Sumário

A compreensão da base molecular do câncer requer caracterização de seus defeitos genéticos. tecnologias de microarranjos de DNA pode fornecer dados brutos detalhadas sobre as aberrações cromossômicas em amostras de tumor. análise computacional é necessário (1) para deduzir os eventos de amplificação ou exclusão real de dados de matriz cru para fragmentos cromossômicos e (2) para distinguir alterações cromossômicas causais a partir de outras funcionalmente neutros. Nós apresentamos uma abordagem computacional abrangente, RAE, concebido para mapear de forma robusta alterações cromossômicas em amostras de tumor e avaliar a sua importância funcional no cancro. Para demonstrar a metodologia, experimentalmente perfil de número de cópia mudanças em um subtipo clinicamente agressivo de sarcoma de tecido mole, lipossarcoma pleomórfico, e computacionalmente derivar um retrato de alterações oncogênicos candidatos e seus genes-alvo. Muitos genes são afectadas conhecido por estar envolvido em sarcomagenesis; outros são novos, incluindo mediadores de diferenciação de adipócitos, e podem incluir alvos terapêuticos valiosos. Tomados em conjunto, apresentamos uma metodologia estatisticamente robusta aplicável a dados genômicos de alta resolução para avaliar a extensão e função de alterações no número de cópias no cancro

Citation:. Taylor BS, Barretina J, Socci ND, Decarolis P, Ladanyi H, H Meyerson et ai. (2008) Funcional número de cópias Alterações no câncer. PLoS ONE 3 (9): e3179. doi: 10.1371 /journal.pone.0003179

editor: Greg Gibson, The University of Queensland, Austrália