Abstract

Fundo

O desenvolvimento de novas tecnologias de alto rendimento de genotipagem permitiu a avaliação rápida de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em uma escala de todo o genoma. Vários estudos de associação do genoma recentes que empregam essas tecnologias sugerem que os painéis de SNPs pode ser uma ferramenta útil para predizer suscetibilidade e descoberta de potencialmente importante locus novos da doença do cancro.

Metodologia /Principais Achados

o presente artigo, proceder a uma análise cuidadosa da importância relativa da genética, fatores ambientais, e preconceitos do protocolo de análise de dados que foi utilizado em um estudo de associação do genoma publicado anteriormente. Esse estudo prévio relatou uma discriminação quase perfeita de pacientes com câncer de esôfago e controles saudáveis ​​com base apenas a informação genética. Por outro lado, os nossos resultados sugerem fortemente que os SNPs neste conjunto de dados não são estatisticamente ligado ao fenótipo, enquanto vários factores ambientais e, especialmente, história familiar de cancro esofágico (de um proxy para ambos os factores ambientais e genéticos) possuem apenas uma modesta associação com o doença.

Conclusões /Significado

o principal componente do afirmado previamente forte sinal discriminatório é devido a várias armadilhas de análise de dados que, em combinação levaram aos resultados fortemente otimistas. Essas armadilhas são evitáveis ​​e deve ser evitada em estudos futuros, já que criam conclusões enganosas e gerar muitas pistas falsas para pesquisas posteriores

Citação:. Statnikov A, Li C, Aliferis CF (2007) Efeitos do Meio Ambiente, Genética e Análise de dados Armadilhas em um estudo de associação cancro esofágico Genome-Wide. PLoS ONE 2 (9): E958. doi: 10.1371 /journal.pone.0000958

Editor do Academic: Enrico Scalas, University of East Piemonte, Itália