Abstract

Purpose

A análise da

MET

número de cópias do gene (CN) tem sido considerado como um potencial biomarcador para prever a resposta às terapias MET-alvo em vários tipos de câncer. No entanto, os métodos padrão atuais para determinar

MET

CN são SNP 6.0 no DNA genômico de linhas celulares de cancro e de fluorescência

in situ

fluorescente (FISH) em modelos de tumores, respectivamente, que são caros e exigem habilidades técnicas e resultado avançou em julgamentos relativamente subjetivos. Por isso, utilizamos um método inovador, gota digital de PCR (ddPCR), para determinar o

MET

número de cópias do gene com alta precisão e precisão.

Métodos

O DNA genômico de câncer de linhas celulares ou modelos de tumor foram testadas e comparadas com o gene

MET

CN e

MET /CEN-7

rácio determinado pelo SNP 6.0 e FISH, respectivamente.

resultados

Em linhas celulares, a associação linear do

MET

CN detectado por ddPCR e SNP 6.0 é forte (correlação de Pearson = 0,867). Em modelos de tumores, o

MET

CN detectado por ddPCR foi significativamente diferente entre o

MET

grupos de amplificação do gene e não-amplificação de acordo com FISH (média: 15,4 vs 2,1;

P

= 0,044). Dado que

MET

amplificação do gene é definido como

MET

CN 5,5 por ddPCR, a taxa de concordância entre ddPCR e FISH foi de 98,0% e coeficiente kappa de Cohen foi 0,760 (IC 95%, 0,498-1,000;

P

. 0,001)

Conclusões

os resultados demonstraram que o método ddPCR tem o potencial para quantificar o gene

MET

número de cópias com alta precisão e exatidão em comparação com os resultados do SNP 6.0 e peixes em linhas celulares de cancro e amostras de tumor, respectivamente

Citation:. Zhang Y, Tang ET, Du Z (2016) Detecção de

TEM

gene de cópia Número de amostras de cancro usando o método PCR Gota digital. PLoS ONE 11 (1): e0146784. doi: 10.1371 /journal.pone.0146784

editor: Soheil S. Dadras, da Universidade de Connecticut Health Center, United States