Abstract

quimicamente sintetizados pequena interferência RNA (siRNA) é uma ferramenta molecular amplamente utilizado para derrubar genes em células de mamíferos. No entanto, projetar potente siRNA continua sendo um desafio. Entre as ferramentas que predizem eficácia siRNA, muito poucos foram validados em alvos endógenos em condições experimentais realistas. Nós previamente descrito uma ferramenta para auxiliar o projeto eficiente siRNA (DSIR, Designer de siRNA), que incide sobre características intrínsecas da sequência de siRNA. Aqui, nós avaliamos o desempenho do DSIR por investigar sistematicamente a potência do siRNA que projeta para atingir dez genes relacionados com o cancro. knockdown de ARNm foi medido por RT-PCR quantitativo em ensaios baseados em células, que revela que mais de 60% das sequências de siRNA personalizados por DSIR silenciados seus genes alvo em pelo menos 70%. eficácia silenciar foi mantida mesmo quando foram utilizadas concentrações baixas de siRNA. Esta análise sistemática revelou que, em particular, para um subconjunto de genes, a eficiência de siRNA construções aumenta significativamente quando a sequência está localizado mais perto da extremidade 5 ‘da sequência de codificação do gene alvo, o que sugere a distância para a extremidade 5’ como um novo recurso para a previsão potência siRNA. Uma nova versão do DSIR incorporando essas novas descobertas, bem como a lista de siRNA validados contra os genes de câncer testadas, foi disponibilizado na web (https://biodev.extra.cea.fr/DSIR).

Citation: Filhol O, Ciais D, Lajaunie C, Charbonnier P, Foveau N, Vert JP, et al. (2012) DSIR: Avaliando o Projeto de siRNA altamente potente, testando um conjunto de genes-alvo relevantes do câncer. PLoS ONE 7 (10): e48057. doi: 10.1371 /journal.pone.0048057

editor: Szabolcs Semsey, Niels Bohr Institute, Dinamarca