Abstract
Foi realizado um estudo de câncer renal caso-controle (987 casos e 1298 controles) na Europa Central e Oriental e analisaram o DNA genômico de 319 marcação polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em 21 genes envolvidos no crescimento celular, diferenciação e apoptose utilizando um Oligo Piscina Illumina Todos (OPA). Um método baseado na haplótipo (análise de deslizamento consecutivo janela de SNPs) foi usado para identificar regiões do cromossoma de interesse que permaneceu significativo na descoberta uma taxa falsa de 10%. Posteriormente, as estimativas de risco foram gerados para as regiões com um elevado nível de sinal e SNPs individuais de regressão logística não condicional o ajuste para idade, sexo e centro de estudos. Foram identificadas três regiões que contêm genes associados ao câncer renal: caspase 1/5/4/12 (
CASP 1/5/4/12
), receptor do factor de crescimento epidérmico (
EGFR
), e ligação do factor de crescimento semelhante à insulina proteína-3 (
IGFBP3
). Observou-se que os indivíduos com
CASP1 /5/4/12
haplótipo (área a montante da abrangendo
CASP1
através exão 2 de
CASP5
) GGGCTCAGT eram em maior risco de renal cancro, em comparação com indivíduos com o haplótipo mais comum (OR: CI 1,40, 95%: 1,10-1,78, p-valor = 0,007). Análise do
EGFR
revelou três sinais fortes dentro intron 1, em particular uma região centrada em torno rs759158 com um p = 0,006 mundial (GGG: ou: CI 1,26, 95%: 1.04-1.53 e ATG: OR: 1,55, IC 95%: 1,14-2,11). Uma região em
IGFBP3
também foi associado com risco aumentado (p mundial = 0,04). Além disso, o número de estatisticamente significativa (valor de p 0,05) as associações observadas SNP dentro destes três genes foi maior do que seria esperado por acaso a nível do gene. Para o nosso conhecimento, este é o primeiro estudo a avaliar esses genes em relação ao câncer renal e não há necessidade de replicar e estender nossas descobertas. As regiões específicas associadas ao risco pode ter particular relevância para a função do gene e /ou carcinogênese. Em conclusão, a nossa avaliação identificou variantes genéticas comuns em
CASP1
,
CASP5
,
EGFR
, e
IGFBP3
que poderia ser associado com câncer renal risco
Citation:. Dong LM, Brennan P, Karami S, Hung RJ, Menashe I, Berndt SI, et al. (2009) Uma análise do crescimento, diferenciação e apoptose Genes com risco de cancro renal. PLoS ONE 4 (3): e4895. doi: 10.1371 /journal.pone.0004895
editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Estados Unidos da América
Recebido: 24 de novembro de 2008; Aceito: 19 de fevereiro de 2009; Publicação: 24 de março de 2009
Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da declaração Creative Commons Public Domain que estipula que, uma vez colocado no domínio público, este trabalho pode ser livremente reproduzido, distribuído, transmitido, modificado, construído em cima, ou de outra maneira usado por qualquer pessoa para qualquer finalidade lícita
Financiamento:. Este trabalho foi financiado em parte pelo Programa de Pesquisa Intramural dos Institutos Nacionais de Saúde, Instituto Nacional do Câncer, Divisão de Cancer Epidemiology and Genetics. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito
CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes
Introdução
câncer renal está entre os tipos de câncer mais comumente diagnosticado em homens e mulheres nos Estados Unidos [1] e na Europa Oriental [2]. A incidência de carcinoma de células renais (CCR), o tumor maligno mais comum de câncer renal, tem aumentado rapidamente em todo o mundo ao longo das últimas décadas [3], [4] com algumas das maiores taxas ocorrendo na Europa Central e Oriental [2], [5]. Apenas alguns fatores de estilo de vida de risco bem estabelecidos foram identificados: tabagismo, obesidade, hipertensão e diabetes [6]. Um aumento do risco observado entre aqueles com história familiar de câncer renal ea identificação de formas hereditárias de câncer de rim apresentar uma justificação para avaliar a susceptibilidade genética desta doença, que não foi totalmente investigado [6].
A mecanismo pelo qual uma célula normal para carcinoma progride habitualmente envolve o rompimento das vias moleculares críticos no crescimento celular, diferenciação, desenvolvimento e [7]. Entre os passos necessários para o crescimento de células de tumor e a sobrevivência estão a amplificação de sinais de factores de crescimento e a interrupção de sinais de promoção da morte celular ou apoptose [8], [9]. Alterações em genes envolvidos em tais vias são, portanto, susceptíveis de contribuir para o risco de câncer. Com base nessa lógica, identificamos genes envolvidos no crescimento e diferenciação celular (
AKR1C3
,
EGF
,
EGFR
,
IGFBP3
,
IGFBP5
,
PPARG
,
TGFA
,
VCAM1
, e
VEGF
) e apoptose (
CASP1
,
CASP2
,
CASP3
,
CASP4
,
CASP5
,
CASP6
,
CASP7
,
CASP8
,
CASP9
,
CASP10
,
CASP12
, e
CASP14
; Tabela 1). Vários destes genes foram associados com risco de cancro noutros locais de [10], [11]; no entanto, o papel destes genes no desenvolvimento do câncer renal permanece desconhecida.
Dada a importância destas vias na carcinogênese ea ausência de estudos que avaliaram a susceptibilidade genética e câncer renal, avaliamos se os polimorfismos em estes 21 genes poderiam alterar o risco de desenvolver câncer renal em um estudo de caso-controle multicêntrico grande com sede na Europa Central e Oriental. Trabalhamos com a hipótese de que a variação comum em genes envolvidos no celular crescimento, diferenciação e apoptose pode aumentar a susceptibilidade genética para o cancro renal.
Métodos
Estudo da População
O Central e Oriental Renal Europeia câncer (CEERC) Study é um estudo de base hospitalar de caso-controle de câncer renal (1.097 casos e 1.555 controles), que foi realizado em sete centros na Europa Central e Oriental (Moscou, Rússia; Bucareste, Romênia; Lodz, na Polónia, e Praga , Olomouc, Ceske Budejovice e Brno, República Checa). Os detalhes do estudo foram descritos anteriormente [12]. Recém-diagnosticados e confirmados histologicamente casos de câncer renal (ICD-0-2 código C64) entre as idades de 20 e 79 anos foram recrutados a partir de Agosto de 1999 a Janeiro de 2003. pessoal médico treinado revisaram os registros médicos e extraiu informações sobre data e método de diagnóstico , classificação histológica, localização do tumor, estágio e grau. dados de patologia estava disponível para 917 casos. RCC foi definido como os seguintes subtipos: células claras, células claras com características papilares, células claras com sarcomatoid, tipo papilar I, papilar não-tipo I, tipo II papilar, chromophobe e híbridos subtipo (n = 848). cancro renal clara de células foi definida como os três primeiros subtipos de células claras (n = 760). controles elegíveis foram escolhidos entre os pacientes internados no mesmo hospital como casos de condições não relacionadas ao fumo ou perturbações geniturinárias (exceto para a hiperplasia benigna da próstata) e foram para casos na idade (dentro de 3 anos) pareados por freqüência, sexo e centro de estudos. Entre os controlos, os estados de doença associados com a hospitalização foram os seguintes: dermatológica obstétrico ou perinatal (0,1%), infecciosa (1%), psiquiátrica (1%), endócrino (2%), hematológica (3%), (3%) , a lesão ou envenenamento (3%), genito-urinário (hiperplasia benigna da próstata (4%), pulmonar (4%), ortopédica ou reumatológico (9%), cardiovasculares (10%), neurológica (11%), oftalmológica ou otológica (14 %), gastrintestinal (19%), e a outra (16%). Nenhuma doença única constituída por mais do que 20% do grupo de controlo. uma porção dos controlos também foram recrutados para um estudo paralelo de cancro do pulmão. Todos recrutados casos e controles eram caucasianos. As taxas de resposta em cada centro variou de 90,0 a 98,6% para os casos e 90,3-96,1% para controles
.
As entrevistas foram realizadas por pessoal treinado para recolher estilo de vida e alimentares questionários de frequência padronizados. Os dados foram coletados sobre as características demográficas, educação, exposições fumo do tabaco, consumo de álcool, práticas alimentares, antropometria, história médica, história familiar e história ocupacional.
as amostras de sangue foram coletadas e armazenadas a -80 ° C e enviados para o Nacional Cancer Institute (NCI). O ADN genómico foi extraído a partir de buffy coat sangue total pelo método de fenol clorofórmio padrão no laboratório NCI. Todos os sujeitos neste estudo forneceu consentimento informado por escrito. Este estudo foi aprovado pelos conselhos de revisão institucional (IRB) no NCI, Agência Internacional de Investigação do Cancro (IARC), e cada centro participante.
A genotipagem
Foram analisados 319 marcação única polimorfismos de nucleotídeo (SNPs) em 21 genes envolvidos no crescimento celular, diferenciação (
AKR1C3
,
EGFR
,
EGF
,
IGFBP3
,
IGFBP5
,
PPARG
,
TGFA
,
VCAM1
,
VEGF
) e apoptose (
CASP1
,
CASP5
,
CASP4
,
CASP12
,
CASP2
,
CASP3
,
CASP6
,
CASP7
,
CASP8
,
CASP10
,
CASP9
,
CASP14
) que a hipótese poderia aumentar o risco de RCC (Tabela 1). Visto que muitos dos genes de caspase foi localizada relativamente perto uns dos outros, tagSNPs foram escolhidas para avaliar exaustivamente a variação na região em vez de apenas o gene (
CASP1 /5/4/12
e
CASP8 /10
). TagSNPs foram selecionados entre variantes comuns (freqüências alélicas menores ≥ 5%) encontrados em caucasianos usando um método tagSNP [13] com um r
2 0,80 para fornecer cobertura genômica alta. Além disso, os SNPs nonsynonymous importantes ou aqueles com potencial significado funcional foram incluídos. Todos os SNPs são relatadas na base de dados NCI SNP500Cancer (https://snp500cancer.nci.nih.gov) [14]. A genotipagem foi realizada no Facility Núcleo genotipagem do NCI, onde a equipe foi cegado para o estado caso /controle e amostras de controlo de qualidade duplicado (5%) amostras intercaladas entre as placas. Todos genotipagem foi realizada utilizando um ® Oligo Piscina Illumina GoldenGate Todos ensaio (OPA), que foi projetado usando informações publicamente disponíveis sequenciamento. As freqüências genotípicas entre controles não mostrou desvio do esperado Hardy-Weinberg proporções (p 0,05). Todos os SNPs tinha uma taxa de conclusão genotipagem 98%, excepto para o rs3770472 (96%). As taxas de concordância de controlo de qualidade foram . 97% para todos os SNPs, excepto para rs10885493 (92%), rs12416109 (92%), rs10752001 (94%), e rs13392762 (94%)
estudo de replicação
O rim US Cancer Study é um estudo de caso-controle de base populacional realizado em Detroit e Chicago. Casos eram residentes das áreas de estudo, com idade entre 20 e 79 anos que foram diagnosticadas com confirmação histológica carcinoma de células renais (CID-O2 C64.9) a partir de fevereiro de 2002 a janeiro de 2007. Os controles foram frequência de correspondência aos casos pelo centro de estudos, raça , idade e sexo. Controles com 65 anos e mais velhos foram identificados a partir de arquivos do Medicare, e aqueles com idade inferior a 65 anos foram identificados a partir da Divisão de registros de veículos a motor. casos e controles afro-americanos foram sobre-amostragem. consentimento informado por escrito foi obtido de todos os participantes, e as aprovações IRB foram obtidas de todos os centros de estudo participantes.
Os participantes foram entrevistados por entrevistadores treinados para extrair informações sobre fatores demográficos, uso de tabaco e álcool, dieta, história ocupacional, altura e história de peso, história familiar de câncer, história reprodutiva entre as mulheres, histórico médico e histórico de medicação, incluindo o uso de pílulas de dieta e anti-hipertensivos. Um total de 1568 caucasianos (856 casos e 712 controles) e 884 afro-americanos (523 casos e 361 controles) foram entrevistados. Destes pacientes, 1109 e 1106 casos controlos fornecida ADN que foi extraído utilizando procedimentos padrão. dados de genotipagem estava disponível para 966 casos e 977 controles com qualidade e quantidade de DNA suficiente. Os sujeitos foram recrutados a partir de predominantemente área de Detroit (84%), e eram similares em idade (76% 50 anos). E sexo (57% do sexo masculino) com os do estudo CEERC
Análise estatística
dos 987 casos e 1298 controles que tinham os dados do estudo válidas e previstas DNA genómico, análises basearam-se nos 777 casos e 1035 controles que tinham DNA de qualidade adequado e foram genotipados com sucesso na plataforma OPA no estudo CEERC. Associações foram avaliadas através de vários métodos. p-valores globais foram avaliadas utilizando o teste do valor de permutação mínimo-p [15]. Um método baseado na haplótipo chamado HaploWalk, conduzido em Matlab, foi usado para identificar regiões do cromossoma de interesse por análise de associações regionais, em vez de efeitos de um SNP indivíduo. Para um gene com K SNPs, o procedimento HaploWalk considerada uma janela deslizante 3 para cada SNP SNP SNP de 2 a K-1 SNP. Para levar em conta múltiplos testes em todo o
K
SNPs, os
K-2
P-valores (um para cada janela) foram ajustadas para comparações múltiplas utilizando a taxa de falsas Discovery (FDR), controlando procedimento de Benjamini e Hochberg [16]. Janelas que permaneceu significativo a um nível de 10% FDR foram consideradas como sendo uma região candidata de interesse. Se as janelas adjacentes foram significativas, elas foram fundidas numa região candidata única de interesse. Haplótipos no bloco candidato foram então reconstruídos e os efeitos avaliada utilizando Haplostats (versão 1.3.1) em R (versão 2.4.1). O haplótipo mais comum foi usado como grupo de referência e haplótipos com frequências inferior a 1% foram combinados em uma categoria de teste. Posteriormente, não ajustada e ajustada (idade, sexo, e um centro de estudo) odds ratio (OR) e intervalos de confiança de 95% (IC 95%), utilizando o modelo log-aditivo foram gerados para regiões com um elevado nível de sinal.
A associação entre SNPs individuais e risco de câncer renal foram estimados por regressão logística não condicional, ajustado para idade, sexo e centro de estudos. Genótipos foram avaliados pela codificação do alelo comum homozigoto como o grupo de referência e comparando separadamente os genótipos de alelos heterozigotos e homozigotos raros ao grupo referente. lineares testes para as tendências foram conduzidos através da inclusão de uma variável codificada 0, 1, 2 e que corresponde ao número de alelos raros. Associações de SNPs foram considerados robusta se fossem significativas (com base no valor de p do teste de tendência) com um nível FDR de 20% ou menos. Um nível de FDR mais liberal foi escolhido nesta fase da análise, a fim de nos guiar na direção SNPs que possam ser de interesse dentro das regiões previamente identificadas de interesse. ajuste FDR foi baseada no número de SNPs no interior de cada região do gene. ajuste adicional para potenciais fatores de confusão (índice de massa corporal [IMC], hipertensão auto-referida, e tabagismo) não resultou em alterações significativas das estimativas de risco e não foram incluídos nas análises. Além disso, investigamos a interação multiplicativa entre SNPs individuais e da idade, sexo e IMC, utilizando o teste da razão de verossimilhança para comparar o ajuste dos modelos com e sem termos de interação. Heterogeneidade das freqüências genotípicas entre os países foi avaliada por meio do teste da razão de verossimilhança para comparar o ajuste dos modelos com e sem termos de interação, mas não encontramos qualquer evidência de heterogeneidade. As análises foram realizadas usando SAS versão 9.1 (SAS Institute, Cary, NC).
Resultados
Uma grande proporção da população do estudo foi a partir da República Checa, com uma proporção ligeiramente maior entre os casos ( Mesa 2). Controles eram mais propensos a ser do sexo masculino, mas foram semelhantes aos casos em distribuição etária. Casos eram mais propensos do que os controles para ter maior IMC, tem uma história familiar de câncer, e relatar hipertensão.
Os resultados dos testes baseados em genes globais de associação estão incluídos na Tabela 1. Entre os resultados do mínima de ensaio p-valor,
CASP1 /5/4/12
,
CASP14
, e
IGFBP3
foram as regiões de genes mais promissores, mas não foram significativas após o ajuste para multiplicidade (número total de SNPs) ao longo de todo o gene (Tabela 1). No entanto,
CASP1 /5/4/12
,
EGFR
, e
IGFBP3
teve um maior número de SNPs significativos (p-valor para tendência 0,05) do que que seria de esperar para ver por acaso. Além disso, com um método de janela deslizante à base de haplótipos, foram identificados os mesmos genes que possuem regiões que foram associados com o risco de cancro renal em um nível 10% FDR:
CASP1 /5/4/12,
em> EGFR
,
IGFBP3
, e
VCAM1
(Figuras complementares S1, S2, S3).
Uma região interessante foi detectado que se estende sobre a área a montante de
CASP1
através exão 2 de
CASP5
(Figura suplementar S1). Nesta região, os indivíduos com uma variante específica haplótipo GGGCTCAGT (OR: CI 1,40, 95%: 1,10-1,78) tiveram um risco 1,4 vezes superior de cancro renal em comparação com aqueles com o haplótipo mais comum (Tabela 3). Concordante com a análise de haplótipos, várias variantes individuais dentro deste haplotipo também associações estatisticamente significativas nominais com risco de cancro renal (Tabela 4). Depois de aplicar o ajuste FDR, quatro
CASP1
e
CASP5
SNPs (rs1785883, rs568910, rs492859 e rs507879) foram considerados significativos a um nível 20%. A associação mais forte entre os SNPs individuais foi rs507879 (Thr90Ala), localizada no exão 2 de
CASP5
. As RUP (IC 95%) para heterozigoto e homozigoto genótipos raros em comparação com os genótipos comuns homozigotos foram 1,29 (1,03-1,60) e 1,39 (1,07-1,82; valor-p de tendência = 0,01), respectivamente. O valor de p OR e do haplótipo variante específica são mais fortes do que as associações (p-valor para tendência) observadas para qualquer um dos SNPs individuais nesta região, o que sugere que a variante de causalidade dentro deste haplotipo não pode ter sido genotipados.
Nós tivemos a oportunidade de realizar uma replicação rápida de nossa descoberta mais significativa,
CASP5
SNP rs507879 no rim US população Cancer Study (Tabela 5). Embora os resultados a partir do rim US Cancer Study não foram estatisticamente significativas, as estimativas pontuais eram na mesma direcção que os do estudo CEERC. Uma estimativa combinada de 1,22 (IC 95%: 1,04-1,42) foi observada para aqueles com pelo menos uma cópia do alelo raro de rs507879 entre os participantes caucasianos. Uma estimativa agrupada incluindo ambos os caucasianos e afro-americanos de ambos os estudos não era visivelmente diferente da estimativa restrita aos caucasianos (OR: 1,22, 95% CI: 1,05-1,41; Tabela 5).
A deslizando análise janela sobre
EGFR
revelou três sinais dentro intron 1 (Recurso Figura S2). Em particular, dois haplótipos centradas em rs759158 (região 3) foram associados a um maior risco de câncer renal (GGG: OR: CI 1,26, 95%: 1,04-1,53 e ATG: OR: CI 1,55, 95%: 1,14-2,11; tabela 3) quando comparado com o haplótipo comum. Na segunda
EGFR e região, variante haplótipo TGA foi associada a um risco aumentado de cancro renal em comparação com o haplótipo comum (OR: CI 1,32, 95%: 1,02-1,70). As associações entre três dos SNPs dentro destes
EGFR
haplótipos (rs11238349, rs6954351 e rs7796139) eram nominalmente estatisticamente significativa, mas com níveis de FDR 30% (Tabela 4). Os dois rs6954351 e rs7796139 SNP parecem ser responsáveis pelas associações em suas respectivas regiões; no entanto, estas associações não parecem ser efeitos totalmente independentes como a SNPs são moderadamente correlacionadas (r
2 = 0,47). Foram avaliados ainda mais o sinal forte em
EGFR
integrando a segunda e terceira regiões para formar um haplótipo abrangendo sete SNPs no intrão 1 (quadro suplementar S2). Entre haplótipos comuns, as estimativas de efeito para haplótipos contendo GGG ou GTG parecem ser consistentemente acima de 1.0. É interessante notar que, entre haplótipos comuns na região integrada, o haplótipo TGA variante da segunda região está presente apenas com qualquer GGG haplótipo variante ou GTG, os haplótipos estatisticamente significativa relativamente a terceira região. Isto sugere que os dois conjuntos de haplótipos podem ser reflectindo o mesmo sinal. Foi observado um efeito haplótipo forte para a variante haplótipo TGA GGG-A-, com um OR de 1,84 (95% CI: 1,25-2,71) e um valor de p de 0,002. Este efeito foi mais forte do que os observados para as regiões individuais e reforça a ideia de que estas duas regiões estão relacionados. Um segundo haplótipo variante na região integrada também foi estatisticamente significativa (OR: 1,60; IC 95%: 1,09-2,37)., Mas não fomos capazes de determinar o que estava dirigindo esta associação
Para
IGFBP3
, uma grande região do outro lado do gene foi considerado digno de nota usando uma análise de janela deslizante (Recurso Figura S3). Duas regiões foram definidas por avaliar o desequilíbrio de ligação entre a área identificada. A segunda região, que abrange a área do exon 5 para 3 ‘a jusante de
IGFBP3
, foi associado com um valor de p de 0,04 mundial. Entre haplótipos nesta região, variante haplótipo AGC (OR: 1,27, 95% CI: 1,06-1,54) e TAT (OR: 1,62, 95% CI: 1,05-2,51) foram associados com risco aumentado de câncer renal (Tabela 3). Entre SNPs no haplótipo, rs6670 foi estatisticamente significativamente associada com o risco de câncer renal em um nível 20%. Foi observada uma associação positiva entre o risco de câncer renal em indivíduos que tiveram pelo menos uma cópia do alelo raro com um OR de 1,27 (IC 95%: 1,04-1,56). A associação de haplótipos para CAG, que contém o alelo raro para rs6670, era ligeiramente mais forte do que o efeito observado para o SNP individual e parece ser conduzido principalmente por rs6670. A variante causal para TAT haplótipo, no entanto, não é aparente, o que sugere que a variante causal não foi genotipados neste estudo.
VCAM1
, um haplótipo variante centrada em rs3917010 foi também associada a um risco aumentado de cancro renal (gato ou: 1,25, IC de 95%: 1,01-1,54; Tabela 3). No entanto, nenhum dos
VCAM1
SNPs foram significativamente associados com o risco de câncer renal após o ajuste FDR. Embora tenha sido observada uma associação estatisticamente significativa, essa associação pode ser espúria como os efeitos observados para o haplótipo não são concordantes com as associações SNP individuais dentro deste haplótipo (Quadro Suplementar S1).
Resultados de análises individuais de todos os SNPs pode ser encontrada em, Tabela suplementar S1. Sem interacções estatisticamente significativas entre os SNPs estatisticamente significativas e modificadores potencial efeito (idade, sexo, e IMC) foram detectadas (dados não mostrados). As análises de sensibilidade adicional restrita a RCC (n = 627 casos) e CCR de células claras (n = 564 casos) não significativamente alterar qualquer uma das associações previamente detectada (dados não mostrados).
Discussão
neste estudo, foi realizada uma análise exploratória de 319 SNPs ou em torno de 21 genes envolvidos no crescimento celular /diferenciação e apoptose caminhos em relação ao risco de câncer renal. Foram identificados dois haplótipos e SNPs em
CASP1 /5/4/12
,
EGFR
, e
IGFBP3
que foram estatisticamente significativamente associada com o risco de câncer renal. As associações entre SNPs nos outros genes de crescimento celular investigado /diferenciação e apoptose via eram fracos e menos promissor.
Há fortes evidências apoiando a relevância biológica de variantes genéticas em
EGFR
e
IGFBP3
eo risco de câncer renal.
EGFR
codifica para um receptor do factor de crescimento transmembranar que desempenha um papel crítico na via de transdução de sinal que regula a proliferação celular, diferenciação, sobrevivência e [17], [18]. Um estudo recente proposto um papel adicional para EGFR de interagir com e de estabilização do co-transportador de sódio /glicose 1 (SGLT1), ajudando assim a manter os níveis de glicose em ambientes intracelulares baixas de glucose extracelular e prevenir a morte celular ocorra [19]. Isto é especialmente relevante para o cancro renal, como ambos o EGFR e SGLT1 são expressas no rim, onde a absorção de glucose é importante [20]. metabolismo da glicose é um dos maiores hipóteses invocadas para explicar a associação entre a diabetes e cancro renal. Até agora, a maioria dos estudos têm-se centrado na avaliação
EGFR
em relação à progressão do cancro e tratamento específicos [21], [22]. É interessante notar que o primeiro intrão de
EGFR
( 120 kb) tem sido implicado como uma importante área de regulamentação [21], [23]. Um altamente polimórficos (CA)
n repita no intron 1 de
EGFR
, cerca de 1,5 kb a jusante do exão 1, tem sido associada com a diminuição da
EGFR
transcrição em vários estudos [24] , [25]. Este microssatélite parece estar em desequilíbrio de ligação com vários SNPs de função desconhecida na região promotora deste gene, bem como [26]. Uma destas variantes (rs759171) foi também genotipados neste estudo, mas não está relacionado com o risco de cancro renal (Recurso Tabela S1). Neste estudo, três SNPs (rs11238349, rs6954351 e rs7796139) de intron 1 de
EGFR Comprar e identificados através de nossa tela inicial foram estatisticamente significativamente associada com o risco de câncer renal. Entre estas três SNPs, única rs6954351 e rs7796139 foram moderadamente correlacionados (r
2 = 0,47) uns com os outros. análises posteriores sugerem que talvez um haplótipo que inclui esses dois SNPs podem estar dirigindo as associações encontradas nesta região. O mecanismo pelo qual esses SNPs intrônicos (ou variantes em desequilíbrio de ligação com esses SNPs) podem afetar o risco de câncer renal é desconhecida, mas eles residem dentro de uma região funcionalmente relevantes do
EGFR
que tem sido associado com diminuição da transcrição EGFR e a expressão da proteína em seres humanos.
Assim como os nossos resultados para
EGFR
, o
regiões IGFBP3
associados com risco modificado parecem ser funcionalmente importante no câncer.
IGFBP3
codifica para a proteína de ligação a IGF-3 e é o principal transportador de IGF-1 circulante. Uma redução na quantidade de IGFBP3 resultados disponíveis em um aumento nos níveis de IGF-1 livre, um factor relacionado com o crescimento, proliferação, e um risco elevado de vários cancros [27], [28]. Independente de IGF-1, IGFBP3, também tem sido demonstrado que afectam a proliferação celular e a apoptose através das suas interacções com várias vias de sinalização, [29] [30]. Em relação ao câncer renal, estudos experimentais têm demonstrado que
IGFBP3
expressão é aumentado entre ambos os tumores renais de células claras e linhas celulares de cancro renal [31], [32]. A região promotora de
IGFBP3
também foi observado para ser frequentemente hipermetilado em tumores primários de células renais, mas unmethhylated entre as células normais [33]. Observou-se um aumento estatisticamente significativo no risco de câncer renal com rs6670 localizadas na região 3 ‘não traduzida (UTR) do
IGFBP3
. Variantes do 3’UTR podem estar envolvidos na estabilidade e na expressão de ARNm [34].
IGFBP3
variação foi avaliada com vários outros locais de câncer [35], mas este é o primeiro estudo a avaliar SNPs em relação ao câncer renal. Em estudos de associação, SNPs em
IGFBP3 Comprar e genes relacionados IGF (
IGF-1 | e
IGFBP1
) têm sido relacionados com a circular de IGF-1 e IGFBP-3 níveis [ ,,,0],36], [37].
IGFBP3
SNP rs6670 (alelo) não foi diretamente associado com IGFBP de 3 níveis, mas foi fracamente associada com uma tendência decrescente na circulação de IGF-1 [36]. Isso não é inteiramente consistente com a associação positiva foi observada com câncer renal em nosso estudo, mas sugere que mais estudos são necessários para esclarecer as associações observadas.
CASP1
,
CASP4
,
CASP5
e
CASP12
pertencer a uma subfamilia de caspase chamado as caspases inflamatórias, que estão envolvidas na maturação de citocinas inflamatórias (IL-1 e IL-18) para além da sua papel em vias apoptóticas [9], [38], [39]. Apesar de seu envolvimento em dois caminhos cancerígenos chave, inflamação e apoptose, alguns relatórios publicados têm avaliado a variação genética nestes quatro genes caspase em relação ao câncer. Em nosso estudo, três
CASP1 /5/4/12
SNPs (rs568910, rs492859, rs507879) foram associados com um risco aumentado de câncer renal, enquanto um SNP (rs1785883) foi associado com um risco diminuído. Os quatro SNPs foram apenas fracamente correlacionados entre si (r
2 0,5), exceto para rs492859 e rs568910 que foram fortemente correlacionados (r
2 = 0,99) dentro de nossos dados. O mais forte associação SNP indivíduo com cancro renal foi observado com rs507879, localizado dentro do exão 2 de
CASP5
e resulta em uma substituição mutação sem sentido e de aminoácidos (Thr90Ala). A função desta nomeadamente exão 2 SNP não é clara e está previsto para ser uma mutação por PolyPhen benigna. No entanto, uma mutação somática comum no exão 2 foi também identificada em leucemias e, gástrico, do cólon, e cancros do pulmão, mas ainda não foi examinada em tumores renais [40] – [43]. Uma mutação somática em uma repetição mononucleótido (A)
10 no exão 2 produz um desvio na estrutura de leitura durante a transcrição resultando numa paragem prematura e uma proteína truncada. Isto sugere que esta região em
CASP5
pode ser particularmente importante para a carcinogénese.
Para o nosso conhecimento, este é o primeiro estudo a avaliar SNPs em todos, mas dois destes genes do crescimento /diferenciação e apoptose em relação ao câncer renal. O foco principal medida na área de susceptibilidade para cancro renal tem sido de variações genéticas nos genes do metabolismo xenobióticos [12], [44] e o Von Hippel-Lindau (
BVS
) do gene, o que leva a um aumento risco da forma hereditária de câncer renal [45], apenas três pequenos estudos avaliaram variantes em
PPARG
e
VEGF
em relação ao câncer renal. Smith et ai. (N = 40 casos) observaram que o alelo raro do
PPARG
polimorfismo P12a (rs1801282) foi sub-representadas entre os pacientes com CCR em relação aos controles, com um OR para tendência de 0,28 (0,08-1,01) [46]. Este resultado é consistente com os resultados de nossa análise (OR para tendência: 0,80; IC 95%: 0,67-0,96), mas este SNP não foi considerada estatisticamente significativa após ajuste FDR. Kawai et ai. (N = 213 casos) [47] observaram uma fraca associação entre três
VEGF
polimorfismos do promotor (rs1570360, rs2010963, rs699947) e progressão do câncer renal e prognóstico; e Abe et ai. (N = 145 casos) [48] observaram uma associação não significativa entre os três
VEGF
polimorfismos 3’UTR (C702T -dbSNP número identificador é desconhecida, rs3025039, rs10434) eo risco de câncer renal em populações japonesas. Três desses SNPs foram genotipados em nosso estudo (rs2010963, rs699947, rs3025039), mas apenas rs699947 SNP demonstrou uma fraca associação, mas não significativa com o risco de câncer renal. Nossa análise do
VEGF
revelou apenas um SNP nominalmente significativa na região promotora (rs833058; Tabela Suplementar S1), que está correlacionada com rs699947 (r
2 = 0,65)
A força.