Abstract
Fundo
calicreína 15 ( KLK15) /Prostinogen
é um candidato plausível para suscetibilidade ao câncer de próstata. Elevada
KLK15
expressão tem sido relatada em câncer de próstata e tem sido descrito como um marcador de prognóstico desfavorável para a doença.
Objetivos
Foi realizada uma análise abrangente da associação de variantes no
gene KLK15
com o risco de câncer de próstata e agressividade por tagSNPs de genotipagem, bem como SNPs funcionais putativos identificados por análise de extensas bioinformática.
métodos e fontes de dados
Doze de 22 SNPs, seleccionados com base no padrão de desequilíbrio de ligação, foram analisados em uma amostra da Austrália de 1.011 casos de câncer de próstata histológico verificadas e 1.405 controles etnicamente combinados. Replicação foi procurada a partir de dois estudos existentes genoma ampla associação (GWAS):. Os marcadores de câncer de susceptibilidade genética (MEGC) do projeto e um estudo britânico GWAS
Resultados
Duas
KLK15
SNPs, rs2659053 e rs3745522, mostrou evidências de associação (p 0,05), mas não estavam presentes nas plataformas GWAS.
KLK15
rs2659056 SNP foi encontrado para ser associado com a agressividade do câncer de próstata e mostrou evidência de associação em uma coorte de replicação de 5.051 pacientes do Reino Unido, Austrália, e o conjunto de dados MEGC de amostras norte-americanas. Foi observada uma associação altamente significativa com a pontuação de Gleason, quando os dados foram combinados a partir destes três estudos com Odds Ratio (OR) de 0,85 (IC 95% = 0,77-0,93; p = 2,7 × 10
-4). O SNP rs2659056 está previsto para alterar a ligação do factor de transcrição RORalpha, que tem um papel no controle do crescimento e diferenciação celular e tem sido sugerido para controlar o comportamento metastático de células de cancro da próstata.
Conclusões
Nossos resultados sugerem um papel para a
KLK15
variação genética na etiologia do câncer de próstata entre os homens de ascendência europeia, embora mais estudos muito grandes conjuntos de amostras são necessários para confirmar tamanhos de efeito.
Citação: Batra J, perder F, O’Mara T, Marquart L, Stephens C, Alexander K, et al. (2011) Associação entre
Prostinogen (KLK15)
genética Variantes e Prostate Cancer Risk e agressividade na Austrália e uma meta-análise de GWAS dados. PLoS ONE 6 (11): e26527. doi: 10.1371 /journal.pone.0026527
editor: Ronaldo Araújo, Universidade Federal de São Paulo, Brasil
Recebido: 10 de maio de 2011; Aceito: 28 de setembro de 2011; Publicado: November 23, 2011 |
Direitos de autor: © 2011 Batra et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados
Financiamento:. O estudo foi financiado pelo seguinte: Nacional de Saúde e do Conselho de Investigação médica (NHMRC, https://www.nhmrc.gov.au/) concede 390.130, 290.456, 614.296, 1.009.458; Fundação do cancro da próstata da Austrália (pCFA, https://www.prostate.org.au/articleLive/) concede PG7 (A. B. Spurdle); NHMRC Senior Research Fellowship (A. B. Spurdle); NHMRC principal Research Fellowship (J. A. Clements); NHMRC Early Career Fellowship e Instituto de Saúde e Biomédica Inovação (IHBI) Pós-doutorado Fellowship (J. Batra); Australian Prêmio de Pós-Graduação, IHBI Award e QLD Governo Smart State prêmios (T. O’Mara), Prémio Carreira de Desenvolvimento NHMRC (S. K. Chambers); Cancer Council Queensland, Programa de Pesquisa em Câncer de Próstata (S. K. Chambers). apoio do Reino Unido veio o seguinte: Cancer Research UK conceder C5047 /A3354; Cancer Research UK principal Research Fellowship (D. F. Easton); O Institute of Cancer Research e da campanha Everyman; A fundação de pesquisa do cancro da próstata, Reino Unido; Prostate Research Campaign UK; O Reino Unido Rede Nacional de Pesquisa do Câncer; O National Cancer Research Institute (NCRI) do Reino Unido; Programa de Avaliação de Tecnologias em Saúde projeta 96/20/06 96/20/99; Departamento de Saúde, Inglaterra; Cancer Research UK C522 concessão /A8649; Medical Research Council da Inglaterra G0500966 concessão, ID 75466; O NCRI, Reino Unido; Southwest National Research Serviço de Saúde e Desenvolvimento; Instituto Nacional de Pesquisa em Saúde. As visões e opiniões expressas aqui são de responsabilidade dos autores e não refletem necessariamente as do Departamento de Saúde da Inglaterra. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito
CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes
Introdução
câncer
próstata é o câncer mais comum (depois de cancros da pele) no mundo ocidental com um em cada nove homens esperados para desenvolver cancro da próstata com a idade de 75 e 20.000 novos casos diagnosticados anualmente na Austrália (Fundação do cancro da próstata da Austrália, https://www.prostate.org.au, 2010). Idade, raça e história familiar de câncer de próstata são fatores de risco bem estabelecidos para o câncer de próstata [1]. Além disso, há uma evidência considerável para um risco subjacente base genética para o cancro da próstata [2], [3]. A região cromossómica 19q12-13 é de considerável interesse, como estudos de gene anterior e de expressão de proteínas têm mostrado nesta região para abrigar tanto susceptibilidade a cancro da próstata e loci agressividade [4], [5], [6], [7]. O ser humano
calicreína
(
KLK
) família de genes compreende 15 genes e é agrupadas em uma pequena região de aproximadamente 320 kb no cromossoma 19q13.4 [7], [8], [9 ].
KLK15
(também chamado Prostinogen) é o membro mais recentemente clonado do humano
calicreína
família de genes e é adjacente ao
KLK3 /antígeno específico da próstata (PSA)
em genética localização [10], [11].
KLK15
foi reportado ser regulada para cima no nível de mRNA no cancro da próstata [11], [12], [13], e tem sido descrito como um marcador de prognóstico desfavorável para a progressão do cancro da próstata após a prostatectomia radical [14] .
KLK15
também foi relatado para ser um preditor significativo da sobrevida livre de progressão reduzida e sobrevida global no cancro do ovário [15] e um marcador de prognóstico favorável para o cancro da mama [16].
Estudos de
KLK
variantes genéticas e sua associação com câncer têm aumentado nos últimos anos com o objectivo de melhor compreender a biologia dos cânceres e desenvolver potenciais novos alvos para testes genéticos em relação ao risco de câncer e valor prognóstico [ ,,,0],6], [10], [17], [18], [19], [20], [21], [22]. Recentemente, estudos de associação do genoma (GWAS) identificaram um número de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) que estão associados com risco de desenvolver câncer de próstata. Um desses hits, rs2735839, está perto do
KLK3
(PSA) gene [23], [24]. Há alguma discussão sobre se o SNP está associado a cancro da próstata ou simplesmente se correlaciona com níveis de expressão de PSA, como controles usados para a fase 1 do presente GWAS foram limitados aqueles com níveis baixos de PSA ( 0,5 ng /ml) [19] , [23]. No entanto, estes resultados foram replicados em estudos com PSA controles não selecionados, incluindo nosso grupo de estudo [23], significando a importância desta região no câncer de próstata. Especificamente desde
KLK15
está localizada adjacente ao
KLK3
, e mostra expressão alterada no cancro da próstata, é um gene do cancro da próstata candidato muito plausível.
Embora alguns
KLK15
SNPs foram genotipados em GWAS, a grande maioria dos variação no
gene KLK15
permanece inexplorado para uma associação com o câncer de próstata. Investigação de um certo número de bases de dados públicas, incluindo NCBI Entrez-dbSNP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/db=snp), revela as plataformas GWAS acima mencionados cobrir a partir de cerca de 6-55% de variação validados no
KLK
genes (perder, Batra
et al
, dados não publicados, 2010). Estas observações levaram-nos a realizar um estudo de associação entre vinte e dois
KLK15
SNPs, identificados através de
in silico Comprar e seqüenciamento abordagens, com o risco de câncer de próstata em um grande grupo de homens australianos com câncer de próstata e controles do sexo masculino não rastreados para os níveis de PSA. SNPs encontrados para ser associado com o risco de câncer de próstata e /ou agressividade também foram avaliadas usando dados GWAS de conjuntos de dados de replicação adicionais no Reino Unido, Austrália [24] e dos EUA [25].
Resultados
In silico
análise,
KLK15
sequenciamento promotor e mapeamento Desequilíbrio de Ligação
Nós usamos
in silico
previsão da função das sequências de tipo selvagem e promotor variante através avaliação dos elementos receptores hormonais e sítios de ligação de factor de transcrição; bem como a previsão da provável variantes de processamento através de genômica, splicing e bases de dados de EST e web sites, e vários pacotes de alinhamento de sequências, como descrito anteriormente [26]. Nós sequenciado o ADN da linha germinativa de 20 pacientes agressivas de câncer de próstata (Gleason score 7) dentro do
KLK15
promotor putativo e detectado 20 SNPs (6 dos quais foram classificados como não validado pelo banco de dados NCBI no momento da geração de dados ). Sete SNPs não validados a partir do banco de dados do NCBI foram encontrados para ser não-polimórfica no nosso sequenciamento coorte. Além disso, foram identificados dois novos SNPs, mas também não foi previsto
in silico
ter um papel funcional e, portanto, não foi considerado para posterior genotipagem.
SNPs escolhidos para genotipagem neste estudo foram (i ) identificado como SNPs marcação usando HapMap versão 22 (07 de abril), utilizando um menor freqüência do alelo 0,05 e limite de desequilíbrio de ligação em pares de r
2 0,8 (rs2659058, rs3212810, rs3745522, rs2659056, rs266851, rs2163861, rs266856) ou (ii) escolhida devido à
in silico
previsão de um efeito funcional no
KLK15
expressão (rs3212853, rs3212852, rs16987576, rs2659055, rs266853, rs266854, rs190552, rs266855, rs2739442, rs2033496, rs12978902, rs2659053, rs2569746, rs35711205, rs2569747) (Tabela S1). Como os dados de frequência para muitos desses SNPs não estava disponível, que genotipados todos os 22 SNPs em 1000 controles masculinos e gerado um mapa de desequilíbrio de ligação (LD), utilizando Haploview 4.2 (Figura S1). Todos os SNPs foram encontrados rs3745522, com excepção para seguir equilíbrio Hardy-Weinberg (p 0,01) (Tabela S1). SNP rs12978902 foi não-polimórficos, enquanto rs3212853, rs3212852, rs16987576, rs266853 e rs266854 foram encontrados para ter menores freqüências alélicas 0,05 (Tabela S1), por isso não foram aprofundados para a análise de associação. SNPs em alta LD com outros SNPs (r
2 0,9; rs2163861, rs266856, rs2033496, rs2569747) também não foram analisadas. Foi dada prioridade aos SNPs funcionais putativos, com um total de 12 SNPs seleccionados para posterior genotipagem em pacientes e controles (Tabela S1) australianas de câncer de próstata.
Associação com câncer de próstata e doenças agressividade
Inicialmente DNA de 1.011 homens recém-diagnosticados com câncer de próstata e 1.405 controles masculinos de Queensland (QLD), Austrália, foram analisados neste estudo. A tabela 1 ilustra algumas das características sócio-demográficas e clínicas do conjunto de amostras QLD estudado. Para SNPs específicas onde a replicação foi pedido, um máximo de 10.685 casos de câncer de próstata e 12.515 controles pareados do Reino Unido, Austrália e EUA foram incluídos no estudo.
Quando doze dos
KLK15
SNPs foram avaliados individualmente (Tabela S2) no conjunto de amostras da Austrália, dois foram encontrados para ser marginalmente associada com o risco de câncer de próstata (Tabela 2), nenhuma das quais tem dados disponíveis a partir de conjuntos de amostras existentes UK GWAS e MEGC. A idade OR ajustado para rs2659053 foi de 1,25 (IC de 95% = 1,04-1,50; p = 0,050) para o genótipo AG em comparação com o genótipo de tipo selvagem GG. O genótipo de CG rs35711205 exibido um OR de 1,27 (IC de 95% = 1,06-1,52; p = 0,027) em comparação com o genótipo CC comum (Tabela 2). Para obter distribuições de idade mais comparáveis, nós novamente analisadas nossos dados, excluindo todos os controles mais jovens do que o caso mais jovem (ou seja, todos os controles menos de 43 anos, N = 70) e foram obtidos resultados semelhantes para ambos os SNPs (rs2659053: OR = 1,25, 95 CI% = 1,05-1,51, rs35711205: OR = 1,28, 95% CI = 1,07-1,53). Observou-se também um resultado semelhante quando a análise caso-controle foi restrita a indivíduos caucasianos (dados não mostrados) ou quando análises incluíram pacientes agressivos somente (Gleason score≥7) (Recurso S2 tabela). Estes SNPs não foram encontrados para ser significativamente associada com o risco de câncer de próstata em um estudo recentemente publicado, onde os resultados foram imputados a partir de dados nextgen sequenciamento e grupo de estudo PLCO de MEGC conjunto de dados, Tabela 2 [27].
KLK15
rs2659056 SNP foi encontrado para ser associado com o risco de câncer de próstata em estágio Reino Unido apenas 1 GWAS, com OR = 2,01 (IC 95% = 1,50-2,68; p = 5,45 × 10
-7) , mas não foi encontrado para ser significativamente associada com o risco de câncer de próstata no conjunto de dados Queensland (OR = 1,16, 95% CI = 0,83-1,62; p = 0,41) ou o grupo de estudo PLCO de MEGC conjunto de dados (OR = 0,95, 95% CI = 0,68-1,33; p = 0,94) (Tabela S2)
análise da associação de rs2659056 com a pontuação de Gleason usando análise caso a caso de o conjunto de dados QLD revelaram uma associação significativa (Tabela 3).. O alelo C foi significativamente mais comum em pacientes com doença menos agressiva em comparação com pacientes com doença mais agressiva com per alelo OR = 0,70, 95% CI = ,56-,89; p = 0,003) (Tabela 4). A análise deste SNP nos conjuntos de replicação disponíveis mostrou evidência de associação no Reino Unido fase 3 conjunto de dados (OR = 0,87, IC 95% = 0,78-0,98; p = 0,020) e os resultados estavam na mesma direcção para o conjunto de dados MEGC (OR = 0,93, 95% CI = 0,77-1,12; p = 0,43), mas não os outros 2 estudos (Tabela 4; Figura S2). As estimativas combinadas para todos os 5 estudos foi OR = 0,92 (IC 95% = 0,86-0,98), mas com evidência significativa de heterogeneidade (p = 0,023). A heterogeneidade das RUP foi minimizada quando restringimos nossa análise combinada à QLD, UK GWAS estágio 3 e conjuntos de dados MEGC (heterogeneidade p = 0,86). Utilizando estes três conjuntos de dados, um combinado de OR de 0,85. (IC 95% = 0,77-0,93; p = 2,7 × 10
-4) foi observada para rs2659056
Discussão
no estudo atual, 12 SNPs foram genotipados em 1.011 casos de câncer de próstata australianos e 1.405 controles do sexo masculino a partir de um conjunto escolhido inicialmente de 22 SNPs (7 tag SNPs do HapMap e 15 SNPs seleccionados com base no
em silico
análise). Dois SNPs, rs2659053 e rs35711205, presentes na região promotora putativa de
KLK15
gene (a montante do exão “A” ambos) [26], mostrou evidência de uma associação com o risco de câncer de próstata. No entanto, em um estudo recente, de 1.179 casos e 1.124 indivíduos de controle, publicado pela Parikh
et al
, esses dois SNPs não foram encontrados para ser significativamente associada com o risco de câncer de próstata a partir dos dados imputados do PLCO coorte [ ,,,0],27]. Embora isto possa sugerir que os nossos resultados refletem associações falso-positivos, com o melhor de nosso conhecimento desses SNPs não foram directamente genotipados em GWAS anterior [28] [25] ou estudos de associação de genes candidatos focados no
calicreína
lócus [19] e, portanto, precisam de replicação em um conjunto de exemplo maior.
o
KLK15
tagSNP rs2659056 foi encontrado para ser significativamente associada com o risco de câncer de próstata só no Reino Unido GWAS estágio 1 conjunto de dados, mas há outros conjuntos de dados. Possivelmente isso pode ser devido a diferentes critérios paciente e seleção de controle. Especificamente, os controlos Reino Unido GWAS fase 1 [24] foram seleccionados pela sua concepção a partir de PSA ( 0,5 ng /ml) e não há limitações foram colocados sobre os valores de PSA caso do grupo, enquanto na fase 2 e estádio 3 UK GWAS conjuntos de dados, demonstrando atenuada estimativas de risco, tinha menos rigorosas selecção dos controlos (os níveis de PSA de 10 e exigindo uma biópsia da próstata negativo se o PSA foi 4). Além disso, as amostras QLD e MEGC que mostram nenhuma associação com o risco não tinha seleção de controles por PSA. Em apoio a esta explicação, a freqüência do alelo de controlo no conjunto de dados Reino Unido estágio 1 é diferente em comparação com os outros conjuntos de dados (p = 0,0001). Curiosamente, encontramos uma associação significativa do mesmo SNP com a agressividade do câncer de próstata em nosso estudo de coorte QLD. Não houve associação genotípica entre o SNP rs2659056 e vários outros marcadores clínicos em homens saudáveis, incluindo a vasectomia soro (p = 0,89), eo consumo de álcool (p = 0,30), assim estas variáveis clínicas não estão confundindo os nossos resultados. Não havia evidência de replicação no Reino Unido GWAS estágio 3 conjunto de dados de mais de 3.000 pacientes do Reino Unido e Austrália eo estudo MEGC de ~1,000 pacientes nos Estados Unidos para a associação do SNP rs2659056 e câncer de próstata agressividade, mas não na fase UK GWAS 1 e na fase 2 conjuntos de dados, com heterogeneidade significativa observada entre os conjuntos de dados impulsionada pelo conjunto de dados Reino Unido GWAS fase 1 e fase 2. Esta heterogeneidade pode ser explicado em parte por diferenças nos sistemas de classificação de tumores por urologistas em diferentes países, assim como por diferentes critérios de recrutamento de pacientes para os diferentes conjuntos de amostras – Por exemplo, as amostras australianos de pacientes eram pacientes confirmou-patologia que se apresentaram com doença sintomática , enquanto o estágio UK GWAS 1 amostras foram detectados pelo teste de PSA e também foram enriquecidas para a doença ou pacientes com história familiar de câncer de próstata início precoce. Este achado interessante seria beneficiar de uma maior replicação em grandes conjuntos de amostras de consórcio, tais como os de prática (
Pr
ostate
c
ancer
um grupo SSOCIAÇÃO
t
o
i
nvestigate
c
ancer
a
ssociated um
l
terations no consórcio genoma).
SNP rs2659056 foi selecionado como um HapMap tagSNP, mas localiza-se numa região reguladora do gene -400 pb a jusante de um recém identificada
KLK15
exão [26]. Foi assim avaliado a um possível efeito causal no fator de transcrição afinidades de ligação para investigar se ele poderia alterar
KLK15
expressão do gene através deste mecanismo. A base de dados TFSEARCH (https://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html) indicaram que uma mudança para uma G na rs2659056 aumenta contagens para a ligação do receptor nuclear órfão RORalpha, que tem sido mostrado para ser envolvido no controlo do crescimento e diferenciação celulares, juntamente com o controlo de comportamento metastático de células de cancro de próstata independente de androgénios [29]. Assim, a associação do SNP rs2659056 com a agressividade do câncer de próstata, se confirmada em estudos maiores, daria prioridade rs2659056 SNP-se como possível SNP causador.
De acordo com nossos resultados, Parikh
et al
recentemente identificadas associações significativas entre a
KLK3
SNPs no câncer de próstata não agressivo apenas [27]. Os nossos resultados e que de Parikh
et ai
sugerem que os efeitos de risco observados no locus Sl pode reflectir a maior identificação de homens com cancro da próstata clinicamente insignificantes e não fatais através da utilização de PSA para o rastreio do cancro da próstata Câncer. No entanto, é possível que o
calicreína
SNPs locus de contribuir para os níveis de PSA e câncer de próstata de forma independente e, portanto, mais estudos são necessários para delinear o papel da
calicreína
SNPs locus etiologia do câncer de próstata.
em conclusão, este trabalho representa um estudo aprofundado da variação genética na
gene em> Prostinogen
/KLK15
. Nossa investigação tem feito a máxima utilização de bases de dados existentes e programas de software de bioinformática à sua lista SNPs para inclusão em um estudo de associação genética do câncer de próstata. Identificamos rs2659056 a ser associados com a agressividade do tumor em um conjunto de exemplo QLD e este resultado foi replicado em dois grandes grupos internacionais. evidência experimental adicional é necessária para replicar nossos resultados e compreender os efeitos desta variante sobre a regulação da
expressão KLK15
, e sua relação com os níveis de PSA e possíveis fatores de confusão introduzidas pelos critérios Seleção de casos e controle baseado em níveis de PSA .
Materiais e Métodos
Ética Declaração
o protocolo do estudo foi aprovado pelos Comitês de Ética em pesquisa com Seres Humanos da QUT, QIMR, o Hospital Mater (para Brisbane Hospital privado), o Brisbane Hospital Real, a princesa Alexandra Hospital e do Queensland Cancer Council. Todos os participantes assinaram termo de consentimento.
Os participantes do estudo
Queensland (QLD) casos e controles de câncer de próstata.
QLD casos de câncer de próstata (N = 1.011) foram verificados de dois estudos. No primeiro estudo transversal, os homens com câncer de próstata foram recrutados dentro de dois anos após o diagnóstico através de referências urologista de três hospitais em Brisbane, Queensland (N = 154, faixa etária 51-87 anos) [17]. No segundo estudo ensaio clínico aleatório longitudinal direito Prostate Cancer Terapêutica de Suporte e os resultados dos pacientes Projeto (ProScan): homens recém-diagnosticados com câncer de próstata de 26 consultórios particulares e 10 hospitais públicos de Queensland foram encaminhados diretamente para ProScan no momento do diagnóstico pelo seu tratamento clínico (N = 857, faixa etária 43-88 anos) [30]. Todos os casos tinham histologicamente confirmados de câncer de próstata, após a apresentação com um soro PSA anormal e /ou sintomas do trato urinário inferior. controles do sexo masculino (n = 1.405), sem história pessoal de câncer de próstata foram recrutados a partir de duas fontes diferentes. doadores de sangue do sexo masculino foram recrutados através da Cruz Vermelha Serviços de Sangue da Austrália em Brisbane (N = 836, faixa etária 18-75 anos) [17]. O segundo grupo de controlo homens compunham selecionados aleatoriamente a partir do rolo Eleitoral Australiana (o voto é obrigatório na Austrália), pareados por idade (em grupos de 5 anos; faixa etária 54-90 anos) e código de área corresponde a casos ProScan (N = 569) . As características clínicas e epidemiológicas dos participantes estão detalhados na Tabela 1.
conjunto de replicação.
As análises foram baseadas em amostras genotipados na primeira e segunda fases de uma UK /Australian GWAS, recolhidos como descrito anteriormente [ ,,,0],24], [28], juntamente com uma terceira etapa que envolve uma outra 4.574 (3.041 com dados sobre pontuação de Gleason) casos e 4.165 controles. Resumidamente, fase 1 casos de cancro da próstata (n = 2017) foram do Reino Unido Estudo genética do cancro da próstata (UKGPCS) e foram seleccionados com base quer de um diagnóstico na idade ≤60 anos (n = 1291) ou um primeiro ou segundo história familiar de cancro da próstata grau (N = 726). controles do sexo masculino (N = 2001) incluiu homens com idade ≥ 50 anos com um PSA de ng ≤0.5 /ml, geograficamente corresponde a casos de câncer de próstata selecionados através do estudo proteger.
Fase 2, constituído por casos de câncer de próstata e controles do Reino Unido e Austrália. Os primeiros foram apurados através do UKGPCS como acima (N = 332) e através de uma série sistematicamente coletados de clínicas de câncer de próstata na unidade de Urologia no Royal Marsden NHS Foundation Trust (N = 1680) durante um período de 14 anos. controles do Reino Unido foram identificados através do estudo UKGPCS (N = 449) eo estudo proteger (limitado a esses homens com um PSA de 10 ng /ml; N = 1.712). Auto-relatados “não-brancos” homens foram excluídos. Os australianos estágio 2 casos foram verificados a partir de três estudos: (i) uma série de base populacional dos casos de câncer de próstata identificados a partir do Registro de Câncer Victorian desde 1999, diagnosticados no 56 anos (início precoce da próstata Cancer Study (EOPCFS); N = 526 ); (Ii) um estudo de caso-controle de base populacional com base em casos diagnosticados em Melbourne e Perth (Fatores de Risco para Estudo do cancro da próstata (RFPCS); N = 594); e (iii) um estudo prospectivo de coorte de 17,154 homens com idades entre 40-69 anos, no recrutamento em 1990-1994 (Melbourne Collaborative Cohort Study (MCCS); N = 190). Para RFPCS, os casos foram identificadas a partir dos registros de câncer da população, tinha histologicamente confirmados de câncer de próstata (excluindo os tumores com Gleason pontuação inferior a 5) e foram diagnosticados em 70 anos com amostragem estratificada por idade no momento do diagnóstico. estágio Australian controles 2 ou foram recrutados como parte do estudo RFPCS, em que foram identificadas através do rolo Eleitoral Australiana e frequência combinado com a distribuição etária dos casos RFPCS (N = 509), ou eram uma amostra aleatória da coorte MCCS (N = 760)
Stage 3 amostras foram selecionados a partir UKGPCS como para a fase 1 e 2.; de Estudos de Epidemiologia e fatores de risco em Cancer Heredity (SEARCH), um estudo de caso-controle com base na região coberta pelo Registro de Câncer Centro de Informação e Oriental Reino Unido (ECRIC); e dos estudos epidemiológicos da Austrália como na fase 2.
Nós também incluiu dados dos marcadores de câncer genéticas de susceptibilidade estudo (MEGC), um GWAS de 1.117 casos de câncer de próstata amostrado para a doença agressiva e 1.105 controles, elaborado a partir o estudo europeu PLCO (https://cgems.cancer.gov/).
KLK15
Sequenciamento e genotipagem
Métodos utilizados para a preparação de DNA e genotipagem foram descritos anteriormente [18]. Resumidamente, o ADN da linha germinal foi extraído a partir de sangue periférico usando o kit de isolamento de ADN Qiagen para todos os homens recrutados no estudo. Quatro conjuntos de iniciadores foram concebidos para amplificar regiões seleccionadas, escolhidas a partir do
in silico
análise da região promotora putativa
KLK15
. Para a sequenciação do promotor, conjuntos de iniciadores foram concebidos utilizando NETprimer (https://www.premierbiosoft.com/netprimer/netprlaunch/etprlaunch.html) e adquiridos a Sigma Proligo (Sigma Proligo, NSW, Austrália). Dez ng de ADN da linha germinativa de 20 pacientes de cancro da próstata agressivas foi amplificado em uma mistura de 20 uL da reacção em cadeia da polimerase (PCR) optimizada para cada iniciador, tal como descrito anteriormente [26].
SNPs no (Queensland) conjunto de dados foi Queensland genotipados utilizando ensaios de ouro Iplex na plataforma Sequenom MassARRAY (Sequenom, San Diego, EUA), como descrito anteriormente [18]. parâmetros de controle de qualidade incluiu uma combinação de casos e controles em cada placa, taxas de chamada genótipo 95%, ≥98% de concordância entre ambos os resultados ( 5% de duplicatas em cada placa), quatro negativos (H
2o) controlos por placa de 384 poços e Hardy-Weinberg P valores . 0,05
a genotipagem dos conjuntos de amostras de replicação foi realizada como parte de um estudo publicado genoma escala associação (GWAS) [25], [28]. A genotipagem Fase 3 foi feito usando um ensaio Illumina Golden Gate (https://www.illumina.com).
Análise Estatística
As covariáveis, incluindo a idade no momento do diagnóstico, o rastreio história e primeiro- história familiar grau de câncer de próstata, foram examinados para ver se tais fatores mudou as estimativas de risco de ≥10%. Após estes testes, apenas a idade no momento do diagnóstico (variável contínua) e grupo de estudo (como uma variável categórica) foi incluído nos modelos finais. Predictive Analytics Software (PASW) Estatísticas versão 17.0.2 (SPSS Inc, Chicago, Illinois) foi utilizado para todas as análises, salvo indicação em contrário. Comparações de distribuição dos genótipos e sua associação com a susceptibilidade de câncer de próstata e dados clínicos foram realizados em modelos de co-dominantes e lineares, usando análise de qui-quadrado e regressão logística, e odds ratio e p foram valores calculados. casos de câncer de próstata com tumor Gleason pontuação ≥7 foram classificados como agressivos. Para os dados de análise, genótipo e fenótipo combinadas (estado da doença, a pontuação de Gleason, idade, história familiar etc) foi obtida para os diferentes estudos e foi analisado como por cima após o ajuste para grupos de estudo e idade (como variável categórica). A extensão da heterogeneidade entre os estudos foi medido pelo teste da razão de verossimilhança. Depois de aplicar a correção de Bonferroni, um valor de p 0,004 foi considerado significativo para explicar os 12 SNPs estudados
Informações de Apoio
Figura S1..
Desequilíbrio de Ligação mapa gerado por Haploview 4.2. dados de frequência foi gerado para os indivíduos de controle masculino e o mapa LD foi plotado. SNPs em negrito foram encontrados para ter frequências 0,05
doi: 10.1371 /journal.pone.0026527.s001
(PDF)
Figura S2.. plot
Floresta mostrando a associação entre rs2659056 e agressividade do tumor de próstata em cinco grupos de estudo diferentes, usando uma análise caso a caso
doi:. 10.1371 /journal.pone.0026527.s002
(PPTX)
tabela S1. selecção
SNP para o
KLK15
análise de associação genética com o risco de câncer de próstata. SNPs no gene
KLK15
derivado do banco de dados do HapMap e os de
in silico
métodos de previsão foram genotipados no controle do sexo masculino, bem como a frequência menor alelo (MAF) e HWE foram calculados utilizando Haploview 4.2 em machos saudáveis. SNPs em negrito foram pré-seleccionados para genotipagem e análise de associação com base em cálculos LD
doi:. 10.1371 /journal.pone.0026527.s003
(DOC)
Tabela S2.
Associação entre
KLK15
Tag HapMap e SNPs funcionais putativos eo risco de câncer de próstata na QLD, UK Stage 1 grupos de estudo GWAS e PLCO.
doi: 10.1371 /journal.pone.0026527.s004
(DOC)
Reconhecimentos
Os autores gostariam de agradecer aos muitos pacientes e controles que participaram de bom grado em neste estudo, e as numerosas instituições e seus funcionários que têm apoiado o recrutamento. Para os conjuntos de amostras australianos, os autores são muito gratos ao pessoal nos Serviços de Sangue da Cruz Vermelha Australiana para a sua assistência com a recolha de informação fator de risco e amostras de sangue de doadores saudáveis controles; Sociedade de Urologia da Austrália e Nova Zelândia e os membros do Cancer Council Queensland para ProScan informações do participante, incluindo Megan Ferguson e Andrea Kittila, e Dr. David Nicol para o recrutamento de pacientes no estudo Queensland retrospectiva. Obrigado aos membros do Programa QUT do cancro da próstata, especificamente Patricia Vanden Bergh, Soulmaz Rostami, Naomi Richardson e Robert Smith; Laboratório Cancer Epidemiology QIMR Molecular para a sua assistência no recrutamento e processamento biospecimen e Xiaoqing Chen e Jonathan Beesley para aconselhamento técnico. Para os conjuntos de amostras do Reino Unido, gostaríamos de agradecer O Reino Unido Prostate Cancer Study genética colaboradores ea Associação Britânica de Seção de Oncologia Urological Surgeons ‘por sua colaboração no estudo. Os autores também gostaria de reconhecer a enorme contribuição de todos os membros do grupo de pesquisa estudo proteger.