Abstract

Introdução

A amplificação do receptor do fator de crescimento de fibroblastos 1 (FGFR1) gene foi descrito em tumores de cancro do pulmão de não-pequenas células doentes (NSCLC). relatórios anteriores mostraram conflitantes taxas de frequência de amplificação e relevância clínica.

Foi desenvolvido um confiável em tempo real ensaio de PCR quantitativo para avaliar a freqüência de amplificação FGFR1 e avaliou o nível de corte ideal Materiais e Métodos

de amplificação para aplicação clínica.

resultados

Em uma coorte de treinamento de 203 CPNPC, estabelecemos que uma ampliação de 3,5 vezes divididos de forma otimizada pacientes em grupos com diferentes taxas de sobrevivência com um nível limiar claro. Aqueles com níveis de amplificação FGFR1 acima de 3,5 vezes tiveram uma sobrevida inferior. Estes dados foram confirmados numa coorte de validação de 142 NSCLC. Após o ajuste para idade, sexo, estado de desempenho, palco, e histologia, os pacientes com níveis de amplificação FGFR1 acima 3,5 vezes tinha uma razão de risco de 2,91 (95% CI 1,14, 7,41; pValue-0,025) para a morte na coorte de validação. As taxas de amplificação FGFR1 usando o nível de corte de 3,5 foram de 5,1% em células escamosas e 4,1% em adenocarcinomas. Houve uma tendência não significativa para as taxas de ampliações mais elevadas em fumantes pesados ​​( 15 maços-anos de consumo de cigarros)., Em comparação com os fumantes leves

Discussão

Nossos dados sugerem que um 3,5 amplificação fold de FGFR1 é de importância clínica em NSCLC. Nossa análise ponto de corte mostraram um efeito limite bem definido para o impacto da ampliação FGFR1 na sobrevida dos pacientes, o que pode ser usado como um guia inicial para a seleção dos pacientes em ensaios que avaliam a eficácia dos inibidores de FGFR novos

Citation:. Gadgeel SM, Chen W, Cote ML, Bollig-Fischer A, Terra S, Schwartz AG, et al. (2013) Fibroblasto Crescimento Receptor do Factor de 1 Amplificação em Non-Small Cell Lung Cancer por Quantitative PCR em Tempo Real. PLoS ONE 8 (11): e79820. doi: 10.1371 /journal.pone.0079820

editor: A R M Ruhul Amin, Winship Cancer Institute, da Universidade de Emory, Estados Unidos da América

Recebido: 30 de Junho, 2013; Aceito: 03 de outubro de 2013; Publicação: 08 de novembro de 2013

Direitos de autor: © 2013 Gadgeel et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Apoiado por Departamento de Defesa conceder W81XWH-11-1-0050. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito.

Conflito de interesses: Os autores declararam não existem interesses conflitantes

Introdução

Uma mudança de paradigma na gestão do cancro do pulmão de células não pequenas-(NSCLC) pacientes tem. sido a identificação de alterações genéticas ‘Driver’ terapeuticamente acionável [1]. O número dessas alterações genéticas é cada vez maior [2]. No entanto, a maioria das alterações foram identificados em adenocarcinomas do pulmão. Portanto, o impacto terapêutico deste paradigma tem sido mínima para pacientes com carcinoma de células escamosas do pulmão.

Recentemente, a amplificação do receptor do factor de crescimento de fibroblastos um gene (FGFR1) tem sido descrita como uma alteração oncogénica nas um subgrupo de carcinomas de células escamosas [3,4]. FGFR1 pertence à família de receptores de FGFR e está envolvido na inflamação, cicatrização de feridas e no desenvolvimento embrionário. Uma vez que a família de receptores de FGFR parece ter um papel importante em muitos tipos de cancro, vários inibidores de FGFR estão a ser desenvolvidos [5]. Um relatório único caso mostrou que o BGJ398 inibidor de FGFR se demonstrar resposta parcial em um paciente com carcinoma do pulmão de células escamosas cujo tumor foi amplificado para FGFR1 [6].

Um aspecto essencial para a segmentação terapêutica de alterações genéticas no pulmão o cancro é a identificação rápida, específica e precisa das alterações em amostras de doentes. Muitos investigadores têm utilizado hibridação in situ fluorescente (FISH) para detectar a amplificação de FGFR1 [7-11]. A definição de amplificação FGFR1 tem variado entre os vários relatórios. Além disso, a análise FISH é trabalhoso, tecnicamente complexo e leitor dependente. Estas características limitam a sua aplicabilidade clínica. Desenvolvemos um, em tempo real teste quantitativo PCR, que é mais fácil de executar e robusto na sua interpretação, para avaliar CPNPC para amplificação FGFR1 e avaliadas as características clínicas e relevância prognóstico desta alteração genética. Nosso objetivo final é ser capaz de identificar pacientes com NSCLC que podem derivar benefício clínico de inibidores FGFR1 utilizando este teste, baseado na PCR.

Pacientes e Métodos

A recolha de amostras e os resultados dados

Recolha de biospecimens e dados de resultados cumpriu com a Declaração de Helsinki e foi aprovado pela Escola de Medicina da Institutional Review Board Wayne State University. materiais de tumor utilizadas na pesquisa foram de pacientes que forneceram consentimento informado por escrito. espécimes de tumor fresco congelado foram coletados prospectivamente a partir pacientes submetidos a ressecção cirúrgica para câncer de pulmão diagnosticados ou suspeitos. Todos os pacientes que eram candidatos à ressecção cirúrgica do câncer de pulmão, tanto biópsia comprovada ou supostamente, foram consentido para a coleta de amostra. Somente os pacientes cujos tumores foram confirmados para ser NSCLC foram incluídos nesta análise. As amostras de doentes com um diagnóstico final de carcinoma de pequenas células (n = 16) ou um componente de pequenas células do NSCLC (N = 2), tumores carcinóides (N = 6), ou mesotelioma (N = 3) foram excluídos. As amostras foram mantidas congeladas a -80 ° C em aliquotas de cerca de 0,1 g. Espécime de aquisição procedimentos foram desenvolvidos para reduzir a ressecção de congelação intervalo de tempo de menos de 30 min. A qualidade dos analitos extraídos foi assegurado através da realização de análise de integridade. O período de aquisição global variou de 1985 a 2001. A formalina-fixo e espécimes embebidos em parafina foram revisados ​​para verificar o diagnóstico e para determinar o conteúdo de células tumorais. Os espécimes foram exclusivamente identificadas por números de laboratório que permitiram referência cruzada com os dados clínicos do registro do tumor e revisão de prontuários sem a divulgação da identidade do paciente. dados de resultados clínicos e demográficos coletados incluíram as datas de nascimento, diagnóstico (definido como a data da primeira verificação patológico de malignidade), a ressecção cirúrgica (o mesmo que a data de aquisição da amostra), e data da última follow-up ou a morte; sexo, raça, histologia do tumor, patológica e estágio do tumor clínica (versão 6), estado de desempenho, perda de peso (definido como 5% durante os 3 meses procedentes cirurgia), e tabagismo auto-referida (definido como nunca tempo de vida fumador para aqueles que tinham fumado 100 cigarros, ex-fumante para aqueles que tinham parar de fumar cigarro por mais de um ano, e fumante para todos os outros). Um dos pacientes incluídos nesta análise teve quimioterapia pré-operatória e radiação e um teve a radiação pré-operatória. Nenhum dos pacientes tinha terapia adjuvante. Um protocolo padronizado de avaliação de acompanhamento dos pacientes não foi especificado.

Os espécimes foram divididos em um treinamento e não-sobreposição coorte de validação. Os detalhes da coorte de validação tenham sido previamente relatada [12].

extração de DNA e análise de PCR quantitativa

Os espécimes (~ 100 mg) foram pulverizadas com almofariz e pilões separado, esterilizado, e congelado . O DNA foi extraído usando técnicas de extracção à base de fenol baseados em resina ou, e as amostras foram aliquotadas e armazenadas sob refrigeração. quantidade de DNA e qualidade foi avaliada usando o Quantifiler

® kit DNA quantificação humana (Life Technologies, Carlsbad, CA), uma abordagem para quantificar amplificável DNA presente em uma amostra usando um PCR em tempo real TaqMan

® ensaio que alvos uma sequência de 62 pares de base do gene da telomerase humana. Uma curva padrão de concentrações de ADN conhecidas também foi analisada para comparação e quantificação de cada amostra de ADN. O tempo real fluorescente TaqMan

® reacção descrita por Hied, et ai, depende de uma sonda de hibridação marcada com dois corantes distintos, um corante repórter (FAM) e um corante extintor não fluorescente [13]. Quando a sonda está intacta e não estendido, a emissão de fluorescência do corante repórter é absorvido pelo corante de extinção. Quando a sonda é especificamente hibridados com a sequência alvo de ADN correspondente, durante a fase de extensão do PCR, a sonda é clivada pela actividade nucleolítica do 5′-3 ‘da polimerase de ADN. Por clivagem da sonda, o corante de têmpera é libertado a partir do complexo que resulta em um aumento do corante repórter espectros de emissão fluorescente.

Copiar de análise de número para o gene FGFR1 humano foi realizada por PCR em tempo real utilizando dois independente TaqMan

® ensaios (Life Technologies, Carlsbad, CA) específicos para o exão 15 (número de catálogo Hs02702320; segmentação Chr.8: 38274932 em NCBI construir 37, sobrepondo as intron 14 – exão 15 limite na região do domínio quinase) e exão 19 (número de catálogo Hs00237051; segmentação Chr.8: 38271828 em NCBI construir 37, sobrepondo o intron 18 – exão 19 fronteira na região de domínio da quinase). A quantificação relativa de número de cópias do gene em amostras de cancro foi realizada pelo método (2

-ΔΔCT) Livak usando CEPH 1347-1302 ADN de controlo e RPLPO como o gene de referência (número de catálogo 4326314E), tanto a partir de Life Technologies [14]. O valor médio de 3 repetições foi calculada e utilizada como nível de amplificação do gene.

Número

quantificação de DNA e cópia TaqMan

® ensaios foram executados e os dados de espectros de emissão obtidos utilizando um Applied Biosystems

® 7900 Real- Time System PCR (Life Technologies).

A análise estatística

O limiar de amplificação FGFR1 ideal para a separação de pacientes com sobrevida global de longo e curto (OS) foi determinada pela primeira vez em uma coorte de treinamento e depois confirmado em uma coorte de validação independente e externa. O endpoint primário foi OS, definida como intervalo de tempo a partir da data do diagnóstico de morte por qualquer causa. Os pacientes que estavam vivos ou perdidos para follow-up foram censurados na última data de visto vivo. características descritivas dos pacientes no início do estudo foram relatados para as coortes de treinamento e validação. Devido ao problema de montagem sobre a identificação do valor de corte resultado marcador relacionado, foi usada uma validação cruzada de dez vezes na coorte de formação. Resumidamente, a coorte de formação foi repartida aleatoriamente em 10 porções. Cada vez, uma porção foi anulado e os restantes nove porções foram usadas para identificar o melhor ponto de corte, definido como aquele que atingiu o teste de log-rank mais significativo sobre a associação entre o sistema operacional e o trabalho de grupo (amplificado ou não amplificado) Entre todos os cortes possíveis. O melhor ponto de corte identificada foi então usada para obter um trabalho de grupo para cada um dos pacientes na porção de retirada de terras, o que não foi utilizado para determinar o ponto de corte. Este processo foi repetido para cada uma das 10 porções, até que todos os pacientes na coorte de formação tinha uma atribuição de grupo. Um teste de log-rank foi então realizada em toda a coorte de treinamento. Nós repetimos este processo 1000 vezes para obter uma distribuição de melhores cortes. O ponto de corte com a frequência mais elevada foi a de corte final, que foi testado na coorte de validação.

O teste de log-rank foi usado para confirmar o corte na coorte de validação. Um modelo de Cox multivariada foi utilizada para avaliar o papel prognóstico independente da amplificação FGFR1 ajustado para idade, sexo, estado de desempenho (PS), palco, e subtipo histológico. O PS estava faltando 10% nos dados de validação, o que reduziria o tamanho da amostra e poder se apenas observações preenchidos foram analisados. Como acreditamos que o PS está completamente ausente de forma aleatória neste conjunto clínica, que modificou o método de imputação múltipla proposto originalmente por Rubin e implementado no modelo de Cox para os dados de validação (15,16). Portanto, nós só imputadas os valores em falta duas vezes (M = 2). Um com todo o PS faltando imputada com 0, e outro com todo o PS faltando imputada com 0, a única outra opção para o PS dicotomizada. Esta abordagem imputação múltipla modelo livre se encaixa nossas necessidades para estimar o efeito da nossa variável de interesse, o amplificado ou não amplificado FGFR1, sob a circunstância extrema de co-variáveis. O erro padrão estimado é dado pela fórmula de Rubin [15,16]. Todos

p

-Valores eram 2-sided com um nível de significância de 0,05. Todos os cálculos foram realizados com R Versão 2.14.0 [17]

Resultados

As características clínicas de treinamento e validação coortes

DNA em quantidade e qualidade suficiente foi obtida a partir de 347 tumor espécimes de pacientes com NSCLC. Dados SO estavam disponíveis em 345 pacientes, cuja linha de base características estão listadas na Tabela 1. A idade média foi de 66 anos, 66% eram do sexo masculino, e o consumo de cigarros média foi de 50 anos-maço (PY). A maioria (66%) dos pacientes tinham doença fase I, e os adenocarcinomas (49%) e carcinoma de células escamosas (39%) foram os principais categorias histológicas. As características basais dos grupos de formação e validação foram semelhantes, embora a coorte de validação tinha mais os não-brancos (p 0,001), pior PS (p 0,001) e ligeiramente maior maços-anos médios de fumar (p = 0,033) em comparação com . coorte de formação | variável

formação Cohort

Validação Cohort

Valor P

*

(n = 203) (n = 142) Idade mediana (intervalo) 66,2 (35,0-83,8 ) 65,2 (25,8-81,9) 0.144Sex Masculino 133 (66%) 93 (65%) 1,000 Female70 (34%) 49 (35%) Corrida White197 (97%) 125 (88%) 0,001 Africano American3 (1% ) 15 (11%) Outro3 (1%) 2 (1%) Histologia Adenocarcinoma98 (48%) 71 (50%) 0,108 Squamous79 (39%) 57 (40%) Grande cell15 (7%) 13 (9%) Other11 (5%) 1 (1%) Fase IA56 (28%) 42 (30%) 0,857 IB83 (41%) 48 (34%) IIA7 (3%) 6 (4%) IIB32 (16%) 27 (19% ) IIIA16 (8%) 12 (8%) IIIB2 (1%) 3 (2%) IV6 (3%) de 4 (3%) performance status 0147 (72%) 29 (20%) 0,001 144 (22% ) 79 (56%) 21 ( 1%) 20 (14%) em falta Data11 (5%) 14 (10%) Perda de peso Absent162 (80%) 117 (82%) 0,049 Present28 (14%) 9 (6 %) Missing dados13 (6%) 16 (11%) Fumar History0.247

** Nunca smoker10 (5%) 11 (8%) fumador Light ( 15 PY) 13 (6%) 3 (2% ) fumante pesado ( 15. PY) 163 (80%) 106 (75%) Missing dados16 (8%) 22 (15%) Tabela 1. características dos pacientes

* teste exato de Fisher para variáveis ​​categóricas e soma classificação de Wilcoxon teste para variáveis ​​contínuas idade e anos-maço. ** teste exato de Fisher entre nunca e nunca fumantes. CSV Baixar CSV

concordância A concordância entre as variações no número de cópias (CNV) do exão 15 e exon 19 do gene FGFR1

Em primeiro lugar, avaliada entre o exão 15 e exon 19 CNV para o gene FGFR1, usando o nosso recém-desenvolvido ensaio de PCR em tempo real na coorte de formação de 203 doentes com NSCLC. Exon 15 CNVs variou ,58-14,32, exão 19 CNVs variou ,44-12,89, e eles foram altamente correlacionados (Spearman r = 0,918, p 0,001) (Figura 1)

Optimal. ponto de corte na determinação da formação coorte

, em seguida, determinou-se a nível do exão 15 CNV que produziu a separação óptima dos pacientes na coorte de formação em grupos com curto e longo SO. Utilizando um limite de CNV de 3,50 resultou no melhor separação, com 191 pacientes com níveis de menos de 3,50 e 12 (5,9%) dos pacientes maior do que 3,50. Os pacientes com um elevado CNV tinham significativamente maior probabilidade de morte em comparação com aqueles com CNVs abaixo do limiar (HR IC = 2,19, 95%: 1,02, 4,75;

P

= 0,045; Figura 2). O ajuste para a idade co-variáveis, sexo, estado de desempenho, palco, e histologia rendeu o mesmo ponto de corte de 3,50 (Figura 2).

Resultados da validação coorte

Para confirmar o impacto oS do limiar de 3,50 CNV, foi analisada a coorte de validação de 142 pacientes (exão 15 gama CNV 0,69-46,54). Cinco pacientes (3,5%) apresentaram níveis elevados, e 137 tinham níveis baixos. Foi realizada uma análise de regressão de Cox multivariada ajustada para os mesmos co-variáveis ​​e foram capazes de confirmar que os pacientes com altos CNVs e uma razão de risco para morte de CI 2,91 (95%: 1,14, 7,41;

p

= 0,025; Tabela 2). estimativas de sobrevivência de Kaplan-Meier demonstrou mais OS para pacientes com baixa CNVs em comparação com aqueles com alta CNVs. (

p

= 0,0398; Figura 3)

Variável

Hazard Ratio (IC 95%)

p

-Value

FGFR1 CNV valor 3,50 (n = 137) Reference0.025 3,50 (n = 5) 2,91 (1,14-7,41) Fase I (n = 90) Reference0. 005 I (n = 52) 1,90 (1,22-2,96) Idade (como variável contínua) 1,01 (0,99-1,03) 0.35Sex masculino (n = 93) Reference0.11 Mulher (n = 49) 0,68 (0,42-1,09) Performance status 0 (N = 29) Reference0.15 0 (N = 113) 1,57 (0,86-2,88) Histologia Adenocarcinoma (n = 71) escamosas de referência (n = 57) 1,08 (0,69-1,68) 0,75 célula grande (n = 13) 1,16 (0,51 -. 2,62) 0,73 Outros (n = 1) modelo NANATable 2. multivariada Cox na coorte de validação (N = 142)

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Frequência e características dos pacientes com amplificação FGFR1

em seguida, combinaram os grupos de formação e validação e analisados ​​a taxa de pacientes com amplificação FGFR1 (definida como uma CNV 3,50) por características basais (Tabela 3). A taxa global de amplificações FGFR1 foi de 4,9% (17/345). amplificação FGFR1 foi mais frequente em homens (7%) em comparação com as mulheres (2%),

p

= 0,064. Não houve diferença significativa na taxa de amplificação entre FGFR1 adenocarcinomas (4,1%) e carcinoma de células escamosas (5,1%). Nós não encontrou uma diferença estatisticamente significativa para a amplificação FGFR1 entre tumores de pacientes com ‘light’ ( 15 PY) e “pesado” (≥ 15 PY) histórias para fumantes (3% versus 6%), embora tenha havido uma tendência para uma taxa mais elevada entre os fumantes “pesados”. O número de pacientes que estavam de tempo de vida que nunca fumaram em comparação com nunca fumantes com e sem amplificação FGFR1 era demasiado baixo para uma comparação estatisticamente significativa

Variável

FGFR1 CNV . 3,50

FGFR1 CNV 3,50

p

-Value

* Sexo seguro Male15 (7%) 211 (93%) 0.06 Female2 (2%) 117 (98%) Corrida White17 (5%) 305 (95% ) 1 American0 Africano (0%) 18 (100%) Other0 (0%) 5 (100%) fumadores História 15 PY1 (3%) 36 (97%) 0,74 15 PY15 (6%) 255 (94 %) dados1 ausente (3%) 37 (97%) Histologia Adenocarcinoma7 (4%) 162 (96%) 0,04 Squamous7 (5%) 129 (95%) Grande cell0 (0%) 28 (100%) Outro3 (25% ) 9 (75%) Fase I 9 (4%) 220 (96%) 0,29 I8 (7%) 108 (93%) performance status 09 (5%) 167 (95%) 0,59 06 (4% ) 138 (96%) Missing Data2 (8%) 23 (92%) Tabela 3. Distribuição da amplificação FGFR1 em todos os pacientes (N = 345).

* exato de Fisher teste CSV Baixar CSV

Discussão

a capacidade de identificar e atingir alterações oncogênicos no CPNPC tem sido um grande avanço no tratamento dos pacientes. Um aspecto importante de traduzir estas alterações moleculares em prática clínica é o desenvolvimento de ensaios que podem identificar rapidamente e de forma fiável aberrações específicos em amostras clínicas. Nossos resultados sugerem que o real-time PCR quantitativa desenvolvido pode identificar tumores com amplificação FGFR1 clinicamente significativo

.

sinalização FGFR é ativada em vários tipos de câncer, incluindo células orais escamosas, ovário, bexiga e câncer de mama [5,18 -22]. Weiss et ai. estavam entre os primeiros a relatar que o segmento cromossômico 8p12, que inclui o gene FGFR1, é amplificado em 9,7% dos carcinomas de células escamosas do pulmão [3]. Além disso, os autores relataram que pacientes com amplificação de FGFR1 tumoral tendiam a ter sobrevivência inferior, de forma não significativa. A análise incluiu 77 adenocarcinomas, e encontraram amplificação FGFR1 apenas em 1% dos pacientes. Eles também analisaram um conjunto independente de 153 carcinomas de células escamosas, utilizando uma sonda FISH específicos de 8p12 e detectou amplificação FGFR1 (definido como 9 cópias em uma fração não especificado de células) em 22% dos pacientes. Dutt et ai. avaliaram os 8p11-12 segmentos em mais de 600 cancros do pulmão que utilizam tecnologia de matriz SNP e achei amplificado (definida como 3,25 cópia número variação) em 6% dos CPNPC, 21% (12/57) em células escamosas e de 3,4% (20/588 ) em adenocarcinomas [4]. Além disso, eles mostraram que a proliferação de linhas celulares de NSCLC com amplificação pareceu ser dependente da activação de FGFR1 via.

Vários outros investigadores analisaram amostras clínicas de CPNPC para a presença de amplificação de FGFR1 por FISH [7-11]. Há uma variabilidade considerável na definição de um resultado positivo nestes relatórios. No entanto, todos apresentaram uma taxa significativamente mais elevada nos carcinomas de células escamosas em comparação com os adenocarcinomas. Alguns relatórios encontraram taxas mais elevadas nos homens em relação às mulheres, e alguns relatos encontrados prognóstico amplificação FGFR1 de sobrevivência inferior [8,9]. Os dados sobre o impacto prognóstico da amplificação FGFR1 varia entre os diferentes estudos; com alguns estudos que mostram uma pior sobrevida [3,7] e outros não mostrando nenhuma diferença nos resultados [8].

A variabilidade das taxas de amplificação FGFR1, conforme determinado por FISH está relacionada a diferenças na definição de um resultado positivo e na interpretação dos resultados. Por exemplo, numa análise de 420 cancros do pulmão, um grupo de investigadores do Alemanha definida como um tumor altamente amplificado, se a relação de FGFR1 /centrómero foi ≥ 2,0, o número médio de sinais FGFR1 por núcleo de células de tumor foi ≥6, ou se grandes clusters (≥ 15 sinais FGFR1) foram encontrados em ≥ 10% dos núcleos contados. Com estes critérios, eles relataram uma taxa de amplificação FGFR1 de 16% [11].

análise FISH é trabalhoso, tecnicamente complexo e leitor dependente. Todos são características que limitam a sua aplicabilidade clínica. Por conseguinte, concebido um ensaio que avalia a amplificação do gene FGFR1 por PCR em tempo real quantitativo, o que é tecnicamente menos complexo, automatizado, quantitativa, e independente da interpretação do leitor. A nossa investigação revelou que uma amplificação de 3,5 vezes do gene FGFR1 foi prognóstico de sobrevivência inferior. Além disso, a nossa análise de ponto de corte óptima sugere que existe um limiar claro (Fig. 2) para a interacção entre a amplificação do gene e da sobrevivência; isto é, a razão de risco permanece aproximadamente 1,0 para os níveis de amplificação abaixo de 3,0 vezes e permanece em cerca de 2,5 vezes para níveis superiores a 3,5 vezes. Usando este ponto de corte, a taxa de tumores FGFR1 amplificados foi de 5,1% em carcinomas de células escamosas. Esta taxa é mais baixa do que os relatados em outros manuscritos por causa de um nível ponto de corte superior. Por exemplo, se tivéssemos definir o ponto de corte para a amplificação de 2,0 vezes, 19% (26/136) dos carcinomas de células escamosas teria sido positivo. Embora esta taxa de amplificação é mais consistente com relatórios anteriores, nós não optar por usar este nível porque não tem utilidade clínica de prognóstico. Curiosamente, a rede Cancer Genome Atlas Research (TCGA) relatou recentemente uma análise abrangente de alterações genômicas e epigenômicos em 178 carcinomas de células escamosas do pulmão e descobriram que a taxa de amplificação FGFR1 foi de 7% [23]. Assim, nossos resultados são semelhantes aos achados TCGA.

Nós não encontrou uma diferença significativa na taxa de amplificação FGFR1 entre células escamosas e adenocarcinomas conforme relatado anteriormente [3,4]. Isso pode ser explicado pelo viés de seleção, as diferenças nas tecnologias e definições ponto de corte, variabilidade na interpretação histológica, ou o impacto da história de tabagismo. Alguns relatos sugeriram que a taxa de amplificação de FGFR1 é mais elevada em fumadores, e amplificações não podem ser observados em pessoas que nunca fumaram [7]. Observou-se uma tendência para uma maior taxa de amplificação FGFR1 em fumantes “pesados” em comparação aos fumantes “light”. É possível que a taxa de amplificação FGFR1 está relacionada com a história de fumar, o fumo especificamente prolongada, o que pode contribuir para a associação percebida com carcinoma de células escamosas, uma vez que é este subtipo que é o mais estreitamente relacionado com o consumo de cigarros. Nossa taxa de amplificação FGFR1 4,1% em adenocarcinomas é semelhante à taxa de amplificação detectados em outras publicações [3,11].

Interesse

A identificação de FGFR como um potencial “driver” de cancros tem estimulado o desenvolvimento inibidores da via da. Os estudos em andamento estão avaliando o papel dos inibidores de FGFR em tumores com a ativação FGFR1, incluindo carcinoma de células escamosas do pulmão. Recentemente, Wolf et al. relataram uma resposta confirmou a BGJ398, um inibidor de FGFR, em um paciente de carcinoma de células escamosas cujo tumor tivesse uma proporção de FGFR1 /CEP8 de 2,6 por FISH [6]. Se o nosso ensaio de PCR quantitativo pode ser usado para prever as respostas para FGFR inibidores continua a ser determinado, assim como o ponto de corte para prever a resposta óptima. No entanto, nossos dados sugerem que a ampliação de 3,5 vezes é um ponto de partida preliminar razoável.

Em conclusão, temos desenvolvido um ensaio em tempo real-PCR quantitativa para a determinação rápida e confiável de amplificação FGFR1 em amostras tumorais. Nossos dados sugerem que a ampliação de 3,5 vezes é de importância clínica em NSCLC já que os pacientes com níveis mais elevados têm menor sobrevida do que aqueles com níveis mais baixos. A frequência de amplificações acima deste nível é de 5,1%, em carcinomas de células escamosas e de 4,1% em adenocarcinomas. Nossa análise ponto de corte sugere que há um efeito de limite bem definido para o impacto da ampliação FGFR1 na sobrevida dos pacientes.

Reconhecimentos

Os autores gostariam de agradecer aos pacientes que consentiram em fornecer material tumor que foi utilizada neste estudo.