Abstract

mapeamento Conectividade é uma técnica desenvolvida recentemente para descobrir as ligações subjacentes entre diferentes estados biológicos com base em semelhanças de expressão genética. O método sscMap foi mostrado para fornecer maior sensibilidade no mapeamento de conexões significativas levando a hipóteses biológicas testáveis ​​e na identificação de candidatos a medicamentos, com particular farmacológico e /ou propriedades toxicológicas. Os desafios permanecem, no entanto, quanto à forma de priorizar o grande número de conexões descobertas de uma maneira imparcial tal que a taxa de sucesso de qualquer investigação segue-up pode ser maximizada. Nós introduzimos um novo conceito, perturbação gene de assinaturas, que visa testar se uma conexão identificado é suficientemente estável contra pequenas alterações sistemáticas (perturbação) para o gene-assinatura. Aplicou-se o método de perturbação de três conjuntos de dados independentes obtidos a partir do banco de dados GEO: leucemia mielóide aguda (LMA), câncer do colo do útero e cancro da mama tratadas com letrozol. Nós demonstramos que a abordagem perturbação ajuda a identificar as conexões biológicas significativas que sugerem as drogas candidatos mais relevantes. No caso da AML, descobrimos que os compostos prevalentes foram ácidos retinóico e ativadores de PPAR. Para o cancro do colo do útero, nossos resultados sugerem que os potenciais medicamentos são susceptíveis de implicar o percurso EGFR; e com o conjunto de dados do cancro da mama, foram identificados candidatos que estão envolvidos na inibição da prostaglandina. Assim, a abordagem de perturbação gene-signature acrescentou valores reais para todo o processo de mapeamento de conectividade, permitindo uma maior especificidade na identificação de possíveis candidatos terapêuticos

Citation:. McArt DG, Identificação do Candidato Pequenas Zhang SD (2011) molécula Terapêutica para o cancro por Perturbação Gene-assinatura em Conectividade Mapping. PLoS ONE 6 (1): e16382. doi: 10.1371 /journal.pone.0016382

editor: Diego Di Bernardo, Fondazione Telethon, Itália