Abstract

metabolismo lipídico desregulado contribui para a progressão do câncer. O nosso estudo anterior indica que gordos de cadeia longa de acil-Co A-sintetase (ACSL) 3 é essencial para a supra-regulação lipídica induzida pelo stress retículo endoplasmático. Neste relatório, nós teve como objetivo identificar o papel da família ACSL em câncer com a análise sistemática e

in vitro

experimento. Nós exploramos a expressão ACSL usando banco de dados Oncomine para determinar a alteração do gene durante a carcinogênese e identificou a associação entre a expressão ACSL ea sobrevivência do paciente com câncer usando banco de dados PrognoScan. ACSL1 pode desempenhar um papel oncogênico potencial no câncer colorretal e de mama e desempenhar um papel potencial supressor tumoral no câncer de pulmão. análise de co-expressão revelou que ACSL1 foi co-expresso com MYBPH, PTPRE, PFKFB3, SOCS3 no câncer de cólon e com LRRFIP1, TSC22D1 no câncer de pulmão. De acordo com a análise PrognoScan, downregulation de ACSL1 na proliferação de cólon e de mama linha celular inibida, migração e crescimento independente de ancoragem. Em contraste, foi observado aumento de propriedade oncogênico na linha de células de câncer de pulmão por meio da atenuação ACSL1. expressão alta ACSL3 previu um melhor prognóstico no câncer de ovário; em contraste, alta ACSL3 previu um pior prognóstico em pacientes com melanoma. ACSL3 foi co-expresso com SNUPN, TRIP13, e SEMA5A no melanoma. Alta expressão de ACSL4 previu um pior prognóstico no câncer colorretal, mas previu melhor prognóstico em mama, cérebro e câncer de pulmão. ACSL4 foi co-expresso com SERPIN2, HNRNPCL1, ITIH2, PROCR, LRRFIP1. Alta expressão de ACSL5 previsto bom prognóstico em cancros da mama, ovário, e pulmão. ACSL5 foi co-expresso com TMEM140, TAPBPL, BIRC3, PTPRE, e SERPINB1. Low ACSL6 previu um pior prognóstico na leucemia mielóide aguda. ACSL6 foi co-expresso com SOX6 e DARC. No seu conjunto, os diferentes membros da ACSLS estão implicados no desenvolvimento de diversos tipos de cancro. moléculas co-expressa-ACSL pode ser usado para investigar o papel da família ACSL no tipo individual de cancros

Citation:. Chen WC, Wang CY, Hung YH, Weng TY, Yen MC, Lai MD (2016) Sistemática análise da expressão gênica alterações e os resultados clínicos de longa Cadeia Acil-Coenzima a família Sintetase em Câncer. PLoS ONE 11 (5): e0155660. doi: 10.1371 /journal.pone.0155660

editor: Viji Shridhar, Mayo Clinic College of Medicine, United States |

Recebido: 16 de fevereiro de 2016; Aceito: 02 de maio de 2016; Publicado: 12 de maio de 2016

Direitos de autor: © 2016 Chen et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Data Availability:. Todos relevante os dados estão dentro do papel e seus arquivos de suporte de informação

Financiamento:. Este estudo é apoiado pela subvenção do Ministério da Ciência e Tecnologia (MOST 104-2325-B-006-004), Taiwan para MD Lai. Este trabalho também foi apoiado pela concessão INDH-EX100-9927B1 do Instituto Nacional de Pesquisa em Saúde, Taiwan

Conflito de interesses:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

O cancro é uma das principais causas de morte no mundo. Muitas condições fisiológicas, tais como hipóxia, espécies reativas de oxigênio (ROS) e disfunção metabólica, contribuir para a progressão do cancro [1-3]. Os ácidos gordos são de combustível importante para o crescimento celular e são componentes essenciais das membranas celulares. de ácidos gordos alterada foi observada em variedades de tipos de cancro e é reconhecido como um marcador de cancro. células do cancro com o metabolismo lipídico alterado exibe o aumento da proliferação, progressão e metástase [4]. A nova síntese elevada de ácido graxo é utilizado para atender a demanda de energia e sustenta processo celular adicional. A sobre-expressão da sintase dos ácidos gordos (FASN) no cancro da mama e da próstata está associada com o mau prognóstico e inibição da FASN atenua a lipogénese e serve como a abordagem terapêutica [5]. A análise do transcriptoma de metabolito revela o padrão de expressão do gene associado a lípido em cancros [6,7].

a síntese dos ácidos gordos começa com a carboxilação da acetil-CoA para malonil-CoA através de acetil-CoA carboxilase. A formação de malonil-CoA fornece o dador de carbono-2 para a síntese da cadeia de ido gordo. ácido gordo livre é convertida gordos de acil-CoA de coenzima acilo Uma sintetase de um modo dependente de ATP e a unidade de gordos de acil-CoA redutase conduz a várias respostas fisiológicas e processos metabólicos, tais como a membrana biossíntese de fosfolípido, o consumo de energia e a armazenagem, e lípidos de sinal [8]. Existem cinco membros da coenzima acilo Uma família sintetase, incluindo de cadeia curta sintetases de acil-CoA redutase, de cadeia média sintetases de acil-CoA, sintetases de cadeia longa de acil-CoA (ACSL), chiclete sintetases de acil-CoA, e de cadeia longa muito sintetases de acil-CoA. Cada um dos membros tem de preferência substrato original e a actividade da enzima em diferentes localizações celulares. A de cadeia longa de acil-CoA sintetase (ACSL) prefere o substrato específico de ácido gordo com os comprimentos de cadeia de 12 a 20 átomos de carbono [9]. Os cinco isoformas de ACSLS em mamíferos são identificados como o ACSL1, 3, 4, 5, e 6 [10]. O ACSL1 é abundantemente expresso em lípido gota, microsomas e mitocôndrias e é responsável pelos níveis elevados de ácidos gordos insaturados oleato e linoleato [11]. ACSL3 está presente no cérebro e mostra preferência por miristato, araquidonato e eicosapentaenoato. ACSL4 favoravelmente araquidonato utiliza como substrato. ACSL5 possui uma acentuada preferência para o ácido palmitico, ácido palmitoleico, ácido oleico e ácido linoleico. ACSL6 é encontrada na membrana do plasma e exibe uma elevada actividade com ácido gordos com C16-C20 saturados e poliinsaturados [12]. ACSL é o gene de resposta para o PPARy, que medeia o metabolismo lipídico e regula a absorção calórica [13]. A oncostatina redução mediada por plasma de LDL-C, colesterol total é regulada por ACSL3 ACSL5 e [14]. No nosso estudo anterior, ACSL3 está envolvido na acumulação induzida pelo stress retículo endoplasmático lípido através de GSK-3-β. A inibição da ACSL3 por ACSL inibidor ou inibidor de GSK-3-β reduz a acumulação de lípidos em células do fígado [15]. O aumento ACSL3 na célula U87 humana glioblastoma impulsiona a tumorigênese, enquanto ACSL3 knockdown reduz o crescimento de células de câncer de pulmão [16,17]. Em contraste, ACSL3 é diminuído em cancro da próstata metastático [18] e de alto grau. ACSLS podem funcionar em diversas funções em diferentes tipos de câncer, o que indica a importância de ter uma análise abrangente da ACSL em cancros. No entanto, não há nenhuma investigação holística para explorar expressão ACSL em vários tipos de câncer.

Vários bancos de dados que avaliam a assinatura de expressão gênica de tecido de cancro da clínica por análise de microarray foram estabelecidos. plataforma Oncomine inclui mais de 700 conjuntos de dados independentes com cerca de 90.000 experiências microarray. A base de dados identifica o assinatura de expressão de genes em quase todos os subtipos baseados em patologia de cancros [19,20]. O padrão de expressão diferencial implica o papel ou tumor potencial papel supressor oncogênico em câncer e leva a uma hipótese confiável para a investigação do cancro [21]. Nós já realizaram uma meta-análise de conjuntos de dados de microarranjos públicos e demonstrar assinaturas genéticas cálcio dependentes da voltagem em pacientes com câncer clínicos [22]. Portanto, teve como objetivo analisar sistematicamente a expressão ACSL e identificar a sobrevivência de doentes com cancro com expressão alta ou baixa ACSL do banco de dados Oncomine e PrognoScan, respectivamente. A análise de co-expressão revela a função biológica e fornece as informações para o possível mecanismo subjacente. O enriquecimento ontologia gene é realizada para predizer a função do gene e regulação padrão [23]. Neste relatório, foram identificados os perfis de cada isoforma ACSL co-expressão do banco de dados Oncomine e realizada análise GeneGo MetaCore para desvendar a função biológica. As análises demonstram a importância de cada isoforma ACSL na formação de tumores de vários tipos de câncer e a associação de nível de expressão com a sobrevivência do paciente com câncer. Além disso, o

in vitro

de dados suporta a evidência experimental para um conjunto de previsão precisa do banco de dados on-line, ter uma melhor compreensão do ACSL em cancros. Para nosso melhor conhecimento, esta é a primeira análise sistemática indicando o papel da família ACSL na progressão do cancro.

Material e Método

banco de dados Oncomine análise

A expressão de família ACSL membros em vários tipos de cânceres foi identificado a partir do banco de dados Oncomine através da análise de “visualização de resumo Gene” e “visão de conjunto de dados” (https://www.oncomine.org/resource/login.html) [19,20]. A dobra expressão de mRNA no tecido canceroso em comparação com o tecido normal foi obtido como os parâmetros de valor de p 1E-4, dobre as alterações 2, e classificação gene no top 10% e as análises foram resumidos no S1, S3, S5 , S7 e S9 tabelas. A análise de co-expressão em Oncomine foi usada para identificar os conjuntos de genes com padrões de expressão síncronos. Foram identificados os perfis de isoformas ACSL em diferentes tipos de cânceres co-expressão e apresentado como o padrão de mapa de calor.

análise de banco de dados Prognoscan

PrognoScan inclui conjuntos de dados de microarranjos públicas com anotação clínica da expressão do gene e prognóstico de Gene Expression Omnibus (GEO), ArrayExpress e sites de laboratório individuais. A correlação entre a expressão ACSL e sobrevivência em vários tipos de cancros foi analisada pelo banco de dados PrognoScan (https://www.abren.net/PrognoScan/) [24]. O limiar foi ajustado com Cox valor de p 0,05 e as análises foram resumidos nas Tabelas S2, S4, S6, S8 e S10

Kaplan-Meier banco de dados plotter análise

A Kaplan-Meier. banco de dados contém o plotter 4.142 mama, 1.648 ovário, pulmão e 2.437 1.065 pacientes com câncer gástrico, utilizando conjuntos de sondas na matriz HGU133 Além disso 2.0. A correlação entre a expressão ACSL e sobrevivência no peito, ovário e pulmão foi analisada pelo método de Kaplan-Meier plotter (https://kmplot.com/analysis/) [25]. A taxa de risco com intervalo de confiança de 95% e log rank p-valor também foi calculado.

análise GeneGo MetaCore

A análise da função foi realizada por software GeneGo MetaCore utilizando os Processos ir. Foram aplicados os perfis co-expressão do Oncomine como o parâmetro de correlação . 0,6 e os dez melhores Processos GO foram identificados

linha celular

O HCT116 foi obtido de Dr. HL Wu na National Cheng Kung University. A MDA-MB-231 foi obtida do Dr. P.L Kuo na Universidade de Medicina Kaohsiung. O A549 foi obtido de Dr. WT Chang na Universidade Nacional de Cheng Kung.

interferência de RNA e produção lentivírus

ACSL1 shRNAs foram obtidos a partir da instalação Nacional RNAi Núcleo (Academia Sinica, Taipei, Taiwan) . Foram utilizados os seguintes sequências alvo: GCCCAGATGATACTTTGATAT e CCCTTGGTGTATTTCTATGAT. O reagente de transfecção Turbofect foi utilizado para a produção de partículas lentivirais de acordo com o protocolo fornecido a partir da instalação Nacional ARNi núcleo.

análise de transferência de Western

O lisado celular foi colhido em tampão de lise RIPA e a quantidade de de proteína foi determinada com o kit de Micro BCA Protein Assay (Millipore, MA, EUA). 30 ug de proteína de lisado foi carregado em géis de acrilamida e, em seguida, transferidos para membranas de fluoreto de polivinilideno (Amersham Biosciences, Piscataway, NJ). A membrana foi bloqueada com leite seco sem gordura 5% e incubadas com o anticorpo primário durante a noite proteína específica. As membranas foram incubadas com anticorpo secundário conjugado com peroxidase de rábano e sondaram-se com o sistema de detecção ECL Western blotting (Millipore, MA, EUA) e visualizadas com o sistema de imagem BioSpectrum AC. O número de catálogo do anticorpo foi como o seguinte:. O anticorpo anti-ACSL1 (# 4047, Cell Signaling) e do anticorpo anti-β actina (GTX109639, GeneTex)

MTT ensaio

as células foram semeadas em placa de 24 poços a uma densidade de 2×10

4 por poço. As células foram incubadas com MTT (azul de tiazolilo tetrazólio, Sigma Chemical) durante 3 horas a 5% de CO

2 e 37 ° C e a absorvência foi detectada a 570 nm pelo leitor de ELISA.

Boyden câmara de ensaio

os poços superiores da câmara foram semeadas a uma densidade de 2,6×10

4 células em DMEM isento de soro, ao passo que os poços inferiores continham o meio DMEM com FBS a 10%. As células HCT 116, A549 e MDA-MB-231 foram incubadas durante 48, 24 e 6 horas, respectivamente. As células que migraram através do arquivador policarbonato foram fixados utilizando metanol e corados com Giemsa. As imagens das células coradas foram tomadas sob a lente objetiva de 10X pelo microscópio e o número médio de células coradas foi contado em cinco campos.

Anchorage independente crescimento

5X10

3 células foram suspensas no agar 0,3% sobre uma camada de 0,6% de agar e incubados durante 14 dias num co 5%

2 atmosfera incubadora humidificada a 37 ° C. As colónias foram coradas com violeta de cristal a 0,05%. As imagens de colónias foram tomadas sob a lente objetiva de 4X pelo microscópio e a área média da colónia manchado foi quantificado em dez campos pela imagem-Pro Plus software.

A análise estatística

Todas as análises estatísticas foram realizada utilizando o GraphPad Prism versão 4 (GraphPad Software, La Jolla, CA, EUA). A análise estatística foi realizada utilizando ANOVA de duas vias seguido de Bonferroni pós-testes para o ensaio MTT e one-way ANOVA seguido de Tukey post hoc para migração e ensaio em agar mole.

Resultado

ACSL contribui para as diferentes funções fisiológicas em vários tipos de cancros [12]. ACSL1 modula a absorção de ácidos gordos em células de hepatoma [26]. supressão de Pten hepatocíticas em ratinhos desenvolve carcinoma hepatocelular e aumentou acsl5: rácio acsl1 [27]. Para elucidar o papel da família ACSL em câncer, a análise sistemática de expressão família ACSL foi demonstrada usando banco de dados Oncomine. A expressão da família ACSL foi comparado entre o tumor e tecidos normais em diferentes tipos de cancros. O limiar foi concebido como os seguintes parâmetros: valor p de 1E-4, dobrar mudança de 2, e a classificação gene de topo de 10%. A expressão foi maior em ACSL cancro do que em tecido normal, em certos tipos de cancros. Por outro lado, a expressão ACSL foi menor no cancro do que em tecido normal, em outros tipos de cancros. Estes dados indicam que ACSL individuais podem desempenhar qualquer das funções oncogénicos ou anti-oncogénica, dependendo dos tipos de cancro (Fig 1). Portanto, a análise detalhada de ACSL1, ACSL3, ACSL4, ACSL5 e ACSL6 foram descritos abaixo.

A comparação indicou o número de conjuntos de dados com mRNA ACSL superexpressão (coluna da direita, vermelho) e sob expressão (coluna da esquerda, azul ) no câncer contra o tecido normal. O limiar foi projetada com seguintes parâmetros:. P-valor de 1E-4, dobre mudança de 2, ea classificação gene de 10%

ACSL1

ACSL1 está associada a homeostase da glicose . A activação de ACSL1 regula a resistência à insulina pela activação de PKC em células do músculo [28,29]. ACSL1 interage com a proteína de transporte de ácido gordo (FATP), que é capaz de facilitar a absorção de ácido gordo [30]. A activação de acil-CoA-sintetase por ACSL1 promove a acumulação de ácidos gordos, indicando que o alvo potencial para a esteatose hepática [26,31]. Perda de ACSL1 favorece a expressão de ABCA1, contribuindo para o efluxo de colesterol de apoA-I em macrófagos mediada por [11]. Falta ACSL1 no tecido específico do coração conduz a redução de β-oxidação e resulta na disfunção do coração [32]. Além disso, o miR-205 bloqueia a lipogénese em cancro do fígado e anti-miR-205 promove o aumento de triglicéridos por ACSL1. A correlação negativa de miR-205 e expressão ACSL1 em ​​camundongos -transgenic hepatite B proteína do vírus X (HBx) sugere que miR-205 conduz à desregulação do metabolismo lipídico pela ACSL1 ea progressão do câncer [33]. Aplicou-se base de dados Oncomine para identificar a expressão ACSL1 em ​​vários tipos de cancro com os limites acima mencionados. ACSL1 foi regulada no cancro colorectal, mas diminuiu no pulmão e cancro da mama (Fig 2A-2C). Além disso, houve um nível inferior de expressão ACSL1 no cérebro, do colo do útero, do esófago, da cabeça e pescoço, leucemia, fígado, e os cancros de sarcoma (Figura 2D e S1 Tabela). Para melhor elucidar o papel de ACSL1 na progressão do cancro, o valor prognóstico da expressão ACSL1 na bexiga, do cérebro, da mama, colo-rectal e os pacientes com cancro do ovário foi determinada usando o banco de dados PrognoScan de acordo com o parâmetro de Cox valor de p 0,05 (Figura 2E e S2 Mesa). A mama e pacientes com câncer colorretal com maior expressão ACSL1 tem pior sobrevida (Fig 2F e 2G). Utilizou-se ainda mais o banco de dados do plotter de Kaplan-Meier para avaliar a sobrevida de pacientes com câncer de mama e de pulmão. A sonda 201963 para ACSL1 foi utilizado na análise do valor prognóstico em pacientes com câncer de mama e câncer de pulmão. Estes dados indicaram que ACSL1 foi associada com a pior sobrevida no câncer de mama, mas foi associada com a melhor sobrevida no câncer de pulmão (Fig 2H e 2I). A análise de co-expressão revela a função biológica e fornece a informação para estudar o mecanismo subjacente. Identificamos o perfil de ACSL1 co-expressão a partir do banco de dados Oncomine (S1A-S1C figura). Aplicamos ainda GeneGo MetaCore para anotar ontologia gênica. Não há genes com a correlação 0,6 foram encontrados no conjunto de dados de câncer de mama (S1A Fig). Especificamente, os perfis de co-expressão para ACSL1 com um forte conjunto de 126 genes (P 0,6) através de um painel de 65 adenocarcinoma rectal e 65 amostras colorretal normal e 878 genes (P 0,6) através de um painel de 186 cancro do pulmão e 17 amostras de pulmão normais foram carregados e os dez melhores Processos GO foram listados (S1D e S1E Fig). No cancro colorectal, ACSL1 foi co-expresso com a proteína de ligação da miosina H (MYBPH), fosfatase de tirosina de proteína, receptor de tipo E (PTPRE), 6-phosphofructo-2-quinase /frutose-2,6-biphosphatase 3 (PFKFB3), supressor de citoquina sinalização 3, leucócitos imunoglobulina like receptors (LILRA3) e quimiocinas (motivo CC) ligando (SOCS3) 4 (CCI4). Estas moléculas influenciar principalmente resposta imune, metabolismo e quimiotaxia. Como para o cancro do pulmão, ACSL1 foi co-expresso com leucina repetição rica (em Flii) interagindo proteína 1 (LRRFIP1) e membro da família de domínio TSC22 1 (TSC22D1). A análise revelou que ACSL1 podem estar envolvidos na quimiotaxia de resposta e de células imunitárias em câncer colorretal e resposta ao estresse no câncer de pulmão.

O gráfico de caixa comparando expressão ACSL1 específico em (gráfico da esquerda) normal e tecido canceroso (parcela direita ) foi obtido a partir do banco de dados Oncomine. A análise foi mostrado no carcinoma da mama em relação à mama normal (A), em relação ao adenocarcinoma rectal recto normal (B), e em carcinoma de pulmão em relação ao pulmão normal (C). A mudança dobra de ACSL1 em ​​vários tipos de cânceres foi identificado a partir de nossas análises em S1 Mesa e expresso como a parcela florestal (D). A taxa de risco estatisticamente significativa em vários tipos de cancros foi identificado a partir nossas análises no Quadro S2 e expressa como a parcela florestal (E). A curva de sobrevivência comparando o paciente com elevado (vermelho) e baixa expressão (preto) em cancros da mama (F) e do cancro colo-rectal (L) foi identificado como o limiar de Cox valor de p 0,05 a partir do banco de dados PrognoScan. A curva de sobrevida comparando o paciente com alta (vermelho) e baixa expressão (preto) no pulmão (H) e de mama (I) câncer foi traçada a partir do banco de dados plotter Kaplan-Meier.

A combinação do gene a análise da expressão de Oncomine e análise de sobrevivência de PrognoScan ou Kaplan-Meier plotter revelou o papel oncogênico dos ACSL1 no cancro colorectal e do papel supressor de tumor para ACSL1 no câncer de pulmão. Para validar o papel oncogênico dos ACSL1 em ​​papel supressor de câncer e tumor colorretal em câncer de pulmão, duas partículas lentivirais diferentes que expressam ACSL1 shRNA foram introduzidas para linha celular HCT116 colorectal e linha de células A549 pulmão, respectivamente. A eficácia de knockdown ACSL1 foi determinada por transferência Western (Fig 3A). ACSL1 shRNA diminuição da proliferação de células HCT116, mas o aumento da proliferação de células A549 (Figura 3B). Além disso, a migração e o crescimento celular independente de ancoragem foram inibidos em HCT116 depois de partículas lentivirais que expressam a infecção ACSL1 shRNA. Em contraste, ACSL1 shRNA reforçado o crescimento e migração celular independente de ancoragem em A549 (Figura 3C e 3D). A previsão bioinformática do potencial papel da ACSL1 de Oncomine e PrognoScan no colo-rectal e cancro do pulmão é suportado pelo

in vitro

ensaio.

expressão ACSL1 foi regulada negativamente com partículas lentivirais contendo shRNA alvo ACSL1 ou luciferase em HCT116, A549 e MDA-MB-231. (A) A expressão da proteína de ACSL1 foi determinada por Western blotting com um anticorpo anti-ACSL1. (B) A proliferação das células com expressão knockdown ACSL1 foi analisada pelo ensaio de MTT nos pontos de tempo indicados. A diferença estatística foi calculada utilizando ANOVA de duas vias seguido de Bonferroni pós-testes. * P indicou 0,05; n.s não indicada estatisticamente significativa. (C) A migração celular da célula com expressão knockdown ACSL1 foi analisada pelo ensaio de câmara de Boyden. O número de células migradas foi contado e o resultado foi expresso como a variação vezes em relação à célula parental. Todos os pares de grupos foram comparados usando Tukey teste post hoc de multicomparison para one-way ANOVA. * P indicou 0,05; n.s não indicada estatisticamente significativa. (D) As células com expressão knockdown ACSL1 foram plaqueadas em agar mole, e as colónias foram monitorizados durante 14 dias. As colónias foram quantificados usando o programa Image-Pro Plus. O resultado foi expresso como a variação vezes em relação à célula parental. Todos os pares de grupos foram comparados usando Tukey teste post hoc de multicomparison para one-way ANOVA. * P indicou 0,05; n.s não indicada estatisticamente significativa

Curiosamente, os dados obtidos a partir Oncomine indicou que ACSL1 pode funcionar como um gene supressor de tumor no cancro da mama (Fig 2A).; No entanto, os dados obtidos a partir PrognoScan e de Kaplan-Meier indicou que plotter ACSL1 pode desempenhar um oncogene potencial no cancro da mama (Figura 2F e 2I). Para estudar os resultados de bioinformática inconsistentes de ACSL1 no cancro da mama, as partículas lentivirais contendo ACSL1 shRNAs foram introduzidas para células de câncer de mama MDA-MB-231 e o nível de proteína de ACSL1 foi determinada por western blot (Fig 3A, painel da direita). células knockdown ACSL1 exibiu uma proliferação celular reduzida, a qual foi demonstrada pelo ensaio de MTT (Fig 3B, painel da direita). Regulação negativa do ACSL1 também inibiram o crescimento independente de ancoragem e a migração de células das células MDA-MB-231 com o ensaio de agar mole e ensaio Boyden câmara (figura 3C e 3D, painel da direita). Ao todo, a previsão de papel oncogênico dos ACSL1 de PrognoScan e Kaplan-Meier plotter no cancro da mama é suportado pelo ensaio experimental

in vitro

. O

in vitro

análise experimental pode ser útil para resolver a discrepância de análises sobre ACSL1 obtidos a partir do banco de dados Oncomine e PrognoScan.

ACSL3

ACSL3 é abundante em gotículas lipídicas e endoplasmático retículo e é necessário para a absorção de ácidos gordos. N-terminal de ACSL3 é necessária para a translocação do retículo endoplasmático para gotícula de lípido (LD) [34]. inibidor ACSL, triacsin C, reduz a expressão de ACSL3 e inibe a formação de gotículas de gordura [35,36]. ACSL3 é responsável pela montagem de VLDL, que coordenam o metabolismo lipídico através da exportação do colesterol exógeno e de triglicéridos no plasma e está associada com a infecção por HCV. A regulação negativa da ACSL3 por siARN reduz a secreção de VLDL e inibe a secreção de partículas de HCV a partir de hepatócitos infectados [37]. ACSL3 promove a deposição de cálcio e expressão palmítico desencadeada por ácido gene osteoblástica em células do músculo liso vascular [38]. A citocina oncostatina activação induzida ACSL3-H é dependente da activação de ERK-caminho e está associada com a diminuição de triglicéridos celular e o aumento de ácido gordo β-oxidação [14]. Além disso, de PPAR-δ está envolvido na activação de citocinas oncostatina ACSL3 expressão induzida por hepatoma M em [39]. A indução de ACSL3 é demonstrada pelo LXR, que é uma proteína nuclear e envolvido na absorção de lípidos de lipoproteínas de [40]. Estudo prévio indica que ACSL3 é overexpressed no cancro do pulmão [17]. Em contraste, não existe uma expressão ACSL3 inferior no tecido do cancro da próstata em comparação com o tecido normal que, em [18]. Nossa análise revelou que ACSL3 foi regulada no cancro do ovário e up-regulada no melanoma (Fig 4A e 4B). Na análise sistemática, ACSL3 foi sobre-expresso na cabeça-pescoço e câncer de fígado, mas foi underexpressed no cancro colorectal (Fig 4C e S3 Tabela). O valor prognóstico da ACSL3 foi analisada utilizando o banco de dados PrognoScan com o limiar acima (Fig 4D e S4 Tabela). O melhor prognóstico em pacientes de cancro do ovário e pior prognóstico em paciente com melanoma com maior expressão ACSL3 estavam de acordo com o resultado da Oncomine (Fig 4E e 4F). O papel oncogênico dos ACSL3 no melanoma é consistente com um estudo anterior [16]. Por outro lado, ACSL3 pode ser considerado como um potencial gene supressor tumoral no desenvolvimento do cancro do ovário. Os perfis de ACSL3 co-expressão foram identificados a partir de Oncomine (Figura 4G e 4H). Foram identificados os perfis de co-expressão de ACSL3 com um forte conjunto de 27 genes através de um painel de 185 carcinoma do ovário e 10 tecidos normais e de ovário de 229 genes através de um painel de 45 amostras de melanoma e 25 normais. GeneGo MetaCore anotação para o processo biológico enriquecido indicaram que os genes envolvidos no processo de biossíntese de fosfatidilcolina e fissão organelo eram mais susceptíveis de serem co-expressos em cancro do ovário e no melanoma, respectivamente (Figura 4I e 4J). Foi interessante notar que ACSL3 foi co-expresso com snurportin 1 (SNUPN), interagente receptor da hormona da tiróide 13 (TRIP13) e 5A semaforina (SEMA5A). TRIP13 está envolvido no ponto de verificação fuso-montagem e SNUPN está envolvida na importação snRNP. Semaforina 5A (SEMA5A) é conhecido por ser responsável por certos tipos de autismo.

O gráfico de caixa comparando expressão ACSL3 específico em (gráfico da esquerda) normal e tecido canceroso (parcela direita) foi obtido a partir do banco de dados Oncomine. A análise foi mostrado na carcinoma do ovário em relação ao ovário normal (A) e em pacientes com melanoma em relação à pele normal (B). A mudança dobra de ACSL3 em vários tipos de cânceres foi identificado a partir de nossas análises em S3 Mesa e expresso como a parcela florestal (C). A taxa de risco estatisticamente significativa em vários tipos de cânceres foi identificado a partir de nossas análises em S4 Mesa e expresso como a parcela florestal (D). A curva de sobrevida comparando o paciente com alta (vermelho) e baixa expressão (preto) foi traçada a partir do banco de dados PrognoScan. A análise da curva de sobrevivência no cancro do ovário (E) e de melanoma (F) foi identificado como o limiar de Cox valor de p 0,05. ACSL3 é co-expressa com os genes indicados através de um painel 185 de carcinoma do ovário e 10 tecidos normais de ovário de (G). ACSL3 é co-expressa com os genes indicados através de um painel de 45 tecidos de melanoma e 25 da pele normais (H). Os 10 processos GO significativas foram visualizadas por software GeneGo MetaCore de acordo com os perfis dos 27 genes em cancro do ovário (I) e 229 genes no melanoma (J) a co-expressão. comprimento da barra representa o significado e logaritmo negativo do enriquecimento valor-p.

ACSL4

ACSL4 está presente no peroxissoma, mitocôndrias e retículo endoplasmático e está envolvido no metabolismo de araquidonato [41 , 42]. A deficiência de ACSL4 está correlacionada com o retardamento mental e síndrome de Alport [43]. Os ratos ACSL4-heterozigotos têm a produção útero e uterina prostaglandina anormal [44]. ACSL4 regula o crescimento e a diferenciação neuronal [45]. A indução da expressão ACSL4 promove a progressão do tumor no modelo de xenoenxerto, e a combinação de ACSL4, LOX-5 e inibidor da COX-2 reduz de forma eficaz a formação de tumores

In vivo

[46]. A expressão de ARNm ACSL4 está correlacionada com a expressão de alfa receptor de estrogénio e ACSL4 é sensível ao tratamento triacsin C, indicando que ACSL4 afecta a sensibilidade hormona esteróide nos cancros da mama e cancro da próstata [47]. ACSL4 catalisa a conversão do ácido araquidónico livre em éster de ácido araquidónico-CoA e reduz a apoptose induzida por ácido araquidónico no cancro do cólon. A sobre-expressão de ACSL4 está associada com a carcinogénese do cólon [48,49]. ACSL4 também é sobre-expresso em tecidos de cancro do fígado em comparação com o tecido normal correspondente. O ácido araquidônico impulsiona o ubiquitination ACSL4 pelo mecanismo de regulação pós-tradução induzida por substrato [50,51]. ACSL4 expressão está negativamente correlacionada com a quantidade de miR-205 em espécimes clínicos HCC. Vírus da hepatite B X lipogênese induzida por proteína pode ser abolido por miR-205 alvejado ACSL4 mRNA [52]. Análise do Oncomine indicou que ACSL4 foi regulada para baixo na bexiga, cérebro, mama, leucemia e câncer de pulmão, mas up-regulamentada em colorectal cancer, cabeça e pescoço, rim, mieloma e cancro do fígado (Fig 5A e S5 Table) . A análise de prognóstico indicou que o paciente colorectal com maior expressão ACSL4 teve sobrevivência pobres; em contraste, o cérebro, mama e paciente de câncer de pulmão com menor expressão ACSL4 tiveram pior sobrevida (Fig 5B e S6 Tabela). A análise da expressão do gene ACSL4 no câncer de Oncomine (Fig 5C-5F) estava de acordo com a análise de sobrevida de PrognoScan (Fig 5G-5J). Combinação da expressão do gene da Oncomine e sobrevivência de PrognoScan revelou o papel oncogênico dos ACSL4 no cancro colorectal e do papel supressor de tumor de ACSL4 na mama, cérebro e câncer de pulmão. Estes dados são consistentes com um estudo anterior sobre a expressão de ACSL4 em tecidos de cancro do cólon [49]. No entanto, os resultados da análise atual são incompatíveis com um estudo anterior que investiga o ACSL4 overexpressed no tecido do cancro da mama [53]. Os perfis de co-expressão para ACSL4 no cancro da mama, cérebro, colo-rectal e do pulmão foram analisados ​​a partir Oncomine (S2A-S2D Fig). Os perfis de co-expressão para ACSL4 foram aplicados para anotar ontologia gene usando GeneGo MetaCore com um forte conjunto de 3.444 genes através de um painel de 53 carcinoma de mama e 6 amostras normais da mama, 117 genes através de um painel de 10 de tumor no cérebro e 5 amostras normais do cérebro , 509 genes através de um painel de 20 cancro colo-rectal e 20 amostras colorrectais normais, e 54 genes através de um painel de 25 adenocarcinoma do pulmão e 25 amostras pulmonares normais.