Abstract

Fundo

Tecnologias baseadas em microarranjos de DNA têm o potencial para fornecer informações detalhadas sobre as aberrações cromossômicas em células tumorais. Na prática, um obstáculo importante para a detecção quantitativa de aberrações é a heterogeneidade do tecido tumoral clínica. Como o tecido do tumor invariavelmente contém células do estroma geneticamente normais, isso pode levar a uma falha na detecção de aberrações nas células tumorais.

principal achado

Usando dados de matriz SNP de 44 cancro do pulmão de células não pequenas amostras temos desenvolvido um algoritmo que bioinformática modelos com precisão as fracções de células normais e de tumor em amostras tumorais clínicos. A proporção de células normais em combinação com os dados de matriz de SNP pode ser usado para detectar e quantificar o número de cópias do neutro por perda de heterozigosidade (CNNLOH) nas células tumorais tanto em tecido tumoral em bruto e em amostras enriquecidas em células tumorais por microdissecação de captura a laser.

Conclusão

Genome-wide análise quantitativa de CNNLOH usando o método CNNLOH Quantifier pode ajudar a identificar aberrações recorrentes que contribuem para o desenvolvimento do tumor em amostras de tumor clínicos. Além disso, a análise baseada SNP-matriz de CNNLOH pode tornar-se importante para a detecção de aberrações que pode ser utilizado para fins de diagnóstico e de prognóstico

citação:. Göransson H, K Edlund, Rydåker H, Rasmussen H, J Winquist, Ekman S, et al. (2009) Quantificação da Fracção celular normal e Copiar Número LOH Neutro em amostras clínicas do cancro do pulmão Usando SNP dados de matriz. PLoS ONE 4 (6): e6057. doi: 10.1371 /journal.pone.0006057

editor: Jörg Hoheisel, Deutsches Krebsforschungszentrum, Alemanha