Sumário
A evidência crescente indica que Rab GTPases, reguladores-chave do transporte intracelular em células eucarióticas, desempenham um papel importante no cancro. Analisou-se a desregulamentação ao nível da transcrição dos genes que codificam proteínas Rab e proteínas de interagir Rab na patogénese do cancro de bexiga, distinguindo entre as duas principais vias de progressão até agora identificadas no cancro da bexiga: a via de Ta caracterizado por uma elevada frequência de
FGFR3
mutação eo carcinoma
in situ
caminho onde nenhum ou pouco frequentes
foram identificados FGFR3
mutações. Uma busca sistemática da literatura identificou 61 genes que codificam proteínas Rab e 223 genes que codificam proteínas que interagem com Rab. dados transcriptomic foram obtidos para amostras urotélio normal e por dois conjuntos de dados câncer de bexiga independentes correspondentes a 152 e 75 tumores. desregulação gênica foi analisada com o SAM (análise significativa de microarray) ou o teste binomial. No geral, 30 genes foram regulados negativamente, e 13 foram regulados positivamente nas amostras tumorais. Cinco destes genes desregulados (
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23
,
STXBP1
,
SYTL1
) foram especificamente desregulada em
FGFR3
tumores non-mutado músculo-invasivos. Nenhum gene que codifica uma Rab ou proteína-interagindo Rab foi encontrado para ser especificamente desregulada em
FGFR3
tumores -mutated. A análise de agrupamento mostrou que o
RAB27
agrupamento de genes (compreendendo os genes que codificam RAB27 e seus parceiros interagindo) foi desregulamentado e que esta desregulação foi associada com ambas as vias de patogênese do câncer de bexiga. Finalmente, descobrimos que a expressão de
KIF20A
e
ZWINT
foi associado com o de marcadores de proliferação e que a expressão de
MLPH
,
MYO5B
,
RAB11A
,
RAB11FIP1
,
RAB20
e
SYTL2
foi associado com o de marcadores de diferenciação de células uroteliais. Esta análise sistemática da desregulamentação gene efetor Rab e Rab no cancro da bexiga, levando subgrupos tumorais relevantes em consideração, fornece insights sobre os possíveis papéis de proteínas Rab e seus efetores na patogênese do câncer de bexiga. Esta abordagem é aplicável a outro grupo de genes e tipos de câncer
Citation:. Ho JR, Chapeaublanc E, Kirkwood L, Nicolle R, Benhamou S, Lebret T, et al. (2012) desregulamentação dos genes Rab e Rab efetoras no cancro da bexiga. PLoS ONE 7 (6): e39469. doi: 10.1371 /journal.pone.0039469
editor: Wanjin Hong, do Instituto de Biologia Molecular e Celular, Singapura
Recebido: 27 Janeiro, 2012; Aceito: 21 de maio de 2012; Publicação: 19 de junho de 2012
Direitos de autor: © 2012 Cidade de Ho et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados
Financiamento:. O trabalho foi apoiada por doações do Centre national de la recherche scientifique (CNRS) e do Institut Curie. A equipe de Oncologia Molecular é suportado por La Ligue Nationale Contre le Cancer ( “Equipe labellisée”). Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito
CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes
Introdução
tráfico intracelular é um processo essencial em células eucarióticas. Ele se baseia em transportadores vesiculares ou tubulares que transporte entre compartimentos celulares que facilitem o intercâmbio constante de proteínas e lipídios. Muitos estudos puseram em evidência a sua complexidade e levou à identificação de um grande número de proteínas envolvidas nas diferentes etapas do transporte intracelular, isto é, a formação de transportadores de transporte a partir de membranas de dadores, o seu movimento ao longo de trilhos do citoesqueleto e a sua amarração /fusão com membranas alvo. Pequenas GTPases da família Rab surgiram como principais reguladores destas diferentes etapas. Tal como acontece com outras GTPases, Rab proteínas ciclo entre um PIB inativo (guanosina difosfato) -bound forma e um GTP ativa (guanosina trifosfato) forma -bound. A forma ligada a GTP activa do Rab é Considerando que a hidrólise do GTP a GDP resultados na sua dissociação para o citosol ligada à membrana. Estes dois ciclos são controladas por uma rede complexa de regulação de proteínas que inclui factores de troca de nucleótidos de guanina (GEFs), activação de GTPase proteínas (BPA) e inibidores de dissociação nucleótido guanina (GDI). Na sua forma ativa GTPases Rab interagir com uma gama diversificada de proteínas efetoras, tais como motores moleculares, cinases de lipídios, fatores de amarrar e proteínas de andaimes (ver [1] para revisão).
Estudos recentes descobriram um papel para um número de proteínas Rab em cancros humanos. Vários estudos de expressão sugerem que eles pudessem desempenhar tanto um activador e de um papel inibidor na progressão tumoral.
RAB1A
é sobre-expresso em carcinoma de células escamosas de língua [2].
Rab3a
é expresso em insulinoma, mas não em células de ilhéus pancreáticos normais [3].
RAB11A
e
RAB20
expressão está aumentada durante a carcinogênese de pele [4] e em adenocarcinomas pancreática exócrina [5], respectivamente. Por outro lado,
RAB37
é regulada em tumores metastáticos de câncer de pulmão [6]. Ambos
RAB5A
e
RAB7 proporcionou
mostraram ser regulado para cima em adenomas da tiróide autónomas, tal aumento da regulação a ser correlacionado com um endocitose tireoglobulina e hormônio de produção acelerada [7].
Vários estudos funcionais têm confirmado o papel das proteínas Rab na progressão do cancro. RAB5A, sobre-expresso em carcinomas hepatocelulares, parece ser determinante para a progressão do cancro do fígado, tal como sugerido pela verificação de que uma forma dominante negativa de RAB5A atenua a migração e a sinalização celular mediada por EGF da linha celular de hepatoma humano [8]. Outros resultados mostraram que
RAB23
, amplificado e sobre-expressos em câncer gástrico tipo difuso, atua como um gene invasão mediador [9]. RAB25 desempenha um papel no desenvolvimento de ambos os cancros do ovário e da mama [10], [11]. No entanto, um papel oposto de
RAB25
também foi documentada, i.e. como um gene supressor de tumor de cancro do cólon [12]. Além disso, algumas proteínas envolvidas na regulação do ciclo Rab também têm sido implicados na carcinogénese. Por exemplo
RIN1
, que codifica para um GEF Rab5, mostrou-se um gene supressor de tumor da mama [13], enquanto que
TBC1D3B
, que codifica para uma GAP Rab5, mostrou ser um oncogene amplificada no cancro da próstata [14].
urinária câncer de bexiga é o quarto câncer mais comum em homens europeus e americanos. Nas mulheres, é o nono câncer mais comum nos EUA e 14
th cancro mais comum na Europa [15], [16]. De acordo com a fase, a primeira apresentação, cerca de 50% de carcinoma da bexiga são tumores Ta, que são geralmente de baixo grau (tumores Ta são tumores papilares que não invadem além da membrana basal), 20% são tumores T1 (tumores que invadem além a membrana basal, mas não a muscular própria subjacente) e 30% são tumores músculo-invasiva (T2-4). Carcinoma
em
in situ (CIS) que consiste em lesões de alto grau plana não invasoras além da membrana basal são raramente encontrados em isolamento. Em vez disso, Cis é predominantemente encontrado com outros tumores uroteliais. evidência clínica e molecular sugerem que tumores de bexiga surgem e progresso ao longo de duas vias principais: a via “Ta” e “carcinoma
in situ
” via. tumores Ta exibir uma elevada taxa de recorrência (60%, [17]), mas tem uma probabilidade baixa (5-10%) de progressão para tumores T1 e, em seguida, para tumores invasivos musculares-(T2-4). Por outro lado, muitas vezes progride Cis (em cerca de 50% dos casos), para tumores T1 e, em seguida, para tumores invasivos musculares-([18] para revisão). A via de Ta é caracterizado por uma elevada frequência de mutações de activação do gene da
FGFR3
(que codificam o receptor do factor de crescimento de fibroblastos tirosina quinase 3).
FGFR3
mutações estão presentes em 70-75% dos tumores Ta e ausente do Cis. A sua frequência relativamente baixa em T1 (20%) e T2-4 tumores (10-15%) é consistente com a elevada taxa de progressão Cis ea baixa taxa de progressão Ta [19] – [24].
o objetivo deste trabalho foi realizar um estudo sistemático para identificar proteínas Rab e proteínas de interagir Rab cuja expressão é desregulado durante os percursos TA e cis de patogênese tumor da bexiga ao nível transcriptomic.
resultados
Para este estudo, foi aplicada a estratégia apresentada na Figura 1 (fluxograma). Resumidamente: 1. uma lista exaustiva dos genes que codificam, 2. genes Rab e Rab-interagindo foi estabelecido a partir de bancos de dados públicos desregulados (para cima ou para baixo-regulado em comparação com urotélio normal) em cada uma das duas vias (o
FGFR3
via tumor -mutated e
FGFR3
via tumor non-mutado) foram identificados a partir de dois conjuntos de dados de transcriptoma, 3. genes desregulados, possivelmente por causa do estroma tumoral ou tumor – foram identificadas interações do estroma e, em seguida omitido da análise posterior (análise de dados transcriptoma em linhas celulares de tumores da bexiga em comparação com as células normais em cultura (NHU)), 4. para cada gene desregulada, uma associação específica, quer com o
FGFR3
grupo -mutated tumor ou a não grupo -mutated tumor foi investigada, bem como uma associação com uma diferenciação ou proliferação fenótipo. Além disso, investigamos para cada cluster Rab (consistindo de uma dada proteína Rab e seus parceiros interagindo) se poderia ser associada a patogênese do câncer de bexiga.
O primeiro passo é a identificação através de bases de dados públicas e conhecimento especializado de os genes de interesse para o estudo, aqui o Rabs e seus efectores. A segunda etapa consiste em seleccionar subgrupos de tumores e analisar a expressão dos diferentes genes seleccionados no primeiro passo nestes subgrupos em comparação com o urotélio normal. O subgrupo aqui foi feito tendo em conta o
FGFR3
estado de mutação, o estágio eo grau, separando os tumores em duas vias. Uma comparação da expressão observado nas linhas celulares de cancro da bexiga e em células uroteliais humanos normais em cultura permitiu descarte de genes para os quais a expressão poderiam ser possivelmente devido à presença de estroma (em comparação com células normais, a regulação positiva nos tumores da bexiga, mas não na bexiga linhas de células de tumor). Diferentes tipos de análise foram, então, realizada sobre os genes desregulados seleccionados: 1) uma comparação da expressão em
FGFR3
tumores -mutated e
FGFR3
tumores -non-mutada permitiu a identificação de genes especificamente desregulamentado em uma das duas vias de patogênese do câncer de bexiga; 2) pelo agrupamento de genes em conjunto de genes (aqui os clusters Rab), foram identificados grupos com expressão desregulada; 3) por meio da análise da correlação possível entre a expressão dos genes desregulados e a expressão de genes de proliferação ou marcador de diferenciação, foram identificados os genes desregulados associadas com a proliferação ou diferenciação.
Os resultados obtidos em cada etapa das análises encontram-se resumidos na Figura 2.
os resultados de cada passo de análise são mostrados no diagrama de fluxo apresentado na Figura 1.
definição da lista de genes a serem analisados
A primeira parte deste trabalho consistiu em estabelecer uma lista de genes que codificam para proteínas Rab e proteínas de interagir Rab, incluindo a activação GEF e inativação de proteínas GAP (Figura 3). 61 humanos
genes RAB
foram encontrados. A lista de proteínas interagindo Rab foi estabelecida por uma pesquisa bibliográfica para reunir documentos que informaram sobre a identificação e /ou a caracterização de proteínas que interagem diretamente com Rab GTPases, usando diferentes abordagens (ensaios de dois híbridos, GST-pull down, coimmunoprecipitation , etc). Esta lista composta por 217 proteínas: 23 GEFs, 20 GAPs e 174 proteínas efetoras. Nós adicionamos a esta lista dois genes que codificam as duas proteínas GDI (PIB dissociação Inhibitor) (
GDI1
e
2
), que são comuns a todas as GTPases Rab. Nós também incluiu quatro genes que codificam para proteínas envolvidas na modificação e membrana associação pós-tradução de todos os Rabs recém-sintetizados:
CHM
e
CHML
codifica para proteínas Rab escolta (REP) e os dois isoformas da transferase Rab geranilgeranil (
RABGGT a
e
B
). Isso fez com que um total de 284 Rabs e proteínas de interagir Rab (Figura 2).
ciclo de Rab GTPases entre uma forma ligada a GTP activa e uma forma ligada a GDP inactiva. activação Rab é mediada por um factor de troca de guanina (GEF). A hidrólise de GTP ligado é catalisada por uma proteína de GTPase de activação (GAP), resultando na inactivação da proteína Rab. Na sua forma activa, o Rab está associada a membranas e pode interagir com uma variedade de proteínas efectoras. Na sua forma inactiva a proteína é citosólica e está em complexo com uma proteína (GDI) inibidor PIB dissociação.
A lista de genes analisados neste estudo e a lista de papéis em que foram originalmente descrita são apresentados na Tabela 1 e Tabela S1. A Figura 4 ilustra o conjunto de proteínas mostradas para interagir com RAB27A /B (como exemplo) e Figura S1 ilustra todos os grupos analisados Rab; proteínas Rab estão em amarelo, GEFs em verde, as lacunas na proteínas efetoras vermelhas e de luz em azul.
Exemplo do cluster Rab27. O cluster Rab27 é composta dos dois
isoformas RAB27
(
RAB27A
e
RAB27B
), o GEF
MADD
, o GAP
TBC1D10A Comprar e 12 proteínas efetoras. As outras proteínas Rab e-interagindo Rab são mostrados na Figura S1 suplementar.
Modelo de patogénese do cancro de bexiga utilizado neste estudo
Dois principais vias de progressão têm sido até agora identificado no cancro da bexiga, a via Ta caracterizado por uma elevada frequência de
FGFR3
mutação eo carcinoma
in situ
(Cis) via onde nenhum ou pouco frequentes
FGFR3
mutações têm foram identificados. Neste estudo, portanto, consideramos duas vias: o
FGFR3
via tumor -mutated e
FGFR3
via tumor non-mutante (Figura 5). O
FGFR3
via tumor -mutated compreendeu a Tag1 e Tag2
FGFR3
tumores -mutated, o T1
FGFR3
tumores -mutated e músculo-invasivo
FGFR3
tumores -mutated (T2-4 tumores). Foram analisados dois conjuntos de tumores da bexiga (n = 152 no primeiro conjunto de dados e n = 75 no segundo conjunto de dados). O número de
FGFR3
-mutated TAG3 era demasiado pequeno para identificá-los como um grupo separado (2 tumores nos primeiros conjunto de dados e um tumor no segundo conjunto de dados), mas eles não podem ou ser incluído na tag1 /grupo tag2 devido às suas características clínicas e moleculares diferentes para que eles não foram considerados na análise. O
FGFR3
via tumor non-mutado compreendeu a tag3
FGFR3
tumores -Não-mutado, o T1
FGFR3
tumores -Não-mutado e músculo-invasivo
FGFR3
tumores -Não-mutado. dados transcriptomic de tumores da CEI não estavam disponíveis em nossa série. Nós usamos
FGFR3
tumores tag3 -Não-mutado em vez de Cis. Estes tumores compartilham diversas propriedades, com Cis como eles progridem para uma fase invasiva [25] com uma alta probabilidade (45%, [26]). Além disso, ambas as lesões são microscopicamente muito semelhante ao exame célula individual. Tag1 /tumores Tag2 não mutado para
FGFR3
(9 amostras no primeiro conjunto de dados, 2 amostras do segundo conjunto de dados) não foram considerados na análise, como eles não se encaixam na via Cis: na verdade esses tumores são de baixo grau e raramente progridem para T1 e depois para tumores músculo-invasivo [26].
Identificação de cima ou down-genes regulados
a fim de identificar os genes se – ou para baixo-regulado durante a progressão do cancro de bexiga, os dois caminhos do “modelo de FGFR3” foram analisados separadamente. Foram utilizados os três grupos, tag3, T1 e T2-4, previamente definidos para o
FGFR3
via non-mutação e os três grupos, TaG1G2, T1 e T2-4 para o
FGFR –
mutado via tumoral (Figura 5). Para cada grupo de tumor, a expressão do Rab e genes de proteínas interactuantes Rab listados na Tabela S1 foi comparada com a sua expressão no urotélio normal (obtido sem estroma) grupo utilizando o teste estatístico de SAM. Os resultados foram filtrados com os seguintes limites: Dobre Change (FC) 1,5 para aumento da regulação (e 0,667 (= 1 /1,5) para baixo-regulação) e qvalue 5%. Em primeiro lugar, analisou uma coleção de amostras contendo 4 urotélio normal e 141 amostras de tumor (ver Materiais e Métodos) usando os microarrays de DNA Affymetrix HG U133 Além disso 2.0. 269 284 dos genes listados na Tabela S1 estavam presentes nestas microarrays. Para o
FGFR3-
sem mutação via de tumor, 19 genes foram encontrados para ser regulada para baixo e 12 genes regulados positivamente (Tabela 2); para o
FGFR-
via tumor mutado, 21 genes foram encontrados para ser regulada para baixo e 4 genes regulados positivamente (Tabela 3) (resumo na Figura 2).
O “modelo de FGFR3 “de câncer de bexiga progressão distingue um
FGFR3
via tumor non-mutante e uma
FGFR3-
via de tumor mutante. Cis: Carcinoma
in situ
. Estágios foram definidos pela classificação e notas TNM 1997 pela classificação da Organização Mundial da Saúde de 1973 (ver Materiais e Métodos para referência).
Em seguida, analisamos um segundo conjunto de tumores verificar os resultados obtidos. Este conjunto, recolhidos independentemente do primeiro set, foi analisada com as Affymetrix HG U95A microarranjos de DNA /U95Av2 e continha 5 urotélio normal e 72 amostras de tumor (ver Materiais e Métodos). Apenas 165 dos 284 genes relacionados na Tabela S1 (58%) estavam presentes nestes microarrays. Entre os 31 genes encontrados para ser para cima ou para baixo-regulamentada no
FGFR3-
não mutado via de tumor (Tabela 2), 17 estavam presentes nos U95A /DNA microarrays Affymetrix HG U95Av2:
CASP1
,
CAV1
,
CD2AP
,
EEA1
,
ICA1
,
ITGA5
,
MICAL2
,
plgR
,
RAB11A
,
RAB14
,
RAB31
,
RAB4A
,
RABAC1
,
STXBP1
,
TBC1D30
,
TBC1D4
e
ZWINT
. Entre os 25 genes encontrados para ser para cima ou para baixo-regulamentada no
FGFR3-
via de tumor mutante (Tabela 3), 14 estavam presentes nos Affymetrix U95A microarranjos de DNA /U95Av2:
CAV1
,
EEA1
,
ICA1
,
ITGA5
,
plgR
,
RAB11FIP2
,
RAB14
,
RAB27A
,
RAB27B
,
RAB9A
,
RABGAP1L
,
sdc1
,
TBC1D30
e
UNC13B
. Para estes genes, 56% dos resultados obtidos com o primeiro conjunto de dados foram validados com o segundo conjunto de dados com pelo menos um limiar passou: FC 1,5 (ou 0,667) e /ou qvalue 5% (Tabela S2). Os outros resultados não foram significativos. É de notar, há resultado discordante entre os dois conjuntos de dados foi encontrado.
analisa expressão de genes regulada in vitro
Um tumor é composto por ambas as células tumorais e estromais. Como a análise do transcriptoma é realizada com esta mistura de células, a regulação positiva de um determinado gene pode, em seguida, ser devido à presença de estroma (genes regulados positivamente no estroma ou nas células tumorais devido às células de estroma – interacção das células tumorais) .
Para resolver esse problema, analisamos em urotelial humano normal células (NHU) cultivado em cultura sob regeneração e diferenciar condições [27], [28] e em 7 linhas celulares de cancro da bexiga estabelecidos (sem células do estroma) a expressão dos 13 genes encontrados para ser regulada para cima no
FGFR3-
vias tumorais não mutado e mutantes:
CAV1
,
ITGA5
,
KIF20A
,
LEPRE1
,
MICAL1
,
MICAL2
,
RAB23
,
RAB31
,
RABAC1
,
sdc1
,
STXBP1
,
TMEM22
e
ZWINT
(Tabela 2 e Tabela 3). Para a maioria dos genes, que encontramos, pelo menos, uma linha de células de cancro em que a expressão era pelo menos duas vezes maior do que em células normais em cultura uroteliais. Este não era o caso de
MICAL1
,
RABAC1
e
sdc1
(Figura 6). A sobre-expressão de
MICAL1
e células dendríticas
RABAC1
é provavelmente devido à presença de células de estroma no tumor como
MICAL1
é altamente expressa em diferentes tipos de células hematopoiéticas ( , mastócitos e células NK) e
RABAC1
em mastócitos (dados não mostrados). A sobre-expressão de
sdc1
poderia ser devido à interação estroma-epitelial.
MICAL1
,
RABAC1
e
sdc1
foram excluídos para análise posterior (ver o resumo na Figura 2).
A expressão do 13-regulada genes (Tabela 2 e 3) (
CAV1
,
ITGA5
,
KIF20A
,
LEPRE1
,
MICAL1
,
MICAL2
,
RAB23
,
RAB31
,
RABAC1
,
sdc1
,
STXBP1
,
TMEM22 Comprar e
ZWINT) foi medido através de array Affymetrix em linhas 7 da bexiga de células de câncer (KK47, MGHU3, RT112, RT4, scaber, SD48 e T24) e células normais urotelial humano (NHU) crescidas em cultura. O limiar para os genes devem ser considerados como sobre-reguladas em linhas celulares tumorais (2 vezes a expressão em células de medida NHU) é representada por uma linha preta.
genes especificamente para cima ou para baixo-regulado em cada percurso
Entre os genes que se encontram a ser desregulado durante a progressão do cancro da bexiga (Tabela 2 e Tabela 3), 13 eram comuns a ambas as vias, 10 regulada para baixo:
EEA1
,
ICA1
,
MLPH
,
MYO5B
,
MYO5C
,
plgR
,
RAB14
,
RPH3AL
,
SYTL2
,
TBC1D30 Comprar e 3-regulada:
CAV1
,
ITGA5
,
MICAL1
. A fim de procurar genes especificamente desregulados em cada via, procedeu em duas etapas. 1. Nós selecionamos os genes encontrados significativamente para cima ou jusante regulada apenas dentro do
FGFR3-
via tumor não mutado ou dentro do
FGFR3
via tumor -mutated. 9-regulada e 8 genes up-regulamentados foram selecionados para o
FGFR3
via tumor non-mutado e 11 genes regulados negativamente foram selecionados para o
FGFR3- via de tumor mutante
(Tabela S3, coluna da esquerda). 2. Foi utilizado o teste SAM estatística para comparar a expressão dos genes selecionados no grupo de tumor da mesma fase, mas de frente
FGFR3
estado de mutação (Tabela S3, coluna da direita).
SYTL1
foi significativamente regulada para baixo na T2-4 (
FGFR3
non-mutante) Grupo de tumor enquanto
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23
e
STXBP1
foram significativamente regulada para cima no mesmo grupo do tumor (Tabela 4 e Figura 7; ver o resumo na Figura 2). Nenhum gene foi encontrado para ser especificamente desregulada para o
FGFR3-
tumores mutantes.
A expressão de
SYTL1
,
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23
e
STXBP1
medido pela matriz Affymetrix em amostras normais (n = 4) e
FGFR3
amostras de tumores -mutated (TaG1G2, n = 28; T1 , n = 13; T2-4, n = 9), e
FGFR3-
amostras não mutado (TAG3, n = 3; T1, n = 25; e T2-4, n = 63). São representados do percentil 10 (abaixo de bar), o percentil 25 (fundo da caixa), a mediana (barra na caixa), a 75
percentil (top box) e a 90
percentil (barra superior) . Os pontos representam as amostras discrepantes.
SYTL1
é regulada para baixo em
FGFR3
tumores -Não-mutante, enquanto que
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23 Comprar e
STXBP1 Quais são up-regulada.
a análise por grupos de genes
na parte anterior deste estudo, foi utilizado o teste estatístico para SAM analisar separadamente a expressão de cada gene durante a progressão do câncer de bexiga. Para investigar se a um cluster Rab (que consiste de uma dada proteína Rab e seus parceiros interactuantes, ver Figura 4 e Figura S1) pode ser especificamente associada com a progressão do cancro da bexiga, foi utilizado o teste binomial estatística para determinar se a percentagem de genes desregulado dentro de um dado grupo Rab foi significativamente maior do que a percentagem obtida por análise de toda a Rab e Rab-interagindo genes de proteínas. Este teste foi aplicado para cada cluster Rab dentro de cada grupo de tumor e os resultados foram filtrados com o limiar pValue 1%. Curiosamente, o cluster Rab27 passou este limiar para os grupos de tumores T2-4 tanto do
FGFR3-
não mutado e as vias de tumores mutantes (Tabela 5 e Tabela S4; ver o resumo na Figura 2). Além de
RAB27A
e
RAB27B
, os genes regulados negativamente neste agrupamento compreendem
GCC2
,
MLPH
,
RPH3AL
,
SYTL1
e
SYTL2
.
genes associados à proliferação
a fim de avaliar uma possível associação dos genes desregulados enumerados no tabela 2 e tabela 3, com a proliferação celular, foi calculada uma correlação de Pearson entre a sua expressão e a do gene marcador de proliferação:
MKI67
[29]. Para esta análise, entre os 6 grupos constituídos para este estudo, que trabalhou com os dois grupos homogéneos de tumor com o maior número de amostras: a Ta G1 /G2 (
FGFR3
-mutated) Grupo de tumor (28 amostras) eo estágio T2-4 (
FGFR3
non-mutante) grupo de tumor (63 amostras). Nós notou pela primeira vez, como esperado, que a expressão de
MKI67
foi significativamente maior no T2-4 (
FGFR3
sem mutação) do que no grupo Ta G1 /G2 (
FGFR3
) grupo -mutated (cerca de 3 vezes; teste de Student, p = 8.8E-10). Nós escolhemos para filtrar os valores de correlação de Pearson com o limiar: