: PLOS ONE

Abstract

análise de caminho de estudos de associação do genoma (GWAS) oferecem uma oportunidade única para avaliar coletivamente variantes genéticas com efeitos que são muito pequenos para serem detectados individualmente. Nós aplicamos uma análise caminho para um cancro da bexiga GWAS contendo dados de 3.532 casos e 5.120 controles de fundo Europeia (n = 5 estudos). Mil e trezentos e noventa e nove vias foram retirados de cinco recursos disponíveis ao público (BioCarta, Kegg, NCI-PID, HumanCyc e Reactome), e nós construímos 22 vias candidatos adicionais anteriormente hipótese de ser relacionada ao câncer de bexiga. No total, 1421 caminhos, 5647 genes e ~90,000 SNPs foram incluídos em nosso estudo. modelo de regressão logística ajuste para a idade, o sexo, o estudo, a fonte de DNA, e tabagismo foi utilizado para avaliar o efeito de tendência marginal de SNPs no risco de cancro da bexiga. Dois métodos baseados na via complementar (Análise de Enriquecimento de set-gene [GSEA], e o produto truncado-rank adaptado [ARTP]) foram utilizados para avaliar o enriquecimento de sinais de associação dentro de cada via. Dezoito vias foram detectados por qualquer GSEA ou ARTP em

P

≤0.01. Para minimizar falsos positivos, foi utilizado o

I

2

estatística para identificar os SNPs que exibem efeitos heterogêneos em todos os cinco estudos. Após a remoção desses SNPs, sete vias ( ‘metabolismo amina aromática’ [

P

GSEA

= 0,0100,

P

ARTP

= 0,0020], ‘NAD biossíntese’ [

P

GSEA

= 0,0018,

P

ARTP

= 0,0086], ‘salvamento NAD’ [

P

ARTP

= 0,0068], ‘Clathrin derivado vesícula brotamento ‘[

P

ARTP

= 0,0018],’ Lisossomo vesícula biogênese ‘[

P

GSEA

= 0,0023,

P

ARTP

0,00012], “sinalização de neurotrofina retrógrada ‘[

P

GSEA

= 0,00840], e’ mitótico metaphase /anaphase transição ‘[

P

GSEA

= 0,0040]) manteve-se. Estas vias parecem pertencer a três processos celulares fundamentais (desintoxicação metabólica, mitose e vesículas mediado por clatrina). Identificação da via do metabolismo amina aromática fornece suporte para a capacidade desta abordagem para identificar vias relevante estabelecido para a carcinogénese da bexiga

Citation:. Menashe I, Figueroa JD, Garcia-Closas M, Chatterjee N, Malats N, Picornell A, et al. (2012) Large-Scale Caminho-Based Análise de Dados Associação bexiga Cancer Genome-Wide de cinco estudos de fundo Europeia. PLoS ONE 7 (1): e29396. doi: 10.1371 /journal.pone.0029396

editor: Zhongming Zhao, Vanderbilt University Medical Center, Estados Unidos da América

Recebido: 14 de setembro de 2011; Aceito: 28 de novembro de 2011; Publicado: 4 Janeiro, 2012