chinesa

Abstract

DOC-2 /proteína interativa DAB2 (DAB2IP ) é um gene supressor de tumor identificou romance que inibe o crescimento celular e facilita a apoptose celular. Uma variante genética em

gene DAB2IP

foi relatado para ser associada a um risco aumentado de cancro da próstata agressivo recentemente. Desde DAB2IP envolve no desenvolvimento de cancro do pulmão e baixa expressão de DAB2IP são observados no cancro do pulmão, a hipótese de que as variações no

gene DAB2IP

pode aumentar a suscetibilidade genética para câncer de pulmão. Em um estudo de 1056 casos de cancro do pulmão e 1056 controles sem câncer pareados por freqüência de sexo e idade de caso-controle, foi investigada a associação entre dois polimorfismos comuns no

gene DAB2IP

(-1420T G, rs7042542; 97906C a, rs1571801) e o risco de câncer de pulmão. Descobrimos que, em comparação com os genótipos 97906CC, portadores de genótipos variantes (97906AC + AA) teve um aumento significativo do risco de câncer de pulmão (odds ratio ajustada [OR] = 1,33, 95% CI = 1,04-1,70,

P

= 0,023) eo número de variante de risco) alelo (trabalhou de uma maneira dose-resposta (

P

tendência = 0,0158). Uma análise mais aprofundada estratificação mostrou que a associação de risco foi mais pronunciada em indivíduos com idade inferior a 60 anos de idade, do sexo masculino, não-fumantes, não-bebedores, grupos sobrepeso e naqueles com história familiar de câncer em primeiro ou de segundo grau parentes, eo 97906A interagiu com excesso de peso sobre o risco de câncer de pulmão. Descobrimos ainda o número de alelos de risco (97906A alelo) foram negativamente correlacionada com a idade diagnóstico precoce do câncer de pulmão em pacientes do sexo masculino (

P

= 0,003). No entanto, nenhuma associação significativa foi observada na -1420T polimorfismo G. Os nossos dados sugerem que os genótipos variantes 97906A estão associados com o risco aumentado e aparecimento precoce de cancro do pulmão, particularmente em homens

citação:. Yang L, Li Y, X Ling, Liu G, B Liu, Xu K , et ai. (2011) uma variante genética comum (97906C A) de DAB2IP /AIP1 está associado com um risco aumentado e início precoce do cancro do pulmão em homens chineses. PLoS ONE 6 (10): e26944. doi: 10.1371 /journal.pone.0026944

Autor: John D. Minna, Univesity of Texas Southwestern Medical Center em Dallas, Estados Unidos da América

Recebido: 16 Março, 2011; Aceito: 06 de outubro de 2011; Publicação: 26 de outubro de 2011

Direitos de autor: © 2011 Yang et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Este estudo foi parcialmente financiado pela Fundação Nacional Natural Científico da China concede 30872178, 81072366 (Dr. J. Lu) e 30.872.142 (Dr. W. Ji), o Guangdong Provincial Scientific Research Grants 8251018201000005 e Guangdong Provincial de alto Nível Especialistas Grants 2010-79 ( Dr. J. Lu). Além disso, sem financiamento externo adicional recebida para este estudo. Todos os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

introdução

o cancro do pulmão é o tipo mais comum de câncer ea principal causa de morte entre os tipos de tumores no mundo [1]. Nos Estados Unidos, estima-se que não seria 222,520 novos casos de câncer de pulmão e 157,300 mortes por câncer de pulmão em 2010 [1]. Os dados da pesquisa morte e câncer de registo nacional da China continental também mostrou que o câncer de pulmão foi a principal causa de morte na maioria das cidades na China [2]. Em Guangzhou, a taxa de incidência de câncer de pulmão foi 61,18 /10

5 em homens e 32,56 /10

5 em mulheres em 2004, de acordo, com uma taxa de mortalidade de 59,37 /10

5 no sexo masculino, e 27,82 /10

5 em mulheres [2]. Todos estes indicam que os encargos de câncer de pulmão é sério em todo o mundo, especialmente nos machos.

Estudos epidemiológicos mostraram que os fatores mais etiológicos de câncer de pulmão são do ambiente, incluindo tabagismo, exposição ocupacional ao policíclicos hidrocarbonetos aromáticos, amianto, metais e fumos de solda, poluição do ar, e desnutrição ou dietas [3]. No entanto, apenas uma pequena parcela de indivíduos que expõem a factores ambientais desenvolveram a doença do cancro do pulmão perigosos, o que sugere que não sejam ambiente de fatores, tais como o host (por exemplo, doenças pulmonares crônicas) ou fatores genéticos (eg, variação do gene) pode predispor indivíduos de desenvolver câncer de pulmão [4]. Recentemente, uma meta-análise incluindo os resultados de 41 estudos relataram que a história familiar de câncer de pulmão foi um fator de risco de câncer de pulmão [5]. Estes demonstraram que o factor genética desempenha um papel no desenvolvimento de cancro do pulmão humano.

DAB2IP

, o gene de codificação da proteína-2 de DOC /DAB2IP, também conhecida como apoptose sinalização que regula cinase 1 que interactua com a proteína-1 (AIP1), é um novo membro da família de genes de activação de RAS GTPase-. DAB2IP, activa não apenas directamente sinalização apoptótica induzida por TNF- célula ASK1-de JNK e inibe a sinalização induzida por TNF- IKK- crescimento celular de NF-kB [6] – [8], mas também suprime a fosfatidilinositol 3-quinase (PI3K) -Akt e, portanto, conduz a apoptose celular [9] e regular negativamente RAS-mediadas sinal de sobrevivência celular através da sua interacção com DAB2 [10]. Além disso, o estudo revelou também uma função de DAB2IP na modulação epitelial-mesenquimal-a transição e a metástase de cancros [11]. Devido à metilação aberrante no

DAB2IP e região promotor, baixa expressão de DAB2IP foi encontrado em vários tipos de cancro, incluindo o cancro do pulmão, e aumento do nível de DAB2IP pode suprimir o crescimento do câncer [12] – [17]. ratinhos knockout DAB2IP mostraram que a deficiência de proteína DAB2IP pode aumentar fortemente a migração celular epitelial e a angiogénese inflamatória [18]. Todos os dados sugerem que

DAB2IP

pode funcionar como um gene supressor de tumor.

gene DAB2IP

localiza na 9q33.1-33.3 cromossomo. É alta polimórfica, 1457 e polimorfismos comuns dois transcritos diferentes têm sido relatadas neste gene. Recentemente, um estudo relatou que um polimorfismo genético (rs1571801) no intron 1 de

gene DAB2IP

foi significativamente associada com um risco aumentado de câncer de próstata agressivo tanto em Africano-americanos e população europeia [19]. Porque a maioria dos pacientes com câncer de pulmão são do sexo masculino e DAB2IP deficiente também foi fundada em câncer de pulmão [15], é provável que a variação genética em

gene DAB2IP

pode contribuir para aumentar o risco de câncer de pulmão, como o fez no câncer de próstata. Variações no promotor desse gene pode afectar as funções do gene. Tomado estes juntos, temos a hipótese de que as variações genéticas em

DAB2IP

genes e suas possíveis interações com fatores ambientais estão associados com o risco de câncer de pulmão.

Neste estudo caso-controle de base hospitalar incluindo 1056 pacientes com cancro do pulmão e 1056 controles sem câncer não relacionados genéticos sexo e idade frequency-correspondidos, nós genotipados dois polimorfismos comuns em gt

gene DAB2IP

(-1420T G, rs7042542, na região promotora; 97906C a, rs1571801, no intron 1) e investigou sua associação com o risco de câncer de pulmão.

Resultados

a demografia dos assuntos

a distribuição das variáveis ​​demográficas e fatores de risco da 1056 casos e os 1056 controles sem câncer foram descritos em outros lugares [20] e estas variáveis ​​foram posteriormente ajustada para o modelo de regressão logística multivariada para controlar possíveis fatores de confusão dos principais efeitos do SNP estudados e utilizados na estratificação mais tarde e gene-ambiente interacção análise. Além disso, dos 1056 casos, havia 683 (64,7%) casos de cantoneses, 90 (8,5%) teocheweses, 198 (18,8%) hakkases e 85 (8,0%) indivíduos de outras províncias. dos 1056 controles, havia 700 (66,2%) cantoneses, 81 (7,7%) teocheweses, 195 (18,5%) hakkases e 80 (7,6%) indivíduos de outras províncias. A diferença na distribuição de sub-nação entre casos e controles não foram estatisticamente significativas (

P

= 0,8538) e este foi utilizado na análise da interação estratificação mais tarde e gene-ambiente (Tabela 1).

a distribuição de

DAB2IP

genótipos e o risco de câncer de pulmão

a distribuição dos dois SNPs genótipos entre os controles e casos, e os odds ratio ajustados associados com o cancro do pulmão estão resumidos na Tabela 2. Ambas as freqüências genotípicas em população de controlo estão de acordo com aqueles previstos no âmbito Hardy-Weinberg (

P

= 0,454 para -1420T G;

P

= 0,113 para 97906C UMA). Genética desequilíbrio de ligação entre a -1420T G lócus e 97906C Um locus de não ocorrer como a análise de LD em controlos mostrado (D ‘= 0,015 e r

2 = 0,001), sugerindo que cada uma pode ter um efeito independente em risco de . câncer de pulmão

Como mostrado na Tabela 2, alelo frequência de 97906C Um SNP foi mostrado diferenças significativas entre os casos e controles (

P

= 0,0381). A análise de regressão logística multivariada mostrou que após o ajuste para fatores de confusão, em comparação com genótipos CC, CA teve um aumento significativo do risco de câncer de pulmão (odds ratio ajustada [OR] = 1,31; IC95% = 1,01-1,68;

P

= 0,0436), o homozigoto AA tiveram um risco não-significativamente aumentado de câncer de pulmão (OR ajustado = 1,90; IC95% = 0,80-4,53;

P

= 0,1438), devido à sua rara frequência, mas há era uma tendência significativa para um efeito de dose do alelo sobre o risco de câncer de pulmão (

P

tendência = 0,0158). Sob o modelo de co-dominante de herança, os portadores de um alelo (ie, CA genótipos /AA) tinha um 0,33 vezes maior risco de câncer de pulmão (95% CI = 1,04-1,70;

P = 0,023

). No entanto, para o -1420T G SNP, as freqüências genotípicas e alélicas não diferiram significativamente entre os casos e os controles (

P

= 0.5263 e 0.4549, respectivamente). Consistentemente, não houve associação significativa entre este SNP eo risco de câncer de pulmão

análise de estratificação da

DAB2IP

97906C . A genótipos e risco de câncer de pulmão

Nós ainda avaliadas as associações dos genótipos 97906CA /variantes AA com o risco de câncer de pulmão estratificados por variáveis ​​selecionadas. Como mostrado na Tabela 3, em comparação com o genótipo homozigoto de tipo selvagem comum, a genótipos prejudiciais 97906CA /AA foram mais pronunciados no sexo masculino (ajustar OR = 1,42, 95% CI = 1,06-1,89), em indivíduos mais jovens (ajustar OR = 1,51 , IC95% = 1,06-2,14), em não-fumantes (ajustar OR = 1,43, IC 95% = 1,00-2,10), em nondrinkers (ajustar OR = 1,45, IC 95% = 1,10-1,92), em grupos com excesso de peso ( ajuste ou CI = 1,30-4,16 = 2,33, 95%) e naqueles com história familiar de câncer em parentes de primeiro ou segundo grau (ajustar OR = 2,55, IC 95% = 1,04-6,25). Considerando que, nenhuma associação significativa entre o -1420T polimorfismo G eo risco de câncer de pulmão foi encontrado em qualquer um dos subgrupos (dados não mostrados)

Além disso, avaliamos possíveis interações (ou modificações de efeito. ) entre o polimorfismo e idade, sexo, tabagismo, beber, história familiar de câncer, e grupos de IMC no risco de câncer. Enquanto os modelos multiplicativos de montagem, que só descobriu que os genótipos variantes 97906A interagiu com BMI sobre o aumento do risco de câncer (teste de interação

P

= 0,0348). Analisamos ainda mais as possíveis interações com o software Multifactor dimensionalidade Redução (MDR), e descobriu que havia interações dos genótipos variantes 97906A, IMC e fumo sobre o aumento do risco de câncer (teste de interação

P

= 0,0003). Estes resultados sugerem a possibilidade de interação entre 97906A genótipos variantes e excesso de peso sobre o risco de câncer de pulmão.

A idade de início de câncer de pulmão e as variantes de

DAB2IP

Porque uma idade precoce pelo aparecimento de cancro é uma característica da susceptibilidade genética para a doença, foi analisada a relação entre a idade de início dos doentes com cancro do pulmão e os genótipos de

DAB2IP

, análise de correlação a Pearson mostrou que a idade de início diminuiu significativamente como o número de alelos de risco aumentado em homens (r = -0,11,

P

= 0,0026), mas não em mulheres (r = -0,06,

P

= 0,2923). Nós ainda atribuídos esses 746 pacientes do sexo masculino para um dos três grupos com base do número de alelos de risco, e descobriram que a idade de início (média ± SD) de 61,1 ± 11,7 anos, em 610 pacientes com o alelo de risco de zero (ou seja, CC genótipos), foi significativamente menor em 124 pacientes com apenas um alelo de risco (genótipos CA) (58,8 ± 11,2); e foi ainda mais reduzida em 12 pacientes com dois alelos de risco (genótipos AA) (55,4 ± 9,5). Os portadores de 97906CA ou AA genótipos foram 2,3 anos ou 5,7 anos mais jovens do que a dos genótipos CC. (Teste ANOVA

P

= 0,0386) (Fig. 1). Foi realizada uma análise mais aprofundada de regressão de Cox com e sem ajustes para sexo, idade, status de fumo, estado bebida e IMC, e descobriram que a variante genética 97906A (97906CA e AA) de

DAB2IP

era um fator independente para o início aparecimento de pacientes com câncer de pulmão (

P

= 0,033,

P

ad = 0,031)

Associação entre a 97906C . a genótipo e

DAB2IP

níveis de mRNA

Conforme mostrado na Figura 2A, os níveis de mRNA de

DAB2IP

em 32 tecidos de câncer de pulmão foi significativamente menor do que os seus tecidos normais adjacentes (

P

0,001). No entanto, as diferenças de expressão de ARNm de DAB2IP entre 97906C A genótipos não foram significativas em nenhum dos tecidos de tumor (

P = 0,188

) nem tecidos normais (

P = 0,165

), como mostrado na figura 2B e 2C. Ele sugeriu que o SNP 97906C . A não pode ter nenhum impacto significativo sobre a expressão deste gene

A, os níveis de mRNA relativos do

expressões DAB2IP

em tecidos de câncer de pulmão em comparação com os seus tecidos pulmonares normais adjacentes ; B, o nível de mRNA relativa do

DAB2IP

expressão pela 97906C Um genótipo em tecidos de câncer de pulmão. C, nível de mRNA relativa do

DAB2IP

expressão pela 97906C Um genótipo em tecidos normais. Não houve associação significativa entre a 97906C Um genótipo e

DAB2IP

níveis de mRNA nem em tecidos de câncer, nem em tecidos Colunas normais, a média de três experiências independentes; bares, SD; eo teste t de Student foi utilizado para testar as diferenças nos níveis de diferentes construções de expressão

detecção de DAB2IP /MLL gene de fusão

Na análise genotipagem de 97906C . A genótipos naqueles 82 tecidos de câncer de pulmão e seus tecidos normais adjacentes, encontramos o de tecidos de câncer de 19 casos eram portadores de CA, 2 casos foram AA, dos tecidos normais adjacentes 17 casos eram portadores de CA e um caso foi AA. Nós amplificou o fragmento do gene de fusão DAB2IP /MLL com o método de PCR como von Bergh AR descrito para todos aqueles 82 tecidos de câncer de pulmão e seus tecidos normais adjacentes. No entanto, não conseguimos detectar

AB2IP /MLL

gene de fusão.

Discussão

Neste estudo caso-controle de câncer de pulmão na população do sul da China, nós investigamos associação entre dois variantes comuns de

DAB2IP

eo risco de câncer de pulmão com um tamanho relativamente grande amostra de 1056 pacientes com cancro do pulmão e 1056 controles sem câncer. foi observada associação significativa entre a 97906C Um risco de câncer de polimorfismo e pulmão. Os genótipos variantes 97906A foram encontrados para ser associado com um risco aumentado, especialmente nos subgrupos de indivíduos com menos de 60 anos, do sexo masculino, que nunca fumaram, não bebedores, overweighter ou obesidades, e aqueles com história familiar de câncer. Além disso, o aumento do número de alelos de risco foi associada com a idade mais precoce no início do cancro do pulmão. No entanto, para o polimorfismo -1420T G, nenhuma evidência foi encontrada para qualquer associação entre este SNP eo risco de câncer de pulmão. Para o melhor de nosso conhecimento, este é o primeiro estudo de associação genótipo do

DAB2IP

SNPs e cancro do pulmão risco.

Um estudo encontrou o intron1 97906A variante genética no

DAB2IP

foi associada a um risco aumentado de cancro da próstata agressivo [19]. Por causa do papel crucial da DAB2IP na etiologia do cancro do pulmão, aqui verificou-se que a 97906C Um SNP também foi associada a um risco aumentado de cancro do pulmão em machos; sugere que as variantes 97906A podem desempenhar um papel importante na etiologia de cancro do pulmão. Nós tínhamos realizado a análise de bioinformática com ferramentas Vista (https://genome.lbl.gov/vista/index.shtml), comparando as estruturas genômicas de

DAB2IP

de genes entre humanos (GeneID: 153090) e rato ( GeneID: 69601), rato (GeneID: 192126), cão (GeneID: 491.356), vaca (GeneID: 541.268), descobrimos que a 97906C Um lugar localiza em regiões evolutivamente conservadas (ECRs) que não mudou através da evolução e servido como elementos funcionais actuam em cis [21]. Analisamos ainda mais os possíveis SNPs geneticamente estatísticos semelhantes aos 97906C A em uma região 5 Mb no cromossomo 9, através do banco de dados do HapMap SNP (liberação # 36, https://www.hapmap.org/, 9 de novembro de 2009) genotipados na CHB trios com a interface web ssSNPer (https://gump.qimr.edu.au/general/daleN/ssSNPer/). região Ina partir 123228424 pb a montante para 123728423 bp a jusante da 97906C A, também encontramos um intron 1 polimorfismos rs1984038 que 3184 pb a montante do 97906C Um estava em completo LD (D ‘= 1,00, r

2 = 1,00) com 97906C a [22], e foi também pertencem aos ECR. No entanto, nós não encontrou qualquer efeito significativo de 97906C Um SNP nas expressões de mRNA do gene da DAB2IP em tecidos de câncer de pulmão e seus tecidos normais adjacentes; e nós não conseguiram detectar o possível impacto do SNP no gene de fusão DAB2IP /MLL em tecidos de câncer. Tomando estas evidências em conjunto, demonstrou que 97906C A é um marcador genético conservado

Na análise estratificação, descobrimos que os genótipos variantes (97906CA + 97906AA) foram mais pronunciados no sexo masculino, mais jovens, que nunca fumaram,. nondrinkers, grupos sobrepeso e aqueles com história familiar de câncer. fatores ambientais rigorosos, como o tabagismo são o risco de câncer de pulmão e interação gene-ambiente é bem conhecido envolvido na etiologia do câncer de pulmão [23], mas aqui descobrimos que a variante 97906A podem influenciar o desenvolvimento de cancro do pulmão devido principalmente à autóctone herdada efeito. Como mostrado, 97906C A é mais significativa em indivíduos jovens, em não fumantes e abstêmios. Constantemente aqueles com história familiar de câncer em qualquer primeiro ou segundo – grau parentes foram mais tendem a desenvolver cancro do pulmão devido ao fundo genético de alta frequência 97906A. Além disso, observamos evidências consistentes para uma interação estatisticamente significativa entre o 97906A e excesso de peso. Nós suposto andrógenos pode agir como um intermediário para a estreita correlação entre andrógenos e obesidade [24] e andrógenos, função na expressão de DAB2IP suprimindo a expressão EZH2 [25]. Mais estudos são necessários para revelar o mecanismo como estudos acumulados ter verificado que o excesso de peso aumenta o risco de câncer humano, incluindo o cancro do pulmão [26].

Curiosamente, também descobrimos que os genótipos variantes 97906A foram associados com um início idade de início de câncer de pulmão em pacientes do sexo masculino de uma forma de dose-efeito alelo. DAB2IP pode estar relacionada com a patogênese do câncer de pulmão como estudo mostraram que no cancro da próstata DAB2IP influenciado a eficácia reparação de DNA quebras de cadeia dupla induzidas pela exposição à radiação médica, que é um fator de risco de câncer de pulmão [27] ionizante. Assim, os nossos resultados demonstraram a 97906C . Um polimorfismo pode ser um marcador genético conservado para prever o risco de cancro do pulmão e início mais precoce de câncer de pulmão em homens

Uma vez que o presente estudo foi um caso-de base hospitalar estudo de controle, restrita a população chinesa Han, ele pode ter algumas limitações. No entanto, as distribuições de freqüência do genótipo (ou seja, -1420G, 97906A alelos foram 0,103, 0,072, respectivamente) nas disciplinas de nosso estudo de controle foram semelhantes aos relatados para a população chinesa, incluindo na base de dados HapMap (ie, -1420G, 97906A alelos foram 0,114 , 0,067, respectivamente). Além disso, as freqüências genotípicas entre controles poderiam caber a lei de Hardy-Weinberg também sugeriu a aleatoriedade da seleção assunto. Von Bergh AR et al. informou que o exão 2 de

gene DAB2IP

foi fundido com

gene MLL

em um paciente com leucemia mielóide aguda. No entanto, não conseguimos observar o gene de fusão

DAB2IP /MLL

em 82 casos de tecidos de câncer de pulmão e seus tecidos normais adjacentes, e muito menos o possível efeito de 97906C Um polimorfismo no

DAB2IP /MLL

gene de fusão. Devido às limitações tecnológicas, que ainda não executar qualquer outro ensaio funcional para identificar se 97906C locus é um potenciador em intrónica ou um local relacionada com o splicing. Neste estudo de associação, conseguimos um poder do estudo 80,2% para detectar bruto OR de 1,35 para os genótipos 97906CA + AA (que ocorreram com uma frequência de 13,6% nos controles) em comparação com o genótipo 97906CC. Portanto, parece ser que os genótipos AA + 97906CA associados com um risco aumentado de câncer de pulmão é improvável que tenha sido obtida por acaso.

Em conclusão, neste estudo de caso-controle de base hospitalar de câncer de pulmão , descobrimos que as variantes genéticas 97906A de

gene DAB2IP

foi associada com a idade de início precoce e um risco aumentado de câncer de pulmão em homens, especialmente nos subgrupos de indivíduos com menos de 60 anos, do sexo masculino, nunca bebedores, obesidades e aqueles com história familiar de câncer. Para o melhor de nosso conhecimento, este é o primeiro estudo de 97906A variantes genéticas em

DAB2IP

susceptibilidade genética e câncer de pulmão. Maior, de preferência estudos caso-controle de base populacional, estudos mecanicistas, bem como bem desenhados, são necessários para validar os nossos resultados.

Materiais e Métodos

Os sujeitos do estudo e coleta de amostras

Os sujeitos do estudo de 1056 pacientes com cancro do pulmão e 1056 controles sem câncer foram recrutados como descrito anteriormente [20]. Resumidamente, todos histologicamente confirmados pacientes com câncer de pulmão primário foram consecutivamente recrutados nos hospitais urbanos e no subúrbio da cidade de Cantão a partir de março de 2007 a março de 2009. Aqueles com tumores de pulmão, segundo, ou tumores primários bifurcação traqueal superior foram excluídos. 1056 controles sem câncer que foram frequência combinado com os casos na idade (± 1 anos) e sexo foram selecionados aleatoriamente a partir de cerca de 10.000 indivíduos que participaram nos programas checkup saudáveis ​​nos postos de saúde comunitários realizados na cidade de Cantão. Todos os indivíduos eram geneticamente não relacionados chineses Han étnicas e eram da cidade de Guangzhou e regiões vizinhas no sul da China. Nenhum deles tinha transfusões de sangue nos últimos 6 meses. Um simples questionário foi utilizado para recolher dados sobre as características demográficas, incluindo tabagismo, consumo de álcool e outros fatores, incluindo sexo, idade, IMC com formulário de consentimento assinado tanto em casos e controles. As informações da sub-étnico (ou seja, cantonês, Teochewese, Hakkas, e Han étnica de outras províncias fora de Guangdong) também foi coletada durante as entrevistas. Todos os participantes recrutados em nosso estudo tinha assinado um termo de consentimento antes da entrevista questionário e nosso estudo foi aprovado pelo Institutional Review Boards de University Medical Guangzhou.

selecção SNP

Foi utilizado o programa TSSW ( https://www.softberry.ru/berry.phtml) para prever a região do promotor e descobriram que o 4000 bp a montante 5′-região de gene de

DAB2IP

são a região promotora potencial. Com base no banco de dados do HapMap (HapMap dados Rel 27 PhaseII + III, Feb 09, em conjunto NCBI B36, B126 dbSNP), descobrimos que havia nove SNPs comuns (ou seja, com menor freqüência do alelo ≥5%) na região do promotor de

gene DAB2IP

na população chinesa Han Pequim. Nós ainda seleccionadas as tagSNPs com base na análise LD de pares (r

2 limite = 0,8) com Haploview 4,2 software, e descobriu que as rs7042542 polymorphism (-1420T G) foi um tagSNP que representa a informação genética de outro SNPs (figura S1). Além disso, a adição do rs1571801 (97906C A) SNP dentro do intron 1 de

gene DAB2IP

que havia sido relatado para ser significativamente associados com risco aumentado de câncer de próstata agressivo como dois estudos GWAS mostrado [19], nós genotipados este dois SNPs (-1420T G e 97906C a) em nosso estudo (Figura S2)

a genotipagem análise

DNA genômico foi extraído a partir de 1 ml de um agregado de células de leucócitos que. foi obtida a partir do revestimento de Buffy por centrifugação de 5 ml de sangue periférico, utilizando o ADN do sangue Mini Kit (Qiagen, Valencia, a), de acordo com as instruções do fabricante. A pureza do ADN e as concentrações foram determinadas por medição da absorvância espectrofotométrica a 260 nm e 280 nm.

Os dois SNPs foram genotipados utilizando o método (PCR-RFLP) reacção em cadeia da polimerase-restrição do comprimento do fragmento polimorfismo. Para -1420T G, um produto de PCR de 132 pb foi amplificado a partir de ADN genómico utilizando iniciadores específicos: 5′-CTCCTGACCT CAGGTGATC C-3 ‘(para a frente), 5′-TGGTGGGGAGGACAAAGATGCATCTGA-3′ (inverso). A PCR foi realizada em 25 ul sistemas de reacção. Após desnaturação inicial a 94 ° C durante 5 minutos, foram 35 ciclos a 94 ° C durante 30 s, 61 ° C durante 30 s, e 72 ° C durante 60 s, e, em seguida, uma etapa de extensão final de 72 ° C durante 7 min. Os fragmentos amplificados foram digeridos com MlyI (New England Biolabs) durante a noite a 37 ° C, e os produtos foram separados em gel de agarose a 3,5%. O genótipo -1420GG produziu 2 bandas (112 pb e 20), ao passo que o genótipo -1420TT produziu uma banda única (132 pb), e os heterozigotos apresentado todos os 3 bandas (132, 112 e 20 pb) (Figura S1). Para 97906C A, um produto de PCR de 98 pb foi amplificado a partir de ADN genómico utilizando iniciadores específicos: 5’-AAACAGGCATAAGG TTTTAAGT-3 ‘(para a frente), 5′-AATTTGACTTCCAAGTTGTC-3’ (inverso). Digerido com Tsp5091 (New England Biolabs) durante a noite a 65 ° C, o genótipo 97906AA produziu 2 bandas (52 e 46 pb), 97906CC genótipo produziu uma única banda (98 pb), e os heterozigotos apresentado todos os 3 bandas (98, 52 e 46 pb) (Figura S2).

os resultados foram avaliados por dois pesquisadores independentemente que foram cegados para o estado do paciente ou de controlo dos sujeitos. Foram selecionados aleatoriamente 10% amostras para cada um dos SNPs 2 para realizar os ensaios repetidos, e os resultados foram de 100% concordante. Para cada genótipo alvo dos produtos de PCR foram purificados e confirmados através de sequenciação directa (Figura S3).

DAB2IP

análise de expressão de ARNm

realizada qRT-PCR para determinar se a 97906C a teve um efeito sobre

DAB2IP

expressão do gene

in vivo

. 32 tecidos tumorais e seus tecidos normais adjacentes foram coletados dos pacientes que não receberam quimioterapia e /ou radioterapia antes foram submetidos à ressecção cirúrgica completa de um câncer de pulmão primário. Todas as amostras de tumores foram histologicamente confirmados e genótipos destas amostras foram todos sequenciamento confirmada. O RNA total foi extraído usando Trizol Reagent (Invitrogen, Inc.). Uma alíquota de ARN total (1 ug) foi, em seguida, a transcrição reversa para ADN complementar, utilizando iniciador oligo e SuperscriptII (Invitrogen). os níveis de expressão relativa de ARNm

DAB2IP

e um gene de referência interna

p-actina foram detectadas

no 7500 Sequence Detection System ABI Prism (Applied Biosystems) com base no método de SYBR-Green. Os iniciadores utilizados para a

DAB2IP

foram 5′-CTG AGC GGG ATA AGT GGA TGG -3 ‘(avançar) e 5′-AAA CAT TGT CCG TCT TGA GCT T -3’ (reverso) e para

beta-actina

foram 5′-GGC GGC ACC ACC ATG TAC CCT-3 ‘e 5′-AGG GGC CGG ACT CGT CAT ACT-3’. Método de 2

At foi usado para demonstrar o nível de

A expressão de DAB2IP

gene (Figura 2). Todas as análises foram realizadas de forma cega com as pessoas de laboratório desconhecem os dados de genotipagem. Cada ensaio foi feito em triplicado.

Detecção de

DAB2IP /MLL

gene de fusão

Porque von Bergh AR et al. informou que o exão 2 de

gene DAB2IP

foi fundido com o intron 9 da

gene MLL

em um paciente com leucemia mielóide aguda e, assim, perdeu a sua função, foi realizada PCR para detectar o possível efeito de 97906C Um polimorfismo em fazer gene de fusão

DAB2IP /MLL

. DNA genômico foi extraído de 82 tecidos de câncer de pulmão e os seus tecidos normais adjacentes foram coletados durante a excisão cirúrgica nas primeira, segunda e tumorais hospitais de Guangzhou Medical College (Guangzhou, China), e armazenado em -80 ° C geladeira. Nós amplificou o fragmento do gene de fusão DAB2IP /MLL com métodos de PCR como von Bergh AR descritos [28]. O iniciador directo foi perto exão 2 de

gene DAB2IP

(5’CATCTGATGCCGAGGCTGAA-3 ‘) e o iniciador reverso foi no exão 10 do

MLL

gene (5′-GTCCACTCTG ATCCTGTGGACT -3 ‘). Os produtos de PCR seria 700-900 pb de comprimento. Os fragmentos amplificados foram clonados com o kit de clonagem TOPO TA (Invitrogen, Carlsbad, CA) para purificar e aumentar a quantidade, e foram ainda sequenciados pela empresa comercial de Invitrogen com Applied Biosystems ABI 3730 analisador de ADN.

Estatística análise

os testes qui-quadrado foram utilizados para avaliar as diferenças na distribuição de sub-nação entre casos e controles, bem como o alelo e genótipos. O equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) foi submetido a um teste do qui-quadrado do goodness-of-fit para comparar as freqüências genotípicas esperadas com freqüências genotípicas observadas nos controles sem câncer. A associação entre o estado de caso-controle e cada SNP, medido com o odds ratio (OR) e seu intervalo correspondente de confiança de 95% [29], foi estimada utilizando um modelo de regressão logística não condicional, com e sem ajuste para idade, sexo, tabagismo , uso de álcool, IMC. modelo de regressão logística também foi utilizado para o teste de tendência. Na análise de estratificação, avaliamos o efeito principal do

DAB2IP

em cada subgrupo e a interação entre o

DAB2IP

polimorfismos e variáveis ​​selecionadas no risco de câncer ajustando uma interação multiplicativa com modelo de regressão logística incondicional ; o software de factores múltiplos dimensionalidade Redução (MDR) foi utilizado para validar a possível interacção [30]. O programa 2LD e o procedimento estatístico PROC alelo SAS /Genetics (SAS Institute Inc., Cary, NC) de software foram usadas para detectar o LD dos dois SNPs. análises de correlação de Pearson, testes de análise de variância e modelos de regressão de Cox foram utilizados para analisar a idade de início em doentes com cancro do pulmão por

DAB2IP

genótipos. Todos os testes estatísticos foram de 2 lados e P 0,05 foi considerado estatisticamente significativo

Informações de Apoio

Figura S1..