Abstract

A gama Taihang Montanha da centro-norte da China, a área região Sul da província de Fujian, ea planície Chaoshan da província de Guangdong 3 grandes regiões da China bem conhecidos por sua alta incidência de câncer de esôfago (CE). Essas áreas também apresentam alta incidência de câncer de cárdia (GCC). Os antepassados ​​do Chaoshanese, agora os principais habitantes da planície Chaoshan, eram da região centro-norte da China. Trabalhamos com a hipótese de que os pacientes CE e do CCG em áreas Chaoshan dividem um ancestral comum com os pacientes Taihang Mountain. Analisamos específicas do Asian 16 East do cromossomo Y marcadores bialélicos (polimorfismos de nucleotídeo único; Y-SNPs) e 6 cromossomo Y de repetição curto tandem (Y-STR) loci em 72 CE e 48 pacientes do CCG de Chaoshan e 49. ° CE e 63 GCC pacientes da faixa de Taihang mountain. Também comparamos dados para 32 pessoas Chaoshan Hakka e 24 membros da minoria Ela aborígenes que vivem perto da área de Chaoshan. A análise foi por distribuição de frequência e de componentes principais, correlação e análise de agrupamento hierárquico de Y-SNP. pacientes Chaoshan estavam intimamente relacionados aos pacientes Taihang Mountain, mesmo que eles estão geograficamente distantes. análise Y-STR revelou que os 4 grupos de pacientes foram mais estreitamente relacionados uns com os outros do que com outros grupos. análise de rede do haplogrupo O3a3c1-M117 mostrou um alto grau de subestrutura específica do paciente. Sugerimos que os pacientes CE e CCG destes 2 áreas partilham um fundo genético patrilineal semelhante, que pode desempenhar um papel importante no factor genético do CCG CE e nestas populações

citação:. Liu S, Huang B, Huang H, Li X, Chen L, Zhang L, et ai. (2013) Background Patrilinear de cancro esofágico e gástrico Cardia pacientes com câncer em uma área de alto risco Chaoshan na China. PLoS ONE 8 (12): e81670. doi: 10.1371 /journal.pone.0081670

editor: Suminori Akiba, Kagoshima University Graduate School of Medical and Dental Sciences, Japão

Recebido: 09 de junho de 2013; Aceito: 17 de outubro de 2013; Publicação: 10 de dezembro de 2013

Direitos de autor: © 2013 Liu et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Este estudo foi patrocinado pela NSFC-Guangdong projeto fundo conjunto de chaves (U1132004), NSFC (31171226, 81101548), Guangdong International Plataforma Cooperativa Technical Innovation (Certificados gihz1106), e na província de Guangdong NSF (S2011020002393). Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o câncer de esôfago (CE) é um dos cancros fatais mais comuns em todo o mundo. A China tem geográficas “hot spots” de alta incidência CE. A região conhecida com alto risco de CE na China é a área de Taihang Montanha entre as províncias de Henan, Hebei e Shanxi, no norte-centro da China, o famoso “cinturão CE asiática” que vão desde as montanhas do Cáucaso, no norte do Irã, todo o caminho para o norte da China [1]. Assim, a incidência de cancro da cárdia (GCC) é elevado na correia. Por exemplo, o mundo padronizado incidência de CE e GCC no Linxian, província de Henan, foi 81,96 /100.000 pessoas e 31,04 /100.000, respectivamente, entre 1983 e 2002 [2], [3]. A área Chaoshan no sul da China é outra área de alto risco CE. As taxas de incidência padronizadas por idade na ilha de Nanao para CE e GCC foram 74,47 /100.000 e 34,81 /100.000, respectivamente, entre 1995 e 2004 [4].

As características geográficas do sul litoral Chaoshan e centro-norte área de montanha Taihang são distintas, mas a incidência de CE e GCC é alta dentro destas 2 regiões [5]. Nós e outros relataram agregação familiar da CE e GCC e aumento da CE e GCC risco nos membros da família nesta população de alto risco [6] – [9]. Na área de alto risco da Chaoshan, a incidência de CE e GCC não é mesmo entre grupos populacionais, apesar de serem expostos ao ambiente semelhante

Os 3 principais populações na área Chaoshan incluem 2 populações Han -. Chaoshanese com dialetos Chaoshan e Hakka com dialetos Hakka – e uma população Ela aborígine local. Desde a dinastia Qing (216~207 BC), os Henan e Shanxi Han povo do norte-central da China migraram para a área de Chaoshan na província de Guangdong via província de Fujian por causa da guerra e da fome. Eles tornou-se gradualmente os habitantes predominantes da área de Chaoshan e são chamados Chaoshanese [10], de modo que o dialeto Chaoshan é semelhante ao chinês antigos. Hakka Chinese originado a partir do norte Han chinês da bacia do rio Amarelo e do rio Luohe da Planície Central. A partir da Dinastia Jin (266~316 AD) à Dinastia Tong (960~1297 AD), eles foram forçados a se deslocar para áreas do sul também por causa de guerras. Quando os Hakkas chegou na área de Chaoshan, o Chaoshanese já se tinha estabelecido na rica área plana, de modo que os Hakkas teve de se contentar na área de montanha, onde viviam com os aborígenes locais, a população Ela (Fig 1).

as setas mostram as migrações norte-sul de habitantes Han do centro-norte da China de acordo com registros históricos. 218BC, AD311 e AD669 são os três grandes períodos de tempo de migrações norte-sul

O Hakka e populações Chaoshanese mostrar as características das suas culturas originais [10] -. [13], que tem muitos semelhanças com a do norte chineses Han, incluindo algumas características do dialeto, estilo de vida, costumes e hábitos [10]. A população Chaoshan Ela é a única população indígena e minoria. Ela pessoas trabalham principalmente na agricultura, silvicultura e pecuária; seus costumes de língua e de vida diferente daquela da população Han [14]. Embora todos os 3 populações estão expostas a um ambiente geográfico semelhante, apenas os Chaoshanese têm uma alta incidência de CE e GCC.

Nossa pesquisa anterior do cromossomo Y e haplogrupos do DNA mitocondrial concluíram que as populações de alto risco da CE em Taihang montanha, Fujian Minnan e Guangdong Chaoshan compartilhar um fundo semelhante patrilinear e matrilinear genética [15], [16]. No presente estudo, nós exploramos ainda mais a estrutura genética patrilinear dos pacientes CE e do CCG em áreas de alto risco Chaoshan e compararam com populações de alto risco combinados e correspondentes populações de baixo risco. Nosso objetivo foi verificar se pacientes com câncer Chaoshan têm um ancestral comum com os pacientes Taihang montanha e se eles compartilham os mesmos únicas haplótipos do cromossomo Y. Também comparamos estes dados para cromossomo Y polimorfismos de nucleotídeo único (Y-SNPs) e do cromossomo Y de repetição curto tandem (Y-STRs) com a de outras populações chinesas de bases de dados públicas para explorar a afinidade genética relativa das populações estudadas. Nós primeiramente analisados ​​parcela não recombinação do cromossomo Y (NRY) nestes 6 populações com 16 marcadores bialélicos específicos do Leste Asiático [17], [18] (SNPs), que foram caracterizadas por uma baixa taxa de mutação e baixas probabilidades de volta e mutação paralela e adequado para rastreamento eventos demográficos no início da história humana. Em seguida, investigou-se a distância genética entre os pacientes CE e do CCG com Y-STR loci com relativamente alta taxa de mutação e apropriado para analisar a relação entre os grupos próximos e sua microevolução [15], [16]. Ambos os Y-SNP e Y-STR resultados da análise apoiar que os pacientes Chaoshan têm uma estreita relação genética com os pacientes Taihang Montanha e os pacientes têm relação mais estreita com os outros do que com a população de alto risco.

Resultados

Distribuição de NRY Haplogroups nos 6 populações estudadas na China

Y-SNP genotipagem revelou os haplogroup frequências da Chaoshan CE ou pacientes do CCG, Taihang Montanha CE ou pacientes do CCG e populações Chaoshan Hakka e ela. A maior haplogrupo de pacientes Chaoshan foi O3a3c1-M117, que é o haplogrupo característica do norte leste-asiáticos (Tabela 1). Ele também foi alta para pacientes Taihang montanha, mas foi significativamente menor para Chaoshan Hakka e ela populações que pacientes Chaoshan (p 0,05). Ambos Chaoshan Hakka e populações ela mostrou um alto frequceny de O1a *, o haplogrupo característica do sudeste asiáticos. Ele foi significativamente maior para Chaoshan Hakka do que os pacientes Chaoshan (p 0,05). A população Ela mostrou uma alta frequência única de O3a3b * em comparação com outras populações estudadas, com exceção dos pacientes Chaoshan do CCG, com frequência muito baixa de 2,08%.

Análise de Componentes Principais Revelado estreita afinidade entre os 4 Grupos de pacientes

análise de componentes principais (PCA) envolve um procedimento matemático que transforma um número de variáveis ​​correlacionadas em um número (menor) de variáveis ​​não correlacionadas chamados componentes principais. As primeiras principais contas de componentes para o máximo de variabilidade dos dados quanto possível, e cada sucessivas contas de componentes para o máximo de variabilidade restante possível. Na trama principal-componente, o menor a distância de duas populações, quanto mais próximo a relação genética é entre os dois. A Figura 2 mostra os resultados da análise de componente principal, com 3 componentes (PC1, 2, 3), para frequências Y-SNP com base nos resultados de genotipagem de populações estudadas as 6 e dados adicionais para o outro Han chinês. Para efeito de comparação, as frequências de haplótipos de 4 populações de alto risco de Chaoshan (CSHR), Fujian (FJHR) e áreas Taihang Mountain (THHR) foram incluídos [15]. Os 3 componentes responsáveis ​​por 86,2% da variação total na Y-SNP. Os 4 grupos de doentes e 3 populações de alto risco agrupados. As populações Chaoshan Ela e Hakka formado outro cluster. O resto do Norte e do Sul Han Han formou outro grupo. Os pacientes e de alto risco população Chaoshan foram isolados do Chaoshan Hakka e populações Ela e Guangzhou Han.

Quanto menor a distância entre as populações, quanto mais próximo o relacionamento. Dividimos 26 populações em 3 grupos: 1) Cluster1 (círculo vermelho): 4 grupos de doentes e 3 populações com alto risco de câncer de esôfago (CE): CSEC: pacientes Chaoshan CE, CSCC: Chaoshan câncer de cárdia gástrica (pacientes GCC), CSHR : Chaoshan população de alto risco; FJHR: Fujian população de alto risco; Thec: pacientes Taihang Montanha CE; TCC: pacientes Taihang Montanha do CCG; e THHR: Taihang Montanha população de alto risco; 2) Cluster2 (círculo verde) Chaoshan Hakka (CSKJ) e Ela população (CSSZ); 3) Cluster3 (círculo laranja) do Norte e as populações Han sul. populações do Norte Han: HEB: Hebei Han; LN: Liaoning Han; XJ: Xinjiang Han; NMG: Neimeng Han; HB: Hubei Han; HN: Henan Han; GS: Gansu Han; SX: Shanxi Han; SD: Shangdong Han. populações do Sul Han: GD: Guangzhou Han; SH: Shanghai Han; ZJ: Zhejiang Han; AH: Anhui Han; JS: Jiangsu Han; Hun: Hunan Han; JX: Jiangxi Han; SC:. Sichuan Han

correlação positiva entre 4 populações de pacientes e chineses Han Populações

haplogroup frequências Y-SNP para os grupos de pacientes e população de alto risco da mesma área foram positivamente correlacionados e frequências para todos os grupos de pacientes foram positivamente correlacionados com a Fujian e populações de alto risco Chaoshan (Tabela 2). Frequências para os pacientes Chaoshan CE e Chaoshan Hakka foram correlacionadas, mas o coeficiente era o menor. Frequências para HC foram positivamente correlacionados com a maioria das frequências de chineses han e aqueles para HNEC foram positivamente correlacionados com algumas das freqüências chineses han.

hierárquicos Cluster Analysis isolados Pacientes e de alto risco População de outras populações

Para estudar a afinidade entre os 4 grupos de pacientes e sua relação com outras nacionalidades Han e minoritários, foram analisados ​​dados de Y-SNP pela análise de agrupamento hierárquico com ligação média (entre grupos). Foram comparados 17 populações chineses Han (informação da população foi o mesmo a partir de análise de componentes principais), 3 nacionalidades minoritárias do sul (Yao, Zhuang e Dong; [19] e 5 nacionalidades minoritárias do norte (tibetanos, mongóis (MG), Hui, Ewenki ( . EWK), Shui) os pacientes Taihang montanha e população de alto risco (Taihang) foram geneticamente próxima e formaram um ramo; enquanto isso, os pacientes Chaoshan eram geneticamente perto das populações Chaoshan e Fujian de alto risco (Chaoshan, Fujian) e formado outro ramo (Fig. 3). em seguida, esses 2 ramos cruzados e agrupado com populações Chaoshan Hakka e ela. Todas as outras populações em cluster fora do ramo principal formada por populações de áreas de alto risco. Portanto, CE ou pacientes do CCG e populações de alto risco estavam mais próximos geneticamente uns com os outros do que com Chaoshan Hakka, Ela e outras populações

Mostra a afinidade entre as populações estudadas, a população de alto risco, o chinês Han e nacionalidades chineses da minoria Taihang:.. alto risco Taihang Montanha população; Chaoshan: Chaoshan população de alto risco; Fujian: Fujian população de alto risco. As outras abreviaturas são definidos nos métodos e Figura 2.

Análise Genética Distância e Construção de uma árvore filogenética

Foram utilizados dados Y-STR para investigar as relações genéticas entre os 4 populações de pacientes. R

st distâncias entre pares de populações foram calculadas com base no 6 Y-STR: DYS389 (I, II), DYS390, DYS391, DYS392, DYS393 e DYS394. Foram incluídos 6 populações chinesas adicionais e 3 populações de alto risco: Zhejiang [20], Henan [21], Dongbei [22], Tianjing [23], Hunan Han [24], e tibetanos [25], e Chaoshan, Fujian, e Taihang Moutain populações de alto risco, os quais pertencem à família das línguas sino-tibetanas [15], assim como os 4 grupos de pacientes. A partir do

matriz de distância R ST, construímos uma árvore de neighbor-joining não enraizadas (Fig. 4). Os grupos de pacientes eram mais próximos entre si do que para as populações de alto risco e as outras populações chineses han.

Os 4 grupos de pacientes estão próximos uns dos outros e estão agrupados com as populações de alto risco.

Análise de Redes de Y-STR Haplogroups dos 4 grupos de doentes e 3 populações de alto risco

A maior frequência haplogrupo compartilhada pelos pacientes Chaoshan foi O3a3c1-M117 (Tabela 1). A rede para os pacientes e populações de alto risco foi ainda construída com base no haplogrupo O3a3c1-M117. Ao todo, 12 Henan e 15 pacientes Chaoshan CE, 17 Chaoshan e 9 pacientes Henan CCG e 23 Chaoshan, 8 Henan e 24 Fujian indivíduos de alto risco pertencia a haplogroup O3a3c1-M117. Indivíduos com Y-STR frequência 2 foram eliminados da análise. Finalmente, os dados de 55 indivíduos foram incluídos e analisados ​​(Fig. 5). O nó central foi representada por 8 Fujian indivíduos de alto risco, 1 Henan indivíduo de alto risco e 1 paciente Chaoshan CE. Todos os outros haplogroup indivíduos O3a3c1-M117 veio a partir deste nó central. Este nó central foi ligado a 5 vizinhos de uma etapa, com 2 vizinhos que representam 5 Fujian indivíduos de alto risco; o terceiro vizinho representou 8 Chaoshan indivíduos de alto risco, 1 Henan indivíduo de alto risco, 2 Fujian indivíduos de alto risco e 1 paciente Chaoshan CE; o quarto vizinho representou 2 pacientes Chaoshan CE, 1 Chaoshan indivíduo de alto risco e 1 Fujian indivíduo de alto risco; eo quinto vizinho representou um Chaoshan GCC paciente e 1 Chaoshan indivíduo de alto risco. A maioria dos pacientes foram gerados a partir do quinto vizinho de um passo e, assim, principalmente agrupado em uma área (círculo na Fig. 5). Essa área engloba todos os pacientes do CCG e 5 pacientes CE, com 6 pacientes CE restantes espalhadas em outros nós.

A maioria dos grupos de pacientes foram gerados a partir de um nó e agrupados principalmente em uma área (círculo). Os círculos representam linhagens, a área é proporcional à freqüência e cor indica população de origem.

Materiais e Métodos

Colheita e Extração de DNA

As amostras de sangue de 288 machos não relacionados foram coletados a partir da Montanha Taihang e áreas de alto risco Chaoshan. O consentimento informado foi obtido de todos os assuntos. Os indivíduos foram: 1) pacientes de 72 Chaoshan CE e 48 pacientes do CCG; 2) pacientes-49 Taihang Montanha CE e 63 pacientes do CCG; e 3) a população-24 de baixo risco Chaoshan CE She pessoas de Chaoshan Fenghuang Mountain e 32 Chaoshan Hakka de Chaoshan Puning concelho. Doença em todos os pacientes foi confirmada patologicamente. Todos os participantes envolvidos no estudo foram dadas consentimentos informados por escrito. O estudo foi aprovado pelo comitê de ética da Universidade de Shantou Medical College. DNA genômico foi extraído de sangue total pelo kit DNA de sangue TIANamp (DP318-03) (Tiangen Biotech Co., Beijing).

A genotipagem de Y-SNPs e Y-STRs

Y- Os SNPs foram genotipados por módulo Sequenom MassARRAY Iplex ouro (Sequenom Inc.) (iniciadores de PCR e iniciadores de extensão estão no Quadro 3). M1 polimorfismo (inserção Alu, também chamado YAP) foi directamente analisada por electroforese após agarosegel PCR [26]. STR foram genotipados por PCR de fluorescência como descrito anteriormente [15], e produtos de extensão fluorescentes marcadas foram capilar a electroforese num ABI 3730x Genetic Analyzer (ABI, EUA). Todos os iniciadores foram sintetizados por Sangon Co. (Shanghai). Em 1999, Su et ai. apurada 17 haplogrupos do cromossomo Y baseado em 19 marcadores bialélicos específicos do Leste Asiático como a estrutura paterna dos asiáticos do leste [19]. O diagrama filogenética ajustado de Y-SNPs [27] inclui cerca de 600 SNPs e define 311 haplogrupos. O diagrama filogenética de 17 haplogrupos definida por 16 Y-SNPs é na Figura 6.

Os marcadores mais recentes que definem os haplogrupos estão ao lado dos ramos.

População e Genotipagem

os indivíduos foram genotipados para Y-SNP haplogrupo e frequências foram comparadas entre os 4 populações de pacientes e populações Ela e Hakka (Tabela S1). componente principal, correlação e análises hierárquicas de fragmentação foram usadas para analisar a relação entre os 6 populações. Três populações de alto risco da Montanha Taihang, Fujian Minnan e áreas Chaoshan e 25 populações chinesas publicados anteriormente foram comparados. Os 25 populações chinesas foram divididos em 4 grupos por localização geográfica e nacionalidade [15]:. Northern Han (NHS) e nacionalidades minoritárias do norte (NMNs), sul Han (SH) e nacionalidades minoritárias do sul (SMNS)

populações NH foram Hebei [28], Liaoning (dados fornecidos pelo Laboratório de Estado-chave de Engenharia genética e Centro de Estudos antropológicos, Escola de Ciências da Vida, Universidade Fudan), Xinjiang, Gansu, Shanxi, Neimeng, Shandong e Henan [28]; populações SH foram Hunan, Hubei, Zhejiang, Jiangxi, Xangai, Anhui, Jiangsu, Sichuan [28], Cantão e Guangxi (dados fornecidos pela Universidade Fudan); populações NMN foram Tibetano, Mongol, Hui, Ewenki, e Shui (dados fornecidos pela Universidade Fudan); dados por 3 nacionalidades minoritárias do sul (Yao, Zhuang e Dong [19] e 5 nacionalidades minoritárias do norte (tibetanos, mongóis, hui, Ewenki, e populações Shui foram fornecidos pela Universidade Fudan). pacientes Chaoshan, pacientes de Henan, Chaoshan Hakka e Chaoshan Ela população pertence à FSM, SNS, SUS, e SMNS, respectivamente. Guangzhou Han, Chaoshan Hakka, e os pacientes Chaoshan pertencem ao Guangfu, Hakka, e clãs Fulao /Helao, respectivamente, os 3 principais clãs na província de Guangdong. Chaoshan Ela pessoas compreendem os principais SMNS que vivem na área de Chaoshan. Estes 4 populações estão geograficamente próxima.

STRs pode ser usado para analisar a diversidade genética minutos em populações próximas, por isso, com base em resultados Y-SNP, Y-STRs foram . utilizado para analisar a diferenciação genética e origem entre os pacientes e populações de alto risco (Tabela S2) Nós adicionamos dados Y-STR para 3 populações de alto risco da nossa pesquisa anterior [15] e por 6 populações previamente publicados: Zhejiang [20] , Henan [21], Dongbei [22], Tianjing [23], Hunan Han [24] e povo tibetano [25].

o grau de diferenciação genética das populações foi estimada pelo R

estatística r na base dos haplótipos Y-STR por utilização de Alrequin 3.1. Uma árvore de neighbor-joining foi construído de acordo com o R

matriz de distância st com uso de MEGA 5.1. Uma rede de dados Y-STR foi construído através da utilização de Rede 4.6.1.1 (www.fluxus-engineering.com). No mapa de rede, os indivíduos com as mesmas mutações de Y-STRs estavam no mesmo nó e um nó poderia gerar outros nós devido a uma mutação Y-STR gradual [15].

Discussão

Chaoshanese são descendentes de pessoas do centro-norte da China Han. Centro-norte Han chineses começaram a migrar para o sul da China começando na Dinastia Qin (216 aC). A dinastia Han (206 aC-220 dC) experimentou mais 3 ondas de migração em grande escala no sul da China por causa da diminuição da população nativa nessa área. Gradualmente, ao longo de 2.000 anos, o norte-central chinês Han tornou-se a principal população – Chaoshanese na região de Chaoshan, chamado Helao, que diretamente migrou do centro-norte da China, ou Fulao, que primeiro migrou para Fujian Minnan, em seguida, para Chaoshan com o bem linguagem -maintained e costumes do centro-norte da China. As pessoas Taihang montanha no centro-norte da China, áreas Fujian Minnan e Chaoshan são bem conhecidos por sua alta incidência de CE [15].

Com o desenvolvimento das técnicas de diagnóstico e melhorou epidemiologia, mais casos do CCG foram confirmados nestas áreas. CE e GCC são os 2 tipos de câncer mais comuns nestes 3 áreas. Nossa pesquisa genética anterior mostrou que populações de alto risco nestas 3 áreas dividem um ancestral comum [15], [16]. No presente estudo, estudamos haplogrupos do cromossomo Y de pacientes CE e do CCG das áreas Chaoshan e Taihang montanha para explorar ainda mais o fundo genético paterno dos pacientes. Foram comparados os dados com 2 de baixo risco Chaoshan Hakka e ela populações e 3 populações de alto risco. Em primeiro lugar, analisou a distribuição de haplogrupos Y-SNP entre as populações estudadas. O haplogrupo com a maior frequência compartilhada por Chaoshan CE e os pacientes do CCG foi O3a3c1-M117, um dos haplogrupos dominantes Han do norte, que também foi elevada em pacientes Taihang Montanha, mas baixa nas populações Chaoshan Hakka e ela. Em comparação com os pacientes Chaoshan ea população de alto risco, os Hakka e ela populações Chaoshan mostrou uma frequência relativamente maior do O1 dominante nativa sul *. Similar aos pacientes Taihang Mountain, pacientes Chaoshan mostrou norte haplogroups dominantes Han como seus haplogroups frequências mais altas, assim que os pacientes Chaoshan e Taihang montanha são relativamente intimamente relacionados.

Na análise de componentes principais Y-SNP, a estrutura paterna para pacientes Chaoshan difere do que para as populações Chaoshan Hakka e ela, embora estejam na proximidade geográfica e Chaoshan Hakka também são descendentes de centro-norte Hans chineses. pacientes Chaoshan agrupado em conjunto com a população e os pacientes de alto risco Fujian e Henan, embora estejam geograficamente distantes. Chaoshan Hakka e Ela populações agrupadas, o que está de acordo com os registros históricos. Chaoshan Hakka habitam principalmente a zona de montanha, há mais fluxo de genes com a população Ela, que também mora na área de montanha. frequências dos haplótipos Y-SNP foram positivamente correlacionados entre os pacientes, que suporta ainda mais a sua afinidade genética perto. Os resultados da análise de agrupamento hierárquico também apoiou a afinidade genética estreita entre os pacientes e populações de alto risco. Filogeneticamente, os grupos de pacientes foram mais estreitamente relacionados entre si do que com a população de alto risco (Fig. 4). análise de rede (Fig. 5) sugeriu que a linhagem patrilinear do haplogrupo indivíduos O3a3c1-M117 foi pacientes do Taihang Montanha e Fujian indivíduos de alto risco e Chaoshan CE, que constituíam o nó central, e pacientes dos indivíduos O3a3c1-M117 da 2 áreas estudadas foram em grande parte a partir de uma vizinhos de uma etapa contendo 1 Chaoshan indivíduo de alto risco e 1 Chaoshan GCC paciente. A análise de redes O3a3c1-M117 haplogrupo revelou uma variação entre as populações, mas também um elevado grau de subestrutura específica para cada paciente. Todos os 14 pacientes do CCG e 5 dos 11 pacientes CE cair em um cluster (Fig. 5, círculo). pacientes haplogrupo O3a3c1-M117 pode ter se originado a partir do mesmo haplogrupo ancestral. Assim, sugerimos afinidade genética patrilinear entre os 2 pacientes do CCG e da CE geograficamente separadas na China.

Recentes estudos de associação do genoma de China áreas de alto risco mostrou associação significativa de uma variante em 10q23 em PLCE1 e ambos esôfago carcinoma de células escamosas e adenocarcinoma cárdia, que destaca os mecanismos genéticos comuns que podem contribuir para a etiologia de ambos os tipos de câncer [29]. Embora CE e GCC são patologicamente distinta, os estudos epidemiológicos [2] – [9], os estudos de associação do genoma e estudo todo o apoio que CE e GCC pode partilhar estrutura genética comum. CE e GCC são anatomicamente adjacentes e eles têm embriogênese similar. Eles estão expostos a condições ambientais semelhantes durante a vida. No entanto por que eles podem ser afetados por uma estrutura genética comum ainda é desconhecida.

Nós sugerimos que CE e GCC não ocorrem aleatoriamente em populações de alto risco, mas estão intimamente associados com uma certa estrutura fundo patrilinear e estes relacionados pacientes podem herdar uma estrutura genética patogênico de seus ancestrais comuns.

Em resumo, a estrutura genética patrilinear dos pacientes Chaoshan e Taihang Montanha é semelhante, e os pacientes têm maior afinidade com o outro do que com as populações de alto risco. Os pacientes CE e do CCG compartilham um ancestral comum recente. Em contraste, as populações Chaoshan Hakka e ela tem uma relação relativamente distante com pessoas Chaoshanese, o que pode explicar em parte a alta incidência de CE e GCC em pessoas Chaoshanese.

Informações de Apoio

Tabela S1. dados

-primas para indivíduo Y-SNP

doi: 10.1371. /journal.pone.0081670.s001

(XLS)

Tabela S2. dados

-primas para indivíduo Y-STR

doi: 10.1371. /journal.pone.0081670.s002

(XLS)