Sumário

Um dos principais desafios no desenvolvimento de câncer de próstata biomarcadores de prognóstico é a heterogeneidade celular em amostras de tecido. Nós desenvolvemos uma análise objectiva Cluster-correlação (CC) para identificar as alterações de expressão de genes em vários tipos de células que estão associados com a progressão. No passo de cluster, as amostras foram agrupados (sem vigilância) com base nos valores de expressão de cada gene por meio de um modelo de mistura combinada com um modelo de regressão linear múltipla em que os dados percentuais do tipo de células foram usadas para a decomposição. Na etapa de correlação, um teste do qui-quadrado foi usado para selecionar genes prognósticos potenciais. Com a análise de CC, foram identificados 324 genes expressos de forma significativa (68 tumorais e 256 genes de células do estroma expressas), que foram fortemente associados com o status de recidiva bioquímica observada. Significância Análise de Microarray (SAM) foi então utilizada para desenvolver um classificador de sete genes. O classificador foi validado utilizando dois conjuntos de dados independentes. A precisão da previsão global e a sensibilidade é de 71% e 76%, respectivamente. A inclusão de a soma de Gleason para o classificador de sete gene levantou a precisão da previsão e sensibilidade para 83% e 76% respectivamente, com base em testes independentes. Estes resultados indicaram que o nosso modelo de prognóstico que inclui ajustes tipo de célula e usando pontuação de Gleason e a assinatura de sete gene tem alguma utilidade para a previsão de resultados para o câncer de próstata para pacientes individuais no momento do prognóstico. A estratégia poderia ter aplicações para melhorar o desempenho marcador em outros tipos de câncer e outras doenças

Citation:. Chen X, Xu S, McClelland M, Rahmatpanah F, Sawyers A, Jia Z, et al. (2012) Um Accurate Cancer prognosticador da próstata com uma assinatura de sete Gene Pontuação Além disso Gleason e Tomar Tipo celular Heterogeneidade em conta. PLoS ONE 7 (9): e45178. doi: 10.1371 /journal.pone.0045178

editor: Bart O. Williams, Van Andel Institute, Estados Unidos da América

Recebido: 17 de maio de 2012; Aceito: 16 de agosto de 2012; Publicado: September 28, 2012