Abstract

Fundo

polimorfismos genéticos comuns no cromossomo 5p15.33, incluindo rs401681 em fissura labiopalatina transmembrana gene 1-like (

CLPTM1L

), ter sido implicado na susceptibilidade ao câncer de pulmão através de estudos de associação do genoma (GWAS); No entanto, estudos de replicação subseqüentes produziram resultados controversos.

Metodologia e Descobertas

Um estudo de caso-controle de base hospitalar na população chinesa foi conduzido para replicar a associação, em seguida, uma meta-análise, combinando nossos dados não se sobrepõem novos dados e publicados anteriormente foi realizada de discernir claramente o efeito real da susceptibilidade ao câncer de pulmão. Em nosso estudo com 611 casos e 1062 controles, a transportadora alelo T menor (TT e CT) grupo conferido um OR de 0,801 (IC 95% = 0,654-0,981), sob o modelo dominante. A meta-análise que compreende 9111 casos e 11424 controles confirmou ainda a associação significativa no modelo dominante (OR = 0,842, IC 95% = 0,795-0,891). Pela análise estratificada, que revelou que a etnia e desenho do estudo poderia constituir a fonte de heterogeneidade entre os estudos. Além disso, a sensibilidade e análises cumulativas indicou a alta estabilidade dos resultados.

Conclusão

Os resultados do nosso estudo de caso-controle e meta-análise fornecem evidências convincentes de que rs401681 é significativamente associada com pulmonar o risco de câncer

Citation:. Ke J, Zhong R, Zhang T, Liu L, Rui R, Shen N, et al. (2013) Estudo de replicação da população chinesa e Meta-Análise Suporta Associação do 5p15.33 Locus com câncer pulmonar. PLoS ONE 8 (4): e62485. doi: 10.1371 /journal.pone.0062485

editor: Olga Y. Gorlova, da Universidade do Texas M. D. Anderson Cancer Center, Estados Unidos da América

Recebido: 25 de outubro de 2012; Aceito: 21 de março de 2013; Publicação: 30 de abril de 2013

Direitos de autor: © 2013 Ke et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Este trabalho foi apoiado pelo Programa de New Century excelentes talentos na Universidade [NCET-10-0388 a MX]. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o cancro do pulmão é o câncer mais comum em todo o mundo. Globalmente, é responsável por 13% (1,6 milhões) do total dos casos e 18% (1,4 milhões) das mortes em 2008 [1]. Na China, as taxas de incidência e mortalidade do cancro do pulmão têm aumentado rapidamente nos últimos décadas [2], e cancro do pulmão é hoje a principal causa de mortalidade por câncer [3]. Fatores ambientais tais como o fumo ea poluição foram criados para aumentar o risco de câncer de pulmão. No entanto, a etiologia ainda é incerto, e fatores genéticos são fortemente sugerido para desempenhar um papel importante na carcinogênese de pulmão, que foi estimado para contribuir 26 por cento para o risco através de estudo duplo [4].

recentes do genoma vários novos polimorfismos estudos de associação (GWAS) têm implicado de nucleotídeo único (SNPs) a suscetibilidade ao câncer de pulmão [5] – [12]. rs401681, localizado no intron 13 do

CLPTM1L

(fissura de lábio e palato transmembrana gene 1-like) [13], é um dos SNPs mais estudados. Ele foi primeiramente identificada em um conjunto GWA de 1952 casos e 1438 controles, apoiados por partilha de dados com outros dois estudos GWA (5095 casos e 5200 controles) e com a replicação in adicional 2484 casos e 3036 controles [5], que estavam todos dentro Caucasiano população. E em asiáticos, Kohno et al. e Miki et al. confirmaram a associação entre o alelo T do rs401681 e diminuição do risco de adenocarcinoma de pulmão [14], [15]. No entanto, os efeitos genéticos relatados variou entre os seguintes estudos de replicação. Por exemplo, um estudo na Noruega discerniu que o alelo rs401681 T não foi associado com o risco de câncer de pulmão de células não pequenas (NSCLC) em 341 casos e 431 controles de caucasianos (

P

tendência = 0,259) [16], mas outro estudo com 1681 casos de cancro do pulmão e 1235 controles mostrou que o alelo T foi significativamente associada com um risco reduzido de câncer de pulmão em geral da mesma etnia (

P

= 1,1 × 10

-5) [17]. Por outro lado, dentro asiáticos, Yoon et ai. replicado a associação entre o SNP e NSCLC (

P

tendência = 1,89 × 10

-4), a partir daí, nem Bae et al. [18] nem Chen et al. [19] replicados os resultados positivos semelhantes sob o modelo de alelos.

Tal como referido acima, os resultados permanecem ambíguas e conflitantes, que é provavelmente devido ao efeito modesto deste SNP, levando à falta de poder em pequena genética estudos de associação. Ele também é potencialmente possuir o chamado fenômeno “maldição do vencedor” ou às variante da doença geralmente é superestimado no primeiro estudo positivo. De acordo com o OR relatado deste estudo, o tamanho da amostra necessária de estudos de replicação seria subestimada, em seguida, a replicação de fraca potência seria difícil ter sucesso [20]. No entanto, a meta-análise é um método de dados pentear eficaz em conjunto para aumentar o tamanho da amostra, recebendo energia suficiente para esclarecer os resultados inconsistentes em estudos de associação genética [21]. Uma meta-análise abrangente de publicações que estudam as associações entre

TERT

polimorfismos do locus e risco de cancros diferentes em um intervalo de tempo de 2003-2011, apresentou uma redução de risco modesta (per-alelo OR = 0,87, 95% IC = 0,84-0,89) do rs401681 para câncer de pulmão [22]. Dois recentemente publicado meta-análises apoiado ainda mais os resultados semelhantes sob o modelo de alelos [23] e aditivo modelo [24]. Por outro lado, foi realizada uma meta-análise de quatro modelos genéticos específicos, que poderiam fornecer mais implicações para os possíveis modos de herança do SNP. Além disso, nosso estudo combinou resultados de estudos publicados até 2012, incluindo um conjunto de dados não publicados de frequência genótipo solicitados aos autores originais de uma grande amostra de tamanho GWAS [12]. Ao mesmo tempo, nós incluímos os dados do nosso próprio estudo de replicação dentro de uma população chinesa em todo o meta-análise seguido por estratificada, sensibilidade e análise cumulativa, proporcionando uma estimativa abrangente e precisa da associação entre rs401681 eo risco de câncer de pulmão.

Materiais e Métodos

estudo da População

no presente estudo, um total de 611 casos de câncer de pulmão e 1062 controles sem câncer foram recrutados de Tongji Hospital da Universidade Huazhong da Ciência e Tecnologia (HUST) entre 2009 e 2011. Todos os indivíduos eram independentes chineses Han étnicas na região Wuhan. Os casos foram confirmados histopatologicamente com todos os tipos de câncer de pulmão e ainda não recebeu qualquer tratamento antes da coleta de amostras de sangue. Os controles foram selecionados aleatoriamente a partir de um programas de exame físico no mesmo hospital no mesmo período de tempo que os pacientes foram inscritos. Os pacientes casos e controles são adequadamente compensadas em termos de sexo e idade (± 5 anos). No recrutamento, sangue venoso periférico de 5 ml foram coletadas de cada indivíduo após a obtenção do consentimento informado. Este estudo foi aprovado pelo comitê de etnias de Tongji Hospital da Universidade Huazhong da Ciência e Tecnologia.

A genotipagem

O DNA genômico foi extraído a partir da amostra de sangue periférico aplicação do Sistema DP319-02 RelaxGene Blood (Tiangen , Beijing, China), de acordo com as instruções do fabricante. O rs401681 foi genotipados com a TaqMan SNP Genotyping Assay (Applied Biosystems, Foster City, CA) em um rápido Real-Time PCR System 7900HT (Applied Biosystems, Foster City, CA). 5 amostras% duplicados foram selecionados aleatoriamente para avaliar a reprodutibilidade para controle de qualidade, com uma taxa de concordância de 100%.

Análise Estatística

O

χ

2

teste e foram aplicadas

t

teste para diferenças estimadas em variáveis ​​demográficas e distribuições de genótipos entre casos e controles. Hardy-Weinberg (HWE) foi calculado usando goodness-of-fit

χ

2 controle da qualidade de genótipos nos controles e um valor de

P Art 0,05 foi considerado como um desequilíbrio significativo . Após o ajuste para a idade, sexo e tabagismo, regressão logística multivariada incondicional foi utilizada para estimar odds ratio genotípicas (OR) e seu intervalo de confiança de 95% (IC 95%), com a referência do homozigoto comum. A fim de evitar a suposição de modelos genéticos, modelos dominantes e aditivos foram também analisadas. Todos acima análises estatísticas foram realizadas com o software SPSS 20.0.

Meta-análise de rs401681 em associação com a Lung Cancer Risk

A sistemática da literatura pesquisando no PubMed, EMBASE, e ISI Web of Science até abril de 2012 foi realizada, utilizando as palavras-chave “

rs401681

,

CLPTM1L

,

TERT

, ou

5p15.33 ‘

combinado com’

câncer de pulmão

,

NSCLC “, sem restrições de linguagem. Baseando-se na estratégia de busca acima, nós ainda procurou em chinês Biomedical banco de dados (CBM). Enquanto isso, as referências listadas nos artigos recuperados foram digitalizados. Opiniões e comentários também foram verificados por estudos adicionais. Os artigos que preencheram os seguintes critérios foram incluídos: (1) caso-controle ou estudo de caso-controle aninhado avaliar a associação entre rs401681 eo risco de câncer de pulmão; (2) que fornecem dados para o cálculo de odds ratio genotípica (RUP) com os correspondentes 95% de intervalo de confiança (IC 95%); (3) os genótipos em controlos sendo em equilíbrio de Hardy-Weinberg (

P

0,05) (4) Estudos sobre os seres humanos. Sempre que os estudos dizem respeito a indivíduos que se sobrepõem, aquele com maior tamanho da amostra foi selecionada para evitar a duplicação

As seguintes informações de cada estudo foi extraído:. Primeiro sobrenome do autor, ano de publicação, localização geográfica, etnia da população do estudo , desenho do estudo, método de genotipagem, o número de casos e controles, as frequências dos genótipos em casos e controles. frequência reunidas do alelo T em diferentes tipos histológicos etnias e foi estimada pelo método de variância inversa anteriormente utilizado por Thakkinstian et al [25]. As métricas para tamanho do efeito de genótipos CT contra o CC e TT em relação CC foram calculados, e um modelo dominante e um aditivo “per-alelo” modelo também foram considerados. Aqui usamos

χ

2

base Cochran do

Q

estatística ea heterogeneidade

I

2

métrica para avaliar entre-estudo. A heterogeneidade foi considerado significativo em

P Art 0,10. Os pontos de corte subsequentes da quantidade

I

2

foram utilizados para quantificar a heterogeneidade:

I

2

= 0-30%, não ou marginal heterogeneidade entre estudo ;

I

2 =

30% -75%, a heterogeneidade leve;

I

2

= 75-100%, a heterogeneidade notável [26]. Quando homogeneidade existia baseando-se em

P Compra de

Q

estatística superior a 0,1, foi adotado o modelo de efeitos fixos (método de Mantel-Haenszel) para calcular as RUP agrupados e ICs de 95% [27] ; caso contrário, foi aplicado o modelo de efeitos aleatórios (método DerSimonian e Laird) [28]. Em seguida, foi realizada análise estratificada, se possível (o número de estudos incluídos em cada subgrupo não seja inferior a 3), de acordo com a etnia (asiática e caucasiano), desenho do estudo (GWAS e replicação estudos) e tipo histológico (NSCLC e pulmão integrado Câncer). Uma análise de sensibilidade também foi realizado para avaliar a influência de cada estudo em geral em pool ou, com a omissão sequencial de estudo individual [29]. Para investigar a evolução dinâmica da associação, a análise foi realizada por cumulativa variedade de horários de publicação [30]. Finalmente, a publicação de polarização foi estimada pelo teste de Egger [31]. Todas as análises estatísticas foram realizadas pelo Stata 11.0 software e todos

valores P Quais são bicaudais com um nível significativo de 0,05 exceto para

Q

teste para heterogeneidade.

Análises

Bioinformática

Para prever a função de rs401681, análises de bioinformática foram realizados com três ferramentas de bioinformática em linha “F-SNP” (https://compbio.cs.queensu.ca/F-SNP/), “FastSNP” ( https://fastsnp.ibms.sinica.edu.tw/pages/input_CandidateGeneSearch.jsp) e “SNP Info” (https://snpinfo.niehs.nih.gov/snpinfo/snpfunc.htm).

resultados

resultados do estudo de caso-controle

As características da população.

Um total de 611 casos incidentes de câncer de pulmão global e 1062 controles pareados por frequência foram incluídos neste estudo . Como mostrado na Tabela 1, não foram encontradas diferenças estatisticamente significativas entre casos e controles em termos de sexo (

P

= 0,475) e idade de distribuição (

P

= 0,287). Os machos foram de 68,6% entre os casos em comparação com 70,2% entre os controles ea idade média foi de 61,5 para os casos e 61,0 para controles. Como esperado, mais fumantes foram apresentados nos casos do que nos controles (53,1% versus 43,1%;

P Art 0,001), considerando-se que o tabagismo é o principal fator etiológico do câncer de pulmão. Nisto, os fumantes foram definidos como aqueles que tinham fumado pelo menos um cigarro por dia, durante 12 meses ou mais, a qualquer momento em sua vida, enquanto os não-fumantes foram definidos como aqueles que não tinham. Dos casos, 427 (69,9%) foram histologicamente confirmados como NSCLC, o tipo mais comum que representando cerca de 85% de câncer de pulmão em geral, incluindo adenocarcinomas, carcinomas de células escamosas e carcinoma de pulmão de células grandes.

Association.

a distribuição dos genótipos rs401681 entre os indivíduos são apresentados na Tabela 2, e não foi observada diferença significativa entre casos e controles no teste global (

P

= 0,073). Genótipos nos controles cumpridos Hardy-Weinberg (

P

= 0,932). No modelo de regressão logística multivariada ajustada para idade, sexo e tabagismo, indivíduos com o genótipo CT teve uma significativa diminuição do risco de cancro do pulmão (OR = 0,794; 95% CI, ,640-,984) em comparação com aqueles com o homozigoto CC. Um modelo dominante foi realizada para aumentar o poder estatístico, ao combinar o TT com o CT em um portador T grupo (TT mais CT). E o resultado mostrou que os portadores T também apresentam risco significativamente reduzido (OR = 0,801; 95% CI, 0,654-0,981), sugerindo um efeito dominante desse polimorfismo sobre o cancro na população chinesa. Da mesma forma, foram encontradas associações significativas nos modelos aditivos, com per-T-alelo OR de 0,856 (IC 95% = 0,734-0,998). Para explorar o efeito da variação no NSCLC, nós também comparou a distribuição dos genótipos entre os casos e controles NSCLC. Similar associação positiva e efeito genético mais forte foram encontrados neste subtipo de câncer de pulmão em geral (modelo heterozigoto: OR = 0,736, IC 95% = ,577-,939; modelo dominante: OR = 0,740, IC 95% = 0,588-0,931; modelo aditivo: OR = 0,803, IC 95% = 0,674-0,958).

no entanto, quando uma análise mais aprofundada, com estratificações por fumar status (fumantes e não-fumantes) e a idade mediana (age≤61.0 e idade 61,0), nenhuma associação válidos foram detectados sob o modelo dominante, exceto no grupo que estavam sob a idade de 61,0. associação nula pode ser devido ao pequeno número de indivíduos, após a estratificação no estudo atual. A descoberta significativa do grupo mais jovem está em consonância com a concepção de que a susceptibilidade genética é frequentemente associada com a mais tenra idade de início da doença. Mas quando nós particularmente definidos os casos de início precoce como que estavam ≤50.0 anos de idade e realizada análise de estratificação, não observamos associações significativas (Tabela S1).

Resultados da Meta-análise

características do estudo

Conforme mostrado na Figura S1, 13 publicações originais elegíveis, incluindo 15 estudos [5], [7] [9], -. [12], [14] – [16], [18], [19], [32], [33] foram primeiramente identificados e rastreados para a recuperação, das quais, 9 estudos foram julgados para caber preliminarmente os critérios de inclusão. No entanto, após novo exame, um dos estudos “Wang Texas-2008” da publicação relatado por Wang Y et al. [5] foi excluído uma vez que os casos coincidiu com a amostra de um estudo anterior relatado por Amos CI et [7] al. Além disso, nós removemos o estudo “Wang-IARC 2008” na nossa pré-análise dos dados que mais contribuiu para a heterogeneidade notável original, que pode ser devido à sua população de estudo misto de vários países [5]. Finalmente, 7 publicações mais estudo que compreendem 8 estudos de caso-controle de 9111 casos e 11424 controles fornecidos dados para esta meta-análise [5], [7], [12], [16], [18], [19], [33]. As características dos estudos incluídos foram apresentados na Tabela 3.

frequência combinada de alelo de risco

Sob modelo fixo (ou

P Compra de heterogeneidade 0,10). , agrupados freqüências alélicas T foram de 44,6% (IC95 = 43,4% -45,9%) nos controles caucasianos e 32,0% (IC 95% = 31,2% -32,7%) nos controles asiáticos, que foram semelhantes aos relatados na base de dados HapMap de 43,4% ., 31,0% e 35,8% para os brancos, chinês e japonês, respectivamente

significativa heterogeneidade entre os estudos foram observados em ambas as subunidades de NSCLC e câncer de pulmão (

P Compra de heterogeneidade 0,001). Sob modelo de efeitos aleatórios, a freqüência agrupados do alelo T foi de 36,9% (IC 95% = 26,2% -47,5%) nos casos NSCLC de todo o nosso estudo, que foi um pouco maior do que a de 31,6% (IC 95% = 26,3% -36,8%) em casos gerais de câncer de pulmão.

meta-análises globais do rs401681 no associado com câncer de pulmão.

Não há evidência significativa de heterogeneidade foi observada em todos os modelos genéticos, exceto o homozigoto modelo (

P Compra de heterogeneidade 0,10), e sua OU que foi agrupada sob o modelo de efeitos aleatórios é 0,778 (IC 95% = 0,674-0,900). Por outro lado, foi aplicado modelo de efeitos fixos para heterozigotos, dominante (Figura 1) e modelos aditivos, sem heterogeneidade evidente (cada

P Compra de heterogeneidade 0,10). Todos estes modelos são conferidos significativa diminuição do risco de cancro do pulmão, com RUP de 0,864 (IC 95% = 0,813-0,917), 0,842 (IC95% = ,795-,891), (IC95% = 0,835-0,908) 0,871, respectivamente ( tabela 4). A meta-análise de rs401681 revelou os resultados semelhantes de significativa diminuição do risco com o risco de câncer de pulmão para o nosso estudo de caso-controle, em modelos do mesmo heterozigotos, dominantes e aditivos.

análises estratificadas.

Para explorar a fonte de heterogeneidade, a análise foi realizada estratificada (Tabela 4). Após estratificada por etnia, todos os modelos genéticos apresentaram redução significativa do risco de cancro do pulmão e mostrou quase nenhuma heterogeneidade (

P Compra de heterogeneidade 0,10,

I

2

= 0) na cor branca. Na população asiática, diminuição do risco também foi conferida sem evidência de heterogeneidade em todos os modelos genéticos, exceto para o modelo genotípica TT (agrupada OR = 0,825, IC 95% = 0,637-1,070,

P Compra de heterogeneidade 0,10,

I

2

= 71,8%). O risco levemente reduzida de uma cópia do alelo T para duas cópias em chinês (Tabela 2) ou população asiática (Tabela 4), potencialmente apontou que a variante T de rs401681 agiu de maneiras diferentes entre diferentes populações étnicas. De acordo com o desenho do estudo, os resultados estatisticamente significativa foi observada no GWAS sem heterogeneidade, mas os resultados negativos apareceu no modelo homozigótica novamente dentro do subgrupo de estudos de replicação. Em relação ao tipo histológico, associação significativa foi observada em todos os quatro modelos genéticos do nosso estudo em qualquer ou cancro do pulmão NSCLC integrada. Vale a pena notar que a maior efeito do alelo menor T foi visto em NSCLC do que no cancro do pulmão em geral, o que poderia suportar o mesmo achado do nosso estudo caso-controle.

Análise de sensibilidade.

Para avaliar o carinho de estudo individual sobre a estimativa combinada, uma análise de sensibilidade unidirecional foi realizada, deixando cair cada dados especiais definidas em um momento. Como mostrado na Tabela 5, uma série de pool ou com IC de 95% não foram significativamente alterados antes ou após a eliminação de cada estudo de acordo com o modelo dominante, o que indica que os resultados eram robustas.

Desde significativa entre heterogeneidade -Estudo para os estudos asiáticos foi observado no modelo de genotípica TT, que também realizada uma análise de sensibilidade entre os estudos. E verificou-se que a heterogeneidade reduzida a maior parte (

2 = 15,6%), quando o estudo de Yoon et ai. foi excluído (

I

2 = 56,2%,

P

= 0,077), com a mesma associação nula (OR = 0,909, IC 95% = 0,705-1,172).

meta-análise cumulativa.

meta-análise cumulativa foi realizada através variedade de estudos em ordem cronológica. Como mostrado na Figura 2, inclinações para associação significativa foram evidentes ao longo do tempo no modelo dominante. Simultaneamente, os IC 95% se tornaram cada vez mais estreita com a acumulação de mais dados, o que sugere a precisão melhorou progressivamente das estimativas por tamanho contínua amostra ampliação.

Viés de publicação.

Os resultados da O teste de Egger indicaram que não houve viés de publicação em todos os quatro modelos genéticos (todo o

P Compra de teste 0,05, Tabela 4).

Os Bioinformatics Análises de rs401681

Entre três ferramentas de bioinformática, dois deles, “F-SNP” e “FastSNP” consistentemente previsto que o SNP era susceptível de ser funcional como a regulação da transcrição.

Discussão

neste estudo composto, nós replicado a associação significativa entre rs401681 eo risco de câncer de pulmão na população chinesa. Além disso, a seguinte meta-análise de integração de dados de corrente e 7 estudos publicados anteriormente sugeriram que o SNP foi significativamente associada com risco reduzido de câncer de pulmão sob modelos genotípica, dominantes e aditivos. A análise de sensibilidade indicou a estabilidade dos resultados e análise cumulativa confirmaram ainda os resultados positivos, que mostra o efeito da variante tem progressivamente significativa com a acumulação de mais dados.

Estes resultados são biológica plausível em algum grau. rs401681 está localizado na 5p15.33, uma região susceptibilidade para câncer de pulmão que engloba dois genes conhecidos

TERT

(telomerase transcriptase reversa) e

CLPTM1L

(lábio e palato fendido proteína transmembrana 1-like). Embora pouco se sabia sobre a função da rs401681 que foi situado na região intrônica de

CLPTM1L

, a nossa análise bioinformática indicaram que poderia ser a transcrição regulamentar e afectar ainda mais a expressão do gene.

CLPTM1L

, nomeado para a sua homologia com fissuras lábio palatinas proteína transmembranar 1 que interrompeu em uma família com fissura de lábio e palato [34], foi identificado como uma transcrição regulado para cima em uma linha de células resistentes a cisplatina tumor de ovário [13]. Sobre-expressão de

CLPTM1L

mRNA foi descoberto em muitos tipos de câncer, [35], [36] [32]. A função de

CLPTM1L

e seu papel na tumorigênese é até agora desconhecido. Mas um estudo recente relatou que

CLPTM1L

foi um fator anti-apoptótica comumente overexpressed em câncer de pulmão, sugere-lhe um papel inibidor na tensão induzida apoptose genotóxico e, portanto, identificada

CLPTM1L

como um fator importante influenciando a sobrevivência do DNA danificado células tumorais e potencialmente suscetibilidade ao câncer de pulmão [37].

CLPTM1L

pode ser relevante não só à luz da sua própria atividade biológica, mas também porque está em LD com

TERT

. Todo o gene de

CLPTM1L

reside numa região de 62 kb de alta desequilíbrio de ligação (LD) que abrange a extremidade 5 ‘de

TERT

, o seu promotor [38].

TERT

é o componente de transcriptase inversa da telomerase [39], tornando-se essencial para a produção da enzima telomerase, que é responsável pela telomere regeneração [40]. E regeneração dos telômeros é altamente recomendado para ser um passo vital para a carcinogénese da maioria câncer [41]. O alelo C de rs401681 foi relatado para ser associado com o encurtamento do comprimento de telómeros de [32], que é a favor do seu envolvimento na biologia do telómero e ainda o desenvolvimento do cancro. É possível que o polimorfismo de

CLPTM1L

está em desequilíbrio de ligação com algum locus de causalidade no promotor de

TERT

que são até agora não caracterizada.

Os resultados do nosso caso- estudo de controlo indicaram que o alelo menor T de rs401681 foi significativamente associada com efeito protetor para câncer de pulmão em heterozigotos, dominante e aditiva modelos genéticos, mas não no homozigoto, possivelmente por causa do nosso pequeno tamanho da amostra relativa. Apesar relação significativa semelhante mantido em nossa meta-análise em todos os modelos genéticos, óbvio heterogeneidade entre os estudos não pode ser ignorado no modelo homozigoto. A análise estratificada abrangente foi realizado para interrogar a fonte potencial de heterogeneidade. Após estratificada por etnia, todos os modelos genéticos do alelo variante T foram significativamente associados com o risco de câncer reduzida com a heterogeneidade desaparecido em caucasianos, enquanto que em asiáticos, todos os modelos genéticos conferidos diminuição do risco, sem heterogeneidade significativa, exceto o modelo homozigoto. A aparente diferença entre as duas RUP homozigotos implícita diferentes freqüências alélicas entre asiáticos e caucasianos, que é apoiado pelo nosso estudo das freqüências alélicas T agrupados e dados HapMap como mostrado acima. Tendo em vista as diferenças nas freqüências alélicas e possível distinção de padrões de desequilíbrio de ligação entre as populações, os mecanismos genéticos distintos com diferentes tamanhos de efeito genéticos para genótipo TT entre duas populações pode ocorrer. Como a heterogeneidade em estudos asiáticos, sugerido pela análise de sensibilidade subgrupo (dados não mostrados), pode em grande parte, atribuir-se ao estudo de Yoon et ai com vários tipos de métodos de genotipagem, que são Affymetrix, TaqMan e Invader. Em relação à concepção do estudo, a heterogeneidade óbvio desapareceu em GWAS, mas ainda mostrou em estudos de replicação, o que poderia ser explicada também pelos diversos métodos de genotipagem das repetições. Porque NSCLC responde pela grande massa de casos gerais de câncer de pulmão a quase 85%, como mencionado acima, nós reunidos estes dois tipos de estudos para ampliar o tamanho da amostra, sem preocupação com o potencial viés de fortalecer ou enfraquecer o efeito real da variante em grande extensão. Não houve muita mudança da heterogeneidade no subgrupo de NSCLC ou câncer de pulmão em geral, dando a entender que tipo histológico não foi provavelmente a fonte de heterogeneidade. Ao mesmo tempo, uma redução do risco mais pronunciada para NSCLC sugeriram que a variante rs401681 pode ter efeito maior sobre NSCLC, suportando a mesma situação observada no estudo de controlo de caso. A variância do efeito genotípica entre estes dois subgrupos pode ser parcialmente atribuída ao tipo histológico diferente caracterizado pela diferença de frequência de alelos, com pool freqüências alélicas T de 36,9% nos casos de NSCLC e de 31,6% no câncer de pulmão em geral. Ao todo, etnia e estudo de design, provavelmente, responsável pela heterogeneidade da meta-análise.

Apesar da força clara da estratégia análise abrangente atual (um estudo de caso-controle e uma meta-análise), várias limitações deve ser salientado. Em primeiro lugar, o tamanho da amostra do nosso estudo de caso-controle foi relativamente pequeno. Em segundo lugar, o câncer de pulmão é um traço complexo relacionado a fatores de risco ambientais e genéticos. No entanto, insuficiente informação ambiental nos limitou a investigar a interação gene-ambiente. Em terceiro lugar, falta de experimentos funcionais, se este SNP é causal permaneceu incerto.

Em conclusão, nosso estudo de replicação em uma população chinesa ea subsequente meta-análise coletivamente confirmar o envolvimento genética do polimorfismo rs401681 na suscetibilidade ao câncer de pulmão, e sugeriram que a variante pode produzir efeito mais forte sobre a NSCLC. No entanto, bem-mapeamento de 5p15.33 região e funcionais experiências é necessário para se identificar variante causal.

Informações de Apoio

Figura S1.

Siga carta de seleção do estudo

doi:. 10.1371 /journal.pone.0062485.s001

(TIF)

Tabela S1.

A associação entre rs401681 eo risco de câncer de pulmão por fumar estatuto e faixa etária

doi:. 10.1371 /journal.pone.0062485.s002

(DOC)

Checklist S1.

PRISMA lista

doi:. 10.1371 /journal.pone.0062485.s003

(DOC)