrupos. Encontramos também correlação forte e significativa entre o tecido tumoral e controles autólogas de
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prevalência hipermetilação promotor do gene entre os estudos (r = 0,53). A correlação mostrou que, a prevalência mais elevada de metilação em amostras de plasma /expectoração, a prevalência mais elevada de metilação pode ser encontrado no tecido de cancro em doentes com NSCLC. E este indicou que o status de detecção de metilação no plasma ou escarro pode ser um ensaio útil para o diagnóstico de NSCLC com ou sem espelho invasão. No entanto, em nossa meta-análise, todos amostras (tecido tumoral, não-tumor de escarro e plasma tecido pulmonar) são todos vêm de pacientes com câncer de pulmão confirmada. Não houve controles pessoa saudável relativos. Assim, a sensibilidade de rastreio do cancro do pulmão e especificidade não foi possível calcular de acordo com o teorema de Bayes.
Algumas limitações deste meta-análise são a necessidade de uma análise mais aprofundada. Em primeiro lugar, a heterogeneidade significativa foi encontrada nesta meta-análise (I
2 = 72,8%), o que poderia diminuir o poder estatístico do estudo. Em segundo lugar, o estado methylaiton co-variada de diferentes genes supressores de tumor também podem ser ligados e interagir uns com os outros, o que sugere a análise de metilação de um único gene pode não ser suficiente [23].
Em conclusão, esta meta- análise mostrou
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metilação do promotor foi muito superior no tecido do tumor em comparação com os controlos autólogas, o que indica a hipermetilação do promotor de gene supressor de tumor pode desempenhar um papel importante na carcinogénese do NSCLC. Com significativa correlação prevalência metilação, detecção de metilação pode ser um stragegy potencial para a busca de biomarcadores para NSCLC [24].
Informações de Apoio
Tabela S1.
A porcentagem de metilação em cada estudo incluído
doi: 10.1371 /journal.pone.0096163.s001
(DOC)
Checklist S1.
Prisma lista
doi:. 10.1371 /journal.pone.0096163.s002
(DOC)