Abstract

O câncer de próstata é o câncer de pele não-mais comum ea segunda causa de mortalidade por câncer relacionado para os homens nos Estados Unidos. Existe uma forte evidência empírica e epidemiológica apoiar um papel mais forte da genética no cancro da próstata precoce. Foi realizada uma varredura de associação do genoma para câncer de próstata precoce. aspectos inovadores deste estudo incluem o foco na doença de início precoce (definidos como os homens com câncer de próstata diagnosticado antes da idade de 56 anos) e utilização de dados de controle de genótipos publicamente disponíveis a partir do estudo de associação genômica ampla anteriores. Encontramos genoma escala significativa (p 5 × 10

-8) evidência de variantes em 8q24 e 11p15 e evidência de apoio forte para um número de loci relatado anteriormente. Encontramos pouca evidência para resultados de associação inflados individuais ou sistemáticas decorrentes do uso de controles públicos, demonstrando a utilidade de usar dados de controle públicas em grande escala estudos de associação genética de variantes comuns. Tomados em conjunto, estes resultados demonstram a importância de variantes genéticas comuns estabelecidos para o câncer de próstata precoce eo poder de incluindo casos de início precoce do cancro da próstata em estudos de associação genética

Citation:. Lange EM, Johnson AM, Wang Y, Zühlke KA, Lu Y, Ribado JV, et al. Digitalização Association (2014) Genome-Wide para variantes associadas com o início precoce do cancro da próstata. PLoS ONE 9 (4): e93436. doi: 10.1371 /journal.pone.0093436

editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Estados Unidos da América

Recebido: 12 de dezembro de 2013; Aceito: 03 de março de 2014; Publicação: 16 de abril de 2014

Direitos de autor: © 2014 Lange et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. O apoio foi fornecida pelo Projeto de pesquisa NIH subvenções: R01-CA136621, R01-F023000 e NCI SPORE P50-CA69568. O financiador não teve nenhum papel no desenho do estudo, recolha e análise de dados, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

O câncer de próstata (PCA) é uma das principais causas de mortalidade por câncer em homens. Em 2013, estima-se que 238,590 homens serão diagnosticados com e 29,720 homens morrerão da doença [1]. Cerca de 1 em cada 6 homens serão diagnosticados com PCA durante as suas vidas com base nas taxas de incidência atuais [1], [2]. Os principais fatores de risco reconhecidos para CaP são o aumento da idade, ascendência Africano e história familiar positiva.

Genome-wide associação (GWA) estudos e estudos de acompanhamento identificaram e replicado ~ 65 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) que está associada com o APC em homens de descida Europeia [3] – [17]. A maioria destes estudos incluíram principalmente mais velhas casos APC, refletindo a demografia da doença, bem como, em alguns casos, restrições de design estudo. Para a maioria das doenças complexas, incluindo cancros comuns, idade precoce aquando do diagnóstico é um marcador de formas hereditárias da doença. Entre as famílias CaP hereditários, a doença é diagnosticada 6-7 anos mais jovem do que a doença esporádica eo risco de CaP aumenta com a diminuição da idade dos membros da família afetados [18]. Além disso, estudos têm sugerido que os homens diagnosticados com PCA mais cedo na vida são mais propensos a morrer de sua doença em comparação com os homens, com características clínicas semelhantes da doença, diagnosticados em idade mais avançada [19], [20]. Para avaliar a importância de variantes genéticas comuns ao início precoce APC, foi realizado um estudo GWA para início precoce APC, definida aqui como CaP diagnosticado antes da idade de 56 anos, em 931 homens de ascendência européia que foram diagnosticados com CaP a uma média idade de 49,7 anos e 4120 controles de ascendência europeia. Este estudo representa o maior estudo GWA até agora voltado especificamente para homens com início precoce CaP.

Materiais e Métodos

Declaração de Ética

A Universidade de Michigan IRBMED analisou e aprovou a revisão contínua programada (SCR) apresentado pela Universidade de Michigan Projeto Genética do cancro da próstata. O IRB determinou que a investigação proposta continua a estar em conformidade com as diretrizes aplicáveis, Estado e regulamentos federais, e da Universidade de-wide Federal de Garantia de Michigan (FWA) com o Departamento de Saúde e Serviços Humanos (HHS). Tudo Universidade de Michigan temas incluídos neste estudo forneceu consentimento informado por escrito para participar do estudo; os documentos de protocolo e de consentimento foram aprovados pelo Comitê de Ética da Universidade de Michigan Medical School.

Os dados Genótipo a partir de amostras de seguimento para este estudo foram obtidos a partir da Universidade Johns Hopkins (JHU). Esta proposta de pesquisa sujeitos humanos foi analisado e aprovado pelo Hopkins Medicine Institutional Review Board Johns (JHM IRB). JHU CaP caso DNA foram obtidas a partir de amostras identificou-de patológicas e determinado, por JHM IRB, para ser isentos da exigência de consentimento escrito ou oral. amostras de acompanhamento de ADN de controlo foram obtidos a partir de CaP rastreados homens negativos para a doença. Todos os controles JHU desde consentimento informado por escrito; os documentos de protocolo e de consentimento foram aprovados pelo JHM IRB. Análises para este estudo foram realizados na Universidade da Carolina do Norte em Chapel Hill, utilizando dados de-identificados. A University of North Carolina Institutional Review Board aprovou o estudo proposto. acordos de transferência de materiais Os dados foram assinados entre os funcionários da Universidade da Carolina do Norte, Universidade de Michigan e Johns Hopkins University.

amostras do estudo

A amostra final caso estudo incluiu 931 genotipados com sucesso alheio início precoce casos PCA (diagnosticado antes da idade de 56 anos) de ascendência europeia da Universidade de Michigan Prostate Cancer Genetics Projeto (UM-PCGP). informações descritivas sobre os casos é apresentada na Tabela 1. A (desvio padrão) média e mediana de idade (intervalo) de diagnóstico de câncer de próstata em 931 casos foi de 49,7 (4,1) anos e 50 (27-55) anos, respectivamente. De notar que este amostra de homens é enriquecido para a história familiar positiva (576/931 ou 61,9% relatados com primeiro ou segundo grau parentes com PCA), parcialmente uma consequência de algumas amostras (n = 127) a ser apurado de famílias incluídas na UM estudo de ligação -PCGP da ACP hereditária. As descrições das famílias CaP hereditários UM-PCGP pode ser encontrada em outro lugar [21], [22]. Um total de 351 casos vieram de famílias que haviam DNA coletadas em vários casos; 817/931 casos eram ou probands família ou apurado directamente devido à idade precoce ao diagnóstico. Nas famílias que tiveram mais de um caso CaP diagnosticado antes da idade de 56 anos, apenas o mais novo caso disponível foi incluído no estudo atual. As características clínicas da UM-PCGP casos CaP de início precoce são apresentados na Tabela 1.

controles independentes com dados SNP estudo GWA foram selecionados a partir de recursos publicamente disponíveis através dbGap (www.ncbi.nlm.nih. gov /gap) e Illumina (www.illumina.com). Os controles foram selecionados para ter Europeia apresentaram dados ascendência e genotípicas gerados a partir de uma plataforma comercial estudo GWA semelhante à plataforma utilizada em casos UM-PCGP. Para manter os resultados de estudos independentes CaP GWA antes publicados, controlos comuns que foram utilizados nestes estudos anteriores CaP foram tidos em consideração. Controls, que incluíam mulheres, não foram, ao nosso conhecimento, selecionados para CaP. Controles veio do Cancer Genetics marcadores de susceptibilidade (MEGC) (n = 1135) estudo GWA para câncer de mama [23] e banco de dados iControlDB da Illumina (n = 2985) (www.Illumina.com). Somente o cancro da mama MEGC

controles

foram incluídos. informação descritiva Limited, incluindo idade, sexo e ascendência, sobre temas iControlDB selecionados podem ser obtidas no site da Illumina. A justificativa para a inclusão de controles do sexo feminino é fornecido na discussão. Também foram realizadas análises separadas, incluindo apenas os indivíduos do sexo masculino iControlDB

Um subconjunto de novos SNPs. (p 5,0 × 10

-5 e não previamente relatado para ser associado com PCA) foram analisados ​​em uma amostra adicional de 2571 casos não relacionados CaP (1053 diagnosticados antes da idade de 56 anos) e 921 controles selecionados de estilo europeu, descida de JHU (ver Ewing et al. [24] para uma descrição dos indivíduos).

a genotipagem

938 casos de CaP de início precoce europeus-americano UM-PCGP foram inicialmente genotipados da Universidade Wake Forest usando v1.1 BeadChip HumanHap 660W-Quad da Illumina. MEGC controles de câncer de mama foram genotipados usando anteriormente HumanHap550v1 da Illumina [23]. Os sujeitos iControlsDB foram genotipados usando anteriormente HumanHap550v1 da Illumina (n = 1.478) ou HumanHap550v3 (n = 1507) plataformas de genotipagem comerciais. genotipagem Acompanhamento de assuntos JHU foi realizado na Universidade de Wake Forest usando o sistema de Sequenom. Todos os procedimentos seguidos Guia do fabricante Iplex Aplicação (Sequenom, Inc. SanDiego, CA) e todos os reagentes do ensaio foram adquiridos da Sequenom. Para garantir a qualidade da genotipagem, cerca de 2% dos duplicados das amostras e 2% dos controlos negativos, em que a água foi substituída por ADN, foram aplicados.

Análises Estatísticas

qualidade Genotipagem controle (QC) metodologia foi aplicada uniformemente a todas as amostras. Para reduzir o possível impacto de viés devido a “lote” efeitos de genotipagem, SNPs genótipo perder chamadas em 2% dos indivíduos em

qualquer

dos quatro conjuntos de amostras (casos UM-PCGP, controles de câncer de mama MEGC, Ilumina IControls V1 ou IControls V3) foram excluídos. Assuntos Missing Também foram excluídos 5% das chamadas de genotipagem de SNP. Para os casos UM-PCGP, genotipagem chamadas entre HumanHap 660W-Quad resultados v1.1 BeadChip da Illumina e 14 SNPs previamente genotipados utilizando TaqMan [25] foram comparados para verificar a identidade da amostra e para avaliar a concordância geral de chamadas genotípicas entre as duas plataformas. Além disso, 21 amostras duplicadas foram incluídos para avaliar a concordância das chamadas de genótipos com HumanHap 660W-Quad resultados v1.1 BeadChip da Illumina. O pessoal do laboratório estavam cegos para a identidade dos duplicados. ascendência européia para todas as disciplinas, incluindo controles, foi verificada utilizando a mistura de software [26]; indivíduos com ascendência misidentified aparente ou ascendência mista foram retirados da consideração.

O genótipo imputação foi realizada para ampliar a cobertura de variantes em nosso estudo GWA para SNPs que não foram incluídos na HumanHap 660W-Quad v1.1 BeadChip da Illumina ou que foram incluídos no BeadChip mas foram perdidos durante QC, utilizando o pacote de software Mach [27], [28]. imputação genótipo foi realizada separadamente incluindo SNPs de HapMap Fase II (amostras de referência CEU) e HapMap Fase III (amostras de referência CEU + ETI). dados de genótipos imputadas foram analisados ​​como valores de dosagem (número esperado de cópias dos menores alelos) em modelos de regressão logística implementadas em Mach2dat [28]. Os modelos de regressão logística incluiu ajuste covariável para os primeiros 10 componentes principais para efeitos ascendência e /ou lote. Análise de componentes principais foi realizada utilizando o software Eigenstrat [29] sobre a amostra combinada de casos e controles usando uma ligação-desequilíbrio (LD) Conjunto podadas de SNPs. Todos os dados de genótipos de SNPs que foram excluídos com base em controle de qualidade analisa devido às taxas de-faltando genótipo em um ou mais dos quatro conjuntos de amostras foram zerados em todos os conjuntos de amostras de quatro destino antes da imputação para reduzir a possibilidade de efeitos de genótipos lote que impactam a resultados de associação SNP à base de imputação. Foi dada preferência a Fase III resultados de imputação quando um SNP foi imputado com sucesso, com amostras de Fase II e Fase III HapMap. significância do genoma foi definida como p 5,0 × 10

-8. variantes cromossomo X não foram imputados. analisa

associação variante única para dados SNP directamente genotipados também foram realizadas utilizando o Plink software [30]. Modelos de regressão logística foram sistematicamente analisados ​​com ajuste covariável para os primeiros 10 componentes principais derivados de Eigenstrat. Apenas os SNPs que foram genotipados taxa de 98% em todos os quatro conjuntos de amostras foram incluídos na genotipagem de SNP-análises. análises cromossomo X foram realizadas em diretamente SNPs genotipados e limitada para incluir apenas os 1.126 do sexo masculino sujeitos iControlDB

Um subgrupo de SNPs atingindo p . 5 × 10

-5 no estudo GWA foram acompanhados em um amostra independente de 2571 casos APC e 921 controles selecionados de JHU. SNPs foram analisados ​​individualmente usando testes de qui-quadrado. análises de subconjunto foram realizadas casos restringem àqueles (n = 1053) com diagnóstico de CaP antes da idade de 56 anos.

Resultados

592,652 SNPs foram genotipados em 938 independentes casos UM-PCGP Europeia-americanos com de início precoce CaP. análises de CQ foram conduzidos para avaliar a precisão global e integralidade dos dados de genótipos. Cinco indivíduos UM-PCGP foram removidos para baixo taxa genótipo ( 95% de SNPs com dados de genótipos). Dois assuntos adicionais UM-PCGP tinham grandes proporções estimadas de ascendência não-europeu e foram removidos. Após a remoção da amostra, um total de 931 casos não relacionados de UM-PCGP CaP passou QC e foram incluídos no estudo. taxas de genótipo de concordância entre HumanHap 660W-Quad BeadChip v1.1 e chamadas genótipo Taqman foi 99% e concordância interna de HumanHap 660W-Quad chamadas v1.1 BeadChip em 21 pares duplicados foi . 99,99%

um total de 458,162 SNPs autosomal com uma taxa de sucesso de genotipagem 98% em cada amostra (uM-PCGP, MEGC controlos cancro da mama, IControls V1, V3 IControls) foram incluídos no objectivo final ajustado para a imputação genótipo. Genótipo imputação permitido um total de 2,639,562 SNPs autossômicas, com Mach índice de qualidade de imputação R

2 0,3, a ser analisado para a associação com PCA. Os resultados em todo o genoma são graficamente ilustrados na Figura 1 e os melhores resultados (p 1,0 × 10

-5) são apresentados na Tabela 2. O primeiro resultado foi uma incomum frequência (alelo secundário estimada como sendo 1,5% em combinada amostra de caso-controle) cromossomo 13 SNP rs11839053 (p = 8,7 × 10

-10) com base em dados de imputação HapMap Fase II. Por razões descritas na discussão, nós acreditamos que o resultado para este SNP deve ser considerada com cautela. Dois 8q24 SNPs estabelecidos (rs10505477, p = 9,4 × 10

-9; rs6983267, p = 1,2 × 10

-8) e dois estabelecidas 11p15 SNPs (rs7126629, p = 2,3 × 10

-8; rs7114836, p = 3,7 × 10

-8) também atingiu significância do genoma. Os principais novos resultados foram para o cromossomo 18 SNP rs11664910 (p = 2,3 × 10

-6) e cromossômicas 17q21-22 rs8064701 SNP (p = 4,8 × 10

-6).

resultados de análises de SNPs genotipados directamente eram consistentes com os resultados a partir dos dados de genótipos imputadas para os SNPs incluídas em ambos os conjuntos de dados (dados não mostrados). De nota, rs6983267 também atingiu significância do genoma na genotipados-SNP análises (p = 1,3 × 10

-8). Observou-se pouca evidência de um erro de tipo I inflado sistemática quando se leva em conta a distribuição de todos os resultados (fator de inflação genômica 1,026) [31]. Um total de 11.397 SNPs genotipados diretamente no cromossomo X também foram analisados; a constatação superior foi localizado no rs5906300 (p = 8,1 × 10

-5) e não havia nenhuma evidência para qualquer inflação sistemática de erro de tipo I através do cromossomo X (fator de inflação Genomic = 1,00).

trinta e nove SNPs anteriormente relatado para ser associado com CaP em homens de descida Europeia, resumidos na Goh et al. [32], foram avaliados para a evidência de confirmação em nosso estudo de homens com doença de início precoce (Tabela 3). Vinte e três dos 39 SNPs eram nominalmente, pelo menos, significativa (p 0,05) no presente estudo; todos os 23 tinham indicações de efeito consistente com os relatórios anteriores. Doze dos 16 SNPs que não atingiram significância nominal também teve direção de efeito consistente com os relatórios anteriores. Estima qualidade imputação para a grande maioria desses SNPs foi excelente.

Os resultados de associação analisa apenas incluindo os 1126 indivíduos iControlDB masculinos foram semelhantes aos obtidos com a amostra de controlo combinado sexo maior. achados significativos de todo o genoma foram obtidos para os dois acima mencionado cromossomo 8q24 SNPs (rs10505477, p = 1,7 × 10

-9; rs6983267, p = 1,8 × 10

-9) e cromossomo conhecido 17

TCF2

rs4430796 SNP -intronic (p = 4,1 × 10

-8). Cromossômicas 11p15 rs7126629 SNPs (p = 1,6 × 10

-6) e rs7114836 (p = 9,9 × 10

-6) e cromossomo 13 SNP rs11839053 (p = 1,2 × 10

-4) não alcançou genome-wide significado quando se utiliza a amostra de controlo menor

Treze SNPs independentes que demonstraram forte associação nominal com PCA. (definida aqui como p 5 × 10

-5), quando se utiliza a amostra de controlo completo, e que não tenham sido previamente implicado a ser associada com o APC foram genotipados e testados quanto à associação com CaP em uma amostra independente de 2571 casos não relacionados de CaP Europeia-descida e 921 controlos selecionados a partir JHU. Quando os resultados foram semelhantes entre o topo imputada SNP e uma SNP directamente genotipados na mesma região, o SNP directamente genotipados foi selecionado para follow-up. Apenas um SNP, rs11664910, atingiu significância nominal (p 0,05); No entanto, a direcção do efeito para este SNP não era consistente com o resultado inicial GWA estudo (Tabela 4). Os resultados foram similares quando a limitação da amostra caso de acompanhamento para casos diagnosticados antes da idade de 56 anos (dados não mostrados).

Discussão

A partir de 2005-2009, a idade média em diagnóstico CaP nos Estados Unidos foi de 67 anos e apenas ~ 10% dos casos foram diagnosticados antes da idade de 55 anos [1]. Dada a pequena proporção de casos diagnosticados CaP nesta faixa etária, a maioria dos estudos genéticos do PCA estão concentradas em homens diagnosticados com a doença mais tarde na vida, apesar da evidência de que a idade precoce no momento do diagnóstico é um indicador do aumento da susceptibilidade genética. Por exemplo, um estudo sueco mostrou que a história familiar é particularmente importante em homens que têm um ou mais familiares de primeiro grau que foram diagnosticados com CaP numa idade relativamente jovem [19]. O risco relativo para o desenvolvimento de PCA para um homem cujo pai tinha sido diagnosticado com PCA aos 60 anos ou mais de idade foi estimada em 1,5. O risco relativo de desenvolver CaP aumentou para 2,5 se o pai foi diagnosticado antes dos 60 anos de idade. Da mesma forma, se um irmão foi diagnosticado com PCA em 60 anos de idade ou mais velhos, em seguida, o risco relativo para um homem desenvolver CaP foi estimada como sendo de 2 ao passo que o risco relativo foi estimado em três se que irmão foi diagnosticado com PCA antes da idade de 60 anos [19 ]. Em uma meta-análise, foi mostrado o risco de CaP a aumentar com a diminuição da idade ao diagnóstico CaP de um parente de primeiro grau [20].

Nós descrevemos um estudo GWA para CaP de início precoce baseado inteiramente de casos diagnosticados com a doença antes da idade de 56 anos. Um único locus novela, cromossomo 13 SNP rs11839053 (p = 8,7 × 10

-10), atingiu significância do genoma (p 5 × 10

-8), embora nós pedimos cautela na interpretação desse resultado (ver abaixo). Um total de quatro variantes em regiões conhecidas de associação CaP atingiu significância do genoma: dois 8q24 variantes, rs6983267 (p = 9,5 × 10

-9) e rs10505477 (p = 9,4 × 10

-9) e dois 11p15 variantes, rs7126629, (p = 2.3 × 10

-8) e rs7114836, (p = 3,7 × 10

-8). Em adição a estes loci, houve uma forte evidência de suporte a um número de loci CaP previamente estabelecido (Tabela 3). De nota, para os locos estabeleceu as odds ratio observadas foram comparáveis ​​aos odds ratio nos estudos descoberta inicial, apesar de as estimativas de odds ratio provável para cima tendenciosas nos relatórios originais, devido ao fenômeno “vencedores maldição” na descoberta de associação SNP [33] e o uso de controles masculinos do sexo feminino e sem blindagem no estudo atual.

neste relatório, observou-se uma nova associação significativa para o cromossomo 13 SNP rs11839053 baseado em Fase II HapMap dados de imputação (p = 8,7 × 10

-10). Notamos uma forte discrepância entre os resultados de HapMap Fase II (p = 1,0 × 10

-9) e Fase III (p = 0,98) resultados de imputação para a vizinha SNP rs11843540, que está em forte LD com rs11839053 (R

2 = 1,0 em amostras HapMap Fase II CEU). Rs11839053 não foi genotipados em amostras de HapMap Fase III. A forte discrepância entre os resultados para rs11843540 com base em dados de imputação de Fase II e Fase III foi a única grande diferença assinalada entre estes dois conjuntos de dados em todos os SNPs que foram imputados usando ambas as amostras de referência; resultados também foram altamente concordantes entre SNPs genotipados e imputadas (correlações de Spearman: 0,98, 0,98, 0,96, entre os resultados para a Fase II vs. genótipo, a Fase III vs. genótipo, e Fase III vs. Fase II, respectivamente). Curiosamente, o resultado significativo na rs11839053 também foi observada quando restringir análises aos controles de câncer de mama MEGC e na análise de dados de genótipos imputadas gerados usando 1000 dados Genomas Projeto (3

Datas rd) como o painel de referência (dados não mostrados). Notamos que as qualidades de imputação para rs11839053 e rs11843540 eram relativamente pobres (r

2~0.6 em todos os painéis de referência para cada SNP), observamos pouca evidência para a associação (todos p 0,001) para todos os SNPs diretamente genotipados em 500 kb região imediatamente em torno dos dois SNPs, e não observamos nenhuma evidência de associação a rs11839053 em nosso estudo de seguimento de 2571 casos e 921 controles selecionados a partir JHU (Tabela 3). Embora nosso estudo usando controles públicos parecia ter um bom controle total do erro de tipo I, qualquer resultado individual deve ser considerado suspeito. Não está claro se o resultado na rs11839053 em nosso estudo GWA é um artefato de usar dados de genótipos de controle público (ou seja, “lote” de efeitos para um ou mais genotipados SNPs na imputação impactando região) ou um sinal verdadeiro. . Novos estudos serão necessários para confirmar o resultado associação antes de o locus deve ser considerado um locus de CaP legítima

Foram identificados 12 novos regiões adicionais que continham variantes que tinham evidências sugestivas para a associação (definida aqui como p 5 × 10

-5). Um SNP representante foi escolhido em cada região e seguiu-se nas amostras JHU; nenhuma evidência significativa de suporte qualquer um dos resultados do estudo inicial foi observada (Tabela 3). Indiscutivelmente o resultado mais interessante entre estes doze loci foi para o cromossomo 17q21-22 imputada rs8064701 SNP e rs7225566 SNP nas proximidades diretamente genotipados. Recentemente descobrimos uma rara variante missense, G84E /rs138213197, no

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que está associada com PCA [24]. A variante é G84E ~1.2 proximal Mb a rs8064701 e rs7225566. Entre os 931 casos no estudo atual (que também foram incluídos no

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relatório inicial), 23 (-2,5%) levou o alelo variante no

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. Foi realizada haplotipagem de longo alcance usando FastPhase2 [34] e identificado um único haplótipo de longo alcance que continha todos os alelos variantes G84E 23 (um único caso, sem o alelo variante também foi previsto para ter o mesmo haplotipo de longo alcance). A frequência do alelo menor (risco) para rs7225566 no estudo GWA foi de 15% nos casos e 11% nos controles. Quinze dos 23 casos que levam o

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G84E risco alelo também carregava o alelo menor /risco para rs7225566, incluindo um homozigoto. Estes resultados sugerem que as associações nominalmente significativas observadas em rs8064701 e rs7225566 são parcialmente devido ao desequilíbrio de ligação com

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G84E. Embora tenha havido um ligeiro aumento na freqüência do alelo de risco rs7225566 nos dados JHU (11% nos casos em comparação com 10% nos controles), o resultado não atingiu significância estatística. Finalmente, observamos que rs7225566 é ~362 distal kb para rs7210100, uma variante incomum, que foi previamente identificado para ser associado com PCA em um estudo GWA dos afro-americanos [35]. Rs7210100 não estava diretamente genotipados ou imputado com sucesso, devido à ausência de portadores caucasianos nos painéis de referência HapMap, nas amostras de estudo GWA. A ausência /raridade do alelo de risco para rs7210100 em populações de ascendência européia sugere fortemente a nossa descoberta em rs7225566 é independente desta variante relatado anterior. É de notar, como previamente relatado (Supplemental Material dos Ewing et al. [24]), entre 24 portadores de risco de alelo rs7210100 afro-americana, nenhum levou o

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G84E risco alelo.

A nossa estudo inicial descoberta incluiu dados de controle de genótipos única publicamente disponíveis em contraste ao uso de uma amostra de controlo rastreados pareados por idade padrão-ouro. O UM-PCGP, sendo um estudo de base familiar e de caso-somente, não tem acesso a uma amostra de controlo grande ideal da mesma população como os casos. misclassification doença, que provavelmente ocorreria em taxas mais elevadas quando se utiliza dados de controle público, pode causar uma redução no poder estatístico para detectar loci genéticos verdadeiramente associado. A maioria publicamente dados de genótipos de controle disponíveis provêm de estudos com informações muito limitadas sobre o estado de CaP. Embora haja existe dados genéticos publicamente disponíveis no CaP selecionados controles de estudos anteriores CaP GWA, nós somos eleitos para evitar o uso de controles a partir desses estudos, a fim de obter resultados independentes. Nós e outros [36] – [39], demonstraram que os estudos de associação genética, incluindo um número maior de controlos sem blindagem geralmente têm maior potência para a descoberta de estudos utilizando um menor número de controlos rastreados desde que a taxa de erro de classificação da doença não é alta. Para nossas análises preliminares, optamos por incluir tanto os controles públicos masculinos e femininos através de uma amostra de controlo limitado a homens sem blindagem. A prevalência de CaP diagnosticada em homens europeus-americano sob 56 anos de idade é de menos de 1%, pelo que a taxa de erro de classificação da doença, tanto para o nosso masculino e controles públicos do sexo feminino não deve ser muito maior do que teria sido para a idade-pareado controles selecionados deste grupo etário.

O estudo atual inclui um grande número de homens com história familiar positiva de doença (576/931 teve um primeiro ou segundo grau com PCA). Algumas dessas enriquecimento foi diretamente devido ao critério de apuração, mas a maioria provavelmente está atribuído ao aumento das taxas de doenças, devido tanto a susceptibilidade genética e seleção reforçada, em famílias com doença de início precoce. Este estudo contribui para a crescente evidência de que estudos GWA variantes comuns desempenham um papel importante no familiar e de início precoce CaP [17], [25], [40], [41]. À medida que novas mutações de alta penetrantes são detectados através de sequenciamento de última geração, avaliando o papel relativo de variantes de risco comuns e mutações raras para agrupamento doença familiar irá tornar-se uma área interessante de pesquisa. Por exemplo, Karlsson et ai. [42] recentemente mostrou que a realização de um

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G84E mutação [24], o que ocorre com uma frequência de ~1.3% na Suécia, está mais fortemente associada com hereditária (OR = 6,6) e de início precoce (OR = 8,6) APC e que o risco de portadores da mutação G84E de desenvolver a doença é aumentada significativamente para aqueles que transportam uma carga maior de variantes de estudos GWA comuns estabelecidos.

Em conclusão, descrevemos os resultados da primeira fase de um dois estudo GWA -Estágio para início precoce CaP. Nosso desenho do estudo de dois estágios segue a estratégia descrita por Ho e Lange [39], o que aumenta o poder de caso-controle tradicional estudos GWA, incorporando dados de genótipos de controlo público na fase de descoberta estágio 1. Como é o caso para qualquer estudo usando dados de controle público, é preciso ter cuidado na interpretação de qualquer resultado individual devido a fatores tais como efeitos de genotipagem lote e pressões seletivas diferencial através populações, que são difíceis de controlar completamente para experimentalmente ou analiticamente. Nossos resultados fornecem uma prova de princípio de que tal desenho do estudo é razoável, dada a forte evidência em um número de loci previamente estabelecido APC e da falta de provas, com a possível exceção da constatação rs11839053 cromossomo 13, para resultados espúrios. No total, nossos resultados fornecem evidências convincentes apoiar a importância de variantes genéticas comuns ao início precoce CaP.

Reconhecimentos

Nós gostaríamos de agradecer a todos os homens com câncer de próstata que participaram neste projeto de pesquisa. Apreciamos especialmente o apoio do Dr. Joel Nelson e seus pacientes. Os autores também expressam gratidão ao Dr. Claudia Salinas e Ms. Linda Okoth para ajudar com preparações de amostra UM-PCGP e coleta de dados clínicos.