Abstract

Fundo

A preservação dos microRNAs no tecido fixado em formalina e embebidos em parafina (FFPE) torna particularmente útil para estudos de biomarcadores. ainda tem de ser determinado o utilitário de pequeno seqüenciamento RNA para criação de perfis de amostras de FFPE expressão microRNA.

Métodos

O RNA total foi extraído a partir de amostras FFPE de-parafinado e tratados-K proteinase (15- 20 anos de idade) de 8 tumores de adenocarcinoma do pulmão humano por cromatografia de afinidade em colunas de sílica. MicroRNAs nas preparações de ARN foram quantificados pela plataforma de seqüenciamento Illumina HiSeq 2000 com bibliotecas de sequenciamento preparados com o Kit de Preparação de Amostras TruSeq RNA pequeno (versão 2.0) para obter não emparelhado lê de 50 b para fragmentos de RNA pequenos. MicroRNAs também foram quantificados usando Agilent miRNA Humano (liberar 16,0) microarrays que podem detectar 1.205 microRNAs maduros e por transcrição reversa quantitativa (RT)-PCR ensaios.

Resultados

Entre 9,1-16.900.000 lê foram obtidos por sequenciação de ARN pequeno de amostras de ARN extraído. Destes, apenas 0,6-2,3% (média = 1,5%) representaram microRNAs. O método de sequenciação detectado 454-625 microRNAs /amostra (média = 550) em comparação com 200-349 (média = 286) microRNAs detectados por microarray. Na análise de correlação de Spearman, o coeficiente de correlação média para os 126 microRNAs detectados em todas as amostras por ambos os métodos foi de 0,37, e 0,5 para 63 microRNAs. Em análises de correlação do sequencing- e medições baseadas em RT-PCR, os coeficientes foram 0,19-0,95 (média = 0.73) e 0,7, respectivamente, para sete dos nove microARNs examinados. O coeficiente de correlação médio inter-repetição de Spearman para o método de sequenciação foi de 0,81.

Conclusões

sequenciação de ARN pequeno pode ser utilizado para se obter perfis de microRNA de espécimes de tecidos FFPE com características de desempenho semelhantes às de microarrays , apesar da fragmentação de ribossomais e RNAs mensageiros que reduz a capacidade informativa do método. A precisão do método pode eventualmente ser melhorada por aumento da profundidade de sequenciação e /ou empobrecimento FFPE ARN de tecido de fragmentos de ARN ribossomais

citação:. Buitrago DH, Patnaik SK, Kadota K, Kannisto E, Jones DR, Adusumilli PS (2015) de RNA Sequenciação do Perfil de microRNAs no longo prazo em conserva amostras fixadas em formalina e incluídos em parafina não-pequenas células tumorais do câncer pulmonar. PLoS ONE 10 (3): e0121521. doi: 10.1371 /journal.pone.0121521

Editor do Academic: Soheil S. Dadras, da Universidade de Connecticut Health Center, United States