Abstract

Fundo

15 Hydroxyprostaglandin desidrogenase (15-PGDH) é um antagonista metabólica da COX-2, catalisando a degradação da inflamação mediador prostaglandina E2 (PGE

2) e outros prostanóides. Estudos recentes estabeleceram o gene de 15 PGDH como um supressor de cancro do cólon.

Métodos

Nós avaliadas 15 PDGH como um locus de susceptibilidade cancro do cólon em um projeto de três estágios. Nós primeira genotipados 102 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) no gene de 15 PGDH, abrangendo -50 kb cima e para baixo-stream da região codificadora, em 464 casos de câncer de cólon e 393 controles populacionais. Em seguida, genotipados os mesmos SNPs, e também ensaiados os níveis de 15-PGDH expressão nos tecidos do cólon dos 69 pacientes independentes para quem tecido do cólon e amostras de ADN da linha germinativa emparelhados estavam disponíveis. Na etapa final 3, genotipados os 9 SNPs mais promissores de estágios 1 e 2 em uma amostra independente de 525 casos e 816 controles (Fase 3).

Resultados

Nos dois primeiros estágios, três SNPs (rs1365611, rs6844282 e rs2332897) foi estatisticamente significativa (p 0,05) na análise combinada de associação com o risco de câncer de cólon e de associação com a expressão de 15 PGDH, após o ajuste para testes múltiplos. Por um adicional SNP, rs2555639, o alelo T mostraram um aumento do risco de câncer e diminuição da expressão de 15 PGDH, mas só perdeu significância estatística (p ajustado = 0,063). Na fase 3, rs2555639 sozinhos mostraram evidências de associação com odds ratio (TT comparação com CC) de 1,50 (IC 95% = 1,05-2,15, p = 0,026).

Conclusões

A nossa dados sugerem que o alelo rs2555639 T está associada ao aumento do risco de câncer de cólon, e que os portadores de esta exposição alelo de risco expressão diminuída de 15-PGDH no cólon

Citation:. Thompson CL, Fink SP, Lutterbaugh JD , Elston RC, Veigl ML, Markowitz SD, et al. (2013) Variação genética em 15 Hydroxyprostaglandin desidrogenase e do cancro do cólon Susceptibilidade. PLoS ONE 8 (5): e64122. doi: 10.1371 /journal.pone.0064122

editor: Xiao-Ping Miao, MOE chave do Laboratório de Ambiente e Saúde, Escola de Saúde Pública, Tongji Medical College, Huazhong Universidade de Ciência e Tecnologia, China

Recebido: 16 de janeiro de 2013; Aceito: 10 de abril de 2013; Publicado em: 22 de maio de 2013

Direitos de autor: © 2013 Thompson et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Este trabalho foi apoiado pelo Instituto Nacional do Câncer (subvenções K07 CA136758 a CLT, R01 CA136726 a LL) eo processo Comprehensive Cancer Center (P30 CA043703). Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o cancro do cólon é o resultado final de um processo de passos múltiplos de alterações genéticas e epigenética resultando na activação de vias de oncogénicos, bem como a inactivação de vias supressores de tumor [1]. Um acontecimento chave durante a progressão do cancro do cólon é a sobre-regulação do oncogene ciclo-oxigenase-2 (COX-2) [2], [3], [4], [5]. COX-2 catalisa a conversão do ácido araquidónico a PGH

2, que é um substrato intermédio para uma variedade de prostaglandinas bioactivos, incluindo PGE

2 [6], [7], a prostaglandina predominante encontrado em tecidos de cancro do cólon [8]. Várias linhas de evidência sugerem que o aumento da produção de PGE

2 medeia o efeito oncogénico da COX-2 [7], [9], [10], [11].

15-Hydroxyprostaglandin desidrogenase ( 15-PGDH) é a enzima limitante da velocidade na degradação de prostaglandinas, incluindo PGE

2, e directamente antagoniza a COX-2 via oncogénica da produção de prostaglandinas [12]. 15-PGDH é altamente expresso na mucosa do cólon normal, é regulada através da via supressora de tumores de TGF-β, e é submetido a perda de expressão em cancro do cólon [13], [14]. Foi anteriormente demonstrada a função supressora de tumores de 15-PGDH, encontrando que re-expressão de 15-PGDH em um crescimento do tumor bloqueia a linha de células de cancro de cólon após injecção em ratinhos atímicos, e que batendo para fora murinos resultados 15-PGDH em um aumento do desenvolvimento de cólon tumores [13], [15]. Além disso, em estudos humanos encontramos uma diferença de 12 vezes substancial nos níveis de rectal 15 PGDH entre os indivíduos com menor para o maior níveis de transcrição de 15 PGDH, e que os baixos níveis de rectal 15 PGDH foram associados com o aumento do adenoma colorretal (um precursor ao cancro do cólon) recorrências [16].

Estes resultados levaram-nos a examinar se herdado variação genética no locus 15 PGDH explicaria a grande variação da população em níveis de cólon de 15 PGDH, e também seria associada com o risco de desenvolver câncer de cólon. Foi avaliada a associação com o risco de câncer de cólon de marcadores SNP abrangendo -50 kb a montante para ~ 40 kB jusante do gene 15-PGDH região de codificação em um estudo de caso-controle de base populacional em duas etapas. Em seguida, testamos esses mesmos SNPs por suas associações com os níveis de expressão de 15-PGDH nos tecidos do cólon em uma população de pacientes separado.

Materiais e Métodos

Design Estudo

Nós empregamos um desenho de estudo de fase 3 para este projeto. Na primeira etapa, investigamos todos os SNPs conhecidos no gene 15 PGDH, abrangendo 50 kb a montante de 40 kb a jusante, por associação com o risco de câncer de cólon em um estudo de caso-controle de base populacional. Na segunda etapa, foi avaliada a associação destes mesmos SNPs com expressão de 15-PGDH em tecidos epiteliais do cólon a partir de uma amostra independente de pacientes. Em seguida, usamos uma abordagem meta-análise para combinar os resultados das fases 1 e 2, a fim de identificar os SNPs mais promissores para avançar para a fase 3. Na fase 3, genotipados esses SNPs top em uma segunda amostra de pacientes com câncer de cólon e população controla para validação.

populações de pacientes

para a análise de associação de 15-PGDH SNPs com o risco de cancro do cólon, casos incidentes foram identificados a partir do estado de Kentucky Vigilância, Epidemiologia e resultados finais ( SEER) registro. Os controles foram recrutados através de discagem dígito e amigo referências aleatórias. O recrutamento da população estudada foi descrito em maior detalhe anteriormente [17]. No geral, esta população do estudo é de aproximadamente 94% de brancos [17]. A fim de minimizar o efeito da estratificação da população e para aumentar a homogeneidade, limitamos nossa análise apenas os indivíduos auto-relato como caucasianos. Para o conjunto de descoberta (fase 1), os indivíduos foram recrutados a partir de fevereiro de 2003 a dezembro de 2005, e incluiu 464 casos e 393 controles de auto-avaliação como caucasianos. O conjunto de replicação (usado no estágio 3) incluiu 525 casos caucasianos e 816 controlos caucasianos recrutados a partir de janeiro de 2006 a junho de 2010. Todos os participantes forneceram consentimento informado por escrito, completou um extenso questionário fator de risco e doou uma amostra de sangue. O sangue total foi enviado para o laboratório de pesquisa da Case Western Reserve University durante a noite e processada imediatamente. O ADN foi isolado a partir de crostas inflamatórias separadas do sangue total coletado em tubos de ETDA padrão.

Para estudar o efeito da expressão do gene SNPs em tecido (fase 2), secções de tecido de cólon normais foram recolhidas a partir de 69 pacientes caucasianos recrutados na Universidade hospitais processo Medical Center (UHCMC). Todos os participantes forneceram consentimento informado. ARN e ADN a partir de amostras de tecidos foram preparados por extracção de isotiocianato de guanidina com como previamente descrito [18]. O ARN celular total e de ADN genómico foram separadas por ultracentrifugação do extracto através de uma almofada de césio. Ambos os estudos foram aprovados pelo conselho de revisão institucional UHCMC.

A genotipagem

Foram incluídos todos os SNPs conhecidos a partir de 50 kb a montante de 40 kb a jusante de 15-PGDH que, no momento de iniciar nosso estudo foram listado como Illumina golden gate validado, e para o qual ensaios TaqMan ABI estavam disponíveis. ABI TaqMan química foi utilizada para genotipar as amostras de acordo com o protocolo do fabricante. Especificamente, 2 mL alíquotas, contendo 5-10 ng de ADN foram transferidos a partir de placas de reservatório de 96 poços a 384 poços placas de ensaio para cada indivíduo ser genotipados. Várias placas de 384 poços foram gerados; o ADN foi seco para baixo, as placas seladas e, em seguida, congeladas até serem ensaiadas. Uma alíquota de 5 mL de Mestre Mix, Probe Primer foi roboticamente adicionados a cada poço de uma placa de 384 poços previamente revestida com DNA. PCR [40 ciclos] foi levada a cabo sobre uma dupla cabeça do instrumento ABI GeneAmp PCR System 9700 e ponto final leituras foram levadas a cabo usando o 7900 Sequence Detection System ABI (SDS). Desde TaqMan Química é um procedimento baseado em PCR, todas as misturas de ensaio foram preparados em uma sala livre de amplicon para evitar a contaminação.

Para garantir a qualidade dos dados, cada arquivo SDS foi individualmente revisto antes de os dados foram exportados para garantir a linha de base foi definido correctamente. Na disposição do ensaio de 384 poços, a última coluna da placa foi reservada para os brancos de água para assegurar que não houve contaminação durante o plaqueamento. Amostras de DNA, quer a partir Coriell ou do nosso próprio banco de dados, com os genótipos conhecidos para os SNPs sendo interrogado neste estudo foram incluídos em cada placa de ensaio para servir como controlos positivos e identificar os 3 genótipos. Quatro amostras replicadas foram incluídos na amostra descoberta (fase 1) e no cólon amostra expressão tecidual (fase 2), que foram genotipados ao mesmo tempo, e 29 amostras replicadas foram incluídos na amostra de validação (fase 3) para confirmar a genotipagem preciso em o estudo. Genótipo concordância das repetições e amostras de controlo foi confirmada. Se 100% de concordância não foi observado, os arquivos de dados primários foram revistos e, normalmente, o ensaio foi repetido. A taxa de chamada global foi de 94,6% (dados da Tabela S1).

Quantitative PCR em Tempo Real Medição de 15-PGDH

Integridade de RNA total isolado foi verificada usando um Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) e as concentrações foram determinadas usando um espectrofotômetro ND-1000 (NanoDrop, Wilmington, dE). Todos os ensaios de PCR de transcrição inversa quantitativa em tempo real foram realizados seguindo as orientações MIQE [19]. O ADNc foi sintetizado a partir de 1 ug de ARN de entrada utilizando a transcriptase inversa AMV (Roche, Indianapolis, IN) seguindo o protocolo recomendado fabrica. Em tempo real a medição de PCR de 15-PGDH foi realizada utilizando a hidrólise humano sonda /iniciador definido Hs00168359_m1 (HPGD, NM_000860) da Applied Biosystems (Foster City, CA). Uma mistura reaccional de 25 ul continha 1 ul (40 ng) de ADNc molde e uma diluição de um iniciador /sonda individuais fixados em 1X Supermix (Bio-Rad, CA) 01:20 e foi executado em um módulo óptico CFX96 (Biorad, Hercules , CA). condições de ciclos térmicos para todos os ensaios foi de 95 ° C durante 4 min, seguido por 50 ciclos de 95 ° C durante 15 seg e 60 ° C durante 1 min. Citoqueratina 20 (KRT20), um marcador de massa de células epiteliais do cólon, foi utilizado como o gene de referência e para a normalização foi amplificado utilizando o KRT20 (NM_019010) hidrólise iniciador kit humano /sonda Hs00300643_m1 da Applied Biosystems de acordo com as mesmas condições de reacção anteriores. KRT20 foi escolhida porque é um marcador específico para a massa epitelial do cólon [7], [15], [16], bem como ter expressão uniforme por análise de microarray em 16 biópsias de tecido de cólon normais e células epiteliais das criptas do cólon isolados a partir de um adicional de 5 amostras de biópsia normais (Markowitz, dados não publicados). Para cada reacção de transcrição reversa, 15-PGDH e KRT20 ciclo de quantificação (CQ

15-PGDH e Cq

KRT20) valores foram determinados como os valores médios obtidos a partir de três reacções de PCR em tempo real independentes. O nível global de expressão de RNA 15-PGDH foi determinada como a razão da 15-PGDH: KRT20 = 2 exp (CQ

15-PGDH-Cq

KRT20). RNA que não tinha sido submetido à etapa de transcriptase inversa, assim como uma amostra de água que foi realizado o passo da transcriptase reversa foram usadas como controlos negativos e foram negativos para todos os ensaios realizados.

Análises Estatísticas

para o controle de qualidade, cada SNP foi testado para o desvio de Hardy-Weinberg (HWE) na população de controlo através de um teste qui-quadrado da diferença da expectativa. SNPs que mostraram evidência de desvio HWE (p 0,05) foram excluídos análises posteriores

O odds ratio (OR) e intervalos de 95% de confiança (IC) para câncer de cólon foram avaliados por meio de uma regressão logística de controlar idade. e sexo. Nas regressões logísticas, o alelo mais comum em casos (em comparação com os controles) foi considerado o alelo de risco. Para cada SNP, os indivíduos foram codificados como 0, 1 ou 2, representando o número de alelos de risco naquele local. As odds ratio foram calculados para ter um alelo de risco e por ter dois alelos de risco, em comparação com não ter alelos de risco. O p-valor global foi calculada para o valor p da tendência para o risco por número de alelos de risco (modelo aditivo)

A diferença de média expressão tecidual 15 PGDH para cada um dos três possíveis genótipos para cada SNP foi avaliada utilizando uma ANOVA de uma via com dois graus de liberdade. Tendo em conta que estávamos a testar o nosso

a priori

hipótese de que o alelo de risco está associada à diminuição de 15 PGDH expressão, nós informamos valores de p unilaterais. Quando o alelo de risco demonstraram maior expressão, um p-valor de 1 foi atribuído.

A fim de determinar quais SNPs mostrou a maior parte das evidências da associação dos dois com expressão de 15 PGDH e risco de câncer de cólon, foi utilizado Fisher método de combinar os valores de p [20] a partir da associação descoberta SNP e análises de expressão. Fisher método permite combinar os valores de p, especialmente na análise de multi-fase, tirar inferência semelhante utilizando diferentes estatísticas calculadas a partir das mesmas amostras. Cada uma das estatísticas combinadas testa um aspecto diferente da hipótese biológica sob investigação. A energia pode ser melhorada pela combinação dos valores de p dos diferentes testes. Para lidar com múltiplos testes, nós, em seguida, utilizou o método da taxa de descoberta de falsas (FDR) de Benjamini e Hochberg [21] para os p-valores combinados.

Os top 9 SNPs identificados foram então avaliados quanto à associação com o risco de câncer de cólon na replicação definido usando os mesmos métodos estatísticos como o conjunto de descoberta. Nós combinados os resultados da primeira e segunda amostras de casos e controlos utilizando um modelo de efeito aleatório. Todas as estatísticas, exceto para a meta-análise foram calculados usando SAS 9.2 e valores de p 0,05 foram considerados estatisticamente significativos

Resultados

SNP-Colon Cancer Association Descoberta

Cases. na Fase 1 eram mais propensos a ser do sexo masculino e foram, em média, mais velhos do que os controles (Tabela 1). Dos 102 SNPs avaliados na população descoberta, 25 eram ou monomórfica ou teve um MAF 5% em nossa população. Dos restantes, dois foram encontrados para estar fora de HWE, e 1 teve chamar taxa de 80%. Estes 28 SNPs foram excluídas de todas as análises posteriores. Entre os restantes 75 SNPs, 8 foram significativamente associados com o risco de câncer de cólon em modelo de regressão logística na p 0,05 (não ajustados para múltiplos testes) nível (Tabela S1): rs1365611, p 0,0001; rs6844282, p 0,0001; rs2332897, p 0,0001; rs10520282, p = 0,0035; rs1426936, p = 0,012; rs34299544, p = 0,024; rs2555639, p = 0,038; e rs5007089, p = 0,046. Todos os resultados são apresentados na Tabela S1, e cinco destes que preencheram os critérios para inclusão no conjunto de replicação (com base nos resultados em ambos associação de risco e a experiência a expressão do gene do tecido do cólon, ver também abaixo) estão detalhadas na Tabela 2.

Associação com 15 PGDH Expressão

O mesmo conjunto completo de 102 SNPs foi avaliada para a associação com os níveis de expressão de tecido de 15-PDGH em um conjunto independente de 69 pacientes (resultados completos na Tabela S2). Desses pacientes, 38 (55%) eram do sexo masculino e 31 (45%) eram do sexo feminino. A idade média foi de 70,1 (DP = 13,8), ea faixa etária foi 18-94. Dos 102 SNPs genotipados, dois falharam QC e 14 foram monomorphic. Estes foram excluídos análises posteriores. Dos restantes 84 SNPs, quatro foram estatisticamente significativamente correlacionada com os níveis de expressão a p 0,05 (Quadro S2). resultados de expressão detalhadas são fornecidas para os mesmos 9 SNPs seleccionados para validação (ver também abaixo) na Tabela 3.

Ao combinar os valores de p a partir dos resultados de expressão e de associação utilizando o método de Fisher, o 9 mais SNPs estatisticamente significativas (Tabela 2), foram selecionados para validação através de testes de associação com o risco de câncer de cólon em um conjunto de replicação independente dos casos e controles. Desses top 9 SNPs mais significativos, 3 (rs1365611, rs6844282 e rs2332897) permaneceu significativa após ajuste para testes múltiplos (Tabela 3) (rs1365611 p = 0,038, rs6844282 p = 0,038 e rs2332897 p = 0,032), e mais um tinha um múltiplo testando p-valor ajustado de pouco mais de 0,05 (rs2555639, p = 0,063).

Associação validação

na amostra de validação Fase 3, os casos eram mais propensos a ser do sexo masculino e eram mais velhos, em média, do que os controlos, tal como na fase 1 (Tabela 1). Os top 9 SNPs, com base nos valores de pa combinadas mostram evidências de associação com o risco de câncer de cólon e /ou expressão de 15 PGDH no cólon, foram selecionados para validação no conjunto independente de 525 pacientes com câncer de cólon e 816 controles. Desses SNPs, rs2555639 demonstraram evidências estatisticamente significativa para a associação com o risco de câncer de cólon no p . Nível 0,05 (através de uma análise de regressão logística) (Tabela 4)

Combinando os dados de caso-controle de descoberta e validação populações, nossos dados sugerem que ter duas cópias do alelo T do rs2555639 confere um valor estimado de 58% (95% CI: 19% -109%, p = 0,0015) aumento na probabilidade de câncer de cólon em comparação com indivíduos com duas cópias do alelo C (Tabela 5). Além disso, o alelo rs2555639 T também está associada com diminuição dos níveis do gene supressor de tumor de 15 PGDH (Tabela 3, p = 0,012) expressão,

Discussão

Aqui nós apresentamos provas da associação entre o alelo T do rs2555639 SNP e do risco de cancro do cólon 15 PGDH em um desenho do estudo encenado. Este alelo também foi associada com a diminuição da expressão de 15 PGDH no tecido do cólon em uma população independente paciente. Este SNP mapas 17,74 kb a montante de 5 ‘UTR do gene da 15-PGDH, na região reguladora presumido do gene (Fig. 1). Nosso estudo destaca, assim, a importância de se considerar a variação genética nas regiões promotoras ao avaliar a associação de variação hereditária com predisposição para a doença.

Enquanto rs2555639 foi o único SNP que foi significativamente associada com o risco de câncer de cólon em cada um a descoberta e validação define de forma independente, vários SNPs adicionais tiveram associação altamente significativa com o risco quando se combina dados das amostras de descoberta e validação (Tabela 5), ​​incluindo rs1365611 (OR = 1,73, 95% CI: 1,26-2,37, p = 0,0008 ), rs6844282 (OR = 1,42, 95% CI: 1,10-1,83, p = 0,0078) e rs2332897 (OR = 1,74, 95% CI: 1,27-2,38, p = 0,0006). A descoberta e replicação conjuntos no entanto mostram evidências de heterogeneidade (Tabela 5), ​​e estes 3 SNPs não foram significativas na amostra de validação. será necessário um estudo mais aprofundado com um tamanho de amostra maior antes de quaisquer conclusões finais pode ser alcançado em relação à associação destes três SNPs adicionais com risco de câncer de cólon.

rs2555639 SNP cai em um bloco de LD extremamente pequeno, com correlações pobres com SNPs vizinhos. Isto pode explicar porque há outros SNPs no painel de marcação que testamos foram significativamente associados com o risco de doença (Fig. 2). Por esta mesma razão, rs2555639 seria improvável que têm sido detectados em estudos anteriores do genoma de associação (GWAS) que contavam com seleções de painéis de marcação SNPs, e não encontrou uma associação estatisticamente significativa na região de 15 PGDH [22] [23], [24].

plot LD de todos os SNPs selecionados para replicação em todas as amostras caucasianos. Valores dentro das caixas são correlações (R

2).

Da mesma forma, os estudos de genes candidatos anteriores da associação do 15-PGDH SNPs com o risco de câncer de cólon também não conseguiu detectar rs2555639. Estes estudos anteriores identificaram dois SNPs em PGDH – rs2612656 e rs8752 – como mostrando individualmente associação significativa com o risco de câncer de cólon [25]. No entanto, nem foi replicado em um estudo de validação [26]. Ambos estes dois estudos anteriores limitados a região examinada, quer o corpo do gene da 15-PGDH ou para apenas 5 kb de flanqueamento sequência genómica [25], [26]. Assim, nenhum destes estudos teria detectado a associação de rs2555639, com o risco de cancro do cólon. Outro estudo anterior avaliou a associação dos dois únicos SNPs de codificação não sinónimas em 15 PGDH com o risco de cólon adenoma [27]. Nós não avaliar a associação desses SNPs com risco de câncer de cólon em nosso estudo por causa de suas freqüências alélicas menores baixas (3% e 1%, respectivamente).

Uma limitação do nosso estudo é que nós só avaliadas a associação de 15 PGDH locus de SNPs com o risco de câncer de cólon entre os indivíduos auto-relato como caucasianos, que são predominantemente de ascendência europeia. Assim, somos incapazes de avaliar se a associação de rs2555639 tanto com o risco de câncer de cólon e de expressão de 15 PGDH detém em outros grupos raciais. Além disso, foram excluídos os SNPs com uma frequência do alelo menor inferior a 5%. Isto, em combinação com a nossa amostra relativamente pequena descoberta, pode ter limitado nossa capacidade de detectar qualquer associação a qualquer rara 15 PGDH variantes ou variantes mais comuns com efeitos muito baixos. Outra limitação potencial é que ambas as nossas amostras Fase 1 e Fase 3 foram retirados de Estado da população Kentucky. Validação de nossos resultados em outras populações independentes, não-Kentuckian é assim garantido.

O importante papel da COX-2 e da via do ácido araquidônico no desenvolvimento de câncer de cólon está bem estabelecido, como é o papel da 15 -PGDH como um supressor metabólica da via da COX-2 e um gene supressor de cancro do cólon [4], [5]. Neste estudo demonstrámos evidência para variações herdadas no gene da 15-PGDH em potencialmente regular os níveis de expressão de 15-PGDH no cólon, bem como conferindo susceptibilidade para o cancro do cólon. Identificámos um único SNP, rs2555639, 17,74 kb a montante de 5 ‘UTR do gene da 15-PGDH, o qual está associado tanto com menor expressão de 15-PGDH cólon e com risco aumentado de cancro do cólon. Este estudo ilustra a vantagem de combinar testes de associação SNP com expressão tecidual 15 PGDH e com risco de doença, já que esta abordagem combinada nos permitiu identificar o alelo rs2555639 T 15 PGDH como um cancro do cólon variante susceptibilidade potencialmente funcional e romance em um estudo de 3 estágios, apesar dos tamanhos de amostra modestas de ambos os descoberta e replicação de conjuntos de caso-controle. Devemos salientar que utilizamos α = 0,05 como ponto de corte para declarar significado replicação em fase de validação, sem ajuste adicional para testes múltiplos. Embora os SNPs de validação foram selecionados com base na evidência combinada de estágios 1 e 2 para sua associação com tanto o risco de câncer de cólon e de expressão tecido 15 PGDH, o cuidado deve ser tomado na interpretação dos resultados de replicação. No entanto, nossos resultados devem estimular mais estudos para validar a variante rs25556399 como predisponentes ao câncer de cólon em outras populações independentes, bem como investigar outras variantes SNP no locus 15 PGDH no desenvolvimento de câncer de cólon.

Informações de Apoio

Tabela S1.

Cancer Association completa SNP-Colon Resultados em Discovery População. Distribuição (N (%)) de alelo principal homozigótica, o alelo menor heterozigóticos e homozigóticos, e OR de risco homozigótica (como definido mais comum nos casos em comparação com controlos) versus referência homozigótica

doi:. 10.1371 /journal.pone. 0064122.s001

(DOCX)

Tabela S2.

completos SNP-expressão resulta em Tissue População Amostra

doi: 10.1371. /journal.pone.0064122.s002

(DOCX)