Abstract

Muitos estudos estabeleceram assinaturas prognósticos baseados em expressão genética para câncer de pulmão. Todas estas assinaturas foram construídos a partir de conjuntos de dados de treino, por aprender a correlação da expressão do gene com o tempo de sobrevivência dos pacientes. Eles exigem que todos os novos dados de exemplo para ser normalizado para os dados de treinamento, resultando em problemas comuns de baixa reprodutibilidade e impraticabilidade. Para ultrapassar estes problemas, propomos um novo modelo de assinatura que não envolve a formação de dados. Nossa hipótese é que o desequilíbrio de dois efeitos opostos em células de câncer de pulmão, representada por genes Yin e Yang, determina o prognóstico do paciente. Nós selecionamos os genes Yin e Yang, comparando dados de expressão de amostras de tecido pulmonar e câncer de pulmão normais usando tanto o agrupamento não supervisionado e vias analisa. Calculou-se a expressão do gene Yin e Yang significa proporção (YMR) como escores de risco do paciente. Trinta e um Yin e trinta e dois genes Yang foram identificados e seleccionados para desenvolvimento da assinatura. Em tecidos pulmonares normais, o YMR é inferior a 1,0; em casos de câncer de pulmão, o YMR é maior do que 1,0. O YMR foi testado para a previsão do prognóstico do câncer de pulmão em quatro conjuntos de dados independente e pacientes significativamente estratificados em grupos de alto e baixo risco de sobrevivência (p = 0,02, HR = 2,72; p = 0,01, HR = 2,70; p = 0,007, HR = 2,73; p = 0,005, HR = 2,63). Ele também mostrou previsão dos resultados de quimioterapia para a fase II III. Na análise multivariada, o fator de risco YMR foi mais bem sucedido em predizer os resultados clínicos do que outros fatores clínicos comumente usados, com exceção do estágio do tumor. O YMR pode ser medida em um paciente individual na clínica independente da plataforma de expressão do gene. Este estudo forneceu uma nova visão sobre a biologia do câncer de pulmão e lançar luz sobre a aplicabilidade clínica

Citation:. Xu W, Banerji S, Davie JR, Kassie F, Yee D, Kratzke R (2013) Yin Yang gene Expression Rácio Signature for Lung Cancer Prognóstico. PLoS ONE 8 (7): e68742. doi: 10.1371 /journal.pone.0068742

editor: Tone Geada Bathen, da Universidade Norueguesa de Ciência e Tecnologia (NTNU), Noruega