Abstract

Fundo

Um polimorfismo de nucleotídeo único comum (SNP), rs3802842, localizada em 11q23, foi identificado por estudos de associação do genoma (GWAS) a ser significativamente associados com o risco de cancro colorectal (CRC); no entanto, os resultados de seguir estudos de replicação nem sempre concordantes. Assim, um estudo de caso-controle e uma meta-análise foram realizadas de discernir claramente o efeito desta variante no CRC.

Método e Achados

Nós determinamos os genótipos de rs3802842 em 641 alheios chinês pacientes com CRC e 1037 controles sem câncer. Além disso, foi realizada uma meta-análise que inclui estudos atuais e publicados anteriormente. Em nosso estudo de caso-controle, associações significativas entre o polimorfismo eo risco de CRC foram observadas em todos os modelos genéticos, com um aditivo ou Ser (IC 95% = 1,26-1,67) 1,45. A meta-análise de 38534 casos e 39446 controles confirmou ainda as associações significativas em todos os modelos genéticos, mas com evidente heterogeneidade entre estudo. No entanto, etnia, tipo de estudo e se os indivíduos afetados pela síndrome de Lynch poderia sinteticamente representaram a heterogeneidade. Além disso, o cumulativos e análises de sensibilidade indicou a estabilidade robusta dos resultados.

Conclusão

Os resultados do nosso estudo de caso-controle e meta-análise forneceu evidências convincentes de que rs3802842 contribuiu significativamente para o risco de CRC .

Citation: Zou L, Zhong R, Lou J, Lu X, Wang Q, Yang Y, et al. (2012) Estudo de replicação da população chinesa e Meta-Análise Suporta Associação do 11q23 Locus com câncer colorretal. PLoS ONE 7 (9): e45461. doi: 10.1371 /journal.pone.0045461

editor: Xiao-Ping Miao, Tongji Medical College, Huazhong Universidade de Ciência e Tecnologia, China

Recebido: 14 de junho de 2012; Aceito: 22 de agosto de 2012; Publicação: 18 de setembro de 2012

Direitos de autor: © Zou et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Este trabalho foi apoiada pela National Science Foundation Natural da China (31072238, 31172441, 81170650). Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o câncer colorretal (CRC), como uma das neoplasias mais comuns, responsáveis ​​por um número estimado de 1.230.000 novos casos e 680.000 mortes no mundo em 2008 [1]. Nos Estados Unidos, CRC foi o segundo tipo de câncer mais comumente diagnosticado ea segunda principal causa de morte por câncer, com uma incidência de 51,6 e uma mortalidade de 19,7 por 100.000 habitantes em 2008 [2]. Na China, estudos epidemiológicos indicam que a taxa de incidência de CRC tem crescido rapidamente, especialmente em áreas urbanas. O número de pessoas afectadas aumentou tanto como 4,2% a cada ano 1973-1993, em Xangai, que foi ainda maior do que o nível global (2%) [3]. Além disso, os dados de 56 registros de câncer na China mostrou que as taxas de incidência e mortalidade do CRC, respectivamente, classificada como a terceira (31,4 /100.000) e quinto (14,8 /100.000) entre os tipos de câncer que afetou homens e mulheres em 2008 [4]. Entre os factores de risco para a doença, a susceptibilidade herdada desempenha um papel no desenvolvimento de CRC, que é responsável por cerca de 35% da variância em risco CRC [5]. No entanto, mutações germinativas de alta penetrância representam apenas 6% dos casos de CRC [6], o que sugere que a herança restante é provável que seja uma consequência de muitas variantes comuns com baixa penetrância

. Estudos de associação

Genome-larga ( GWAS), eficientemente aplicada para identificar variantes genéticas comuns para doenças complexas sem conhecimento prévio da função dos genes, até agora descobertos vários novos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) para CRC susceptibilidade [7] – [12]. Entre estes SNPs, rs3802842 (11q23.1), localizadas na região intron de

C11orf93

, foi primeiramente identificada em um conjunto GWA de 3004 casos e 3094 controles e 8 conjuntos de replicação de 14453 casos e 13259 controles [7 ]. Pittman AM et al. imediatamente validado o resultado positivo nos dados de agrupamento de 8 séries de caso-controle independente compreendendo um total de 10638 casos e 10457 controles [13]. Além disso, é a primeira rs3802842 locus do referido como exibindo uma população diferença entre as populações caucasianas e japoneses [7]. Embora não haja muita evidência estatística deste SNP para CRC, os resultados de estudos de replicação nem sempre são concordantes [14] – [16], que é provavelmente devido ao chamado fenômeno “maldição do vencedor” que os estudos iniciais geralmente superestimam o efeito tamanhos, estudos de replicação são susceptíveis de ser fraca potência e por isso mais susceptível de falhar se os cálculos do tamanho da amostra são baseados nos tamanhos de efeito superestimadas [17]. Além disso, o efeito modesto desta variante pode ser também uma das razões importantes para a falha de replicação. No entanto, meta-análise é uma técnica poderosa para clarificar os resultados inconsistentes em estudos de associação genética através do aumento do tamanho da amostra [18]. Notavelmente, embora as variantes individuais associados identificados através GWAS conferir apenas os riscos modestos para CRC, as proporções de risco atribuíveis populacionais foram consideradas significativas por causa de freqüências alélicas menores substanciais [19]. Assim, realizamos um estudo de replicação para examinar a associação entre rs3802842 e risco de CRC em uma população chinesa que usa um design de caso-controle, depois disso, uma meta-análise que combina estudos atuais e publicados anteriormente sobre rs3802842 foi ainda realizada para proporcionar uma mais precisa estimativa desta associação. Então, o risco atribuível populacional (RAP) foi calculado, a fim de avaliar o efeito do rs3802842 para a ocorrência CRC na população em geral.

Materiais e Métodos

Estudo da População

A total de 641 casos de CRC foram internados consecutivamente inscritos através do Hospital Tongji de Huazhong Universidade de Ciência e Tecnologia entre 2009 e 2011, que é um absorvendo maioria hospitalar integrada superior de pacientes com câncer em Wuhan e região próxima. Todos os casos foram recentemente diagnosticados e confirmados histopatologicamente, sem qualquer tratamento prévio à recolha de amostras de sangue. E 1037 controles sem câncer foram selecionados aleatoriamente entre os indivíduos que participaram em programas de check-up de saúde no mesmo hospital no mesmo período de tempo como os casos foram inscritos. verificar a saúde de programas também residentes envolvidos principalmente vivem em Wuhan e região próxima. Os critérios de selecção para os controlos não eram história individual de câncer e frequência correspondente aos casos de CRC sobre sexo e idade (± 5 anos). Se uma pessoa era suspeito de ter CRC através da saúde check-up programas e, em seguida, histologicamente confirmados, ele /ela foi escolhida como um caso, enquanto nenhum caso foi apurado através da saúde check-up programas neste estudo caso-controle. Todos os indivíduos eram independentes chineses Han étnicas. No recrutamento, dados epidemiológicos foram coletados por entrevista pessoal ou uma revisão dos registros médicos, e sangue venoso periférico de 5 ml foi retirada de cada participante. Os participantes forneceram seu consentimento informado por escrito para participar neste estudo e este estudo foi aprovado pelo comitê de etnias de Tongji Hospital da Universidade Huazhong da Ciência e Tecnologia.

A genotipagem

DNA genômico foi extraído a partir de 5- ml de amostra de sangue utilizando o RelaxGene sangue Sistema DP319-02 (Tiangen, Beijing, China) por referência a instruções do fabricante. O rs3802842 foi genotipados usando o TaqMan SNP Genotyping Assay (Applied Biosystems, Foster City, CA) em um 7900HT rápido Real-Time PCR System (Applied Biosystems, Foster City, CA). Para garantir o controle de qualidade, 5 amostras% duplicados foram selecionados aleatoriamente para avaliar a reprodutibilidade, com uma taxa de concordância de 100%.

Análise Estatística

Desvio das freqüências dos genótipos nos controles das esperadas sob Hardy-Weinberg foi calculada utilizando goodness-of-fit

χ

2

teste. Diferenças nas variáveis ​​e distribuição dos genótipos entre casos e controles demográficos foram examinadas por

χ

2

teste ou

t

teste quando apropriado. A associação entre rs3802842 e risco de CRC foi estimado em odds ratio (OR) com intervalo de confiança de 95% (IC 95%), que foi calculado por regressão logística multivariada incondicional com ajuste para sexo e idade. RUP e ICs de 95% como as métricas de tamanho do efeito foram recalculados para o alelo C contra A, genótipos AC contra AA e CC contra AA. A fim de evitar a suposição de modelos genéticos, modelos dominantes, recessivos e de aditivo foram também analisadas. Para ajustar para comparações múltiplas, foi aplicado o método de Bonferroni. Além disso, análises estratificadas por local do tumor e diferenciação do tumor foram realizadas para avaliar melhor o papel da rs3802842 no CRC. Todas as análises estatísticas foram realizadas no SPSS 18.0 e todos

valores P Quais são bicaudais com um nível significativo de 0,05.

Meta-análise de rs3802842, em associação com o risco CRC

para garantir o rigor desta meta-análise atual, nós projetamos e relatou que de acordo com os itens de relatório preferido para revisões sistemáticas e meta-análises (PRISMA) declaração (https://www.prisma-statement.org) eo lista de verificação é mostrada na Checklist S1.

Foram pesquisados ​​PubMed, EMBASE, e ISI web of Science para estudos publicados em qualquer idioma até abril 2012 usando os termos de pesquisa

rs3802842

,

C11orf53

, ou

11q23.1

combinada com

cancro colorectal

,

colorectal neoplasia

,

adenoma colorretal

,

câncer de cólon

ou

câncer retal. Para expandir a cobertura de nossas pesquisas, realizamos mais pesquisas na base de dados biomédica (CBM) Chinês [20] com base na estratégia de busca acima. As referências dos artigos recuperados e comentários também foram verificados por estudos adicionais. Pesquisando foi realizada em duplicata por dois revisores independentes (L. Zou e R. Zhong). Os seguintes critérios foram aplicados para a seleção da literatura: (1) estudo caso-controle avaliando a associação entre rs3802842 e risco de CRC; (2) apresentação de dados brutos /OR ajustado com IC 95% ou suficientes para calcular bruto /OR ajustado com IC 95%; (3) Estudos de seres humanos. Quando havia vários relatórios publicados a partir da mesma população do estudo, o único com projeto completo ou maior tamanho da amostra foi finalmente selecionada. Se mais de uma população de origem étnica foram incluídos em um relatório, cada população foi considerada separadamente. Todos os dados foram extraídos independentemente por dois revisores (L. Zou e R. Zhong) e qualquer divergência foi julgado por um terceiro autor (Q. Wang). Para cada estudo, resumidos primeiro autor, ano de publicação, localização geográfica, etnia da população do estudo, tipo de estudo, método de genotipagem, o número de casos e controles, a taxa de masculino /feminino, com média de idade, história familiar de câncer, fonte de grupo de controle e frequências de genótipos em casos e controles. O alelo C contra A, genótipos AC contra AA e CC contra AA foram todos calculados e modelos dominantes, recessivos e aditivos também foram assumidos para rs3802842 respectivamente. O teste de Bonferroni foi também aplicado para contrariar o problema de comparações múltiplas. A heterogeneidade entre os estudos foi avaliada pela

χ

2

base Cochran do

Q

Estatística (heterogeneidade foi considerado significativo em

P Art 0,10). O

I

2

estatística foi então utilizados para estimar quantitativamente a heterogeneidade (

I

2 Art 30%, nenhum entre os estudos heterogeneidade ou marginal heterogeneidade entre os estudos;

I

2 =

30% -75%, a heterogeneidade leve;

I

2 Art 75%, a heterogeneidade notável) [21]. Um modelo de efeitos fixo, utilizando o método de Mantel-Haenszel, foi adotada para calcular o pool ou quando não foi detectada nenhuma heterogeneidade significativa [22]; caso contrário, foi aplicado um modelo de efeitos aleatórios, usando DerSimonian e método de Laird, [23]. No geral meta-análise para rs3802842 foi realizada inicialmente. Em seguida, realizamos análises de estratificação, se os dados permitido (o número de estudos obtidos em cada subgrupo não seja inferior a 3), de acordo com a etnia (Europeu, Asiático e Africano), tipo de estudo (GWAS e estudos de replicação), local do tumor (cólon e reto cancros) e se os indivíduos afetados pela síndrome de Lynch. Além disso, a análise de sensibilidade foi realizada, em que os RUP reunidas foram calculados após a omissão de cada estudo em vez [24]. Cumulativo meta-análise também foi aplicada através de variedade de estudos com tempo de publicação [25]. Uma estimativa do potencial de viés de publicação foi executado pelo teste de Egger [26]. Se houve uma associação significativa entre o polimorfismo eo risco de CRC detectados na meta-análise global para qualquer modelo genético, análises de bioinformática foram ainda realizados para prever a função de rs3802842 usando três ferramentas de bioinformática integrados “SNP Info” (http: //manticore.niehs.nih.gov/snpfunc.htm), “FastSNP” (https://fastsnp.ibms.sinica.edu.tw/pages/input_CandidateGeneSearch.jsp) e “F-SNP” (http: //compbio. cs.queensu.ca/F-SNP/). Para examinar a contribuição desse polimorfismo com a ocorrência de CRC na população em geral, o PAR foi calculado usando a seguinte fórmula: Pr (RR-1) /[1 + Pr (RR-1)], onde

Pr

, a proporção de indivíduos de controlo exposto ao alelo de interesse, pode ser calculada pela menor frequência alélica (MAF) relatados na base de dados dbSNP e o risco relativo (RR) é estimado utilizando o pool ou produzido pela meta-análise [27] . Todas as análises estatísticas foram realizadas com o Stata 11.0 software e

P

valores inferiores a 0,05 são considerados estatisticamente significativa em todos os testes, exceto para

Q

teste para heterogeneidade.

Resultados

resultados do Estudo de caso-controle

As características da população.

As características dos casos e controles estão listadas na Tabela 1. foram encontradas diferenças significativas entre casos e controles para sexo e idade . Os machos foram 59,9% entre os casos em comparação com 59,1% entre os controles (

P

= 0,748). A média de idade (± desvio padrão) foi de 56,31 (± 12,59) anos para casos e 57,24 (± 10,86) anos para controles (

P

= 0,119). Dos casos, 250 tinham cancro do cólon e 391 tiveram câncer retal. Para a diferenciação do tumor, 80, 445 e 116 casos foram classificados como mal, moderadamente e bem diferenciadas, respectivamente.

Associação análise.

Os dados de genótipos de rs3802842 para casos e controles são mostrados na Tabela 2. A distribuição dos genótipos nos controles cumpridos Hardy-Weinberg (

P

= 0,323). As freqüências genotípicas para este polimorfismo no grupo caso diferia do que aqueles no grupo de controle (

P

= 0,000). No modelo de regressão logística multivariada ajustada para idade e sexo, os indivíduos que carregavam o alelo C, AC ou genótipo CC tiveram riscos significativamente elevados de CRC em comparação com as realizadas o alelo ou genótipo AA (C contra A: OR = 1,44, 95% CI = 1,25-1,66; AC contra AA: OR = 1,76, 95% CI = 1,40-2,21; CC contra AA: OR = 1,99, 95% CI = 1,48-2,67). Da mesma forma, as associações significativas entre esse polimorfismo eo risco de CRC foram encontrados em modelos dominantes, recessivos e aditivos (modelo dominante: OR = 1,82, 95% CI = 1,46-2,26; recessivo modelo: OR = 1,41, 95% CI = 1,09-1,82; modelo aditivo: OR = 1,45, IC 95% = 1,26-1,67). A associação entre rs3802842 e risco de CRC para todas as comparações e modelos genéticos permaneceu significativa após correção para testes múltiplos.

Em seguida, os dados estratificados de acordo com os fatores patológicos (Tabela 2). O polimorfismo foi associado com aumento do risco de cancro do cólon em todos os modelos genéticos, exceto o modelo recessivo. associações significativas entre o polimorfismo e câncer de reto para todos os modelos genéticos também foram observados. No entanto, o ajuste para testes de múltipla resultou em associação null-significativa no modelo recessivo para câncer de cólon ou reto. Em relação à diferenciação tumoral, a variante em todos os modelos genéticos apresentaram significativamente elevado risco de CRC com pouco ou moderada diferenciado. Para o cancro bem diferenciado, para além do modelo recessivo, associações significativas entre o polimorfismo e o risco de CRC foram detectados. Após a correção para o teste múltiplo, a associação foi observada para ser nulo significativa no modelo recessivo para mal, moderado ou câncer bem diferenciado.

Resultados da Meta-análise

características do estudo.

Figura S1 mostra os procedimentos de busca literatura e seleção do estudo. Após pesquisa abrangente, foram identificadas 31 publicações potencialmente relevantes e rastreados para a recuperação, dos quais, 15 publicações preencheram os critérios de inclusão. No entanto, as publicações respectivamente relatado por Hutter CM et al. [28], Mates EM et al. [29], Niittymäki I et al. [30], e Lübbe SJ et al. [31] foram excluídos uma vez que os casos em grande parte sobrepostas com as amostras dos estudos anteriores. Portanto, 11 publicações mais estudo, compreendendo 32 estudos de caso-controle de 38534 casos e 39446 controles contribuíram com dados para esta meta-análise [7], [13] – [16], [32] – [37]. Entre estes, as publicações respectivamente relatado por SS Kupfer et al. [15] e Ele J et al. [16] acabou de indicar RUP aditivos ajustados, portanto, foram apenas incluídos na análise agrupada do aditivo modelo. Além disso, houve apenas um alélicas ou obtidas na publicação por Middeldorp A et al. [32], portanto, o estudo apenas participou na análise combinada para o modelo de alelos. Além disso, 3 estudos incluíram alguns pacientes com síndrome de Lynch, [33], [35] [32]. A Tabela 3 mostra as características dos estudos incluídos.

meta-análise geral de rs3802842 em associada com CRC.

Como se mostra no Quadro 4, a evidência significativa de heterogeneidade foi detectada em todos modelos genéticos (tudo

P Compra de heterogeneidade 0,10), portanto RUP para todos os modelos genéticos foram reunidos sob o modelo de efeitos aleatórios. Em comparação com o alelo A, o alelo C conferido um pool ou de 1,15 (IC de 95% = 1,11-1,19) no modelo alélica. RUP genotípicas do AC contra AA e CC contra AA eram 1,18 (IC 95% = 1,12-1,24) e 1,31 (IC 95% = 1,20-1,42), respectivamente. Da mesma forma, as associações significativas entre esse polimorfismo eo risco de CRC foram encontrados em modelos dominantes, recessivos e aditivos (modelo dominante: OR = 1,20, 95% CI = 1,15-1,26; recessivo modelo: OR = 1,20, 95% CI = 1,12-1,29; modelo aditivo: OR = 1,15, IC 95% = 1,11-1,19). O aditivo ou, correspondente a 95% CI não se alterou após RUP brutas e ajustadas foram combinados (OR = 1,15, IC 95% = 1,11-1,19). Os resultados positivos permaneceu significativa após ajuste por meio de testes múltiplos.

A análise estratificada.

A análise estratificada foi primeiramente realizada por etnia (Tabela 4). Por causa de menos de 3 estudos sobre Africano, os dados específicos para rs3802842 só foram estratificados em dois subgrupos: europeus e asiáticos. Após estratificar por etnia, significativa heterogeneidade entre estudo foi efetivamente reduzido no europeu, enquanto a heterogeneidade na Ásia ainda foi detectado. Na população europeia, o polimorfismo apresentado aumentaram significativamente os riscos de CRC em todos os modelos genéticos. Na população asiática, todos os modelos genéticos, exceto o modelo recessivo apresentaram associações significativas com risco de CRC. No entanto, nenhuma associação significativa foi encontrada para o genótipo AC contra AA, CC contra AA, modelo dominante e modelo recessivo quando a correção de Bonferroni foi realizada. Os dados foram estratificados por tipo de estudo em GWAS e estudos de replicação (Tabela 4). Heterogeneidade para todos os modelos genéticos não foi detectado no subgrupo de GWAS, no entanto, houve uma heterogeneidade significativa no subgrupo de estudos de replicação. Estatisticamente resultados significativos para todos genética foram vistos tanto no GWAS ou nos estudos de replicação. Os dados foram adicionalmente estratificados em subgrupo de indivíduos afetados ou não afetados pela síndrome de Lynch (Tabela 4). Todos RUP, exceto o alélicas em pool ou não podem ser apreciadas nos indivíduos afetados pela síndrome de Lynch devido ao número limitado de estudos. associação significativa entre a variante eo risco CRC foi observado sem heterogeneidade no modelo alélicas. Em termos de assuntos não afetados pela síndrome de Lynch, houve evidência de heterogeneidade em todos os modelos genéticos e associações significativas de risco de CRC com o polimorfismo foram encontrados. A análise estratificada pelo local do tumor não pôde ser realizada devido à falta de dados.

Análise de sensibilidade.

Desde significativa entre-heterogeneidade para os meta-análises globais foi observada em todos os modelos genéticos, nós sensibilidade realizadas análises em uma tentativa de avaliar os efeitos de cada estudo individual no pool ou sob o modelo de efeitos aleatórios. Como mostrado na Tabela S1, S2, S3, S4, S5, S6, todos os resultados não foram significativamente alteradas e não tirar uma conclusão diferente, o que sugere que os resultados eram robustas.

meta-análise cumulativa.

cumulativos meta-análises também foram realizadas em todos os modelos genéticos via variedade de estudos em ordem cronológica. Como mostrado na Figura S2, as parcelas deixou claro que, embora os estudos reduziu o IC 95% para as estimativas de síntese, eles não alterar as inclinações em direção associações significativas.

O viés de publicação.

os resultados do teste de Egger indicou que não se observou qualquer evidência de viés de publicação em todos os modelos genéticos (todo o

P Art 0,05)..

A análise bioinformática e PAR de rs3802842

Todas as três ferramentas de bioinformática conformably previu que o SNP pode alterar o fator de transcrição locais de

C11orf93

vinculativo. A fim de avaliar a percentagem de incidência de uma doença na população que é devido à exposição, o PAR foi calculada. O MAF de rs3802842 (C alelo) foi de 31,3% eo pool ou de meta-análise global em aditivo modelo foi de 1,15, de modo que o PAR para C alelo foi estimada em 4,5%.

Discussão

O presente estudo demonstrou uma associação entre rs3802842 e maior risco de CRC em uma população chinesa. Em seguida, a seguinte meta-análise com base em 32 estudos de 38534 casos e 39446 controles de caso-controle também sugeriu que o SNP foi significativamente associada com o risco de CRC, com um aditivo ou sendo 1,15. Assim, PAR que leva em conta tanto a magnitude da freqüência do alelo de risco e de risco na população geral foi de 4,5%. Análise cumulativa em ordem cronológica confirmaram ainda os resultados positivos, exibindo o efeito de que esta variante progressivamente significativa com a estimativa mais precisa. Além disso, a sensibilidade as análises indicaram a estabilidade do resultado. Para o melhor de nosso conhecimento, esta é a primeira meta-análise que tenta esclarecer a associação entre rs3802842 e risco de CRC e os resultados enfatizam fortemente o papel desse polimorfismo no CRC susceptibilidade.

rs3802842 está localizado na 11q23 e há quatro ORF (

LOC120376

,

FLJ45803

,

C11orf53

e

POU2AF1

) e um SNP (rs12296076) reconhecido como alvo sítio de ligação polimórfica para miRNAs em alta desequilíbrio de ligação em torno rs3802842 dentro de um intervalo de 100 kb [7]. Além disso, rs3802842 está perto os fatores genes de codificação POU transcrição [7]. Assim, pode ser visto que a região onde rs3802842 situa-se, sem dúvida, adiciona dificuldade e complexidade de discernir o papel desse polimorfismo no CRC. Pouco se sabe sobre a função do rs3802842, mas nossos bioinformática análises indicaram que era provável que altere o fator de transcrição locais de ligação

C11orf93

e afetou ainda mais a expressão do gene, enquanto a função de

C11orf93

também permanece indefinida. Além disso, embora o papel importante da região 11q23 na patogénese da CRC foi confirmada [38], Pittman AM et al. inferido que o potencial de mudança seqüência genômica causada por rs3802842 pode afetar a expressão de mapeamento de genes fora 11q23.1 através de

cis Restaurant – ou

trans – regulação [13]. Alternativamente, a maior parte das variantes identificadas por GWAS não pode ser

per se

causal, mas implica a probabilidade de estar em ligação com as variantes causais “reais” [19], por isso é possível que o polimorfismo está em desequilíbrio de ligação com “real” loci causal que são até agora não caracterizada. No entanto, as realizações das variantes causais responsáveis ​​pelos sinais GWAS que foram em grande parte baseiam na doença comum teoria comum variante mapeamento fino permanecem limitados, uma razão para isso pode ser que um número de variantes raras que não são identificados por conta GWAS para muito da herdabilidade remanescente de doenças, refletindo o importante papel das variantes raras no risco de ocorrência da doença [39]. Além disso, a compreensão da função biológica de loci de risco, com foco em variantes não-codificantes, é o maior desafio na era pós-GWAS [40].

Depois do primeiro GWAS com respeito a rs3802842, a replicação múltipla estudos foram realizados em sucessão com resultados inconsistentes. Nosso estudo de caso-controle encontraram uma associação significativa entre o polimorfismo eo risco de CRC em todos os modelos genéticos, que foi consistente com o GWAS e alguns estudos de replicação [7], [13], [34]. análises estratificadas por local do tumor ou diferenciação mostrou resultados semelhantes, mas não estatisticamente significativa no modelo recessivo, o que pode ser devido ao tamanho da amostra ou padrão de herança. Apesar de resultados positivos corroboradas em nossa meta-análise, óbvia entre-estudo heterogeneidade não podem ser ignorados; portanto, foram conduzidas análises estratificadas para cavar a fonte de heterogeneidade. Quando estratificado por etnia, a heterogeneidade foi muito reduzida na Europa, mas não em asiática, o que implica que pode haver diversas formas de ação e diferentes freqüências alélicas de rs3802842 entre as duas populações. Além disso, observou-se que Tenesa A et al. observados efeitos alélicas significativamente diferentes de rs3802842 entre os japoneses e europeus e ainda descobriu que a diferença população era de site-specific, ou seja, a população japonesa mostrou a variante única associada ao aumento do risco de câncer retal, mas não associadas com o risco de cancro do cólon que foi detectado na população europeia [7]. No entanto, se o cólon ou risco de câncer retal estava relacionado com o polimorfismo no nosso estudo de caso-controle, sugerindo que, apesar da mesma etnia do chinês e japonês ambos pertencem, as duas populações podem diferir nas causas da CRC em certa medida. Quanto ao tipo de estudo, a heterogeneidade desapareceu em estudos GWS mas ainda manteve-se em estudos de replicação, que foi resultaram das diversas métodos de genotipagem. Após estratificar por se os indivíduos afetados pela síndrome de Lynch, a heterogeneidade quase foi removido no subgrupo de pacientes afetados pela síndrome de Lynch, mas não se alterou em outro subgrupo, o que reflecte, naturalmente, os diferentes atributos dos sujeitos de pesquisa. Tomados em conjunto, etnia, tipo de estudo e se os indivíduos afetados pela síndrome de Lynch eram susceptíveis de ser as fontes de heterogeneidade nesta meta-análise.

Apesar da clara fortalecer deste estudo, que realizou um estudo de caso-controle e uma meta-análise, ao mesmo tempo para comprovar a associação entre rs3802842 e risco de CRC, algumas limitações devem ser reconhecidas. Em primeiro lugar, o tamanho da amostra do nosso estudo de caso-controle foi relativamente pequeno. Em segundo lugar, nós meramente realizadas análises de bioinformática, em vez de experimentos funcionais, de modo que se esta variante é causal permaneceu incerto. Em terceiro lugar, CRC é uma doença complexa relacionada a fatores ambientais e genéticos. No entanto, neste estudo, apenas fator genético foi levado em consideração o que restringia a explorar a interação gene-ambiente.

Em conclusão, nosso estudo de caso-controle e a seguinte meta-análise forneceu evidências convincentes para o envolvimento genético do polimorfismo rs3802842 em CRC susceptibilidade. No entanto, é necessário para a realização bem-mapeamento de 11q23 região e funcionais experimentos para identificar loci causal.

Informações de Apoio

Figura S1. diagrama

Fluxo do processo de selecção estudo.

doi: 10.1371 /journal.pone.0045461.s001

(TIF)

Figura S2. parcelas

Florestais de meta-análise cumulativa de rs3802842 em associação com cancro colo-rectal por ano publicado sob diferentes modelos genéticos. (A) a C contra A; (B) o AC contra AA; (C) do CC contra AA; (D) o modelo dominante; (E) o modelo recessivo; . (F) o modelo aditivo

doi: 10.1371 /journal.pone.0045461.s002

(TIF)

Tabela S1. análise

sensibilidade do modelo de alelos.

doi: 10.1371 /journal.pone.0045461.s003

(DOCX)

Tabela S2. análise

sensibilidade do modelo genotípica de AC contra AA.

doi: 10.1371 /journal.pone.0045461.s004

(DOCX)

Tabela S3. análise

sensibilidade do modelo genotípica de CC contra AA.

doi: 10.1371 /journal.pone.0045461.s005

(DOCX)

Tabela S4. análise

Sensibilidade do modelo dominante.

doi: 10.1371 /journal.pone.0045461.s006

(DOCX)

Tabela S5. análise

Sensibilidade do modelo recessivo.

doi: 10.1371 /journal.pone.0045461.s007

(DOCX)

Tabela S6. análise

Sensibilidade do modelo aditivo.

doi: 10.1371 /journal.pone.0045461.s008

(DOCX)

Checklist S1.

O Checklist PRISMA de 2009.

doi: 10.1371 /journal.pone.0045461.s009

(DOC)